# TARGET T0231 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0231.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173.519 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.230 0.103 0.070 0.110 0.081 0.081 0.083 0.069 0.069 0.057 0.047 2 S 0.128 0.095 0.030 0.075 0.072 0.068 0.120 0.110 0.114 0.104 0.083 3 D 0.334 0.165 0.064 0.118 0.093 0.069 0.061 0.038 0.031 0.017 0.009 4 S 0.322 0.114 0.044 0.136 0.113 0.081 0.076 0.043 0.032 0.023 0.016 5 L 0.114 0.073 0.062 0.137 0.105 0.094 0.104 0.085 0.088 0.079 0.059 6 V 0.047 0.058 0.038 0.120 0.134 0.130 0.167 0.116 0.102 0.058 0.029 7 V 0.045 0.049 0.050 0.121 0.112 0.122 0.170 0.130 0.097 0.066 0.040 8 C 0.007 0.007 0.009 0.021 0.035 0.057 0.163 0.166 0.210 0.179 0.145 9 E 0.064 0.142 0.144 0.256 0.184 0.093 0.069 0.025 0.014 0.006 0.003 10 V 0.001 0.005 0.003 0.007 0.009 0.019 0.053 0.091 0.169 0.271 0.372 11 D 0.014 0.258 0.092 0.208 0.213 0.113 0.073 0.017 0.007 0.002 0.001 12 P 0.909 0.063 0.013 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.497 0.159 0.086 0.170 0.060 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.023 0.154 0.210 0.285 0.198 0.121 15 K 0.001 0.001 0.014 0.105 0.215 0.326 0.230 0.069 0.027 0.009 0.003 16 E 0.013 0.027 0.906 0.044 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 T 0.001 0.001 0.015 0.024 0.052 0.192 0.438 0.164 0.071 0.034 0.010 18 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.050 0.121 0.231 0.317 0.273 19 R 0.001 0.004 0.400 0.276 0.200 0.082 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 20 K 0.002 0.019 0.727 0.129 0.080 0.031 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.001 0.001 0.005 0.004 0.008 0.036 0.224 0.201 0.246 0.182 0.092 22 R 0.016 0.020 0.040 0.070 0.097 0.130 0.292 0.167 0.099 0.050 0.018 23 F 0.012 0.052 0.331 0.127 0.101 0.078 0.096 0.065 0.053 0.049 0.037 24 R 0.046 0.107 0.156 0.202 0.154 0.123 0.118 0.044 0.028 0.016 0.007 25 K 0.411 0.110 0.041 0.078 0.055 0.062 0.091 0.056 0.046 0.030 0.019 26 E 0.385 0.157 0.074 0.127 0.070 0.060 0.052 0.026 0.022 0.015 0.012 27 T 0.223 0.127 0.111 0.132 0.088 0.087 0.105 0.050 0.042 0.026 0.011 28 N 0.157 0.203 0.097 0.228 0.126 0.080 0.062 0.023 0.014 0.007 0.003 29 N 0.014 0.046 0.066 0.140 0.172 0.149 0.150 0.111 0.084 0.047 0.021 30 A 0.002 0.012 0.017 0.123 0.198 0.243 0.250 0.092 0.040 0.016 0.005 31 A 0.001 0.001 0.003 0.017 0.034 0.069 0.154 0.213 0.224 0.180 0.105 32 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.083 0.225 0.279 0.273 0.121 33 I 0.001 0.002 0.005 0.049 0.098 0.143 0.213 0.205 0.144 0.090 0.051 34 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.065 0.234 0.355 0.318 35 K 0.001 0.005 0.005 0.117 0.231 0.204 0.270 0.107 0.044 0.013 0.003 36 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.052 0.114 0.268 0.310 0.242 37 D 0.011 0.095 0.074 0.344 0.273 0.120 0.062 0.014 0.005 0.001 0.001 38 K 0.282 0.340 0.056 0.166 0.086 0.042 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 39 D 0.713 0.178 0.029 0.059 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.334 0.187 0.046 0.183 0.124 0.073 0.036 0.010 0.004 0.001 0.001 41 Q 0.059 0.093 0.045 0.150 0.154 0.174 0.184 0.079 0.040 0.015 0.007 42 M 0.013 0.079 0.066 0.283 0.233 0.187 0.097 0.026 0.010 0.004 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.017 0.088 0.151 0.249 0.278 0.208 44 V 0.018 0.095 0.109 0.328 0.246 0.113 0.059 0.018 0.008 0.004 0.002 45 L 0.002 0.006 0.005 0.015 0.026 0.044 0.142 0.169 0.210 0.217 0.165 46 E 0.042 0.078 0.053 0.217 0.241 0.154 0.124 0.049 0.025 0.010 0.006 47 D 0.466 0.216 0.079 0.120 0.060 0.029 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 48 E 0.126 0.128 0.074 0.189 0.146 0.106 0.112 0.051 0.033 0.021 0.012 49 L 0.064 0.063 0.036 0.078 0.115 0.129 0.207 0.110 0.101 0.061 0.037 50 Q 0.301 0.179 0.090 0.160 0.096 0.063 0.063 0.023 0.013 0.008 0.004 51 N 0.393 0.128 0.080 0.133 0.090 0.063 0.068 0.022 0.014 0.006 0.003 52 I 0.027 0.031 0.019 0.058 0.093 0.144 0.230 0.174 0.107 0.077 0.039 53 S 0.037 0.785 0.041 0.074 0.030 0.015 0.008 0.004 0.003 0.002 0.001 54 P 0.009 0.008 0.005 0.050 0.194 0.303 0.238 0.105 0.060 0.021 0.008 55 E 0.925 0.055 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.011 0.074 0.107 0.466 0.227 0.081 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.044 0.139 0.231 0.295 0.279 58 K 0.004 0.016 0.041 0.177 0.318 0.279 0.127 0.025 0.009 0.003 0.001 59 L 0.036 0.064 0.796 0.083 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.009 0.018 0.013 0.085 0.134 0.257 0.357 0.081 0.027 0.013 0.008 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.044 0.120 0.222 0.292 0.313 62 P 0.124 0.272 0.158 0.222 0.121 0.064 0.026 0.007 0.003 0.002 0.002 63 E 0.596 0.131 0.172 0.070 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 R 0.161 0.097 0.030 0.127 0.119 0.155 0.184 0.067 0.031 0.017 0.011 65 Q 0.090 0.213 0.056 0.257 0.155 0.112 0.066 0.020 0.015 0.009 0.006 66 P 0.003 0.002 0.002 0.007 0.015 0.029 0.097 0.145 0.250 0.256 0.194 67 R 0.002 0.014 0.019 0.117 0.168 0.235 0.276 0.097 0.043 0.020 0.011 68 F 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.041 0.128 0.213 0.245 0.222 0.125 69 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.025 0.105 0.204 0.236 0.235 0.177 70 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.013 0.024 0.075 0.174 0.270 0.261 0.171 71 Y 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.033 0.122 0.194 0.291 0.215 0.116 72 S 0.009 0.059 0.038 0.290 0.223 0.148 0.136 0.060 0.026 0.008 0.003 73 Y 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.038 0.137 0.209 0.262 0.220 0.106 74 K 0.176 0.372 0.115 0.262 0.061 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Y 0.003 0.007 0.002 0.020 0.042 0.068 0.197 0.220 0.209 0.159 0.072 76 V 0.100 0.340 0.085 0.259 0.118 0.051 0.027 0.010 0.005 0.003 0.002 77 H 0.032 0.053 0.013 0.090 0.137 0.177 0.228 0.120 0.085 0.045 0.021 78 D 0.568 0.171 0.050 0.094 0.043 0.027 0.020 0.010 0.008 0.005 0.004 79 D 0.457 0.179 0.038 0.124 0.072 0.047 0.041 0.018 0.013 0.007 0.003 80 G 0.594 0.135 0.026 0.072 0.037 0.031 0.033 0.020 0.020 0.016 0.016 81 R 0.153 0.149 0.053 0.159 0.112 0.113 0.108 0.056 0.047 0.030 0.020 82 V 0.053 0.064 0.055 0.148 0.115 0.156 0.169 0.088 0.073 0.048 0.031 83 S 0.074 0.140 0.118 0.260 0.172 0.096 0.072 0.031 0.021 0.011 0.006 84 Y 0.007 0.014 0.016 0.069 0.103 0.114 0.218 0.197 0.146 0.085 0.031 85 P 0.006 0.030 0.037 0.173 0.271 0.214 0.160 0.064 0.030 0.011 0.005 86 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.018 0.092 0.209 0.260 0.245 0.164 87 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.029 0.141 0.280 0.248 0.181 0.108 88 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 0.147 0.280 0.279 0.247 89 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.099 0.218 0.348 0.304 90 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.055 0.135 0.262 0.287 0.245 91 S 0.001 0.002 0.002 0.012 0.017 0.029 0.101 0.192 0.265 0.238 0.140 92 S 0.004 0.010 0.006 0.046 0.076 0.096 0.188 0.223 0.176 0.111 0.064 93 P 0.013 0.027 0.019 0.106 0.153 0.154 0.185 0.161 0.106 0.053 0.023 94 V 0.139 0.116 0.032 0.187 0.197 0.129 0.095 0.054 0.030 0.015 0.007 95 G 0.245 0.166 0.050 0.203 0.129 0.087 0.065 0.027 0.017 0.008 0.004 96 C 0.017 0.009 0.004 0.015 0.021 0.039 0.104 0.139 0.217 0.221 0.213 97 K 0.206 0.517 0.078 0.133 0.042 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 98 P 0.115 0.045 0.013 0.048 0.048 0.064 0.125 0.135 0.162 0.141 0.104 99 E 0.188 0.175 0.097 0.210 0.167 0.089 0.051 0.013 0.007 0.002 0.002 100 Q 0.093 0.078 0.095 0.209 0.146 0.133 0.148 0.056 0.027 0.011 0.005 101 Q 0.017 0.036 0.063 0.215 0.221 0.177 0.131 0.067 0.041 0.022 0.009 102 M 0.031 0.016 0.046 0.031 0.038 0.065 0.173 0.202 0.184 0.136 0.077 103 M 0.007 0.028 0.104 0.190 0.193 0.149 0.146 0.084 0.053 0.032 0.014 104 Y 0.005 0.022 0.079 0.050 0.052 0.082 0.209 0.164 0.155 0.123 0.059 105 A 0.038 0.034 0.107 0.120 0.098 0.087 0.147 0.115 0.122 0.085 0.049 106 G 0.073 0.064 0.126 0.088 0.091 0.103 0.201 0.106 0.082 0.043 0.023 107 S 0.002 0.021 0.053 0.061 0.039 0.047 0.115 0.145 0.198 0.198 0.121 108 K 0.002 0.006 0.028 0.036 0.087 0.179 0.322 0.158 0.100 0.052 0.030 109 N 0.145 0.087 0.375 0.216 0.092 0.042 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 110 R 0.005 0.015 0.047 0.141 0.217 0.242 0.225 0.067 0.027 0.011 0.004 111 L 0.001 0.001 0.013 0.005 0.003 0.003 0.019 0.054 0.188 0.314 0.399 112 V 0.001 0.002 0.018 0.063 0.190 0.260 0.295 0.105 0.046 0.015 0.005 113 Q 0.019 0.040 0.743 0.143 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 114 T 0.003 0.012 0.020 0.047 0.103 0.227 0.398 0.121 0.047 0.018 0.005 115 A 0.014 0.007 0.006 0.011 0.010 0.020 0.092 0.161 0.233 0.241 0.205 116 E 0.294 0.352 0.148 0.131 0.051 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 117 L 0.046 0.030 0.041 0.054 0.051 0.075 0.166 0.153 0.184 0.128 0.073 118 T 0.195 0.232 0.099 0.207 0.127 0.067 0.044 0.016 0.007 0.004 0.002 119 K 0.040 0.045 0.031 0.107 0.118 0.146 0.215 0.122 0.093 0.054 0.030 120 V 0.057 0.098 0.116 0.248 0.193 0.140 0.081 0.034 0.019 0.010 0.005 121 F 0.006 0.010 0.013 0.033 0.057 0.101 0.205 0.190 0.194 0.131 0.059 122 E 0.035 0.105 0.087 0.281 0.212 0.108 0.097 0.040 0.020 0.010 0.005 123 I 0.004 0.003 0.003 0.008 0.014 0.021 0.091 0.132 0.242 0.243 0.238 124 R 0.054 0.135 0.117 0.279 0.214 0.108 0.061 0.018 0.008 0.003 0.002 125 T 0.118 0.363 0.087 0.171 0.103 0.062 0.054 0.022 0.012 0.007 0.003 126 T 0.310 0.139 0.062 0.156 0.143 0.085 0.060 0.023 0.013 0.006 0.002 127 D 0.712 0.171 0.036 0.051 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 128 D 0.089 0.121 0.087 0.188 0.147 0.121 0.147 0.055 0.031 0.011 0.004 129 L 0.011 0.011 0.008 0.021 0.045 0.092 0.189 0.190 0.175 0.150 0.107 130 T 0.030 0.529 0.149 0.157 0.060 0.035 0.024 0.008 0.005 0.003 0.002 131 E 0.021 0.030 0.051 0.184 0.280 0.244 0.133 0.037 0.015 0.005 0.001 132 T 0.913 0.054 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 W 0.005 0.017 0.047 0.226 0.209 0.237 0.194 0.045 0.015 0.004 0.001 134 L 0.001 0.002 0.011 0.004 0.007 0.016 0.084 0.158 0.263 0.270 0.184 135 K 0.002 0.010 0.260 0.252 0.222 0.162 0.071 0.014 0.005 0.001 0.001 136 E 0.008 0.022 0.841 0.090 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 137 K 0.004 0.006 0.025 0.036 0.060 0.176 0.394 0.162 0.083 0.040 0.015 138 L 0.007 0.008 0.038 0.022 0.025 0.053 0.227 0.240 0.199 0.130 0.052 139 A 0.019 0.080 0.560 0.172 0.098 0.040 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 140 F 0.149 0.111 0.407 0.137 0.079 0.053 0.036 0.013 0.008 0.004 0.002 141 F 0.160 0.129 0.077 0.095 0.104 0.095 0.136 0.080 0.064 0.040 0.019 142 R 0.191 0.127 0.056 0.095 0.089 0.085 0.114 0.083 0.074 0.053 0.033