# TARGET T0230 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.002 0.979 2 P 0.004 0.013 0.014 0.054 0.013 0.059 0.842 3 M 0.005 0.010 0.106 0.119 0.155 0.262 0.343 4 S 0.003 0.007 0.185 0.124 0.108 0.197 0.376 5 K 0.002 0.003 0.066 0.136 0.062 0.036 0.695 6 K 0.004 0.004 0.081 0.597 0.042 0.114 0.157 7 V 0.004 0.008 0.045 0.673 0.054 0.065 0.151 8 T 0.002 0.004 0.011 0.824 0.025 0.031 0.103 9 K 0.001 0.001 0.001 0.978 0.005 0.007 0.008 10 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 11 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 14 N 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.011 0.001 15 A 0.001 0.001 0.004 0.952 0.002 0.039 0.003 16 L 0.001 0.004 0.022 0.874 0.007 0.079 0.013 17 K 0.003 0.001 0.059 0.659 0.024 0.235 0.019 18 N 0.004 0.002 0.051 0.514 0.039 0.360 0.031 19 V 0.007 0.021 0.030 0.245 0.241 0.136 0.321 20 I 0.011 0.036 0.026 0.097 0.287 0.135 0.408 21 D 0.012 0.012 0.026 0.026 0.191 0.059 0.676 22 F 0.004 0.004 0.175 0.049 0.074 0.591 0.103 23 E 0.006 0.003 0.113 0.025 0.100 0.619 0.133 24 L 0.015 0.017 0.087 0.038 0.311 0.157 0.374 25 G 0.043 0.024 0.021 0.035 0.203 0.119 0.555 26 L 0.109 0.017 0.009 0.034 0.145 0.022 0.664 27 D 0.260 0.034 0.010 0.058 0.070 0.017 0.551 28 V 0.547 0.015 0.029 0.166 0.042 0.032 0.168 29 V 0.607 0.006 0.037 0.174 0.043 0.036 0.098 30 S 0.538 0.029 0.037 0.202 0.036 0.036 0.122 31 L 0.283 0.009 0.064 0.167 0.077 0.243 0.157 32 G 0.255 0.007 0.052 0.045 0.168 0.357 0.115 33 L 0.582 0.021 0.033 0.029 0.057 0.040 0.238 34 V 0.770 0.015 0.025 0.018 0.034 0.043 0.095 35 Y 0.839 0.009 0.020 0.010 0.027 0.037 0.059 36 D 0.847 0.005 0.011 0.003 0.039 0.018 0.077 37 I 0.929 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.049 38 Q 0.952 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 39 I 0.898 0.016 0.001 0.001 0.004 0.002 0.079 40 D 0.461 0.012 0.004 0.001 0.060 0.078 0.385 41 D 0.021 0.004 0.005 0.001 0.258 0.677 0.034 42 Q 0.003 0.001 0.007 0.001 0.177 0.784 0.028 43 N 0.023 0.009 0.005 0.001 0.635 0.246 0.082 44 N 0.410 0.024 0.002 0.001 0.028 0.029 0.507 45 V 0.938 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 46 K 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 47 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 48 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 49 M 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 50 T 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 51 M 0.831 0.004 0.001 0.001 0.031 0.002 0.131 52 T 0.249 0.014 0.007 0.003 0.133 0.014 0.580 53 T 0.038 0.009 0.036 0.005 0.184 0.056 0.671 54 P 0.008 0.003 0.109 0.010 0.197 0.557 0.116 55 M 0.008 0.011 0.125 0.028 0.271 0.414 0.143 56 C 0.007 0.013 0.073 0.070 0.342 0.052 0.444 57 P 0.011 0.040 0.078 0.173 0.138 0.209 0.352 58 L 0.007 0.008 0.152 0.431 0.049 0.212 0.140 59 A 0.002 0.002 0.086 0.784 0.027 0.052 0.048 60 G 0.001 0.001 0.030 0.892 0.015 0.041 0.021 61 M 0.001 0.003 0.023 0.895 0.005 0.061 0.013 62 I 0.001 0.002 0.006 0.943 0.007 0.031 0.012 63 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.011 0.002 64 S 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 65 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.008 0.001 69 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.013 0.002 70 I 0.002 0.001 0.009 0.958 0.003 0.021 0.006 71 K 0.004 0.001 0.022 0.856 0.007 0.105 0.006 72 K 0.005 0.001 0.019 0.670 0.022 0.270 0.013 73 I 0.017 0.006 0.021 0.105 0.280 0.078 0.492 74 E 0.016 0.006 0.043 0.035 0.192 0.560 0.148 75 G 0.030 0.006 0.046 0.006 0.111 0.693 0.108 76 V 0.177 0.013 0.022 0.002 0.122 0.046 0.617 77 N 0.395 0.016 0.013 0.001 0.219 0.066 0.289 78 N 0.735 0.006 0.006 0.001 0.065 0.030 0.158 79 V 0.909 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.081 80 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 81 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 82 E 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 83 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 84 T 0.919 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.069 85 F 0.777 0.011 0.001 0.001 0.055 0.002 0.153 86 D 0.274 0.028 0.002 0.001 0.086 0.006 0.602 87 P 0.042 0.014 0.026 0.005 0.237 0.128 0.547 88 P 0.012 0.018 0.035 0.004 0.271 0.295 0.364 89 W 0.008 0.052 0.048 0.008 0.442 0.163 0.280 90 T 0.004 0.007 0.029 0.010 0.365 0.042 0.543 91 P 0.001 0.002 0.515 0.051 0.066 0.324 0.043 92 E 0.003 0.001 0.497 0.032 0.036 0.380 0.051 93 R 0.011 0.060 0.526 0.036 0.068 0.160 0.139 94 M 0.026 0.213 0.018 0.030 0.210 0.020 0.482 95 S 0.006 0.006 0.001 0.031 0.056 0.005 0.895 96 P 0.001 0.001 0.005 0.984 0.002 0.006 0.003 97 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 98 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 99 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.003 0.002 100 E 0.001 0.001 0.004 0.957 0.003 0.031 0.004 101 K 0.001 0.001 0.007 0.778 0.005 0.205 0.005 102 F 0.001 0.002 0.006 0.339 0.070 0.501 0.082 103 G 0.002 0.011 0.008 0.039 0.003 0.335 0.601 104 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999