# TARGET T0230 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.185 0.149 0.074 0.165 0.038 0.040 0.088 0.048 0.055 0.048 2 P 0.070 0.230 0.166 0.034 0.133 0.022 0.025 0.117 0.067 0.090 0.045 3 M 0.069 0.192 0.088 0.023 0.113 0.024 0.037 0.220 0.114 0.073 0.046 4 S 0.048 0.176 0.082 0.025 0.098 0.016 0.016 0.153 0.124 0.216 0.047 5 K 0.044 0.202 0.138 0.026 0.114 0.012 0.022 0.250 0.110 0.061 0.020 6 K 0.049 0.210 0.085 0.009 0.087 0.007 0.014 0.271 0.126 0.103 0.038 7 V 0.031 0.254 0.049 0.008 0.104 0.017 0.041 0.398 0.062 0.022 0.013 8 T 0.065 0.363 0.113 0.004 0.089 0.002 0.003 0.240 0.041 0.055 0.025 9 K 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.878 0.100 0.007 0.002 10 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.937 0.050 0.002 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.040 0.004 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.049 0.004 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.092 0.002 0.001 14 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.928 0.063 0.001 0.001 15 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 0.699 0.196 0.065 0.002 16 L 0.121 0.039 0.003 0.001 0.099 0.001 0.008 0.215 0.227 0.207 0.080 17 K 0.004 0.018 0.012 0.007 0.011 0.064 0.118 0.473 0.260 0.030 0.003 18 N 0.062 0.018 0.003 0.005 0.073 0.006 0.022 0.156 0.106 0.479 0.069 19 V 0.098 0.138 0.032 0.015 0.404 0.012 0.088 0.101 0.026 0.066 0.020 20 I 0.077 0.295 0.041 0.005 0.388 0.007 0.017 0.016 0.007 0.082 0.066 21 D 0.211 0.013 0.001 0.001 0.734 0.001 0.001 0.005 0.006 0.003 0.026 22 F 0.002 0.007 0.004 0.003 0.008 0.004 0.038 0.429 0.460 0.043 0.002 23 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.032 0.534 0.240 0.129 0.059 0.001 24 L 0.046 0.437 0.048 0.003 0.259 0.006 0.015 0.069 0.073 0.035 0.009 25 G 0.080 0.016 0.021 0.019 0.056 0.006 0.015 0.024 0.061 0.321 0.381 26 L 0.059 0.441 0.113 0.003 0.318 0.004 0.009 0.016 0.008 0.019 0.009 27 D 0.108 0.441 0.069 0.006 0.311 0.002 0.004 0.013 0.006 0.016 0.025 28 V 0.241 0.024 0.003 0.007 0.253 0.011 0.020 0.235 0.121 0.045 0.040 29 V 0.044 0.124 0.060 0.047 0.081 0.069 0.100 0.379 0.069 0.014 0.013 30 S 0.259 0.045 0.015 0.003 0.283 0.005 0.012 0.110 0.039 0.105 0.124 31 L 0.034 0.232 0.090 0.097 0.109 0.029 0.025 0.160 0.148 0.059 0.016 32 G 0.024 0.066 0.080 0.110 0.041 0.019 0.031 0.159 0.121 0.294 0.054 33 L 0.081 0.126 0.020 0.003 0.157 0.013 0.075 0.203 0.119 0.168 0.033 34 V 0.474 0.037 0.006 0.003 0.265 0.003 0.007 0.021 0.016 0.031 0.136 35 Y 0.012 0.061 0.027 0.105 0.047 0.421 0.225 0.068 0.024 0.008 0.003 36 D 0.439 0.020 0.003 0.001 0.322 0.001 0.001 0.006 0.008 0.068 0.132 37 I 0.370 0.061 0.003 0.002 0.515 0.004 0.002 0.004 0.002 0.005 0.033 38 Q 0.207 0.082 0.008 0.001 0.649 0.001 0.003 0.004 0.001 0.007 0.038 39 I 0.321 0.143 0.015 0.008 0.323 0.007 0.005 0.012 0.006 0.033 0.128 40 D 0.089 0.114 0.183 0.290 0.087 0.064 0.028 0.045 0.026 0.037 0.038 41 D 0.009 0.032 0.073 0.229 0.014 0.129 0.099 0.226 0.147 0.034 0.009 42 Q 0.004 0.095 0.108 0.252 0.012 0.082 0.208 0.094 0.087 0.051 0.005 43 N 0.025 0.168 0.119 0.054 0.061 0.057 0.078 0.054 0.096 0.206 0.082 44 N 0.250 0.128 0.007 0.001 0.545 0.002 0.002 0.002 0.006 0.010 0.047 45 V 0.250 0.036 0.001 0.001 0.699 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 46 K 0.369 0.013 0.001 0.001 0.598 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 47 V 0.237 0.073 0.003 0.001 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 48 L 0.441 0.015 0.001 0.001 0.410 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.125 49 M 0.262 0.107 0.010 0.004 0.554 0.002 0.004 0.003 0.002 0.010 0.043 50 T 0.145 0.207 0.043 0.004 0.557 0.002 0.004 0.003 0.002 0.009 0.023 51 M 0.260 0.152 0.046 0.006 0.439 0.004 0.005 0.012 0.006 0.009 0.061 52 T 0.077 0.133 0.058 0.036 0.136 0.036 0.067 0.079 0.113 0.193 0.071 53 T 0.039 0.264 0.320 0.084 0.101 0.029 0.031 0.046 0.039 0.033 0.015 54 P 0.019 0.033 0.031 0.037 0.033 0.111 0.215 0.252 0.165 0.084 0.020 55 M 0.024 0.081 0.119 0.135 0.038 0.055 0.036 0.069 0.083 0.304 0.056 56 C 0.042 0.231 0.181 0.062 0.138 0.027 0.026 0.148 0.078 0.048 0.020 57 P 0.017 0.113 0.060 0.007 0.033 0.007 0.033 0.431 0.193 0.083 0.022 58 L 0.015 0.020 0.010 0.004 0.017 0.004 0.010 0.456 0.255 0.190 0.019 59 A 0.004 0.026 0.011 0.006 0.010 0.008 0.016 0.753 0.146 0.016 0.003 60 G 0.003 0.008 0.005 0.004 0.005 0.005 0.022 0.833 0.099 0.013 0.003 61 M 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.002 0.013 0.858 0.083 0.028 0.002 62 I 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.878 0.086 0.020 0.002 63 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.051 0.002 0.001 64 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.955 0.029 0.002 0.001 65 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.038 0.005 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.043 0.003 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.049 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.952 0.039 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.818 0.159 0.013 0.001 70 I 0.004 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.582 0.350 0.043 0.003 71 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.041 0.597 0.333 0.015 0.001 72 K 0.020 0.006 0.002 0.001 0.012 0.004 0.050 0.232 0.214 0.430 0.029 73 I 0.168 0.246 0.078 0.009 0.264 0.007 0.009 0.045 0.047 0.069 0.058 74 E 0.009 0.023 0.011 0.022 0.019 0.127 0.268 0.281 0.213 0.020 0.006 75 G 0.070 0.015 0.017 0.007 0.038 0.002 0.002 0.021 0.111 0.612 0.106 76 V 0.253 0.124 0.020 0.003 0.406 0.002 0.002 0.007 0.018 0.078 0.086 77 N 0.014 0.045 0.031 0.113 0.061 0.257 0.310 0.072 0.055 0.035 0.005 78 N 0.377 0.036 0.007 0.004 0.317 0.001 0.001 0.004 0.009 0.086 0.157 79 V 0.157 0.113 0.004 0.002 0.709 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 80 E 0.289 0.026 0.001 0.001 0.658 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 81 V 0.353 0.045 0.001 0.001 0.575 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 82 E 0.261 0.054 0.004 0.002 0.647 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 83 L 0.398 0.058 0.006 0.001 0.484 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 84 T 0.204 0.171 0.038 0.016 0.450 0.011 0.010 0.006 0.004 0.017 0.073 85 F 0.190 0.208 0.139 0.032 0.306 0.009 0.008 0.009 0.008 0.027 0.063 86 D 0.058 0.262 0.235 0.081 0.150 0.042 0.049 0.039 0.036 0.029 0.019 87 P 0.045 0.351 0.311 0.026 0.179 0.007 0.011 0.021 0.020 0.015 0.014 88 P 0.110 0.162 0.079 0.012 0.191 0.019 0.078 0.141 0.106 0.067 0.034 89 W 0.088 0.224 0.090 0.016 0.203 0.031 0.076 0.045 0.038 0.139 0.049 90 T 0.050 0.477 0.183 0.018 0.212 0.005 0.004 0.008 0.006 0.014 0.024 91 P 0.054 0.042 0.009 0.008 0.101 0.015 0.021 0.219 0.427 0.083 0.021 92 E 0.016 0.028 0.032 0.019 0.029 0.035 0.090 0.366 0.304 0.066 0.015 93 R 0.049 0.078 0.017 0.003 0.051 0.008 0.042 0.085 0.070 0.525 0.073 94 M 0.057 0.509 0.133 0.015 0.174 0.006 0.005 0.028 0.012 0.043 0.018 95 S 0.001 0.598 0.388 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.891 0.101 0.004 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.045 0.001 0.001 98 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 99 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.043 0.003 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.853 0.131 0.003 0.001 101 K 0.001 0.008 0.003 0.002 0.002 0.003 0.044 0.841 0.082 0.014 0.001 102 F 0.001 0.716 0.240 0.002 0.030 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 103 G 0.150 0.011 0.007 0.008 0.026 0.004 0.005 0.014 0.019 0.358 0.398 104 V 0.082 0.280 0.133 0.020 0.238 0.016 0.013 0.057 0.044 0.062 0.054