# TARGET T0231 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.010 0.008 0.022 0.156 0.767 2 S 0.045 0.029 0.020 0.030 0.221 0.655 3 D 0.058 0.026 0.072 0.025 0.480 0.339 4 S 0.057 0.010 0.165 0.034 0.515 0.219 5 L 0.063 0.013 0.089 0.024 0.517 0.293 6 V 0.196 0.049 0.049 0.014 0.379 0.313 7 V 0.296 0.026 0.021 0.013 0.258 0.385 8 C 0.532 0.049 0.014 0.011 0.146 0.249 9 E 0.415 0.044 0.010 0.010 0.145 0.376 10 V 0.120 0.028 0.007 0.016 0.151 0.679 11 D 0.009 0.002 0.001 0.023 0.092 0.872 12 P 0.001 0.001 0.006 0.979 0.011 0.005 13 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.008 0.001 14 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.006 0.001 15 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 16 E 0.001 0.001 0.006 0.984 0.007 0.002 17 T 0.001 0.001 0.012 0.975 0.009 0.003 18 L 0.003 0.001 0.013 0.967 0.011 0.005 19 R 0.004 0.001 0.023 0.937 0.019 0.018 20 K 0.009 0.001 0.024 0.808 0.058 0.101 21 F 0.038 0.003 0.022 0.476 0.140 0.321 22 R 0.137 0.010 0.026 0.136 0.239 0.452 23 F 0.187 0.032 0.040 0.103 0.304 0.334 24 R 0.106 0.014 0.068 0.067 0.463 0.282 25 K 0.051 0.007 0.140 0.056 0.593 0.153 26 E 0.052 0.004 0.101 0.026 0.619 0.200 27 T 0.081 0.012 0.078 0.020 0.590 0.219 28 N 0.154 0.020 0.029 0.011 0.361 0.424 29 N 0.362 0.007 0.010 0.005 0.251 0.366 30 A 0.719 0.004 0.003 0.002 0.088 0.183 31 A 0.949 0.003 0.001 0.001 0.011 0.035 32 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 33 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 34 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 35 K 0.978 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 36 V 0.920 0.004 0.001 0.001 0.029 0.045 37 D 0.555 0.015 0.005 0.001 0.333 0.091 38 K 0.036 0.002 0.072 0.004 0.858 0.028 39 D 0.020 0.002 0.117 0.006 0.835 0.020 40 R 0.101 0.011 0.078 0.006 0.762 0.042 41 Q 0.479 0.009 0.009 0.005 0.218 0.280 42 M 0.922 0.007 0.001 0.001 0.015 0.053 43 V 0.976 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 44 V 0.975 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 45 L 0.941 0.004 0.001 0.003 0.013 0.038 46 E 0.744 0.004 0.006 0.009 0.074 0.163 47 D 0.461 0.008 0.007 0.010 0.163 0.351 48 E 0.173 0.027 0.010 0.011 0.261 0.518 49 L 0.087 0.037 0.020 0.007 0.494 0.355 50 Q 0.038 0.004 0.025 0.008 0.568 0.356 51 N 0.036 0.006 0.034 0.014 0.561 0.349 52 I 0.068 0.060 0.013 0.021 0.456 0.382 53 S 0.049 0.024 0.006 0.034 0.188 0.699 54 P 0.008 0.002 0.150 0.673 0.110 0.058 55 E 0.007 0.001 0.177 0.716 0.077 0.022 56 E 0.003 0.001 0.173 0.772 0.045 0.006 57 L 0.006 0.002 0.093 0.831 0.049 0.020 58 K 0.004 0.002 0.275 0.632 0.069 0.018 59 L 0.004 0.001 0.263 0.596 0.094 0.042 60 E 0.005 0.003 0.200 0.457 0.167 0.168 61 L 0.007 0.064 0.012 0.043 0.228 0.646 62 P 0.010 0.013 0.022 0.015 0.703 0.236 63 E 0.011 0.003 0.076 0.018 0.783 0.108 64 R 0.012 0.003 0.049 0.008 0.811 0.115 65 Q 0.075 0.012 0.022 0.003 0.630 0.258 66 P 0.246 0.003 0.003 0.001 0.145 0.601 67 R 0.801 0.009 0.003 0.001 0.046 0.140 68 F 0.974 0.002 0.001 0.001 0.006 0.017 69 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 70 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 71 Y 0.956 0.001 0.001 0.001 0.009 0.034 72 S 0.846 0.004 0.001 0.001 0.047 0.100 73 Y 0.447 0.010 0.008 0.004 0.280 0.251 74 K 0.303 0.013 0.014 0.005 0.396 0.269 75 Y 0.402 0.033 0.023 0.009 0.344 0.189 76 V 0.577 0.062 0.013 0.008 0.184 0.156 77 H 0.366 0.025 0.017 0.020 0.418 0.153 78 D 0.039 0.004 0.059 0.040 0.803 0.056 79 D 0.017 0.003 0.067 0.037 0.829 0.047 80 G 0.032 0.007 0.070 0.032 0.792 0.067 81 R 0.230 0.031 0.044 0.028 0.420 0.247 82 V 0.442 0.069 0.025 0.015 0.195 0.255 83 S 0.449 0.043 0.020 0.009 0.225 0.255 84 Y 0.324 0.017 0.013 0.004 0.349 0.293 85 P 0.286 0.003 0.011 0.004 0.282 0.414 86 L 0.874 0.007 0.002 0.001 0.047 0.068 87 C 0.979 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 88 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 89 I 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 90 F 0.910 0.004 0.001 0.001 0.021 0.064 91 S 0.563 0.008 0.001 0.001 0.092 0.335 92 S 0.160 0.020 0.003 0.001 0.385 0.431 93 P 0.034 0.010 0.022 0.003 0.757 0.174 94 V 0.009 0.005 0.037 0.006 0.821 0.121 95 G 0.016 0.010 0.057 0.015 0.780 0.122 96 C 0.027 0.015 0.023 0.034 0.564 0.337 97 K 0.041 0.015 0.016 0.085 0.217 0.626 98 P 0.066 0.014 0.053 0.600 0.119 0.149 99 E 0.065 0.006 0.034 0.815 0.034 0.045 100 Q 0.082 0.005 0.040 0.826 0.023 0.023 101 Q 0.025 0.001 0.018 0.934 0.011 0.011 102 M 0.030 0.003 0.018 0.915 0.020 0.014 103 M 0.026 0.002 0.015 0.890 0.037 0.029 104 Y 0.026 0.002 0.029 0.825 0.066 0.051 105 A 0.019 0.004 0.039 0.756 0.099 0.082 106 G 0.018 0.009 0.035 0.621 0.158 0.160 107 S 0.014 0.012 0.020 0.566 0.099 0.289 108 K 0.001 0.001 0.010 0.965 0.017 0.007 109 N 0.001 0.001 0.008 0.972 0.016 0.004 110 R 0.001 0.001 0.005 0.985 0.009 0.001 111 L 0.001 0.001 0.005 0.983 0.011 0.001 112 V 0.001 0.001 0.006 0.976 0.016 0.002 113 Q 0.001 0.001 0.009 0.961 0.024 0.005 114 T 0.001 0.001 0.008 0.882 0.071 0.038 115 A 0.003 0.007 0.009 0.355 0.185 0.440 116 E 0.003 0.001 0.001 0.004 0.098 0.894 117 L 0.058 0.003 0.001 0.002 0.143 0.793 118 T 0.275 0.003 0.001 0.001 0.096 0.624 119 K 0.852 0.005 0.001 0.001 0.019 0.122 120 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 121 F 0.952 0.002 0.001 0.001 0.006 0.039 122 E 0.932 0.002 0.001 0.001 0.010 0.056 123 I 0.655 0.012 0.003 0.001 0.070 0.259 124 R 0.160 0.024 0.001 0.001 0.144 0.670 125 T 0.035 0.007 0.005 0.002 0.376 0.576 126 T 0.002 0.001 0.655 0.043 0.268 0.030 127 D 0.001 0.001 0.697 0.040 0.235 0.027 128 D 0.002 0.002 0.787 0.048 0.145 0.017 129 L 0.015 0.009 0.062 0.109 0.298 0.507 130 T 0.021 0.017 0.015 0.118 0.135 0.694 131 E 0.011 0.002 0.035 0.844 0.050 0.058 132 T 0.015 0.001 0.024 0.894 0.044 0.022 133 W 0.006 0.001 0.026 0.938 0.023 0.007 134 L 0.008 0.001 0.018 0.947 0.016 0.010 135 K 0.008 0.001 0.021 0.928 0.029 0.013 136 E 0.003 0.001 0.011 0.955 0.018 0.013 137 K 0.003 0.001 0.006 0.944 0.021 0.025 138 L 0.010 0.005 0.022 0.835 0.054 0.074 139 A 0.032 0.004 0.087 0.550 0.129 0.198 140 F 0.057 0.008 0.097 0.367 0.144 0.327 141 F 0.088 0.031 0.037 0.164 0.088 0.592 142 R 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 0.981