# TARGET T0230 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.2413 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.278 0.497 0.003 0.036 0.015 0.010 0.001 0.108 0.004 0.001 2 P 0.262 0.006 0.606 0.015 0.001 0.044 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 3 M 0.382 0.119 0.252 0.142 0.028 0.030 0.019 0.008 0.016 0.003 0.001 4 S 0.286 0.105 0.323 0.127 0.047 0.038 0.035 0.014 0.014 0.010 0.002 5 K 0.420 0.114 0.231 0.151 0.031 0.014 0.016 0.008 0.011 0.004 0.001 6 K 0.339 0.138 0.314 0.085 0.036 0.028 0.023 0.010 0.019 0.006 0.001 7 V 0.226 0.120 0.522 0.050 0.022 0.043 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 8 T 0.080 0.211 0.446 0.020 0.089 0.078 0.003 0.001 0.060 0.011 0.001 9 K 0.988 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 N 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.982 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.800 0.001 0.004 0.193 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 K 0.847 0.005 0.099 0.033 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 18 N 0.357 0.004 0.013 0.597 0.003 0.004 0.006 0.014 0.002 0.001 0.001 19 V 0.072 0.118 0.634 0.038 0.004 0.069 0.010 0.001 0.054 0.001 0.001 20 I 0.195 0.226 0.289 0.157 0.007 0.091 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 21 D 0.035 0.200 0.375 0.041 0.069 0.139 0.031 0.003 0.099 0.007 0.001 22 F 0.775 0.027 0.065 0.083 0.009 0.017 0.009 0.007 0.005 0.002 0.001 23 E 0.632 0.068 0.103 0.136 0.007 0.029 0.004 0.002 0.018 0.001 0.001 24 L 0.312 0.069 0.179 0.392 0.008 0.010 0.014 0.002 0.013 0.001 0.001 25 G 0.041 0.004 0.042 0.029 0.023 0.004 0.145 0.520 0.002 0.190 0.001 26 L 0.069 0.373 0.425 0.022 0.073 0.017 0.002 0.001 0.015 0.002 0.001 27 D 0.089 0.076 0.568 0.030 0.011 0.183 0.009 0.001 0.027 0.002 0.004 28 V 0.545 0.200 0.065 0.105 0.020 0.039 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 29 V 0.277 0.489 0.124 0.038 0.024 0.019 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 30 S 0.287 0.195 0.313 0.023 0.012 0.103 0.010 0.001 0.052 0.001 0.003 31 L 0.504 0.071 0.207 0.129 0.009 0.036 0.026 0.003 0.013 0.001 0.002 32 G 0.230 0.025 0.058 0.050 0.108 0.005 0.115 0.325 0.005 0.079 0.001 33 L 0.260 0.290 0.273 0.087 0.043 0.031 0.005 0.002 0.006 0.002 0.001 34 V 0.085 0.461 0.357 0.026 0.017 0.037 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 35 Y 0.357 0.253 0.075 0.228 0.048 0.013 0.008 0.001 0.016 0.002 0.001 36 D 0.027 0.336 0.231 0.034 0.143 0.058 0.117 0.003 0.050 0.001 0.002 37 I 0.012 0.832 0.077 0.011 0.043 0.010 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 38 Q 0.008 0.682 0.198 0.006 0.031 0.052 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 39 I 0.014 0.722 0.127 0.022 0.025 0.043 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 40 D 0.028 0.234 0.348 0.032 0.096 0.086 0.035 0.002 0.127 0.013 0.001 41 D 0.517 0.015 0.029 0.201 0.018 0.021 0.129 0.042 0.007 0.016 0.003 42 Q 0.271 0.047 0.077 0.535 0.012 0.005 0.037 0.007 0.006 0.003 0.001 43 N 0.028 0.035 0.061 0.185 0.054 0.014 0.481 0.123 0.009 0.010 0.001 44 N 0.016 0.576 0.247 0.041 0.071 0.016 0.017 0.001 0.013 0.001 0.001 45 V 0.001 0.735 0.206 0.001 0.029 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 46 K 0.001 0.607 0.366 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 47 V 0.001 0.869 0.085 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 48 L 0.001 0.705 0.246 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 49 M 0.001 0.700 0.212 0.001 0.016 0.033 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 50 T 0.003 0.606 0.242 0.001 0.010 0.063 0.001 0.001 0.074 0.001 0.001 51 M 0.034 0.154 0.600 0.015 0.005 0.158 0.002 0.001 0.026 0.001 0.005 52 T 0.129 0.182 0.322 0.151 0.076 0.073 0.018 0.005 0.033 0.009 0.003 53 T 0.045 0.257 0.395 0.007 0.108 0.026 0.035 0.004 0.109 0.012 0.002 54 P 0.231 0.010 0.611 0.035 0.001 0.031 0.002 0.002 0.001 0.002 0.073 55 M 0.160 0.075 0.196 0.200 0.075 0.033 0.081 0.140 0.017 0.022 0.001 56 C 0.062 0.165 0.448 0.005 0.070 0.053 0.021 0.003 0.157 0.016 0.001 57 P 0.671 0.004 0.215 0.037 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 58 L 0.755 0.019 0.069 0.107 0.004 0.023 0.008 0.004 0.007 0.002 0.001 59 A 0.869 0.021 0.032 0.062 0.005 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 60 G 0.923 0.002 0.011 0.019 0.005 0.001 0.013 0.018 0.001 0.009 0.001 61 M 0.924 0.007 0.012 0.047 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 I 0.896 0.012 0.013 0.056 0.001 0.012 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 63 L 0.951 0.007 0.012 0.022 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 S 0.957 0.003 0.008 0.022 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 65 D 0.876 0.003 0.007 0.073 0.003 0.017 0.008 0.002 0.009 0.001 0.001 66 A 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.985 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.743 0.002 0.005 0.244 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 I 0.251 0.102 0.410 0.062 0.003 0.047 0.011 0.001 0.114 0.001 0.001 74 E 0.274 0.032 0.594 0.070 0.003 0.010 0.010 0.002 0.003 0.002 0.001 75 G 0.051 0.005 0.029 0.038 0.031 0.003 0.052 0.704 0.001 0.087 0.001 76 V 0.147 0.233 0.471 0.065 0.014 0.047 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 77 N 0.268 0.210 0.125 0.291 0.062 0.015 0.009 0.002 0.009 0.009 0.001 78 N 0.036 0.277 0.156 0.202 0.167 0.035 0.083 0.008 0.033 0.001 0.002 79 V 0.001 0.660 0.257 0.003 0.041 0.011 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 80 E 0.001 0.547 0.383 0.001 0.007 0.047 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 81 V 0.001 0.806 0.139 0.001 0.017 0.018 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 82 E 0.002 0.749 0.151 0.001 0.012 0.036 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 83 L 0.005 0.657 0.257 0.002 0.024 0.040 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 84 T 0.010 0.799 0.082 0.008 0.061 0.021 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 85 F 0.021 0.541 0.218 0.031 0.094 0.045 0.009 0.002 0.033 0.005 0.001 86 D 0.006 0.330 0.247 0.001 0.058 0.024 0.016 0.001 0.315 0.001 0.001 87 P 0.035 0.003 0.799 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.135 88 P 0.124 0.007 0.740 0.015 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 89 W 0.152 0.071 0.163 0.482 0.044 0.035 0.020 0.023 0.007 0.003 0.001 90 T 0.002 0.233 0.459 0.002 0.087 0.037 0.005 0.001 0.173 0.003 0.001 91 P 0.957 0.001 0.018 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 92 E 0.845 0.003 0.016 0.126 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 93 R 0.379 0.013 0.035 0.543 0.005 0.007 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 94 M 0.170 0.067 0.401 0.236 0.030 0.042 0.033 0.006 0.008 0.006 0.001 95 S 0.033 0.071 0.751 0.003 0.040 0.042 0.001 0.001 0.053 0.005 0.001 96 P 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 K 0.963 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 F 0.239 0.003 0.007 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 G 0.031 0.001 0.011 0.021 0.006 0.003 0.374 0.491 0.002 0.059 0.001 104 V 0.110 0.208 0.496 0.069 0.048 0.037 0.006 0.003 0.011 0.011 0.001