# TARGET T0231 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 142 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.043 0.463 0.008 0.033 0.087 0.003 0.012 0.018 0.115 0.037 0.042 0.129 2 S 0.012 0.043 0.389 0.012 0.096 0.104 0.003 0.009 0.017 0.101 0.079 0.035 0.100 3 D 0.009 0.024 0.210 0.081 0.136 0.058 0.002 0.005 0.016 0.232 0.160 0.026 0.041 4 S 0.008 0.013 0.207 0.045 0.162 0.053 0.001 0.001 0.007 0.200 0.228 0.030 0.043 5 L 0.027 0.016 0.388 0.016 0.069 0.038 0.002 0.001 0.016 0.174 0.101 0.033 0.121 6 V 0.059 0.020 0.313 0.006 0.033 0.021 0.008 0.002 0.034 0.167 0.067 0.187 0.083 7 V 0.090 0.035 0.202 0.011 0.021 0.017 0.026 0.003 0.109 0.085 0.052 0.034 0.314 8 C 0.047 0.034 0.406 0.012 0.007 0.008 0.017 0.003 0.114 0.089 0.015 0.169 0.079 9 E 0.022 0.076 0.402 0.005 0.002 0.003 0.011 0.001 0.116 0.050 0.007 0.066 0.239 10 V 0.001 0.054 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.018 0.001 0.034 0.047 11 D 0.001 0.009 0.934 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.026 0.001 0.001 0.018 12 P 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.001 0.001 13 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.013 0.864 0.001 0.001 0.001 0.006 0.103 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.023 0.001 0.023 0.552 0.001 0.001 0.001 0.024 0.374 0.001 0.001 21 F 0.001 0.003 0.267 0.001 0.036 0.346 0.001 0.001 0.001 0.154 0.179 0.002 0.011 22 R 0.003 0.033 0.283 0.001 0.033 0.292 0.002 0.001 0.015 0.070 0.175 0.047 0.045 23 F 0.011 0.025 0.270 0.004 0.043 0.309 0.006 0.004 0.015 0.084 0.121 0.019 0.090 24 R 0.001 0.008 0.362 0.009 0.062 0.236 0.001 0.001 0.008 0.112 0.146 0.034 0.021 25 K 0.001 0.004 0.160 0.005 0.091 0.248 0.001 0.001 0.002 0.116 0.351 0.007 0.016 26 E 0.001 0.005 0.181 0.003 0.081 0.085 0.001 0.001 0.001 0.194 0.429 0.009 0.012 27 T 0.001 0.005 0.231 0.024 0.065 0.034 0.001 0.001 0.003 0.281 0.338 0.008 0.009 28 N 0.002 0.020 0.404 0.030 0.029 0.017 0.004 0.001 0.007 0.216 0.207 0.019 0.045 29 N 0.014 0.021 0.635 0.010 0.007 0.003 0.007 0.001 0.027 0.123 0.029 0.062 0.061 30 A 0.048 0.006 0.366 0.059 0.004 0.001 0.032 0.013 0.068 0.204 0.031 0.078 0.088 31 A 0.339 0.005 0.045 0.006 0.001 0.001 0.253 0.034 0.106 0.009 0.002 0.029 0.171 32 I 0.406 0.002 0.018 0.025 0.001 0.001 0.315 0.041 0.076 0.001 0.001 0.077 0.037 33 I 0.521 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.287 0.027 0.040 0.002 0.001 0.023 0.079 34 M 0.582 0.001 0.019 0.020 0.001 0.001 0.208 0.025 0.035 0.001 0.001 0.055 0.053 35 K 0.382 0.001 0.077 0.003 0.001 0.001 0.119 0.014 0.092 0.007 0.001 0.167 0.136 36 V 0.201 0.016 0.203 0.011 0.003 0.001 0.043 0.004 0.045 0.028 0.004 0.046 0.397 37 D 0.025 0.009 0.569 0.013 0.005 0.001 0.002 0.001 0.013 0.071 0.010 0.040 0.242 38 K 0.001 0.002 0.047 0.005 0.049 0.011 0.001 0.001 0.001 0.159 0.706 0.007 0.013 39 D 0.001 0.001 0.025 0.003 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 0.095 0.824 0.002 0.003 40 R 0.003 0.003 0.210 0.008 0.047 0.017 0.001 0.001 0.001 0.353 0.276 0.023 0.059 41 Q 0.038 0.018 0.488 0.010 0.005 0.014 0.007 0.001 0.009 0.080 0.020 0.054 0.256 42 M 0.100 0.036 0.113 0.028 0.001 0.006 0.036 0.001 0.017 0.017 0.003 0.160 0.481 43 V 0.200 0.005 0.046 0.077 0.001 0.004 0.045 0.001 0.010 0.006 0.001 0.162 0.443 44 V 0.179 0.003 0.038 0.017 0.001 0.004 0.046 0.002 0.014 0.004 0.001 0.467 0.224 45 L 0.112 0.006 0.059 0.018 0.002 0.004 0.041 0.001 0.016 0.004 0.002 0.053 0.685 46 E 0.112 0.006 0.138 0.138 0.003 0.005 0.034 0.001 0.018 0.020 0.006 0.325 0.195 47 D 0.040 0.007 0.217 0.020 0.006 0.008 0.012 0.001 0.030 0.093 0.026 0.193 0.349 48 E 0.012 0.014 0.413 0.021 0.016 0.011 0.005 0.001 0.024 0.168 0.058 0.063 0.194 49 L 0.003 0.027 0.503 0.010 0.023 0.008 0.002 0.001 0.017 0.202 0.070 0.076 0.058 50 Q 0.001 0.019 0.478 0.006 0.034 0.008 0.001 0.001 0.009 0.221 0.169 0.009 0.045 51 N 0.001 0.027 0.562 0.006 0.023 0.008 0.001 0.001 0.008 0.219 0.115 0.012 0.019 52 I 0.001 0.076 0.488 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.004 0.350 0.029 0.023 0.014 53 S 0.001 0.049 0.745 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.002 0.139 0.009 0.001 0.034 54 P 0.001 0.001 0.014 0.001 0.061 0.856 0.001 0.001 0.001 0.012 0.056 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.885 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.090 0.878 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 57 L 0.001 0.003 0.011 0.001 0.026 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 58 K 0.001 0.004 0.009 0.001 0.105 0.832 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.139 0.665 0.001 0.001 0.001 0.017 0.163 0.001 0.001 60 E 0.001 0.006 0.034 0.001 0.117 0.479 0.001 0.001 0.001 0.053 0.301 0.001 0.006 61 L 0.001 0.050 0.428 0.001 0.025 0.056 0.001 0.001 0.005 0.306 0.113 0.008 0.008 62 P 0.001 0.008 0.893 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.036 0.046 0.001 0.005 63 E 0.001 0.002 0.057 0.001 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 0.116 0.761 0.001 0.001 64 R 0.001 0.005 0.068 0.001 0.070 0.003 0.001 0.001 0.001 0.219 0.627 0.001 0.006 65 Q 0.001 0.009 0.539 0.004 0.026 0.003 0.001 0.001 0.003 0.329 0.059 0.014 0.012 66 P 0.013 0.020 0.506 0.010 0.005 0.003 0.005 0.001 0.028 0.079 0.033 0.013 0.284 67 R 0.143 0.013 0.139 0.019 0.001 0.001 0.027 0.006 0.070 0.032 0.008 0.394 0.147 68 F 0.415 0.003 0.042 0.016 0.001 0.001 0.050 0.013 0.037 0.013 0.001 0.056 0.350 69 V 0.514 0.001 0.032 0.003 0.001 0.001 0.061 0.014 0.044 0.003 0.001 0.265 0.060 70 V 0.608 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.072 0.012 0.033 0.002 0.001 0.021 0.232 71 Y 0.605 0.001 0.022 0.015 0.001 0.001 0.046 0.003 0.019 0.002 0.001 0.236 0.050 72 S 0.459 0.002 0.050 0.010 0.001 0.001 0.029 0.003 0.021 0.007 0.002 0.042 0.374 73 Y 0.125 0.008 0.186 0.021 0.002 0.001 0.005 0.001 0.012 0.072 0.012 0.451 0.105 74 K 0.036 0.005 0.323 0.051 0.012 0.002 0.003 0.001 0.005 0.150 0.085 0.027 0.301 75 Y 0.057 0.036 0.314 0.021 0.016 0.006 0.003 0.001 0.009 0.178 0.072 0.196 0.093 76 V 0.086 0.082 0.271 0.003 0.012 0.006 0.014 0.003 0.006 0.074 0.020 0.098 0.325 77 H 0.017 0.030 0.496 0.003 0.014 0.008 0.002 0.001 0.004 0.078 0.019 0.039 0.290 78 D 0.002 0.006 0.153 0.004 0.082 0.066 0.001 0.001 0.001 0.210 0.434 0.017 0.024 79 D 0.001 0.001 0.043 0.004 0.068 0.053 0.001 0.001 0.001 0.155 0.671 0.002 0.002 80 G 0.001 0.004 0.195 0.005 0.074 0.057 0.001 0.001 0.001 0.253 0.396 0.005 0.010 81 R 0.002 0.018 0.599 0.001 0.045 0.053 0.001 0.001 0.001 0.123 0.099 0.020 0.038 82 V 0.005 0.060 0.273 0.027 0.082 0.063 0.007 0.001 0.006 0.146 0.221 0.029 0.079 83 S 0.004 0.021 0.268 0.073 0.071 0.027 0.010 0.002 0.005 0.135 0.298 0.032 0.055 84 Y 0.006 0.007 0.656 0.010 0.009 0.006 0.004 0.001 0.010 0.174 0.075 0.022 0.019 85 P 0.012 0.005 0.453 0.013 0.003 0.001 0.008 0.001 0.054 0.339 0.038 0.029 0.044 86 L 0.114 0.006 0.134 0.011 0.001 0.001 0.101 0.093 0.338 0.026 0.002 0.036 0.138 87 C 0.124 0.001 0.013 0.015 0.001 0.001 0.195 0.453 0.149 0.002 0.001 0.025 0.022 88 F 0.179 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.302 0.373 0.092 0.001 0.001 0.017 0.029 89 I 0.141 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.327 0.407 0.068 0.001 0.001 0.017 0.019 90 F 0.066 0.002 0.073 0.009 0.001 0.001 0.263 0.256 0.256 0.006 0.003 0.028 0.036 91 S 0.033 0.004 0.300 0.011 0.001 0.001 0.071 0.066 0.320 0.087 0.016 0.022 0.066 92 S 0.008 0.011 0.614 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.072 0.154 0.010 0.090 0.032 93 P 0.002 0.020 0.367 0.004 0.025 0.002 0.001 0.001 0.014 0.212 0.285 0.003 0.066 94 V 0.001 0.011 0.163 0.004 0.034 0.004 0.001 0.001 0.002 0.255 0.516 0.006 0.004 95 G 0.001 0.019 0.275 0.001 0.034 0.007 0.001 0.001 0.002 0.268 0.372 0.004 0.017 96 C 0.001 0.008 0.530 0.001 0.017 0.021 0.001 0.001 0.001 0.333 0.063 0.009 0.016 97 K 0.002 0.022 0.508 0.003 0.020 0.129 0.001 0.001 0.002 0.203 0.072 0.014 0.026 98 P 0.005 0.032 0.211 0.003 0.030 0.472 0.002 0.001 0.005 0.083 0.056 0.007 0.094 99 E 0.011 0.017 0.128 0.023 0.021 0.624 0.008 0.001 0.006 0.046 0.023 0.060 0.032 100 Q 0.016 0.009 0.058 0.010 0.027 0.706 0.005 0.001 0.005 0.023 0.019 0.016 0.105 101 Q 0.012 0.002 0.035 0.006 0.043 0.799 0.004 0.001 0.005 0.023 0.029 0.022 0.019 102 M 0.021 0.006 0.040 0.003 0.040 0.761 0.008 0.001 0.010 0.021 0.041 0.007 0.040 103 M 0.028 0.007 0.063 0.004 0.065 0.674 0.008 0.001 0.009 0.031 0.063 0.026 0.021 104 Y 0.028 0.005 0.099 0.003 0.049 0.581 0.006 0.001 0.020 0.048 0.116 0.010 0.034 105 A 0.031 0.012 0.157 0.006 0.048 0.391 0.005 0.001 0.013 0.101 0.177 0.025 0.033 106 G 0.007 0.033 0.215 0.001 0.029 0.309 0.001 0.001 0.007 0.204 0.173 0.010 0.012 107 S 0.001 0.021 0.332 0.001 0.008 0.286 0.001 0.001 0.005 0.272 0.046 0.002 0.027 108 K 0.001 0.001 0.017 0.001 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.001 0.001 109 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 110 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 112 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.836 0.001 0.001 0.001 0.006 0.143 0.001 0.001 114 T 0.001 0.002 0.036 0.001 0.016 0.697 0.001 0.001 0.001 0.029 0.213 0.001 0.003 115 A 0.001 0.003 0.192 0.002 0.018 0.243 0.001 0.001 0.001 0.284 0.241 0.005 0.010 116 E 0.001 0.001 0.470 0.009 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.283 0.199 0.005 0.007 117 L 0.001 0.014 0.691 0.003 0.008 0.004 0.001 0.001 0.008 0.149 0.014 0.021 0.088 118 T 0.003 0.012 0.599 0.023 0.003 0.003 0.002 0.001 0.040 0.045 0.010 0.134 0.127 119 K 0.012 0.010 0.291 0.009 0.001 0.002 0.011 0.001 0.227 0.054 0.004 0.188 0.191 120 V 0.029 0.007 0.146 0.093 0.001 0.002 0.041 0.006 0.332 0.010 0.001 0.035 0.297 121 F 0.084 0.004 0.102 0.040 0.002 0.001 0.056 0.011 0.192 0.011 0.001 0.403 0.092 122 E 0.122 0.011 0.095 0.009 0.002 0.002 0.084 0.022 0.168 0.012 0.003 0.060 0.411 123 I 0.071 0.022 0.271 0.013 0.005 0.002 0.033 0.002 0.063 0.036 0.009 0.198 0.275 124 R 0.003 0.005 0.325 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.503 0.062 0.044 0.034 125 T 0.001 0.010 0.518 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.409 0.030 0.002 0.015 126 T 0.001 0.003 0.171 0.001 0.336 0.092 0.001 0.001 0.001 0.108 0.261 0.007 0.017 127 D 0.004 0.007 0.077 0.003 0.374 0.117 0.001 0.001 0.002 0.106 0.291 0.004 0.013 128 D 0.002 0.012 0.064 0.001 0.638 0.127 0.001 0.001 0.003 0.039 0.095 0.006 0.013 129 L 0.006 0.035 0.328 0.002 0.092 0.228 0.002 0.001 0.008 0.179 0.076 0.013 0.032 130 T 0.001 0.032 0.451 0.001 0.033 0.276 0.001 0.001 0.004 0.090 0.068 0.007 0.036 131 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.031 0.910 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.001 0.001 132 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 133 W 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 134 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 135 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 136 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.041 0.849 0.001 0.001 0.001 0.007 0.092 0.001 0.001 137 K 0.001 0.002 0.016 0.001 0.044 0.777 0.001 0.001 0.001 0.018 0.137 0.001 0.003 138 L 0.001 0.010 0.134 0.002 0.037 0.619 0.001 0.001 0.006 0.087 0.082 0.005 0.015 139 A 0.002 0.008 0.322 0.008 0.066 0.286 0.002 0.001 0.008 0.097 0.155 0.019 0.027 140 F 0.006 0.029 0.184 0.006 0.098 0.203 0.004 0.001 0.018 0.143 0.252 0.026 0.031 141 F 0.007 0.054 0.455 0.001 0.033 0.081 0.007 0.001 0.032 0.077 0.111 0.036 0.108 142 R 0.001 0.010 0.889 0.001 0.007 0.030 0.001 0.001 0.007 0.017 0.015 0.002 0.021