# TARGET T0230 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.752 0.193 0.044 0.010 0.001 0.001 0.001 2 P 0.688 0.196 0.079 0.031 0.006 0.001 0.001 3 M 0.703 0.157 0.073 0.044 0.020 0.003 0.001 4 S 0.838 0.124 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 5 K 0.735 0.177 0.064 0.020 0.004 0.001 0.001 6 K 0.753 0.191 0.036 0.014 0.004 0.001 0.001 7 V 0.352 0.366 0.203 0.066 0.012 0.001 0.001 8 T 0.206 0.383 0.249 0.135 0.026 0.002 0.001 9 K 0.185 0.390 0.297 0.109 0.017 0.001 0.001 10 E 0.791 0.189 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 11 D 0.191 0.460 0.265 0.074 0.009 0.001 0.001 12 V 0.037 0.048 0.102 0.326 0.404 0.081 0.001 13 L 0.009 0.142 0.382 0.354 0.106 0.007 0.001 14 N 0.143 0.633 0.184 0.035 0.005 0.001 0.001 15 A 0.003 0.022 0.162 0.466 0.296 0.050 0.001 16 L 0.003 0.005 0.012 0.077 0.363 0.495 0.044 17 K 0.070 0.325 0.316 0.210 0.065 0.013 0.002 18 N 0.192 0.393 0.245 0.117 0.039 0.012 0.001 19 V 0.020 0.066 0.114 0.210 0.269 0.263 0.057 20 I 0.099 0.168 0.186 0.233 0.207 0.097 0.012 21 D 0.150 0.149 0.186 0.218 0.170 0.107 0.020 22 F 0.175 0.124 0.120 0.208 0.212 0.133 0.028 23 E 0.158 0.180 0.183 0.189 0.164 0.099 0.027 24 L 0.205 0.208 0.201 0.178 0.124 0.069 0.015 25 G 0.198 0.287 0.209 0.187 0.089 0.026 0.004 26 L 0.193 0.222 0.191 0.194 0.133 0.055 0.011 27 D 0.238 0.281 0.219 0.154 0.074 0.029 0.005 28 V 0.086 0.081 0.116 0.194 0.262 0.221 0.040 29 V 0.085 0.137 0.167 0.250 0.216 0.119 0.026 30 S 0.120 0.202 0.207 0.207 0.136 0.102 0.028 31 L 0.035 0.060 0.087 0.171 0.277 0.282 0.088 32 G 0.023 0.083 0.154 0.221 0.229 0.207 0.084 33 L 0.011 0.028 0.060 0.137 0.250 0.390 0.123 34 V 0.013 0.019 0.045 0.124 0.276 0.418 0.107 35 Y 0.016 0.078 0.152 0.253 0.269 0.200 0.033 36 D 0.021 0.108 0.238 0.302 0.237 0.086 0.008 37 I 0.007 0.032 0.072 0.201 0.377 0.290 0.020 38 Q 0.051 0.249 0.324 0.267 0.092 0.016 0.001 39 I 0.044 0.107 0.206 0.361 0.232 0.049 0.001 40 D 0.500 0.349 0.107 0.036 0.007 0.001 0.001 41 D 0.716 0.209 0.056 0.017 0.002 0.001 0.001 42 Q 0.783 0.189 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 43 N 0.332 0.422 0.177 0.059 0.009 0.001 0.001 44 N 0.068 0.396 0.323 0.169 0.040 0.004 0.001 45 V 0.001 0.010 0.046 0.193 0.467 0.271 0.012 46 K 0.002 0.065 0.274 0.450 0.180 0.027 0.001 47 V 0.001 0.002 0.007 0.040 0.237 0.599 0.115 48 L 0.001 0.026 0.182 0.432 0.265 0.083 0.011 49 M 0.001 0.003 0.007 0.034 0.188 0.582 0.185 50 T 0.005 0.062 0.192 0.291 0.255 0.162 0.034 51 M 0.009 0.026 0.054 0.140 0.236 0.417 0.119 52 T 0.051 0.155 0.163 0.196 0.224 0.176 0.035 53 T 0.094 0.160 0.177 0.212 0.188 0.132 0.036 54 P 0.233 0.204 0.162 0.166 0.124 0.087 0.025 55 M 0.196 0.232 0.170 0.170 0.125 0.079 0.028 56 C 0.189 0.188 0.163 0.185 0.157 0.091 0.026 57 P 0.189 0.229 0.192 0.179 0.125 0.066 0.020 58 L 0.112 0.142 0.141 0.197 0.199 0.166 0.043 59 A 0.055 0.117 0.149 0.231 0.236 0.175 0.037 60 G 0.131 0.260 0.246 0.203 0.110 0.043 0.008 61 M 0.033 0.112 0.215 0.284 0.223 0.110 0.023 62 I 0.004 0.010 0.018 0.070 0.252 0.541 0.105 63 L 0.003 0.036 0.131 0.293 0.339 0.183 0.015 64 S 0.037 0.340 0.386 0.170 0.052 0.014 0.001 65 D 0.002 0.030 0.168 0.417 0.302 0.075 0.005 66 A 0.001 0.002 0.004 0.028 0.245 0.648 0.073 67 E 0.006 0.102 0.288 0.388 0.181 0.032 0.001 68 E 0.059 0.536 0.306 0.081 0.016 0.002 0.001 69 A 0.003 0.027 0.164 0.446 0.303 0.057 0.001 70 I 0.005 0.023 0.066 0.269 0.488 0.148 0.002 71 K 0.213 0.496 0.211 0.067 0.011 0.001 0.001 72 K 0.433 0.473 0.079 0.012 0.002 0.001 0.001 73 I 0.027 0.126 0.344 0.392 0.102 0.008 0.001 74 E 0.334 0.424 0.171 0.056 0.014 0.002 0.001 75 G 0.333 0.368 0.177 0.097 0.023 0.002 0.001 76 V 0.068 0.150 0.229 0.337 0.180 0.034 0.001 77 N 0.373 0.441 0.138 0.039 0.007 0.001 0.001 78 N 0.193 0.515 0.213 0.064 0.013 0.002 0.001 79 V 0.004 0.029 0.109 0.362 0.391 0.101 0.004 80 E 0.030 0.324 0.386 0.207 0.048 0.007 0.001 81 V 0.001 0.008 0.026 0.128 0.420 0.389 0.027 82 E 0.003 0.064 0.356 0.429 0.129 0.020 0.001 83 L 0.002 0.012 0.029 0.120 0.402 0.402 0.033 84 T 0.010 0.123 0.320 0.343 0.162 0.039 0.002 85 F 0.016 0.045 0.078 0.230 0.350 0.264 0.018 86 D 0.091 0.326 0.290 0.175 0.086 0.029 0.003 87 P 0.180 0.278 0.221 0.185 0.095 0.038 0.003 88 P 0.278 0.252 0.192 0.154 0.087 0.034 0.003 89 W 0.236 0.231 0.189 0.187 0.120 0.035 0.003 90 T 0.358 0.310 0.187 0.098 0.036 0.010 0.001 91 P 0.375 0.285 0.161 0.114 0.048 0.015 0.002 92 E 0.396 0.295 0.153 0.095 0.044 0.014 0.003 93 R 0.221 0.237 0.219 0.176 0.103 0.038 0.007 94 M 0.116 0.111 0.142 0.212 0.231 0.161 0.028 95 S 0.287 0.272 0.188 0.140 0.077 0.032 0.005 96 P 0.530 0.276 0.120 0.051 0.018 0.005 0.001 97 E 0.462 0.270 0.160 0.081 0.022 0.005 0.001 98 L 0.295 0.169 0.155 0.199 0.137 0.042 0.004 99 R 0.387 0.253 0.186 0.119 0.046 0.008 0.001 100 E 0.627 0.263 0.078 0.025 0.006 0.001 0.001 101 K 0.557 0.254 0.111 0.052 0.020 0.006 0.001 102 F 0.412 0.225 0.170 0.124 0.054 0.015 0.001 103 G 0.711 0.193 0.066 0.023 0.006 0.001 0.001 104 V 0.647 0.186 0.086 0.052 0.023 0.005 0.001