# TARGET T0230 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.624 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.297 0.026 0.026 0.005 2 P 0.001 0.027 0.847 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.003 0.053 0.027 0.001 0.024 3 M 0.001 0.008 0.383 0.001 0.066 0.226 0.001 0.001 0.001 0.127 0.170 0.015 0.002 4 S 0.001 0.006 0.463 0.001 0.076 0.180 0.001 0.001 0.001 0.125 0.142 0.001 0.006 5 K 0.001 0.018 0.416 0.001 0.109 0.249 0.001 0.001 0.002 0.112 0.085 0.004 0.005 6 K 0.001 0.009 0.337 0.001 0.083 0.383 0.001 0.001 0.002 0.087 0.085 0.002 0.010 7 V 0.001 0.020 0.428 0.001 0.037 0.352 0.001 0.001 0.005 0.088 0.050 0.012 0.006 8 T 0.001 0.035 0.304 0.001 0.013 0.511 0.001 0.001 0.008 0.064 0.028 0.002 0.034 9 K 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.949 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 17 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.039 0.745 0.001 0.001 0.001 0.009 0.188 0.001 0.001 18 N 0.001 0.001 0.020 0.001 0.045 0.676 0.001 0.001 0.001 0.029 0.222 0.001 0.004 19 V 0.001 0.013 0.284 0.001 0.029 0.369 0.001 0.001 0.004 0.129 0.139 0.019 0.012 20 I 0.001 0.161 0.335 0.001 0.006 0.107 0.001 0.001 0.007 0.197 0.093 0.006 0.084 21 D 0.001 0.009 0.823 0.001 0.005 0.029 0.001 0.001 0.002 0.098 0.021 0.003 0.010 22 F 0.001 0.001 0.032 0.001 0.061 0.104 0.001 0.001 0.001 0.109 0.692 0.001 0.001 23 E 0.001 0.001 0.030 0.001 0.045 0.042 0.001 0.001 0.001 0.056 0.824 0.001 0.001 24 L 0.001 0.003 0.153 0.002 0.055 0.113 0.001 0.001 0.001 0.343 0.319 0.005 0.005 25 G 0.001 0.014 0.389 0.007 0.007 0.093 0.001 0.001 0.007 0.083 0.381 0.001 0.018 26 L 0.007 0.041 0.624 0.007 0.003 0.085 0.005 0.001 0.013 0.102 0.029 0.046 0.038 27 D 0.008 0.015 0.630 0.028 0.003 0.025 0.008 0.001 0.016 0.061 0.010 0.054 0.139 28 V 0.037 0.042 0.158 0.008 0.052 0.087 0.149 0.013 0.064 0.028 0.048 0.048 0.266 29 V 0.090 0.010 0.068 0.026 0.036 0.045 0.240 0.021 0.073 0.023 0.071 0.207 0.090 30 S 0.065 0.011 0.080 0.024 0.065 0.031 0.099 0.021 0.054 0.026 0.095 0.162 0.267 31 L 0.044 0.013 0.082 0.221 0.046 0.012 0.025 0.006 0.033 0.045 0.274 0.054 0.144 32 G 0.060 0.004 0.141 0.103 0.037 0.006 0.019 0.006 0.024 0.103 0.222 0.190 0.084 33 L 0.085 0.025 0.179 0.017 0.018 0.004 0.023 0.003 0.062 0.066 0.026 0.067 0.425 34 V 0.156 0.008 0.085 0.047 0.003 0.002 0.019 0.001 0.032 0.017 0.004 0.165 0.461 35 Y 0.062 0.002 0.019 0.673 0.001 0.001 0.010 0.001 0.008 0.013 0.002 0.138 0.072 36 D 0.229 0.002 0.042 0.052 0.005 0.002 0.033 0.001 0.021 0.018 0.005 0.242 0.348 37 I 0.304 0.002 0.050 0.034 0.004 0.001 0.050 0.003 0.016 0.007 0.001 0.084 0.443 38 Q 0.258 0.005 0.037 0.002 0.001 0.001 0.029 0.004 0.024 0.002 0.001 0.522 0.114 39 I 0.248 0.010 0.028 0.002 0.001 0.001 0.029 0.001 0.013 0.004 0.001 0.036 0.628 40 D 0.042 0.012 0.447 0.033 0.003 0.001 0.003 0.001 0.021 0.049 0.024 0.142 0.221 41 D 0.002 0.003 0.038 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.196 0.712 0.019 0.015 42 Q 0.001 0.001 0.015 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.890 0.001 0.002 43 N 0.005 0.002 0.146 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.426 0.333 0.053 0.024 44 N 0.100 0.014 0.209 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.028 0.006 0.022 0.599 45 V 0.422 0.016 0.026 0.013 0.001 0.001 0.105 0.004 0.008 0.005 0.001 0.284 0.116 46 K 0.692 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.095 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.165 47 V 0.720 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.098 0.002 0.004 0.001 0.001 0.118 0.044 48 L 0.743 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.113 0.002 0.008 0.001 0.001 0.023 0.097 49 M 0.745 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.058 0.003 0.010 0.002 0.001 0.090 0.069 50 T 0.487 0.002 0.055 0.002 0.001 0.001 0.054 0.004 0.040 0.013 0.001 0.181 0.160 51 M 0.115 0.021 0.203 0.016 0.003 0.001 0.035 0.006 0.141 0.044 0.015 0.071 0.330 52 T 0.008 0.023 0.542 0.011 0.005 0.002 0.003 0.002 0.045 0.237 0.033 0.036 0.052 53 T 0.001 0.029 0.555 0.004 0.019 0.003 0.001 0.001 0.008 0.309 0.057 0.006 0.011 54 P 0.001 0.003 0.106 0.001 0.134 0.007 0.001 0.001 0.001 0.136 0.611 0.001 0.002 55 M 0.001 0.010 0.106 0.001 0.145 0.011 0.001 0.001 0.001 0.156 0.570 0.001 0.001 56 C 0.001 0.013 0.573 0.001 0.072 0.017 0.001 0.001 0.001 0.278 0.040 0.002 0.003 57 P 0.001 0.035 0.467 0.001 0.075 0.082 0.001 0.001 0.001 0.159 0.173 0.001 0.006 58 L 0.001 0.032 0.277 0.001 0.080 0.264 0.001 0.001 0.001 0.138 0.202 0.002 0.004 59 A 0.001 0.002 0.073 0.001 0.072 0.731 0.001 0.001 0.001 0.051 0.069 0.001 0.001 60 G 0.001 0.001 0.007 0.001 0.034 0.919 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.001 0.001 61 M 0.001 0.001 0.008 0.001 0.028 0.933 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.001 0.001 62 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 64 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.012 0.001 0.012 0.872 0.001 0.001 0.001 0.014 0.088 0.001 0.001 71 K 0.001 0.002 0.048 0.001 0.036 0.548 0.001 0.001 0.001 0.023 0.340 0.001 0.001 72 K 0.001 0.008 0.096 0.001 0.056 0.359 0.001 0.001 0.001 0.130 0.340 0.001 0.008 73 I 0.001 0.003 0.594 0.001 0.024 0.069 0.001 0.001 0.001 0.262 0.040 0.002 0.004 74 E 0.001 0.001 0.032 0.001 0.069 0.047 0.001 0.001 0.001 0.132 0.717 0.001 0.001 75 G 0.001 0.001 0.030 0.001 0.053 0.008 0.001 0.001 0.001 0.085 0.820 0.001 0.001 76 V 0.001 0.009 0.646 0.002 0.055 0.008 0.001 0.001 0.008 0.174 0.025 0.006 0.066 77 N 0.008 0.037 0.294 0.143 0.043 0.005 0.002 0.004 0.041 0.221 0.049 0.123 0.033 78 N 0.041 0.023 0.142 0.090 0.036 0.002 0.014 0.008 0.123 0.093 0.036 0.031 0.361 79 V 0.138 0.007 0.184 0.068 0.019 0.002 0.047 0.021 0.061 0.028 0.010 0.301 0.114 80 E 0.239 0.009 0.063 0.006 0.002 0.001 0.105 0.030 0.190 0.009 0.003 0.092 0.250 81 V 0.330 0.004 0.043 0.025 0.002 0.001 0.171 0.045 0.103 0.008 0.002 0.126 0.139 82 E 0.475 0.001 0.023 0.012 0.001 0.001 0.226 0.030 0.081 0.003 0.001 0.077 0.069 83 L 0.478 0.005 0.051 0.004 0.002 0.002 0.151 0.025 0.072 0.004 0.002 0.066 0.139 84 T 0.498 0.011 0.073 0.004 0.001 0.002 0.092 0.006 0.091 0.016 0.004 0.068 0.132 85 F 0.040 0.022 0.393 0.011 0.002 0.003 0.016 0.002 0.141 0.100 0.019 0.122 0.128 86 D 0.002 0.010 0.526 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.344 0.025 0.018 0.048 87 P 0.001 0.044 0.505 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.008 0.314 0.090 0.011 0.015 88 P 0.001 0.014 0.516 0.003 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.213 0.220 0.002 0.007 89 W 0.001 0.034 0.436 0.001 0.023 0.009 0.001 0.001 0.001 0.339 0.153 0.003 0.002 90 T 0.001 0.028 0.624 0.001 0.026 0.014 0.001 0.001 0.001 0.277 0.024 0.001 0.006 91 P 0.001 0.003 0.090 0.001 0.465 0.138 0.001 0.001 0.001 0.065 0.236 0.001 0.002 92 E 0.001 0.003 0.029 0.001 0.540 0.097 0.001 0.001 0.001 0.049 0.281 0.001 0.001 93 R 0.001 0.018 0.064 0.001 0.509 0.065 0.001 0.001 0.001 0.074 0.260 0.003 0.005 94 M 0.001 0.104 0.432 0.001 0.044 0.147 0.001 0.001 0.002 0.165 0.087 0.003 0.015 95 S 0.001 0.011 0.830 0.001 0.001 0.087 0.001 0.001 0.001 0.062 0.004 0.001 0.003 96 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 102 F 0.001 0.002 0.028 0.001 0.003 0.620 0.001 0.001 0.001 0.030 0.314 0.001 0.001 103 G 0.001 0.006 0.407 0.001 0.004 0.164 0.001 0.001 0.001 0.040 0.374 0.002 0.002 104 V 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001