# TARGET T0230 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 43.4164 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.273 0.439 0.004 0.024 0.020 0.014 0.001 0.178 0.001 0.001 2 P 0.284 0.006 0.615 0.013 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 3 M 0.430 0.122 0.244 0.120 0.027 0.022 0.013 0.006 0.013 0.004 0.001 4 S 0.290 0.085 0.305 0.169 0.032 0.043 0.041 0.014 0.013 0.007 0.002 5 K 0.312 0.173 0.297 0.109 0.044 0.013 0.022 0.008 0.018 0.004 0.001 6 K 0.285 0.114 0.390 0.090 0.024 0.044 0.025 0.010 0.012 0.005 0.002 7 V 0.110 0.271 0.488 0.042 0.037 0.038 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 8 T 0.032 0.214 0.527 0.008 0.091 0.071 0.001 0.001 0.047 0.008 0.001 9 K 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 N 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.980 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.833 0.001 0.004 0.160 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.866 0.005 0.079 0.034 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.434 0.005 0.013 0.517 0.003 0.004 0.007 0.014 0.002 0.001 0.001 19 V 0.125 0.119 0.573 0.053 0.004 0.069 0.010 0.001 0.046 0.001 0.001 20 I 0.227 0.245 0.228 0.187 0.008 0.070 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 21 D 0.037 0.165 0.386 0.039 0.065 0.162 0.031 0.003 0.106 0.008 0.001 22 F 0.849 0.014 0.032 0.074 0.005 0.009 0.006 0.005 0.003 0.002 0.001 23 E 0.691 0.039 0.053 0.172 0.005 0.019 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 24 L 0.291 0.063 0.127 0.480 0.009 0.007 0.011 0.001 0.011 0.001 0.001 25 G 0.037 0.003 0.041 0.021 0.020 0.003 0.111 0.529 0.001 0.233 0.001 26 L 0.068 0.371 0.428 0.026 0.075 0.015 0.003 0.001 0.012 0.002 0.001 27 D 0.065 0.098 0.586 0.027 0.014 0.166 0.010 0.001 0.029 0.002 0.003 28 V 0.451 0.281 0.102 0.070 0.022 0.047 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 29 V 0.225 0.558 0.106 0.041 0.025 0.016 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 30 S 0.190 0.245 0.376 0.019 0.020 0.088 0.010 0.001 0.047 0.001 0.002 31 L 0.451 0.079 0.231 0.138 0.012 0.034 0.034 0.003 0.015 0.001 0.002 32 G 0.143 0.017 0.044 0.036 0.099 0.003 0.114 0.432 0.004 0.108 0.001 33 L 0.233 0.295 0.308 0.081 0.037 0.034 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 34 V 0.081 0.505 0.318 0.026 0.016 0.036 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 35 Y 0.335 0.282 0.083 0.204 0.057 0.013 0.008 0.001 0.014 0.002 0.001 36 D 0.028 0.297 0.207 0.039 0.171 0.055 0.146 0.004 0.049 0.001 0.002 37 I 0.013 0.820 0.088 0.011 0.044 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 38 Q 0.008 0.694 0.199 0.005 0.027 0.045 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 39 I 0.019 0.697 0.152 0.023 0.022 0.045 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 40 D 0.043 0.267 0.276 0.044 0.094 0.080 0.041 0.002 0.141 0.011 0.001 41 D 0.389 0.021 0.045 0.227 0.030 0.028 0.186 0.040 0.010 0.022 0.004 42 Q 0.229 0.054 0.085 0.516 0.021 0.007 0.058 0.018 0.007 0.004 0.001 43 N 0.060 0.113 0.164 0.212 0.116 0.017 0.197 0.088 0.013 0.019 0.001 44 N 0.014 0.569 0.242 0.035 0.084 0.019 0.018 0.001 0.016 0.001 0.001 45 V 0.001 0.757 0.175 0.002 0.040 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 46 K 0.001 0.682 0.292 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 47 V 0.001 0.885 0.073 0.001 0.018 0.009 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 48 L 0.001 0.714 0.231 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 49 M 0.001 0.719 0.192 0.001 0.019 0.031 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 50 T 0.003 0.597 0.244 0.001 0.013 0.064 0.001 0.001 0.076 0.001 0.001 51 M 0.043 0.179 0.571 0.020 0.006 0.145 0.002 0.001 0.030 0.001 0.004 52 T 0.123 0.174 0.361 0.120 0.075 0.077 0.020 0.006 0.030 0.011 0.004 53 T 0.062 0.243 0.394 0.009 0.095 0.025 0.035 0.004 0.115 0.015 0.002 54 P 0.254 0.007 0.609 0.029 0.001 0.026 0.002 0.002 0.001 0.002 0.067 55 M 0.196 0.051 0.136 0.247 0.044 0.030 0.090 0.174 0.014 0.016 0.001 56 C 0.080 0.178 0.439 0.006 0.060 0.042 0.026 0.003 0.150 0.016 0.001 57 P 0.540 0.006 0.335 0.026 0.001 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 58 L 0.723 0.026 0.069 0.130 0.005 0.025 0.008 0.004 0.008 0.001 0.001 59 A 0.817 0.029 0.056 0.076 0.007 0.004 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 60 G 0.898 0.002 0.012 0.017 0.006 0.002 0.015 0.030 0.001 0.017 0.001 61 M 0.934 0.005 0.011 0.040 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.904 0.009 0.010 0.060 0.001 0.009 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 63 L 0.964 0.006 0.009 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 S 0.969 0.002 0.005 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 D 0.923 0.002 0.005 0.049 0.002 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 66 A 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.984 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.713 0.003 0.006 0.271 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.206 0.110 0.426 0.052 0.003 0.045 0.013 0.001 0.144 0.001 0.001 74 E 0.242 0.027 0.648 0.055 0.003 0.010 0.009 0.002 0.003 0.002 0.001 75 G 0.051 0.004 0.029 0.035 0.030 0.003 0.044 0.714 0.001 0.089 0.001 76 V 0.157 0.230 0.453 0.072 0.014 0.048 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 77 N 0.253 0.207 0.150 0.288 0.055 0.016 0.012 0.002 0.008 0.009 0.001 78 N 0.036 0.219 0.133 0.240 0.157 0.034 0.130 0.016 0.032 0.002 0.002 79 V 0.001 0.643 0.284 0.003 0.036 0.011 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 80 E 0.001 0.567 0.374 0.001 0.006 0.041 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 81 V 0.001 0.836 0.112 0.001 0.019 0.015 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 82 E 0.002 0.761 0.136 0.001 0.015 0.033 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 83 L 0.005 0.611 0.300 0.002 0.026 0.042 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 84 T 0.012 0.799 0.089 0.009 0.052 0.020 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 85 F 0.021 0.531 0.236 0.027 0.106 0.035 0.008 0.002 0.027 0.006 0.001 86 D 0.006 0.308 0.295 0.001 0.046 0.022 0.015 0.001 0.305 0.001 0.001 87 P 0.036 0.003 0.803 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.137 88 P 0.079 0.007 0.749 0.014 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 89 W 0.108 0.113 0.271 0.363 0.062 0.040 0.016 0.016 0.006 0.002 0.001 90 T 0.001 0.247 0.476 0.001 0.108 0.041 0.003 0.001 0.121 0.002 0.001 91 P 0.968 0.001 0.010 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.885 0.001 0.011 0.097 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 R 0.436 0.010 0.034 0.497 0.004 0.007 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 94 M 0.170 0.057 0.454 0.201 0.027 0.039 0.033 0.005 0.008 0.006 0.001 95 S 0.034 0.056 0.767 0.004 0.038 0.046 0.001 0.001 0.047 0.005 0.001 96 P 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.977 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 F 0.135 0.001 0.002 0.861 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 G 0.010 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.490 0.453 0.001 0.036 0.001 104 V 0.055 0.256 0.508 0.061 0.036 0.062 0.003 0.001 0.014 0.003 0.001