# TARGET T0230 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0230.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.2413 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.822 0.131 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 2 P 0.824 0.128 0.032 0.012 0.003 0.001 0.001 3 M 0.702 0.198 0.070 0.024 0.005 0.001 0.001 4 S 0.647 0.221 0.084 0.037 0.010 0.001 0.001 5 K 0.624 0.252 0.091 0.026 0.005 0.001 0.001 6 K 0.630 0.249 0.089 0.027 0.005 0.001 0.001 7 V 0.386 0.313 0.186 0.088 0.024 0.003 0.001 8 T 0.206 0.360 0.254 0.143 0.035 0.003 0.001 9 K 0.205 0.324 0.270 0.160 0.038 0.003 0.001 10 E 0.693 0.244 0.050 0.011 0.002 0.001 0.001 11 D 0.138 0.406 0.330 0.110 0.014 0.001 0.001 12 V 0.030 0.020 0.047 0.273 0.480 0.147 0.002 13 L 0.041 0.175 0.326 0.328 0.114 0.016 0.001 14 N 0.168 0.573 0.203 0.049 0.006 0.001 0.001 15 A 0.036 0.047 0.193 0.384 0.284 0.055 0.001 16 L 0.050 0.034 0.054 0.122 0.380 0.337 0.023 17 K 0.288 0.325 0.242 0.114 0.025 0.007 0.001 18 N 0.187 0.287 0.288 0.174 0.058 0.006 0.001 19 V 0.124 0.084 0.118 0.202 0.284 0.172 0.016 20 I 0.156 0.191 0.147 0.189 0.164 0.130 0.023 21 D 0.237 0.305 0.218 0.135 0.073 0.025 0.006 22 F 0.261 0.147 0.116 0.203 0.171 0.079 0.023 23 E 0.159 0.222 0.175 0.181 0.128 0.093 0.041 24 L 0.202 0.157 0.149 0.188 0.178 0.103 0.023 25 G 0.291 0.283 0.225 0.127 0.054 0.016 0.004 26 L 0.174 0.180 0.187 0.211 0.158 0.074 0.016 27 D 0.288 0.262 0.208 0.135 0.074 0.028 0.004 28 V 0.098 0.095 0.137 0.207 0.232 0.181 0.050 29 V 0.119 0.120 0.149 0.212 0.182 0.166 0.052 30 S 0.097 0.198 0.202 0.179 0.146 0.125 0.053 31 L 0.041 0.043 0.062 0.149 0.235 0.315 0.154 32 G 0.042 0.144 0.199 0.214 0.192 0.154 0.054 33 L 0.012 0.025 0.048 0.118 0.246 0.418 0.133 34 V 0.009 0.036 0.095 0.210 0.274 0.298 0.078 35 Y 0.017 0.067 0.115 0.205 0.280 0.272 0.046 36 D 0.014 0.118 0.295 0.345 0.170 0.051 0.007 37 I 0.006 0.012 0.034 0.141 0.422 0.363 0.023 38 Q 0.071 0.414 0.318 0.151 0.039 0.006 0.001 39 I 0.033 0.137 0.264 0.353 0.188 0.023 0.001 40 D 0.430 0.363 0.161 0.040 0.005 0.001 0.001 41 D 0.768 0.193 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.773 0.177 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 43 N 0.437 0.393 0.135 0.031 0.003 0.001 0.001 44 N 0.126 0.445 0.318 0.098 0.013 0.001 0.001 45 V 0.003 0.027 0.104 0.314 0.427 0.121 0.003 46 K 0.006 0.113 0.341 0.367 0.150 0.021 0.001 47 V 0.001 0.005 0.015 0.076 0.263 0.546 0.093 48 L 0.004 0.052 0.184 0.315 0.287 0.130 0.029 49 M 0.001 0.006 0.020 0.080 0.199 0.459 0.233 50 T 0.009 0.035 0.100 0.242 0.293 0.203 0.118 51 M 0.012 0.043 0.064 0.105 0.153 0.361 0.261 52 T 0.051 0.076 0.129 0.215 0.178 0.196 0.154 53 T 0.116 0.127 0.147 0.164 0.147 0.177 0.123 54 P 0.205 0.144 0.092 0.107 0.118 0.179 0.155 55 M 0.123 0.115 0.117 0.154 0.157 0.194 0.140 56 C 0.134 0.164 0.145 0.173 0.164 0.150 0.070 57 P 0.142 0.162 0.166 0.181 0.157 0.132 0.060 58 L 0.058 0.080 0.102 0.150 0.206 0.278 0.126 59 A 0.051 0.121 0.157 0.222 0.228 0.169 0.053 60 G 0.100 0.229 0.266 0.227 0.120 0.050 0.009 61 M 0.025 0.108 0.216 0.289 0.247 0.104 0.012 62 I 0.004 0.008 0.015 0.062 0.279 0.541 0.091 63 L 0.006 0.056 0.173 0.362 0.282 0.112 0.009 64 S 0.085 0.444 0.310 0.121 0.031 0.008 0.001 65 D 0.004 0.063 0.275 0.405 0.210 0.039 0.002 66 A 0.001 0.001 0.003 0.035 0.300 0.609 0.052 67 E 0.005 0.085 0.320 0.417 0.152 0.019 0.001 68 E 0.080 0.619 0.237 0.054 0.008 0.001 0.001 69 A 0.002 0.021 0.152 0.496 0.288 0.041 0.001 70 I 0.002 0.008 0.043 0.267 0.535 0.143 0.003 71 K 0.148 0.507 0.274 0.063 0.008 0.001 0.001 72 K 0.388 0.474 0.111 0.023 0.003 0.001 0.001 73 I 0.023 0.111 0.322 0.382 0.142 0.019 0.001 74 E 0.461 0.364 0.125 0.041 0.009 0.001 0.001 75 G 0.382 0.363 0.168 0.068 0.017 0.002 0.001 76 V 0.045 0.103 0.223 0.356 0.231 0.042 0.001 77 N 0.250 0.477 0.196 0.062 0.013 0.002 0.001 78 N 0.202 0.478 0.238 0.070 0.011 0.001 0.001 79 V 0.008 0.036 0.119 0.326 0.379 0.127 0.004 80 E 0.015 0.210 0.405 0.282 0.078 0.010 0.001 81 V 0.002 0.007 0.025 0.125 0.343 0.447 0.052 82 E 0.005 0.076 0.259 0.358 0.223 0.071 0.007 83 L 0.006 0.018 0.040 0.136 0.307 0.416 0.077 84 T 0.027 0.119 0.233 0.295 0.199 0.106 0.020 85 F 0.034 0.085 0.135 0.226 0.263 0.211 0.046 86 D 0.170 0.263 0.249 0.178 0.088 0.042 0.010 87 P 0.209 0.222 0.207 0.186 0.121 0.048 0.007 88 P 0.368 0.246 0.166 0.118 0.069 0.029 0.005 89 W 0.241 0.231 0.210 0.170 0.103 0.039 0.005 90 T 0.410 0.311 0.157 0.076 0.032 0.011 0.003 91 P 0.219 0.239 0.209 0.194 0.102 0.031 0.005 92 E 0.466 0.282 0.131 0.068 0.033 0.016 0.005 93 R 0.181 0.275 0.242 0.180 0.082 0.033 0.006 94 M 0.073 0.092 0.146 0.283 0.278 0.119 0.010 95 S 0.193 0.267 0.270 0.177 0.072 0.018 0.002 96 P 0.503 0.312 0.127 0.044 0.011 0.002 0.001 97 E 0.488 0.327 0.129 0.044 0.010 0.002 0.001 98 L 0.176 0.133 0.176 0.278 0.188 0.047 0.002 99 R 0.272 0.288 0.234 0.146 0.050 0.009 0.001 100 E 0.560 0.310 0.096 0.027 0.005 0.001 0.001 101 K 0.438 0.304 0.161 0.073 0.020 0.004 0.001 102 F 0.266 0.211 0.208 0.182 0.103 0.028 0.001 103 G 0.630 0.213 0.091 0.046 0.016 0.004 0.001 104 V 0.590 0.195 0.117 0.069 0.024 0.005 0.001