# TARGET T0230 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.2413 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.427 0.166 0.054 0.100 0.066 0.053 0.050 0.033 0.027 0.017 0.008 2 P 0.461 0.169 0.055 0.100 0.067 0.047 0.044 0.025 0.017 0.009 0.004 3 M 0.257 0.150 0.066 0.117 0.103 0.084 0.092 0.060 0.039 0.022 0.009 4 S 0.274 0.255 0.061 0.120 0.102 0.062 0.057 0.032 0.021 0.011 0.004 5 K 0.360 0.140 0.128 0.164 0.091 0.054 0.037 0.014 0.007 0.003 0.001 6 K 0.531 0.136 0.109 0.112 0.048 0.026 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 7 V 0.105 0.114 0.136 0.161 0.120 0.099 0.131 0.072 0.038 0.017 0.007 8 T 0.056 0.231 0.146 0.138 0.085 0.110 0.116 0.058 0.033 0.020 0.008 9 K 0.018 0.052 0.225 0.183 0.193 0.172 0.114 0.028 0.010 0.003 0.001 10 E 0.425 0.144 0.307 0.087 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.006 0.023 0.108 0.375 0.276 0.141 0.058 0.010 0.003 0.001 0.001 12 V 0.001 0.002 0.035 0.006 0.007 0.014 0.099 0.163 0.269 0.253 0.152 13 L 0.001 0.002 0.101 0.139 0.227 0.296 0.180 0.039 0.012 0.004 0.001 14 N 0.003 0.014 0.829 0.107 0.032 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.020 0.017 0.041 0.157 0.453 0.170 0.082 0.041 0.016 16 L 0.001 0.001 0.048 0.006 0.005 0.008 0.083 0.144 0.250 0.260 0.194 17 K 0.003 0.015 0.352 0.228 0.218 0.104 0.052 0.019 0.006 0.003 0.001 18 N 0.019 0.071 0.661 0.137 0.070 0.030 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 19 V 0.003 0.005 0.019 0.014 0.019 0.030 0.145 0.188 0.254 0.206 0.118 20 I 0.050 0.067 0.055 0.106 0.130 0.153 0.230 0.095 0.059 0.032 0.024 21 D 0.027 0.082 0.111 0.104 0.103 0.093 0.129 0.105 0.104 0.082 0.059 22 F 0.127 0.069 0.035 0.096 0.088 0.094 0.138 0.106 0.104 0.082 0.062 23 E 0.103 0.062 0.028 0.072 0.088 0.103 0.185 0.129 0.111 0.070 0.050 24 L 0.049 0.042 0.022 0.079 0.075 0.079 0.128 0.127 0.147 0.135 0.115 25 G 0.228 0.159 0.078 0.205 0.127 0.087 0.055 0.026 0.016 0.010 0.008 26 L 0.035 0.048 0.031 0.109 0.125 0.153 0.180 0.127 0.097 0.063 0.033 27 D 0.168 0.205 0.079 0.175 0.127 0.085 0.072 0.039 0.026 0.015 0.009 28 V 0.014 0.009 0.005 0.020 0.021 0.027 0.070 0.097 0.179 0.225 0.331 29 V 0.017 0.037 0.038 0.122 0.154 0.156 0.195 0.120 0.085 0.047 0.030 30 S 0.051 0.109 0.069 0.209 0.152 0.127 0.125 0.065 0.048 0.028 0.018 31 L 0.005 0.005 0.006 0.021 0.024 0.039 0.093 0.131 0.186 0.231 0.259 32 G 0.057 0.070 0.041 0.159 0.145 0.137 0.150 0.098 0.077 0.043 0.022 33 L 0.008 0.019 0.015 0.064 0.079 0.092 0.193 0.168 0.162 0.118 0.081 34 V 0.001 0.002 0.003 0.013 0.014 0.019 0.049 0.098 0.185 0.245 0.369 35 Y 0.005 0.016 0.018 0.102 0.169 0.195 0.258 0.122 0.071 0.029 0.014 36 D 0.055 0.160 0.100 0.322 0.177 0.090 0.058 0.021 0.010 0.004 0.002 37 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.040 0.086 0.214 0.299 0.344 38 Q 0.101 0.327 0.131 0.288 0.106 0.030 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 39 I 0.002 0.004 0.002 0.010 0.018 0.031 0.125 0.160 0.226 0.216 0.206 40 D 0.165 0.251 0.079 0.237 0.130 0.073 0.038 0.013 0.008 0.004 0.003 41 D 0.305 0.239 0.054 0.174 0.106 0.065 0.037 0.011 0.005 0.002 0.001 42 Q 0.470 0.191 0.066 0.143 0.065 0.031 0.018 0.008 0.004 0.003 0.002 43 N 0.265 0.178 0.043 0.204 0.132 0.099 0.053 0.015 0.007 0.003 0.001 44 N 0.050 0.151 0.094 0.343 0.211 0.097 0.039 0.009 0.004 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.072 0.154 0.267 0.272 0.215 46 K 0.004 0.053 0.062 0.423 0.302 0.117 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 47 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.033 0.116 0.266 0.317 0.258 48 L 0.012 0.032 0.025 0.279 0.302 0.202 0.107 0.026 0.009 0.003 0.002 49 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.038 0.107 0.270 0.321 0.249 50 T 0.013 0.031 0.017 0.209 0.236 0.186 0.161 0.075 0.044 0.017 0.011 51 M 0.005 0.008 0.005 0.012 0.013 0.023 0.088 0.159 0.249 0.250 0.188 52 T 0.022 0.037 0.019 0.103 0.122 0.118 0.158 0.145 0.131 0.083 0.063 53 T 0.037 0.058 0.023 0.073 0.074 0.093 0.143 0.154 0.154 0.110 0.082 54 P 0.117 0.076 0.026 0.115 0.139 0.120 0.134 0.106 0.079 0.057 0.031 55 M 0.076 0.081 0.030 0.103 0.094 0.095 0.145 0.125 0.122 0.079 0.050 56 C 0.075 0.046 0.023 0.061 0.070 0.091 0.144 0.128 0.147 0.120 0.095 57 P 0.147 0.124 0.066 0.145 0.107 0.096 0.106 0.072 0.061 0.044 0.033 58 L 0.019 0.033 0.017 0.046 0.058 0.087 0.161 0.155 0.166 0.147 0.112 59 A 0.039 0.038 0.042 0.096 0.122 0.136 0.180 0.122 0.107 0.071 0.048 60 G 0.303 0.125 0.168 0.169 0.092 0.056 0.045 0.017 0.013 0.007 0.004 61 M 0.018 0.041 0.069 0.156 0.165 0.173 0.186 0.093 0.054 0.029 0.015 62 I 0.001 0.004 0.008 0.008 0.007 0.015 0.061 0.106 0.194 0.288 0.308 63 L 0.002 0.010 0.042 0.087 0.169 0.237 0.292 0.091 0.043 0.017 0.009 64 S 0.174 0.107 0.576 0.104 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 65 D 0.003 0.011 0.026 0.116 0.179 0.250 0.272 0.088 0.035 0.015 0.006 66 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.034 0.084 0.239 0.314 0.322 67 E 0.001 0.001 0.037 0.120 0.269 0.333 0.185 0.037 0.013 0.004 0.001 68 E 0.012 0.029 0.745 0.154 0.042 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 0.085 0.365 0.241 0.154 0.088 0.041 70 I 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.005 0.054 0.124 0.230 0.286 0.293 71 K 0.001 0.012 0.390 0.267 0.222 0.075 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 72 K 0.022 0.088 0.622 0.153 0.073 0.032 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.034 0.198 0.213 0.228 0.169 0.140 74 E 0.602 0.219 0.038 0.069 0.030 0.019 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 75 G 0.289 0.216 0.112 0.194 0.106 0.052 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 76 V 0.003 0.003 0.003 0.009 0.012 0.023 0.078 0.134 0.218 0.237 0.281 77 N 0.108 0.225 0.096 0.274 0.151 0.089 0.041 0.009 0.004 0.001 0.001 78 N 0.198 0.256 0.108 0.267 0.113 0.040 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.065 0.137 0.234 0.260 0.282 80 E 0.026 0.235 0.130 0.417 0.151 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.039 0.105 0.261 0.302 0.282 82 E 0.051 0.105 0.074 0.374 0.235 0.106 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 83 L 0.002 0.005 0.002 0.011 0.018 0.031 0.119 0.168 0.273 0.224 0.146 84 T 0.036 0.062 0.036 0.214 0.179 0.162 0.149 0.071 0.052 0.024 0.014 85 F 0.019 0.017 0.009 0.032 0.044 0.069 0.172 0.181 0.202 0.156 0.098 86 D 0.049 0.125 0.037 0.189 0.180 0.112 0.119 0.083 0.059 0.034 0.014 87 P 0.257 0.155 0.031 0.109 0.089 0.075 0.096 0.072 0.059 0.039 0.018 88 P 0.248 0.059 0.017 0.094 0.108 0.101 0.151 0.089 0.073 0.038 0.022 89 W 0.135 0.087 0.031 0.097 0.106 0.117 0.152 0.124 0.079 0.049 0.022 90 T 0.161 0.575 0.081 0.111 0.040 0.015 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 91 P 0.259 0.072 0.048 0.144 0.170 0.141 0.089 0.044 0.022 0.009 0.002 92 E 0.659 0.169 0.040 0.063 0.028 0.014 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 93 R 0.040 0.067 0.139 0.205 0.174 0.124 0.142 0.062 0.032 0.011 0.004 94 M 0.021 0.019 0.010 0.022 0.034 0.078 0.124 0.161 0.154 0.196 0.181 95 S 0.014 0.486 0.108 0.127 0.099 0.062 0.054 0.024 0.015 0.008 0.003 96 P 0.827 0.057 0.051 0.045 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.658 0.109 0.072 0.087 0.038 0.017 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 98 L 0.002 0.003 0.025 0.027 0.027 0.087 0.270 0.223 0.195 0.097 0.044 99 R 0.002 0.004 0.060 0.092 0.125 0.175 0.231 0.154 0.095 0.047 0.012 100 E 0.002 0.011 0.913 0.044 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.010 0.034 0.371 0.175 0.156 0.135 0.081 0.023 0.010 0.004 0.001 102 F 0.009 0.008 0.016 0.018 0.029 0.064 0.203 0.169 0.183 0.179 0.121 103 G 0.196 0.252 0.217 0.142 0.080 0.045 0.038 0.014 0.009 0.004 0.002 104 V 0.208 0.141 0.225 0.120 0.095 0.054 0.054 0.034 0.032 0.024 0.014