# TARGET T0230 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.2413 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.447 0.293 0.011 0.150 0.004 0.011 0.032 0.010 0.006 0.008 2 P 0.067 0.359 0.113 0.008 0.189 0.009 0.022 0.123 0.061 0.029 0.022 3 M 0.050 0.126 0.059 0.012 0.096 0.020 0.055 0.203 0.207 0.133 0.039 4 S 0.065 0.155 0.060 0.016 0.134 0.013 0.037 0.242 0.150 0.089 0.040 5 K 0.046 0.097 0.030 0.007 0.083 0.010 0.034 0.287 0.210 0.156 0.040 6 K 0.053 0.220 0.094 0.007 0.127 0.008 0.027 0.207 0.096 0.129 0.033 7 V 0.092 0.383 0.077 0.003 0.272 0.004 0.012 0.092 0.017 0.018 0.031 8 T 0.017 0.552 0.281 0.003 0.045 0.001 0.001 0.078 0.008 0.009 0.005 9 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.893 0.094 0.005 0.001 10 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.958 0.036 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.028 0.006 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.080 0.010 0.001 13 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.858 0.132 0.004 0.001 14 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.877 0.090 0.005 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.058 0.768 0.136 0.030 0.001 16 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.484 0.420 0.066 0.006 17 K 0.001 0.014 0.004 0.003 0.004 0.026 0.107 0.643 0.191 0.006 0.001 18 N 0.009 0.007 0.003 0.002 0.012 0.002 0.033 0.180 0.221 0.510 0.021 19 V 0.167 0.162 0.034 0.002 0.282 0.005 0.052 0.152 0.051 0.056 0.038 20 I 0.042 0.366 0.081 0.018 0.225 0.015 0.037 0.066 0.049 0.070 0.033 21 D 0.216 0.073 0.020 0.001 0.623 0.001 0.005 0.022 0.008 0.004 0.027 22 F 0.004 0.007 0.006 0.001 0.004 0.001 0.010 0.395 0.548 0.021 0.003 23 E 0.009 0.012 0.004 0.001 0.011 0.006 0.155 0.526 0.142 0.127 0.007 24 L 0.005 0.752 0.137 0.005 0.080 0.001 0.003 0.004 0.003 0.007 0.002 25 G 0.078 0.005 0.019 0.015 0.016 0.017 0.005 0.005 0.010 0.275 0.555 26 L 0.013 0.618 0.220 0.003 0.137 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 27 D 0.174 0.260 0.062 0.005 0.441 0.003 0.008 0.014 0.004 0.005 0.026 28 V 0.194 0.049 0.005 0.003 0.226 0.012 0.018 0.141 0.278 0.034 0.040 29 V 0.125 0.065 0.014 0.012 0.255 0.035 0.046 0.266 0.101 0.034 0.047 30 S 0.196 0.084 0.026 0.013 0.302 0.007 0.018 0.139 0.047 0.122 0.047 31 L 0.138 0.030 0.006 0.027 0.073 0.060 0.171 0.194 0.099 0.123 0.079 32 G 0.091 0.121 0.050 0.044 0.177 0.031 0.017 0.038 0.086 0.255 0.091 33 L 0.172 0.238 0.017 0.001 0.470 0.001 0.003 0.015 0.015 0.045 0.022 34 V 0.660 0.010 0.002 0.003 0.179 0.003 0.004 0.001 0.001 0.009 0.129 35 Y 0.011 0.014 0.007 0.125 0.052 0.485 0.282 0.015 0.005 0.002 0.002 36 D 0.435 0.027 0.004 0.001 0.484 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 37 I 0.300 0.061 0.002 0.001 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 38 Q 0.353 0.034 0.003 0.001 0.528 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.073 39 I 0.172 0.291 0.023 0.008 0.405 0.014 0.006 0.005 0.004 0.021 0.052 40 D 0.105 0.248 0.231 0.064 0.273 0.014 0.013 0.013 0.009 0.014 0.017 41 D 0.048 0.021 0.057 0.033 0.023 0.019 0.058 0.322 0.297 0.080 0.042 42 Q 0.004 0.254 0.117 0.095 0.030 0.080 0.257 0.107 0.042 0.013 0.003 43 N 0.031 0.159 0.071 0.061 0.052 0.018 0.019 0.021 0.041 0.402 0.125 44 N 0.172 0.188 0.100 0.024 0.223 0.019 0.016 0.009 0.010 0.102 0.137 45 V 0.177 0.105 0.004 0.001 0.706 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 46 K 0.162 0.063 0.004 0.001 0.760 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 47 V 0.309 0.053 0.002 0.001 0.615 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 48 L 0.330 0.027 0.003 0.002 0.550 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.077 49 M 0.216 0.144 0.020 0.001 0.582 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 50 T 0.220 0.132 0.019 0.004 0.493 0.002 0.006 0.005 0.005 0.029 0.085 51 M 0.127 0.286 0.146 0.024 0.318 0.011 0.011 0.016 0.014 0.017 0.029 52 T 0.059 0.232 0.103 0.049 0.145 0.032 0.053 0.071 0.103 0.103 0.049 53 T 0.034 0.179 0.191 0.051 0.097 0.029 0.046 0.150 0.160 0.041 0.022 54 P 0.016 0.087 0.043 0.009 0.039 0.019 0.068 0.438 0.224 0.046 0.012 55 M 0.014 0.050 0.031 0.025 0.025 0.021 0.056 0.086 0.170 0.492 0.031 56 C 0.184 0.146 0.048 0.005 0.312 0.005 0.022 0.122 0.056 0.016 0.086 57 P 0.012 0.073 0.025 0.004 0.031 0.010 0.026 0.475 0.294 0.039 0.012 58 L 0.009 0.035 0.013 0.003 0.013 0.003 0.024 0.565 0.154 0.174 0.007 59 A 0.004 0.009 0.002 0.002 0.006 0.005 0.011 0.796 0.146 0.015 0.003 60 G 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.008 0.016 0.855 0.092 0.016 0.003 61 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.895 0.070 0.019 0.001 62 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.052 0.013 0.001 63 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.943 0.046 0.003 0.001 64 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 0.949 0.022 0.002 0.001 65 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.934 0.032 0.024 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.078 0.014 0.001 67 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.921 0.072 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.956 0.034 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.900 0.076 0.011 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.679 0.280 0.032 0.001 71 K 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.025 0.705 0.243 0.014 0.001 72 K 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.051 0.176 0.182 0.559 0.015 73 I 0.121 0.254 0.100 0.003 0.350 0.001 0.005 0.020 0.036 0.047 0.064 74 E 0.003 0.010 0.009 0.018 0.005 0.158 0.427 0.260 0.103 0.006 0.002 75 G 0.056 0.018 0.011 0.006 0.039 0.002 0.009 0.027 0.091 0.626 0.114 76 V 0.335 0.059 0.019 0.008 0.254 0.009 0.003 0.004 0.015 0.052 0.242 77 N 0.003 0.014 0.015 0.099 0.017 0.211 0.439 0.119 0.057 0.020 0.005 78 N 0.358 0.042 0.017 0.008 0.238 0.006 0.007 0.006 0.019 0.138 0.161 79 V 0.169 0.161 0.007 0.001 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 80 E 0.282 0.031 0.002 0.001 0.649 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.030 81 V 0.284 0.065 0.002 0.001 0.634 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 82 E 0.181 0.072 0.003 0.001 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 83 L 0.455 0.040 0.005 0.001 0.421 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.070 84 T 0.203 0.159 0.028 0.006 0.504 0.005 0.009 0.004 0.003 0.024 0.054 85 F 0.176 0.198 0.120 0.053 0.307 0.031 0.018 0.011 0.011 0.026 0.050 86 D 0.099 0.175 0.180 0.133 0.205 0.025 0.028 0.033 0.028 0.047 0.048 87 P 0.022 0.352 0.280 0.046 0.119 0.014 0.018 0.070 0.054 0.018 0.007 88 P 0.044 0.173 0.067 0.009 0.109 0.017 0.067 0.172 0.169 0.137 0.035 89 W 0.057 0.321 0.161 0.019 0.159 0.018 0.080 0.063 0.044 0.050 0.029 90 T 0.081 0.396 0.193 0.007 0.231 0.003 0.006 0.015 0.012 0.020 0.037 91 P 0.010 0.049 0.017 0.003 0.032 0.004 0.009 0.221 0.602 0.047 0.006 92 E 0.007 0.018 0.010 0.003 0.015 0.017 0.112 0.410 0.344 0.055 0.009 93 R 0.023 0.030 0.009 0.002 0.023 0.003 0.029 0.137 0.137 0.575 0.032 94 M 0.076 0.309 0.128 0.009 0.169 0.006 0.016 0.057 0.037 0.130 0.063 95 S 0.006 0.679 0.238 0.001 0.056 0.001 0.001 0.013 0.003 0.002 0.001 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.789 0.209 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.025 0.006 0.001 98 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.044 0.013 0.001 99 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.048 0.003 0.001 100 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.851 0.122 0.008 0.001 101 K 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.135 0.771 0.063 0.018 0.001 102 F 0.012 0.722 0.103 0.004 0.089 0.001 0.005 0.033 0.011 0.014 0.005 103 G 0.067 0.009 0.011 0.030 0.016 0.023 0.017 0.075 0.056 0.488 0.207 104 V 0.092 0.278 0.062 0.011 0.238 0.013 0.028 0.114 0.067 0.065 0.032