# TARGET T0234 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38.9153 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.740 0.066 0.058 0.084 0.015 0.015 0.010 0.003 0.008 0.001 0.001 2 S 0.798 0.050 0.070 0.049 0.013 0.006 0.005 0.002 0.004 0.003 0.001 3 Q 0.619 0.042 0.052 0.200 0.007 0.039 0.017 0.003 0.019 0.001 0.001 4 L 0.763 0.041 0.115 0.038 0.004 0.018 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 5 E 0.928 0.003 0.023 0.028 0.001 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 6 K 0.923 0.006 0.009 0.045 0.003 0.002 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 7 A 0.922 0.006 0.027 0.036 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 Q 0.984 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 Y 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 A 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 G 0.982 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 14 F 0.969 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 I 0.972 0.003 0.005 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Q 0.947 0.004 0.006 0.037 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.823 0.011 0.017 0.135 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 18 F 0.333 0.123 0.128 0.322 0.028 0.025 0.015 0.008 0.017 0.001 0.001 19 Q 0.376 0.164 0.150 0.177 0.035 0.035 0.037 0.005 0.020 0.002 0.001 20 S 0.050 0.614 0.114 0.045 0.158 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 21 A 0.028 0.755 0.062 0.013 0.120 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 22 I 0.010 0.813 0.106 0.001 0.024 0.018 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 23 I 0.039 0.507 0.357 0.007 0.008 0.063 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 24 S 0.070 0.516 0.214 0.020 0.089 0.046 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 25 T 0.043 0.509 0.150 0.062 0.186 0.024 0.004 0.002 0.018 0.001 0.001 26 I 0.025 0.437 0.291 0.104 0.048 0.065 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 27 S 0.004 0.161 0.626 0.006 0.134 0.032 0.003 0.001 0.025 0.009 0.001 28 E 0.899 0.013 0.019 0.047 0.003 0.006 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 29 Q 0.225 0.014 0.047 0.683 0.003 0.004 0.018 0.002 0.004 0.001 0.001 30 G 0.026 0.003 0.037 0.054 0.020 0.002 0.082 0.684 0.001 0.092 0.001 31 I 0.019 0.249 0.549 0.002 0.012 0.020 0.012 0.001 0.136 0.001 0.001 32 P 0.113 0.003 0.813 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 33 N 0.096 0.155 0.272 0.175 0.104 0.070 0.065 0.024 0.034 0.005 0.001 34 G 0.082 0.162 0.250 0.072 0.317 0.009 0.019 0.045 0.009 0.034 0.001 35 S 0.072 0.271 0.358 0.043 0.215 0.013 0.003 0.004 0.006 0.013 0.001 36 Y 0.117 0.236 0.316 0.200 0.049 0.041 0.010 0.005 0.020 0.003 0.001 37 A 0.009 0.527 0.213 0.002 0.070 0.016 0.008 0.001 0.154 0.001 0.001 38 P 0.043 0.039 0.805 0.002 0.001 0.068 0.001 0.001 0.003 0.001 0.039 39 F 0.075 0.551 0.182 0.036 0.042 0.058 0.006 0.001 0.047 0.001 0.002 40 V 0.030 0.653 0.164 0.012 0.066 0.035 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 41 I 0.085 0.387 0.339 0.044 0.020 0.087 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 42 D 0.075 0.209 0.248 0.082 0.113 0.126 0.035 0.003 0.096 0.011 0.001 43 D 0.466 0.043 0.074 0.235 0.024 0.041 0.066 0.012 0.029 0.007 0.003 44 A 0.259 0.032 0.084 0.461 0.021 0.012 0.086 0.031 0.005 0.009 0.001 45 K 0.102 0.054 0.083 0.284 0.053 0.010 0.272 0.123 0.008 0.010 0.001 46 N 0.019 0.449 0.356 0.026 0.081 0.021 0.024 0.002 0.019 0.001 0.001 47 I 0.007 0.505 0.435 0.003 0.007 0.027 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 48 Y 0.009 0.789 0.157 0.002 0.015 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 49 I 0.009 0.772 0.157 0.001 0.010 0.031 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 50 Y 0.017 0.646 0.197 0.003 0.017 0.085 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 51 V 0.061 0.611 0.143 0.021 0.030 0.069 0.002 0.001 0.062 0.001 0.001 52 S 0.248 0.206 0.329 0.024 0.137 0.019 0.006 0.005 0.006 0.020 0.001 53 G 0.922 0.007 0.014 0.008 0.010 0.003 0.008 0.016 0.001 0.012 0.001 54 L 0.963 0.004 0.006 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 A 0.971 0.005 0.006 0.010 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.972 0.004 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 H 0.928 0.007 0.005 0.052 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 58 T 0.841 0.008 0.008 0.133 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 59 K 0.863 0.014 0.029 0.045 0.007 0.004 0.025 0.009 0.002 0.003 0.001 60 N 0.792 0.005 0.016 0.111 0.004 0.022 0.040 0.004 0.004 0.001 0.001 61 I 0.824 0.025 0.043 0.089 0.003 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 62 E 0.930 0.014 0.013 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 A 0.340 0.042 0.021 0.563 0.011 0.007 0.006 0.004 0.006 0.001 0.001 64 N 0.005 0.129 0.154 0.002 0.009 0.026 0.023 0.001 0.651 0.001 0.001 65 P 0.551 0.006 0.331 0.039 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.055 66 L 0.155 0.230 0.282 0.206 0.067 0.029 0.008 0.011 0.009 0.003 0.001 67 V 0.006 0.711 0.200 0.005 0.040 0.018 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 68 N 0.075 0.541 0.252 0.037 0.016 0.050 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 69 V 0.002 0.884 0.067 0.001 0.033 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 70 L 0.007 0.824 0.094 0.001 0.006 0.032 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 71 F 0.011 0.707 0.171 0.006 0.021 0.050 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 72 V 0.046 0.555 0.172 0.038 0.077 0.063 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 73 D 0.153 0.208 0.320 0.097 0.088 0.074 0.010 0.002 0.031 0.013 0.001 74 D 0.345 0.082 0.157 0.206 0.050 0.068 0.035 0.004 0.043 0.005 0.002 75 E 0.808 0.013 0.044 0.098 0.008 0.009 0.006 0.005 0.004 0.004 0.001 76 A 0.733 0.021 0.072 0.124 0.010 0.011 0.012 0.006 0.007 0.004 0.001 77 K 0.653 0.021 0.050 0.217 0.006 0.012 0.022 0.006 0.009 0.003 0.001 78 T 0.466 0.045 0.162 0.207 0.020 0.010 0.062 0.013 0.005 0.010 0.001 79 N 0.284 0.024 0.052 0.151 0.025 0.020 0.316 0.112 0.006 0.008 0.001 80 Q 0.404 0.179 0.214 0.080 0.038 0.039 0.012 0.003 0.028 0.002 0.001 81 I 0.739 0.088 0.087 0.048 0.007 0.020 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 82 F 0.764 0.072 0.055 0.068 0.009 0.012 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 83 A 0.653 0.088 0.078 0.119 0.026 0.013 0.010 0.003 0.008 0.001 0.001 84 R 0.405 0.159 0.207 0.105 0.039 0.020 0.034 0.004 0.023 0.004 0.001 85 R 0.288 0.144 0.377 0.095 0.027 0.029 0.019 0.006 0.012 0.002 0.002 86 R 0.098 0.444 0.169 0.113 0.066 0.028 0.041 0.002 0.037 0.001 0.001 87 L 0.009 0.515 0.366 0.013 0.045 0.034 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 88 S 0.006 0.837 0.067 0.005 0.066 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 89 F 0.005 0.814 0.048 0.005 0.095 0.011 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 90 D 0.008 0.491 0.362 0.007 0.020 0.074 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 91 C 0.009 0.607 0.089 0.006 0.255 0.011 0.006 0.002 0.014 0.002 0.001 92 T 0.008 0.716 0.189 0.008 0.035 0.028 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 93 A 0.007 0.626 0.147 0.006 0.197 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 94 T 0.004 0.842 0.065 0.002 0.046 0.010 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 95 L 0.007 0.159 0.765 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 96 I 0.077 0.602 0.163 0.031 0.029 0.041 0.003 0.001 0.053 0.001 0.001 97 E 0.031 0.149 0.755 0.003 0.016 0.036 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 98 R 0.429 0.140 0.189 0.079 0.068 0.024 0.029 0.008 0.026 0.007 0.001 99 E 0.627 0.045 0.152 0.079 0.030 0.019 0.013 0.006 0.008 0.020 0.001 100 S 0.712 0.035 0.095 0.111 0.022 0.010 0.003 0.002 0.006 0.003 0.001 101 Q 0.885 0.004 0.025 0.058 0.003 0.005 0.009 0.007 0.001 0.002 0.001 102 K 0.879 0.011 0.019 0.069 0.002 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 103 W 0.981 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 N 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 Q 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 V 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 V 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Q 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 F 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Q 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 E 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 R 0.776 0.003 0.005 0.211 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 114 F 0.542 0.030 0.056 0.289 0.006 0.011 0.029 0.003 0.031 0.002 0.001 115 G 0.607 0.006 0.061 0.021 0.021 0.003 0.022 0.113 0.001 0.145 0.001 116 Q 0.886 0.006 0.027 0.059 0.003 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 117 I 0.941 0.010 0.014 0.026 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 118 I 0.954 0.010 0.010 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 119 E 0.957 0.005 0.008 0.017 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 120 V 0.908 0.017 0.010 0.052 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 121 L 0.693 0.032 0.041 0.214 0.003 0.008 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 122 R 0.669 0.029 0.235 0.045 0.005 0.005 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 123 G 0.187 0.002 0.012 0.436 0.006 0.009 0.082 0.256 0.004 0.006 0.001 124 L 0.045 0.066 0.708 0.033 0.004 0.085 0.009 0.001 0.049 0.001 0.001 125 A 0.446 0.111 0.272 0.099 0.025 0.015 0.012 0.009 0.004 0.007 0.002 126 D 0.128 0.132 0.070 0.477 0.032 0.036 0.081 0.008 0.034 0.002 0.001 127 F 0.013 0.369 0.364 0.030 0.166 0.014 0.014 0.011 0.015 0.004 0.001 128 R 0.013 0.699 0.180 0.010 0.062 0.025 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 129 I 0.006 0.781 0.157 0.003 0.024 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 130 F 0.006 0.836 0.053 0.007 0.077 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 131 Q 0.003 0.728 0.182 0.001 0.020 0.042 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 132 L 0.012 0.563 0.333 0.006 0.028 0.037 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 133 T 0.003 0.397 0.396 0.001 0.017 0.029 0.003 0.001 0.154 0.001 0.001 134 P 0.305 0.005 0.619 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 135 K 0.755 0.034 0.016 0.174 0.011 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 136 E 0.075 0.510 0.063 0.166 0.153 0.005 0.010 0.002 0.015 0.001 0.001 137 G 0.029 0.195 0.170 0.020 0.425 0.005 0.018 0.057 0.011 0.069 0.001 138 R 0.027 0.661 0.148 0.011 0.086 0.030 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 139 F 0.027 0.493 0.339 0.007 0.024 0.085 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 140 V 0.058 0.605 0.131 0.047 0.020 0.086 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 141 I 0.025 0.464 0.159 0.025 0.235 0.016 0.043 0.003 0.023 0.005 0.001 142 G 0.034 0.071 0.071 0.014 0.431 0.011 0.065 0.166 0.005 0.132 0.001 143 F 0.114 0.393 0.139 0.172 0.118 0.025 0.011 0.003 0.021 0.003 0.001 144 G 0.126 0.169 0.176 0.047 0.292 0.006 0.023 0.043 0.006 0.111 0.001 145 A 0.091 0.547 0.203 0.019 0.102 0.023 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 146 A 0.115 0.562 0.189 0.036 0.045 0.026 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 147 Y 0.059 0.698 0.077 0.030 0.090 0.016 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 148 H 0.027 0.525 0.265 0.014 0.043 0.081 0.010 0.001 0.032 0.001 0.001 149 I 0.040 0.569 0.211 0.066 0.038 0.044 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 150 S 0.007 0.277 0.504 0.010 0.106 0.040 0.005 0.001 0.043 0.007 0.001 151 G 0.721 0.005 0.017 0.036 0.016 0.003 0.036 0.097 0.002 0.067 0.001 152 D 0.710 0.007 0.022 0.238 0.004 0.005 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 153 R 0.497 0.033 0.042 0.328 0.012 0.018 0.043 0.007 0.019 0.001 0.001 154 L 0.570 0.079 0.180 0.113 0.009 0.026 0.012 0.002 0.008 0.001 0.001 155 D 0.661 0.083 0.073 0.132 0.016 0.013 0.011 0.002 0.008 0.001 0.001 156 T 0.290 0.316 0.122 0.151 0.085 0.014 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 157 L 0.165 0.387 0.218 0.109 0.036 0.032 0.009 0.001 0.039 0.001 0.001 158 V 0.034 0.506 0.272 0.004 0.029 0.022 0.008 0.001 0.124 0.001 0.001 159 P 0.082 0.021 0.782 0.006 0.001 0.083 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 160 I 0.235 0.287 0.305 0.080 0.020 0.043 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 161 T 0.169 0.267 0.319 0.113 0.032 0.041 0.017 0.004 0.032 0.004 0.001 162 G 0.113 0.028 0.119 0.037 0.149 0.004 0.033 0.126 0.004 0.385 0.001 163 D 0.241 0.092 0.235 0.219 0.040 0.071 0.053 0.011 0.026 0.005 0.007 164 K 0.178 0.188 0.247 0.286 0.031 0.019 0.021 0.007 0.018 0.003 0.001 165 G 0.071 0.043 0.163 0.028 0.131 0.007 0.047 0.194 0.005 0.310 0.001