# TARGET T0230 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 43.4164 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.145 0.097 0.041 0.089 0.079 0.086 0.123 0.109 0.107 0.079 0.046 2 P 0.329 0.216 0.068 0.115 0.079 0.056 0.055 0.033 0.025 0.016 0.008 3 M 0.225 0.116 0.057 0.105 0.103 0.096 0.113 0.078 0.056 0.035 0.016 4 S 0.254 0.180 0.055 0.121 0.119 0.081 0.086 0.046 0.033 0.017 0.007 5 K 0.349 0.156 0.143 0.179 0.083 0.042 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 6 K 0.492 0.142 0.102 0.120 0.058 0.035 0.031 0.010 0.005 0.002 0.001 7 V 0.056 0.066 0.073 0.099 0.105 0.121 0.203 0.141 0.078 0.040 0.018 8 T 0.055 0.304 0.139 0.140 0.080 0.091 0.095 0.046 0.026 0.017 0.008 9 K 0.022 0.053 0.182 0.197 0.214 0.180 0.112 0.027 0.010 0.003 0.001 10 E 0.611 0.136 0.169 0.059 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.005 0.020 0.093 0.379 0.278 0.147 0.063 0.012 0.003 0.001 0.001 12 V 0.001 0.002 0.028 0.005 0.006 0.014 0.102 0.169 0.265 0.256 0.152 13 L 0.001 0.002 0.110 0.148 0.227 0.295 0.168 0.036 0.011 0.003 0.001 14 N 0.003 0.014 0.814 0.116 0.036 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.020 0.017 0.039 0.148 0.442 0.177 0.089 0.048 0.020 16 L 0.001 0.001 0.053 0.007 0.006 0.009 0.093 0.153 0.247 0.251 0.180 17 K 0.002 0.014 0.355 0.231 0.220 0.101 0.049 0.019 0.006 0.003 0.001 18 N 0.017 0.067 0.655 0.138 0.076 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 19 V 0.003 0.005 0.020 0.013 0.017 0.026 0.128 0.177 0.263 0.219 0.130 20 I 0.039 0.056 0.052 0.102 0.132 0.159 0.250 0.099 0.060 0.031 0.022 21 D 0.041 0.118 0.158 0.131 0.111 0.088 0.111 0.079 0.074 0.054 0.036 22 F 0.092 0.061 0.035 0.094 0.088 0.098 0.143 0.113 0.113 0.091 0.071 23 E 0.168 0.100 0.043 0.094 0.099 0.100 0.148 0.092 0.075 0.045 0.034 24 L 0.069 0.060 0.028 0.106 0.103 0.101 0.142 0.117 0.114 0.092 0.068 25 G 0.307 0.181 0.077 0.191 0.106 0.064 0.037 0.016 0.010 0.006 0.005 26 L 0.025 0.039 0.026 0.096 0.119 0.153 0.191 0.136 0.108 0.069 0.036 27 D 0.132 0.195 0.087 0.188 0.136 0.092 0.078 0.040 0.027 0.015 0.010 28 V 0.012 0.007 0.004 0.015 0.016 0.022 0.063 0.095 0.183 0.236 0.347 29 V 0.014 0.035 0.040 0.133 0.169 0.165 0.193 0.112 0.075 0.040 0.025 30 S 0.045 0.106 0.071 0.194 0.141 0.119 0.131 0.075 0.060 0.035 0.024 31 L 0.006 0.006 0.007 0.025 0.029 0.047 0.102 0.135 0.184 0.218 0.241 32 G 0.097 0.102 0.052 0.182 0.154 0.128 0.122 0.070 0.050 0.028 0.015 33 L 0.012 0.030 0.021 0.086 0.106 0.115 0.202 0.152 0.131 0.089 0.058 34 V 0.002 0.002 0.004 0.012 0.013 0.017 0.046 0.088 0.180 0.244 0.393 35 Y 0.010 0.027 0.030 0.136 0.192 0.198 0.227 0.094 0.053 0.022 0.011 36 D 0.078 0.179 0.110 0.313 0.160 0.078 0.049 0.018 0.009 0.004 0.002 37 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.016 0.061 0.107 0.224 0.282 0.294 38 Q 0.100 0.292 0.123 0.290 0.123 0.043 0.021 0.004 0.002 0.001 0.001 39 I 0.003 0.005 0.002 0.012 0.020 0.033 0.121 0.152 0.217 0.219 0.218 40 D 0.145 0.244 0.086 0.234 0.131 0.078 0.045 0.017 0.011 0.005 0.004 41 D 0.329 0.226 0.054 0.170 0.102 0.062 0.037 0.012 0.006 0.003 0.002 42 Q 0.567 0.182 0.054 0.108 0.047 0.021 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 43 N 0.211 0.161 0.046 0.208 0.145 0.114 0.073 0.024 0.012 0.005 0.002 44 N 0.068 0.167 0.093 0.321 0.197 0.094 0.041 0.011 0.005 0.002 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.019 0.091 0.172 0.266 0.253 0.184 46 K 0.003 0.041 0.056 0.363 0.310 0.155 0.054 0.011 0.004 0.001 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.041 0.130 0.270 0.305 0.242 48 L 0.011 0.026 0.023 0.231 0.274 0.212 0.146 0.048 0.020 0.006 0.004 49 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.042 0.112 0.268 0.317 0.244 50 T 0.014 0.034 0.020 0.206 0.223 0.176 0.162 0.081 0.050 0.021 0.013 51 M 0.005 0.008 0.005 0.012 0.014 0.024 0.091 0.157 0.242 0.247 0.194 52 T 0.027 0.049 0.025 0.121 0.137 0.123 0.154 0.130 0.111 0.070 0.053 53 T 0.041 0.059 0.022 0.069 0.072 0.089 0.141 0.149 0.156 0.113 0.088 54 P 0.194 0.099 0.032 0.123 0.136 0.110 0.108 0.077 0.057 0.041 0.024 55 M 0.105 0.108 0.038 0.125 0.114 0.104 0.139 0.099 0.087 0.052 0.031 56 C 0.074 0.047 0.023 0.062 0.070 0.089 0.140 0.127 0.146 0.122 0.099 57 P 0.232 0.174 0.082 0.154 0.100 0.076 0.068 0.040 0.032 0.023 0.018 58 L 0.026 0.048 0.024 0.060 0.074 0.109 0.179 0.145 0.139 0.114 0.082 59 A 0.050 0.037 0.037 0.079 0.103 0.129 0.187 0.131 0.116 0.078 0.054 60 G 0.334 0.143 0.170 0.170 0.083 0.044 0.031 0.011 0.008 0.004 0.003 61 M 0.031 0.056 0.099 0.190 0.172 0.155 0.151 0.072 0.040 0.021 0.012 62 I 0.001 0.004 0.012 0.009 0.008 0.017 0.063 0.104 0.192 0.281 0.307 63 L 0.002 0.008 0.048 0.073 0.133 0.216 0.326 0.108 0.052 0.022 0.011 64 S 0.096 0.086 0.643 0.127 0.032 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 65 D 0.003 0.011 0.031 0.104 0.170 0.254 0.285 0.088 0.034 0.015 0.006 66 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.033 0.081 0.240 0.321 0.317 67 E 0.001 0.001 0.032 0.091 0.227 0.345 0.232 0.048 0.016 0.005 0.002 68 E 0.007 0.023 0.720 0.176 0.052 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.003 0.006 0.020 0.090 0.375 0.236 0.148 0.083 0.038 70 I 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.049 0.114 0.232 0.294 0.298 71 K 0.001 0.010 0.344 0.257 0.253 0.090 0.033 0.008 0.002 0.001 0.001 72 K 0.022 0.090 0.634 0.151 0.067 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.040 0.223 0.219 0.226 0.156 0.112 74 E 0.653 0.216 0.033 0.053 0.020 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 75 G 0.313 0.198 0.100 0.179 0.107 0.058 0.028 0.008 0.005 0.002 0.001 76 V 0.007 0.008 0.006 0.018 0.024 0.041 0.112 0.157 0.213 0.205 0.208 77 N 0.126 0.234 0.097 0.255 0.142 0.086 0.042 0.010 0.004 0.002 0.001 78 N 0.217 0.227 0.106 0.256 0.120 0.048 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.019 0.081 0.151 0.235 0.250 0.252 80 E 0.023 0.228 0.143 0.413 0.149 0.034 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.045 0.112 0.262 0.295 0.270 82 E 0.068 0.123 0.086 0.373 0.219 0.088 0.032 0.008 0.003 0.001 0.001 83 L 0.003 0.007 0.003 0.016 0.026 0.040 0.142 0.175 0.264 0.198 0.128 84 T 0.050 0.077 0.040 0.228 0.181 0.155 0.132 0.061 0.044 0.020 0.011 85 F 0.028 0.023 0.010 0.039 0.056 0.081 0.183 0.178 0.179 0.134 0.087 86 D 0.064 0.163 0.045 0.204 0.175 0.099 0.101 0.067 0.046 0.026 0.010 87 P 0.267 0.128 0.026 0.103 0.090 0.081 0.105 0.076 0.062 0.043 0.020 88 P 0.208 0.059 0.018 0.107 0.119 0.110 0.165 0.089 0.072 0.034 0.019 89 W 0.055 0.043 0.018 0.062 0.081 0.106 0.181 0.183 0.135 0.090 0.045 90 T 0.123 0.632 0.088 0.107 0.032 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 91 P 0.163 0.059 0.039 0.141 0.199 0.190 0.119 0.056 0.024 0.009 0.002 92 E 0.746 0.147 0.029 0.043 0.017 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 93 R 0.019 0.056 0.122 0.227 0.192 0.142 0.153 0.055 0.025 0.008 0.003 94 M 0.006 0.008 0.005 0.011 0.018 0.041 0.085 0.144 0.172 0.250 0.261 95 S 0.011 0.358 0.140 0.163 0.130 0.088 0.066 0.024 0.013 0.005 0.002 96 P 0.757 0.077 0.089 0.061 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.576 0.101 0.094 0.109 0.055 0.031 0.027 0.004 0.002 0.001 0.001 98 L 0.002 0.002 0.026 0.021 0.021 0.072 0.271 0.223 0.201 0.107 0.053 99 R 0.001 0.003 0.071 0.087 0.124 0.192 0.246 0.143 0.079 0.043 0.012 100 E 0.001 0.010 0.886 0.057 0.024 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.010 0.034 0.347 0.183 0.178 0.142 0.074 0.020 0.008 0.003 0.001 102 F 0.006 0.008 0.021 0.017 0.024 0.044 0.161 0.153 0.199 0.212 0.156 103 G 0.113 0.217 0.210 0.181 0.121 0.065 0.052 0.020 0.012 0.006 0.003 104 V 0.121 0.110 0.178 0.100 0.092 0.060 0.081 0.067 0.079 0.066 0.047