# TARGET T0230 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.012 0.004 0.018 0.347 0.611 2 P 0.014 0.046 0.013 0.064 0.265 0.597 3 M 0.008 0.017 0.035 0.091 0.364 0.484 4 S 0.007 0.007 0.081 0.119 0.465 0.320 5 K 0.008 0.013 0.056 0.166 0.433 0.323 6 K 0.009 0.019 0.044 0.234 0.364 0.330 7 V 0.008 0.025 0.031 0.378 0.257 0.300 8 T 0.009 0.012 0.018 0.410 0.114 0.438 9 K 0.001 0.001 0.007 0.975 0.007 0.010 10 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 11 D 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 12 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 13 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 14 N 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.002 15 A 0.001 0.001 0.005 0.989 0.004 0.002 16 L 0.001 0.001 0.016 0.976 0.005 0.002 17 K 0.001 0.001 0.059 0.900 0.027 0.013 18 N 0.003 0.001 0.073 0.699 0.101 0.122 19 V 0.035 0.018 0.051 0.382 0.251 0.264 20 I 0.118 0.129 0.012 0.097 0.178 0.466 21 D 0.060 0.026 0.019 0.014 0.768 0.113 22 F 0.021 0.003 0.089 0.028 0.783 0.074 23 E 0.013 0.005 0.056 0.012 0.855 0.060 24 L 0.025 0.013 0.018 0.014 0.844 0.086 25 G 0.040 0.020 0.009 0.026 0.326 0.579 26 L 0.162 0.126 0.020 0.050 0.247 0.396 27 D 0.373 0.032 0.026 0.072 0.230 0.267 28 V 0.313 0.026 0.100 0.214 0.148 0.198 29 V 0.422 0.013 0.086 0.203 0.132 0.144 30 S 0.487 0.005 0.144 0.173 0.115 0.075 31 L 0.406 0.007 0.089 0.145 0.224 0.129 32 G 0.418 0.011 0.025 0.031 0.285 0.231 33 L 0.695 0.009 0.011 0.010 0.133 0.142 34 V 0.773 0.010 0.011 0.010 0.113 0.083 35 Y 0.816 0.003 0.013 0.010 0.091 0.068 36 D 0.854 0.002 0.010 0.005 0.081 0.048 37 I 0.950 0.002 0.002 0.001 0.024 0.020 38 Q 0.986 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 39 I 0.986 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 40 D 0.817 0.006 0.002 0.001 0.164 0.011 41 D 0.078 0.003 0.022 0.003 0.879 0.015 42 Q 0.019 0.001 0.019 0.002 0.950 0.009 43 N 0.132 0.008 0.018 0.004 0.801 0.036 44 N 0.776 0.005 0.001 0.001 0.053 0.165 45 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 46 K 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 47 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 49 M 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 50 T 0.781 0.002 0.001 0.001 0.038 0.177 51 M 0.482 0.024 0.001 0.001 0.098 0.393 52 T 0.158 0.070 0.003 0.004 0.357 0.408 53 T 0.021 0.056 0.009 0.005 0.820 0.089 54 P 0.009 0.004 0.014 0.010 0.873 0.089 55 M 0.004 0.005 0.031 0.039 0.833 0.088 56 C 0.012 0.015 0.036 0.202 0.582 0.152 57 P 0.009 0.019 0.037 0.380 0.261 0.294 58 L 0.002 0.002 0.102 0.809 0.054 0.030 59 A 0.001 0.001 0.041 0.894 0.042 0.020 60 G 0.001 0.001 0.037 0.921 0.028 0.013 61 M 0.001 0.001 0.022 0.948 0.019 0.009 62 I 0.001 0.001 0.010 0.964 0.012 0.012 63 L 0.001 0.001 0.006 0.975 0.009 0.009 64 S 0.001 0.001 0.003 0.981 0.007 0.008 65 D 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.004 66 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 67 E 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 68 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 69 A 0.001 0.001 0.010 0.982 0.006 0.002 70 I 0.001 0.001 0.021 0.969 0.008 0.002 71 K 0.001 0.001 0.033 0.938 0.021 0.006 72 K 0.002 0.002 0.029 0.643 0.164 0.160 73 I 0.004 0.003 0.023 0.030 0.763 0.178 74 E 0.007 0.003 0.025 0.004 0.845 0.117 75 G 0.032 0.006 0.036 0.002 0.830 0.094 76 V 0.160 0.009 0.032 0.001 0.722 0.075 77 N 0.402 0.019 0.026 0.002 0.317 0.233 78 N 0.817 0.007 0.003 0.001 0.062 0.110 79 V 0.942 0.002 0.001 0.001 0.015 0.041 80 E 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 81 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 82 E 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 83 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 84 T 0.887 0.001 0.001 0.001 0.018 0.094 85 F 0.597 0.014 0.001 0.001 0.060 0.329 86 D 0.213 0.026 0.003 0.001 0.328 0.429 87 P 0.071 0.015 0.007 0.002 0.482 0.422 88 P 0.053 0.029 0.011 0.007 0.554 0.346 89 W 0.071 0.063 0.011 0.011 0.516 0.327 90 T 0.081 0.030 0.009 0.015 0.489 0.376 91 P 0.052 0.020 0.095 0.079 0.514 0.240 92 E 0.056 0.010 0.148 0.094 0.527 0.165 93 R 0.057 0.027 0.103 0.109 0.412 0.291 94 M 0.048 0.059 0.015 0.101 0.184 0.593 95 S 0.005 0.010 0.003 0.128 0.085 0.768 96 P 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.004 97 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.005 0.001 98 L 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.001 99 R 0.001 0.001 0.002 0.987 0.010 0.001 100 E 0.001 0.001 0.006 0.972 0.018 0.004 101 K 0.001 0.001 0.006 0.951 0.028 0.013 102 F 0.001 0.001 0.007 0.767 0.042 0.184 103 G 0.002 0.004 0.006 0.084 0.075 0.829 104 V 0.001 0.001 0.003 0.016 0.037 0.943