# TARGET T0230 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.2413 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.011 0.894 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.078 0.003 0.005 0.004 2 P 0.001 0.014 0.945 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.001 0.007 3 M 0.001 0.013 0.574 0.002 0.094 0.061 0.001 0.001 0.001 0.103 0.148 0.002 0.003 4 S 0.001 0.003 0.376 0.002 0.163 0.066 0.001 0.001 0.001 0.184 0.201 0.002 0.003 5 K 0.001 0.004 0.317 0.001 0.104 0.112 0.001 0.001 0.002 0.345 0.106 0.003 0.004 6 K 0.001 0.010 0.687 0.001 0.015 0.119 0.001 0.001 0.006 0.101 0.045 0.006 0.010 7 V 0.001 0.084 0.631 0.001 0.008 0.126 0.001 0.001 0.013 0.083 0.025 0.010 0.017 8 T 0.001 0.025 0.736 0.001 0.003 0.151 0.001 0.001 0.005 0.052 0.012 0.002 0.014 9 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.045 0.001 0.001 17 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.021 0.643 0.001 0.001 0.001 0.013 0.313 0.001 0.001 18 N 0.001 0.001 0.033 0.001 0.021 0.320 0.001 0.001 0.001 0.052 0.570 0.001 0.001 19 V 0.001 0.014 0.456 0.001 0.028 0.148 0.001 0.003 0.042 0.182 0.119 0.003 0.004 20 I 0.001 0.037 0.628 0.004 0.006 0.032 0.001 0.004 0.075 0.166 0.030 0.003 0.014 21 D 0.001 0.031 0.515 0.021 0.015 0.020 0.001 0.009 0.108 0.221 0.030 0.017 0.011 22 F 0.002 0.015 0.365 0.018 0.094 0.052 0.002 0.014 0.059 0.159 0.194 0.005 0.019 23 E 0.003 0.035 0.262 0.006 0.117 0.080 0.004 0.011 0.039 0.160 0.255 0.009 0.017 24 L 0.001 0.011 0.265 0.009 0.073 0.065 0.002 0.004 0.031 0.243 0.270 0.012 0.012 25 G 0.002 0.008 0.504 0.008 0.018 0.019 0.001 0.001 0.012 0.172 0.224 0.005 0.026 26 L 0.004 0.022 0.656 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.015 0.206 0.006 0.063 0.016 27 D 0.004 0.040 0.700 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 0.019 0.059 0.003 0.017 0.141 28 V 0.014 0.012 0.050 0.011 0.093 0.661 0.009 0.010 0.026 0.009 0.045 0.013 0.047 29 V 0.043 0.002 0.013 0.019 0.104 0.661 0.017 0.019 0.019 0.010 0.045 0.032 0.016 30 S 0.090 0.004 0.024 0.030 0.107 0.471 0.023 0.017 0.037 0.014 0.043 0.049 0.092 31 L 0.056 0.010 0.068 0.027 0.052 0.407 0.009 0.008 0.051 0.021 0.094 0.059 0.139 32 G 0.088 0.013 0.113 0.151 0.044 0.165 0.012 0.006 0.046 0.036 0.177 0.073 0.076 33 L 0.206 0.013 0.113 0.064 0.021 0.040 0.051 0.007 0.074 0.047 0.060 0.078 0.228 34 V 0.402 0.004 0.071 0.023 0.007 0.007 0.056 0.004 0.023 0.016 0.011 0.092 0.283 35 Y 0.287 0.004 0.073 0.083 0.003 0.004 0.034 0.006 0.039 0.054 0.014 0.326 0.073 36 D 0.173 0.004 0.082 0.055 0.005 0.004 0.036 0.006 0.068 0.053 0.020 0.056 0.439 37 I 0.270 0.005 0.150 0.022 0.003 0.003 0.060 0.008 0.064 0.015 0.009 0.178 0.212 38 Q 0.276 0.006 0.070 0.001 0.001 0.001 0.049 0.005 0.054 0.007 0.003 0.387 0.140 39 I 0.089 0.027 0.145 0.013 0.002 0.001 0.034 0.004 0.038 0.008 0.006 0.033 0.601 40 D 0.023 0.013 0.443 0.107 0.010 0.001 0.007 0.001 0.011 0.043 0.069 0.159 0.113 41 D 0.004 0.004 0.137 0.018 0.027 0.001 0.001 0.001 0.002 0.280 0.435 0.020 0.071 42 Q 0.002 0.007 0.078 0.010 0.038 0.001 0.001 0.001 0.002 0.386 0.410 0.035 0.029 43 N 0.002 0.002 0.188 0.025 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.457 0.244 0.051 0.015 44 N 0.066 0.004 0.328 0.033 0.003 0.001 0.016 0.001 0.009 0.137 0.072 0.027 0.302 45 V 0.451 0.004 0.028 0.001 0.001 0.001 0.119 0.003 0.006 0.008 0.001 0.245 0.134 46 K 0.646 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.188 0.006 0.008 0.001 0.001 0.058 0.080 47 V 0.576 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.246 0.017 0.018 0.001 0.001 0.082 0.045 48 L 0.615 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 0.264 0.015 0.010 0.001 0.001 0.027 0.037 49 M 0.467 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.337 0.028 0.038 0.002 0.001 0.068 0.042 50 T 0.328 0.002 0.055 0.007 0.001 0.001 0.299 0.054 0.094 0.004 0.001 0.032 0.126 51 M 0.104 0.006 0.202 0.030 0.001 0.001 0.156 0.064 0.233 0.029 0.003 0.103 0.068 52 T 0.015 0.013 0.536 0.010 0.003 0.002 0.015 0.024 0.150 0.094 0.013 0.022 0.102 53 T 0.001 0.011 0.603 0.002 0.016 0.008 0.001 0.001 0.042 0.243 0.050 0.012 0.010 54 P 0.001 0.010 0.383 0.002 0.040 0.031 0.001 0.001 0.011 0.266 0.247 0.001 0.009 55 M 0.001 0.017 0.325 0.001 0.041 0.104 0.001 0.001 0.006 0.274 0.225 0.002 0.004 56 C 0.001 0.016 0.377 0.001 0.028 0.284 0.001 0.001 0.002 0.240 0.047 0.004 0.002 57 P 0.001 0.009 0.152 0.001 0.037 0.684 0.001 0.001 0.001 0.035 0.075 0.001 0.005 58 L 0.001 0.003 0.060 0.001 0.062 0.773 0.001 0.001 0.001 0.029 0.071 0.001 0.001 59 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.020 0.930 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 60 G 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 61 M 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 62 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 64 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 65 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 0.843 0.001 0.001 0.001 0.005 0.121 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.016 0.001 0.030 0.679 0.001 0.001 0.001 0.013 0.260 0.001 0.001 73 I 0.001 0.006 0.550 0.001 0.047 0.171 0.001 0.001 0.003 0.177 0.043 0.003 0.002 74 E 0.001 0.002 0.090 0.001 0.155 0.044 0.001 0.001 0.001 0.045 0.659 0.001 0.003 75 G 0.001 0.004 0.055 0.003 0.096 0.009 0.001 0.001 0.003 0.050 0.770 0.003 0.005 76 V 0.006 0.025 0.504 0.006 0.094 0.014 0.002 0.002 0.039 0.109 0.058 0.029 0.112 77 N 0.006 0.007 0.223 0.249 0.035 0.005 0.005 0.001 0.049 0.191 0.131 0.054 0.044 78 N 0.049 0.004 0.144 0.072 0.026 0.001 0.035 0.019 0.193 0.142 0.098 0.076 0.139 79 V 0.087 0.002 0.078 0.006 0.001 0.001 0.112 0.062 0.402 0.023 0.001 0.103 0.123 80 E 0.080 0.001 0.018 0.007 0.001 0.001 0.199 0.138 0.455 0.004 0.001 0.052 0.047 81 V 0.168 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.259 0.236 0.226 0.001 0.001 0.043 0.048 82 E 0.268 0.001 0.014 0.032 0.001 0.001 0.333 0.164 0.125 0.002 0.001 0.029 0.031 83 L 0.287 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.368 0.084 0.116 0.002 0.001 0.048 0.072 84 T 0.156 0.002 0.084 0.018 0.001 0.001 0.189 0.070 0.334 0.009 0.002 0.064 0.073 85 F 0.053 0.016 0.322 0.013 0.001 0.001 0.069 0.025 0.248 0.058 0.007 0.038 0.148 86 D 0.003 0.016 0.599 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.083 0.189 0.019 0.053 0.025 87 P 0.001 0.006 0.650 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.211 0.096 0.001 0.012 88 P 0.001 0.017 0.343 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.003 0.274 0.335 0.004 0.003 89 W 0.001 0.031 0.363 0.001 0.015 0.005 0.001 0.001 0.002 0.366 0.207 0.003 0.008 90 T 0.001 0.044 0.616 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.297 0.017 0.004 0.003 91 P 0.001 0.009 0.159 0.001 0.241 0.118 0.001 0.001 0.001 0.075 0.390 0.001 0.006 92 E 0.001 0.006 0.043 0.001 0.300 0.102 0.001 0.001 0.001 0.087 0.456 0.002 0.003 93 R 0.002 0.035 0.185 0.001 0.261 0.175 0.001 0.001 0.001 0.070 0.260 0.003 0.008 94 M 0.001 0.080 0.408 0.001 0.033 0.123 0.001 0.001 0.002 0.235 0.106 0.005 0.007 95 S 0.001 0.003 0.700 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.261 0.003 0.001 0.001 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 98 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 99 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 100 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 101 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 102 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.485 0.001 0.001 0.001 0.008 0.493 0.001 0.001 103 G 0.001 0.002 0.086 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.021 0.858 0.001 0.001 104 V 0.001 0.002 0.962 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001