# TARGET T0230 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.2413 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 P 0.006 0.009 0.004 0.021 0.004 0.006 0.951 3 M 0.012 0.011 0.054 0.105 0.079 0.046 0.694 4 S 0.010 0.004 0.131 0.125 0.074 0.095 0.562 5 K 0.014 0.005 0.135 0.294 0.130 0.108 0.314 6 K 0.018 0.005 0.039 0.216 0.179 0.071 0.473 7 V 0.029 0.032 0.018 0.240 0.137 0.043 0.501 8 T 0.016 0.030 0.009 0.314 0.091 0.028 0.512 9 K 0.001 0.001 0.011 0.958 0.004 0.010 0.015 10 E 0.001 0.001 0.007 0.983 0.002 0.004 0.003 11 D 0.001 0.001 0.013 0.976 0.001 0.004 0.005 12 V 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.004 0.001 13 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 14 N 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.010 0.001 15 A 0.001 0.001 0.006 0.970 0.001 0.022 0.001 16 L 0.001 0.002 0.030 0.909 0.005 0.045 0.009 17 K 0.001 0.002 0.069 0.743 0.015 0.161 0.009 18 N 0.002 0.001 0.018 0.480 0.028 0.456 0.016 19 V 0.011 0.009 0.005 0.210 0.242 0.068 0.455 20 I 0.017 0.067 0.003 0.131 0.105 0.024 0.653 21 D 0.014 0.029 0.007 0.023 0.052 0.009 0.866 22 F 0.002 0.001 0.092 0.079 0.027 0.785 0.014 23 E 0.003 0.002 0.070 0.054 0.031 0.814 0.026 24 L 0.010 0.014 0.072 0.094 0.134 0.531 0.144 25 G 0.017 0.018 0.005 0.010 0.086 0.524 0.339 26 L 0.051 0.055 0.001 0.002 0.085 0.005 0.801 27 D 0.161 0.037 0.005 0.007 0.079 0.005 0.708 28 V 0.376 0.053 0.127 0.184 0.056 0.062 0.143 29 V 0.501 0.008 0.150 0.096 0.045 0.063 0.137 30 S 0.483 0.033 0.136 0.091 0.053 0.040 0.164 31 L 0.322 0.015 0.117 0.080 0.041 0.258 0.167 32 G 0.133 0.002 0.031 0.009 0.160 0.550 0.116 33 L 0.671 0.014 0.011 0.004 0.054 0.066 0.180 34 V 0.896 0.012 0.001 0.001 0.008 0.004 0.079 35 Y 0.937 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.047 36 D 0.940 0.002 0.001 0.001 0.008 0.007 0.041 37 I 0.931 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.059 38 Q 0.976 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 39 I 0.903 0.020 0.001 0.001 0.002 0.003 0.071 40 D 0.495 0.005 0.007 0.001 0.037 0.104 0.351 41 D 0.048 0.002 0.025 0.001 0.119 0.782 0.024 42 Q 0.017 0.001 0.026 0.001 0.122 0.803 0.030 43 N 0.033 0.001 0.023 0.001 0.568 0.222 0.153 44 N 0.641 0.014 0.005 0.001 0.049 0.014 0.278 45 V 0.957 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 46 K 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 47 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 48 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 49 M 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 50 T 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 51 M 0.832 0.002 0.001 0.001 0.015 0.001 0.150 52 T 0.281 0.017 0.001 0.001 0.121 0.007 0.574 53 T 0.087 0.025 0.005 0.001 0.325 0.019 0.538 54 P 0.008 0.003 0.041 0.007 0.175 0.684 0.082 55 M 0.005 0.014 0.073 0.031 0.146 0.535 0.196 56 C 0.010 0.019 0.075 0.117 0.345 0.064 0.370 57 P 0.012 0.032 0.093 0.247 0.078 0.102 0.435 58 L 0.001 0.002 0.106 0.771 0.011 0.072 0.037 59 A 0.001 0.002 0.050 0.877 0.008 0.044 0.018 60 G 0.001 0.001 0.017 0.941 0.004 0.029 0.009 61 M 0.002 0.002 0.019 0.938 0.007 0.015 0.017 62 I 0.001 0.001 0.009 0.956 0.005 0.021 0.006 63 L 0.001 0.001 0.005 0.973 0.002 0.017 0.003 64 S 0.001 0.001 0.003 0.964 0.002 0.028 0.001 65 D 0.001 0.001 0.003 0.958 0.004 0.020 0.013 66 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.007 0.004 67 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 70 I 0.001 0.001 0.017 0.947 0.002 0.031 0.001 71 K 0.001 0.002 0.043 0.694 0.006 0.249 0.005 72 K 0.004 0.001 0.041 0.460 0.014 0.449 0.031 73 I 0.011 0.010 0.055 0.114 0.213 0.057 0.541 74 E 0.006 0.003 0.213 0.063 0.145 0.432 0.139 75 G 0.014 0.006 0.178 0.007 0.104 0.619 0.073 76 V 0.136 0.016 0.122 0.003 0.120 0.073 0.532 77 N 0.133 0.003 0.032 0.001 0.492 0.077 0.263 78 N 0.637 0.002 0.018 0.001 0.109 0.043 0.190 79 V 0.868 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.118 80 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 81 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 82 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 83 L 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.038 84 T 0.817 0.006 0.001 0.001 0.026 0.005 0.146 85 F 0.619 0.012 0.001 0.001 0.087 0.007 0.274 86 D 0.082 0.017 0.003 0.001 0.286 0.018 0.593 87 P 0.029 0.012 0.014 0.001 0.148 0.079 0.716 88 P 0.010 0.005 0.017 0.002 0.181 0.248 0.537 89 W 0.012 0.073 0.021 0.007 0.226 0.209 0.451 90 T 0.009 0.015 0.010 0.005 0.421 0.016 0.524 91 P 0.002 0.002 0.398 0.104 0.034 0.387 0.074 92 E 0.003 0.003 0.465 0.082 0.038 0.386 0.024 93 R 0.006 0.018 0.441 0.173 0.041 0.226 0.096 94 M 0.014 0.092 0.041 0.300 0.157 0.110 0.285 95 S 0.007 0.011 0.005 0.133 0.094 0.009 0.740 96 P 0.001 0.001 0.014 0.969 0.001 0.017 0.001 97 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.008 0.001 98 L 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.003 0.002 99 R 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.002 0.002 100 E 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.018 0.001 101 K 0.001 0.001 0.009 0.894 0.004 0.086 0.006 102 F 0.001 0.001 0.008 0.413 0.015 0.539 0.022 103 G 0.003 0.005 0.005 0.041 0.032 0.629 0.286 104 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.002 0.980