# TARGET T0231 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 65.097 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.222 0.097 0.199 0.143 0.077 0.042 0.112 0.036 0.051 0.020 0.001 2 S 0.449 0.101 0.229 0.112 0.039 0.026 0.017 0.007 0.008 0.012 0.002 3 D 0.454 0.081 0.096 0.260 0.042 0.021 0.021 0.008 0.009 0.007 0.001 4 S 0.277 0.151 0.115 0.273 0.093 0.013 0.040 0.018 0.014 0.005 0.001 5 L 0.153 0.290 0.325 0.080 0.071 0.030 0.022 0.008 0.017 0.002 0.001 6 V 0.074 0.686 0.107 0.045 0.062 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 7 V 0.046 0.557 0.124 0.043 0.153 0.023 0.018 0.002 0.031 0.003 0.001 8 C 0.015 0.722 0.138 0.004 0.048 0.022 0.003 0.001 0.048 0.001 0.001 9 E 0.036 0.231 0.609 0.008 0.008 0.083 0.004 0.001 0.015 0.001 0.005 10 V 0.029 0.534 0.302 0.029 0.042 0.044 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 11 D 0.007 0.089 0.762 0.001 0.030 0.054 0.001 0.001 0.055 0.002 0.001 12 P 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.974 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.929 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.354 0.028 0.038 0.558 0.004 0.005 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 22 R 0.289 0.076 0.080 0.069 0.023 0.053 0.321 0.024 0.059 0.005 0.001 23 F 0.308 0.269 0.227 0.086 0.036 0.052 0.005 0.001 0.012 0.004 0.001 24 R 0.419 0.161 0.112 0.197 0.031 0.041 0.007 0.002 0.026 0.002 0.001 25 K 0.197 0.258 0.265 0.083 0.087 0.043 0.027 0.007 0.028 0.005 0.001 26 E 0.246 0.202 0.192 0.126 0.039 0.059 0.074 0.015 0.042 0.003 0.001 27 T 0.205 0.255 0.149 0.179 0.087 0.021 0.055 0.015 0.022 0.011 0.001 28 N 0.121 0.183 0.113 0.213 0.079 0.038 0.169 0.023 0.045 0.015 0.001 29 N 0.053 0.270 0.258 0.130 0.109 0.038 0.095 0.018 0.021 0.007 0.001 30 A 0.041 0.449 0.249 0.087 0.101 0.023 0.024 0.003 0.019 0.003 0.001 31 A 0.003 0.629 0.250 0.003 0.101 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 32 I 0.001 0.900 0.064 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 33 I 0.001 0.751 0.201 0.001 0.010 0.021 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 34 M 0.001 0.824 0.098 0.001 0.020 0.029 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 35 K 0.001 0.649 0.262 0.001 0.013 0.046 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 36 V 0.008 0.611 0.296 0.014 0.019 0.038 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 37 D 0.001 0.140 0.587 0.001 0.081 0.122 0.001 0.001 0.065 0.002 0.001 38 K 0.921 0.001 0.003 0.071 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 D 0.427 0.007 0.014 0.534 0.002 0.002 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 40 R 0.153 0.101 0.213 0.435 0.021 0.018 0.034 0.007 0.019 0.001 0.001 41 Q 0.030 0.400 0.425 0.034 0.031 0.023 0.027 0.001 0.028 0.001 0.001 42 M 0.010 0.336 0.566 0.005 0.006 0.054 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 43 V 0.009 0.574 0.366 0.002 0.007 0.026 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 44 V 0.005 0.656 0.258 0.001 0.007 0.046 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 45 L 0.016 0.251 0.635 0.002 0.003 0.079 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 46 E 0.258 0.429 0.106 0.084 0.069 0.024 0.004 0.001 0.023 0.002 0.001 47 D 0.173 0.249 0.169 0.088 0.189 0.033 0.060 0.005 0.028 0.005 0.001 48 E 0.236 0.350 0.167 0.159 0.053 0.014 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 49 L 0.163 0.211 0.277 0.126 0.056 0.060 0.038 0.007 0.055 0.005 0.001 50 Q 0.202 0.188 0.288 0.144 0.056 0.034 0.040 0.013 0.024 0.010 0.001 51 N 0.096 0.159 0.224 0.236 0.069 0.068 0.083 0.027 0.029 0.007 0.002 52 I 0.016 0.480 0.377 0.038 0.054 0.021 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 53 S 0.001 0.096 0.784 0.001 0.025 0.067 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 54 P 0.979 0.001 0.008 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.932 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 L 0.956 0.001 0.005 0.035 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.956 0.003 0.013 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.937 0.006 0.018 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.629 0.008 0.043 0.302 0.001 0.009 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 61 L 0.085 0.162 0.474 0.019 0.014 0.023 0.012 0.001 0.208 0.002 0.001 62 P 0.141 0.010 0.786 0.016 0.001 0.026 0.003 0.001 0.003 0.003 0.011 63 E 0.680 0.016 0.204 0.062 0.007 0.012 0.005 0.007 0.001 0.005 0.001 64 R 0.184 0.044 0.053 0.599 0.025 0.023 0.035 0.022 0.013 0.001 0.001 65 Q 0.029 0.283 0.317 0.027 0.059 0.025 0.038 0.001 0.218 0.002 0.001 66 P 0.012 0.017 0.929 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 67 R 0.231 0.238 0.101 0.369 0.028 0.022 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 68 F 0.001 0.788 0.036 0.001 0.170 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 69 V 0.001 0.920 0.047 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 70 V 0.002 0.792 0.164 0.001 0.006 0.023 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 71 Y 0.003 0.808 0.058 0.004 0.069 0.024 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 72 S 0.014 0.426 0.357 0.016 0.044 0.081 0.005 0.001 0.055 0.001 0.001 73 Y 0.062 0.350 0.279 0.042 0.157 0.032 0.030 0.002 0.039 0.005 0.003 74 K 0.160 0.165 0.523 0.043 0.013 0.061 0.007 0.002 0.020 0.002 0.005 75 Y 0.058 0.441 0.324 0.038 0.057 0.038 0.006 0.001 0.034 0.001 0.002 76 V 0.097 0.516 0.245 0.051 0.017 0.048 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 77 H 0.062 0.405 0.285 0.059 0.091 0.042 0.007 0.002 0.039 0.008 0.001 78 D 0.369 0.105 0.132 0.169 0.039 0.050 0.059 0.011 0.043 0.021 0.002 79 D 0.211 0.025 0.108 0.428 0.019 0.012 0.156 0.021 0.014 0.005 0.002 80 G 0.026 0.003 0.032 0.017 0.021 0.001 0.043 0.721 0.001 0.137 0.001 81 R 0.159 0.213 0.495 0.047 0.028 0.032 0.007 0.004 0.011 0.002 0.002 82 V 0.154 0.452 0.226 0.076 0.046 0.023 0.008 0.002 0.010 0.004 0.001 83 S 0.059 0.438 0.228 0.110 0.083 0.033 0.023 0.002 0.023 0.002 0.001 84 Y 0.003 0.531 0.288 0.001 0.081 0.007 0.003 0.001 0.086 0.001 0.001 85 P 0.044 0.020 0.818 0.004 0.001 0.064 0.001 0.001 0.003 0.001 0.045 86 L 0.004 0.517 0.414 0.002 0.026 0.025 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 87 C 0.004 0.867 0.077 0.002 0.016 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 88 F 0.001 0.831 0.117 0.001 0.020 0.015 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 89 I 0.003 0.845 0.088 0.002 0.011 0.035 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 90 F 0.005 0.698 0.112 0.005 0.077 0.061 0.002 0.001 0.040 0.001 0.001 91 S 0.043 0.490 0.133 0.089 0.147 0.048 0.009 0.001 0.036 0.003 0.001 92 S 0.011 0.225 0.404 0.002 0.187 0.036 0.013 0.001 0.113 0.008 0.001 93 P 0.513 0.008 0.299 0.070 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.084 94 V 0.311 0.088 0.350 0.170 0.034 0.013 0.017 0.006 0.006 0.003 0.001 95 G 0.063 0.016 0.055 0.187 0.037 0.005 0.115 0.450 0.006 0.067 0.001 96 C 0.037 0.114 0.699 0.019 0.054 0.012 0.013 0.010 0.019 0.023 0.001 97 K 0.026 0.058 0.807 0.005 0.012 0.048 0.010 0.001 0.025 0.002 0.006 98 P 0.505 0.014 0.408 0.016 0.002 0.032 0.003 0.002 0.003 0.003 0.014 99 E 0.783 0.053 0.065 0.077 0.006 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 100 Q 0.519 0.108 0.247 0.067 0.024 0.018 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 101 Q 0.532 0.121 0.152 0.111 0.027 0.015 0.019 0.006 0.015 0.002 0.001 102 M 0.427 0.197 0.192 0.028 0.075 0.030 0.014 0.003 0.028 0.005 0.001 103 M 0.544 0.168 0.190 0.027 0.008 0.047 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 104 Y 0.409 0.307 0.091 0.050 0.027 0.048 0.007 0.001 0.058 0.002 0.001 105 A 0.624 0.107 0.119 0.063 0.028 0.034 0.006 0.002 0.011 0.005 0.002 106 G 0.568 0.046 0.079 0.093 0.082 0.034 0.035 0.032 0.014 0.017 0.001 107 S 0.656 0.032 0.054 0.131 0.035 0.045 0.008 0.004 0.021 0.012 0.001 108 K 0.972 0.002 0.004 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 N 0.982 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 R 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 T 0.848 0.002 0.003 0.144 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 A 0.495 0.037 0.082 0.338 0.016 0.002 0.011 0.011 0.006 0.001 0.001 116 E 0.140 0.036 0.081 0.188 0.031 0.041 0.419 0.034 0.019 0.011 0.001 117 L 0.025 0.253 0.640 0.010 0.026 0.037 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 118 T 0.199 0.292 0.054 0.386 0.050 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 119 K 0.002 0.740 0.133 0.002 0.109 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 120 V 0.004 0.875 0.067 0.001 0.007 0.018 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 121 F 0.007 0.766 0.097 0.006 0.062 0.020 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 122 E 0.005 0.544 0.313 0.007 0.034 0.073 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 123 I 0.009 0.651 0.210 0.009 0.061 0.038 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 124 R 0.121 0.340 0.175 0.252 0.071 0.027 0.003 0.001 0.008 0.003 0.001 125 T 0.003 0.351 0.208 0.005 0.362 0.021 0.003 0.001 0.043 0.003 0.001 126 T 0.860 0.011 0.028 0.080 0.004 0.006 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 127 D 0.918 0.006 0.019 0.046 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 128 D 0.644 0.003 0.018 0.310 0.003 0.005 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 129 L 0.670 0.036 0.162 0.095 0.006 0.019 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 130 T 0.496 0.107 0.197 0.105 0.039 0.029 0.004 0.001 0.012 0.010 0.001 131 E 0.983 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 T 0.981 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 W 0.986 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 L 0.985 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 K 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 E 0.976 0.002 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 K 0.949 0.007 0.007 0.032 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 138 L 0.888 0.028 0.021 0.050 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 139 A 0.893 0.033 0.018 0.030 0.011 0.004 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 140 F 0.712 0.053 0.024 0.180 0.009 0.008 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 141 F 0.417 0.126 0.129 0.207 0.028 0.036 0.015 0.004 0.035 0.002 0.001 142 R 0.401 0.154 0.178 0.093 0.056 0.033 0.032 0.009 0.021 0.022 0.001