# TARGET T0229 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0229.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 279 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.038 0.025 0.056 0.064 0.097 0.147 0.147 0.159 0.131 0.094 2 Q 0.131 0.234 0.107 0.295 0.139 0.052 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 3 A 0.013 0.008 0.006 0.013 0.022 0.037 0.107 0.163 0.239 0.222 0.171 4 R 0.082 0.185 0.099 0.340 0.184 0.065 0.029 0.009 0.004 0.002 0.001 5 W 0.012 0.015 0.010 0.032 0.046 0.064 0.133 0.144 0.195 0.181 0.168 6 I 0.037 0.109 0.082 0.250 0.170 0.123 0.108 0.052 0.035 0.020 0.012 7 G 0.371 0.126 0.039 0.100 0.079 0.067 0.086 0.048 0.040 0.028 0.017 8 N 0.352 0.183 0.071 0.160 0.080 0.052 0.042 0.022 0.018 0.012 0.008 9 M 0.060 0.048 0.024 0.089 0.096 0.107 0.170 0.124 0.118 0.094 0.070 10 M 0.095 0.182 0.086 0.284 0.154 0.093 0.055 0.024 0.014 0.008 0.005 11 F 0.012 0.015 0.013 0.039 0.064 0.105 0.176 0.185 0.187 0.132 0.071 12 H 0.029 0.077 0.060 0.265 0.224 0.144 0.106 0.048 0.026 0.013 0.009 13 V 0.002 0.002 0.002 0.006 0.011 0.019 0.070 0.125 0.233 0.289 0.240 14 R 0.027 0.101 0.081 0.322 0.222 0.124 0.078 0.024 0.013 0.005 0.003 15 T 0.003 0.004 0.002 0.010 0.016 0.027 0.089 0.141 0.215 0.237 0.256 16 D 0.163 0.239 0.117 0.227 0.114 0.064 0.042 0.016 0.010 0.006 0.004 17 S 0.294 0.188 0.062 0.152 0.101 0.066 0.070 0.029 0.019 0.012 0.007 18 N 0.586 0.161 0.046 0.102 0.049 0.024 0.014 0.007 0.005 0.003 0.002 19 H 0.017 0.036 0.020 0.103 0.140 0.174 0.219 0.125 0.093 0.049 0.024 20 D 0.042 0.121 0.085 0.235 0.181 0.130 0.105 0.045 0.029 0.016 0.011 21 V 0.004 0.004 0.004 0.013 0.022 0.045 0.129 0.187 0.232 0.217 0.143 22 L 0.027 0.069 0.050 0.211 0.204 0.158 0.141 0.065 0.041 0.022 0.013 23 M 0.003 0.004 0.003 0.010 0.015 0.026 0.082 0.132 0.243 0.257 0.226 24 D 0.068 0.100 0.052 0.199 0.183 0.133 0.126 0.063 0.040 0.022 0.015 25 T 0.027 0.043 0.019 0.057 0.080 0.095 0.181 0.159 0.139 0.115 0.084 26 K 0.098 0.146 0.058 0.181 0.156 0.116 0.110 0.057 0.036 0.025 0.016 27 E 0.324 0.151 0.075 0.176 0.119 0.067 0.047 0.019 0.011 0.007 0.005 28 E 0.248 0.159 0.088 0.175 0.102 0.071 0.072 0.034 0.024 0.016 0.011 29 V 0.026 0.029 0.021 0.057 0.076 0.115 0.192 0.148 0.138 0.114 0.084 30 G 0.134 0.164 0.056 0.120 0.096 0.086 0.111 0.069 0.064 0.052 0.048 31 G 0.171 0.098 0.063 0.099 0.090 0.090 0.117 0.080 0.076 0.064 0.051 32 K 0.349 0.172 0.074 0.163 0.101 0.058 0.042 0.017 0.011 0.007 0.006 33 D 0.221 0.126 0.055 0.156 0.124 0.105 0.092 0.047 0.036 0.024 0.015 34 A 0.204 0.113 0.044 0.135 0.119 0.108 0.111 0.063 0.049 0.034 0.020 35 A 0.147 0.103 0.037 0.118 0.115 0.120 0.152 0.082 0.064 0.038 0.025 36 P 0.021 0.018 0.008 0.032 0.047 0.066 0.135 0.151 0.197 0.175 0.149 37 R 0.034 0.133 0.039 0.184 0.194 0.158 0.144 0.054 0.033 0.018 0.010 38 P 0.009 0.009 0.005 0.029 0.061 0.086 0.171 0.167 0.194 0.156 0.112 39 L 0.049 0.032 0.021 0.107 0.184 0.187 0.217 0.099 0.063 0.029 0.013 40 E 0.004 0.013 0.021 0.103 0.137 0.180 0.274 0.132 0.082 0.037 0.018 41 L 0.002 0.001 0.006 0.007 0.008 0.013 0.070 0.141 0.217 0.274 0.260 42 V 0.002 0.001 0.006 0.008 0.010 0.017 0.094 0.149 0.204 0.272 0.237 43 L 0.001 0.002 0.074 0.031 0.034 0.048 0.160 0.152 0.208 0.177 0.113 44 T 0.001 0.001 0.028 0.013 0.015 0.036 0.166 0.162 0.203 0.215 0.161 45 G 0.001 0.001 0.010 0.004 0.004 0.011 0.086 0.145 0.226 0.283 0.230 46 L 0.003 0.004 0.056 0.016 0.013 0.021 0.112 0.152 0.215 0.229 0.178 47 M 0.003 0.009 0.117 0.030 0.028 0.038 0.124 0.139 0.188 0.173 0.149 48 G 0.010 0.008 0.071 0.019 0.020 0.034 0.113 0.119 0.205 0.212 0.189 49 C 0.009 0.007 0.050 0.022 0.026 0.039 0.138 0.149 0.213 0.190 0.158 50 T 0.002 0.008 0.037 0.017 0.018 0.033 0.128 0.146 0.220 0.218 0.175 51 G 0.006 0.010 0.046 0.029 0.039 0.067 0.172 0.138 0.191 0.165 0.137 52 M 0.023 0.019 0.062 0.043 0.050 0.073 0.167 0.140 0.171 0.142 0.110 53 D 0.001 0.005 0.021 0.027 0.038 0.064 0.187 0.186 0.207 0.152 0.111 54 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.025 0.061 0.186 0.308 0.411 55 V 0.001 0.001 0.020 0.036 0.064 0.160 0.302 0.142 0.126 0.088 0.059 56 S 0.001 0.006 0.139 0.119 0.107 0.118 0.214 0.130 0.090 0.050 0.025 57 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.014 0.079 0.142 0.230 0.272 0.250 58 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.009 0.050 0.103 0.242 0.329 0.257 59 R 0.001 0.002 0.083 0.120 0.209 0.224 0.217 0.086 0.041 0.013 0.005 60 K 0.003 0.015 0.099 0.112 0.134 0.224 0.254 0.090 0.046 0.019 0.006 61 M 0.007 0.006 0.009 0.020 0.026 0.062 0.210 0.215 0.217 0.165 0.063 62 K 0.167 0.159 0.093 0.168 0.103 0.097 0.103 0.055 0.030 0.016 0.008 63 V 0.039 0.048 0.090 0.069 0.074 0.072 0.131 0.132 0.143 0.123 0.080 64 I 0.082 0.135 0.086 0.179 0.144 0.112 0.130 0.061 0.039 0.022 0.010 65 D 0.331 0.182 0.074 0.095 0.075 0.065 0.069 0.039 0.036 0.022 0.012 66 Q 0.277 0.181 0.077 0.188 0.118 0.074 0.043 0.018 0.012 0.006 0.004 67 M 0.072 0.035 0.023 0.050 0.063 0.080 0.143 0.141 0.166 0.132 0.094 68 K 0.213 0.183 0.106 0.244 0.139 0.063 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 69 D 0.319 0.238 0.124 0.197 0.079 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 70 F 0.002 0.002 0.002 0.012 0.027 0.060 0.170 0.202 0.215 0.176 0.132 71 R 0.084 0.221 0.157 0.351 0.137 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 72 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.060 0.125 0.259 0.284 0.254 73 E 0.049 0.202 0.151 0.380 0.150 0.047 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.002 0.001 0.004 0.008 0.019 0.095 0.147 0.265 0.254 0.205 75 E 0.103 0.271 0.135 0.322 0.113 0.037 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 76 Y 0.016 0.021 0.011 0.048 0.082 0.103 0.220 0.169 0.170 0.113 0.049 77 E 0.170 0.172 0.083 0.211 0.130 0.081 0.074 0.034 0.023 0.012 0.009 78 R 0.082 0.113 0.068 0.155 0.152 0.134 0.151 0.066 0.044 0.025 0.012 79 T 0.172 0.187 0.067 0.152 0.104 0.089 0.093 0.056 0.041 0.027 0.014 80 E 0.548 0.157 0.065 0.099 0.058 0.032 0.021 0.009 0.006 0.003 0.002 81 E 0.635 0.165 0.044 0.072 0.032 0.019 0.016 0.007 0.005 0.003 0.002 82 H 0.124 0.129 0.041 0.135 0.124 0.116 0.132 0.082 0.062 0.037 0.017 83 P 0.257 0.148 0.062 0.171 0.120 0.093 0.070 0.034 0.023 0.013 0.008 84 R 0.150 0.148 0.112 0.185 0.139 0.102 0.081 0.039 0.025 0.013 0.006 85 I 0.021 0.041 0.040 0.170 0.169 0.174 0.178 0.101 0.062 0.030 0.013 86 F 0.004 0.005 0.007 0.024 0.037 0.058 0.128 0.179 0.222 0.186 0.149 87 T 0.019 0.051 0.097 0.243 0.192 0.158 0.133 0.059 0.029 0.012 0.005 88 K 0.054 0.134 0.134 0.329 0.181 0.100 0.046 0.014 0.006 0.002 0.001 89 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.049 0.116 0.231 0.276 0.309 90 H 0.028 0.140 0.117 0.398 0.203 0.077 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.059 0.124 0.258 0.277 0.262 92 K 0.039 0.125 0.085 0.457 0.201 0.069 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 93 Y 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.033 0.132 0.204 0.281 0.214 0.115 94 I 0.016 0.086 0.074 0.406 0.250 0.111 0.041 0.010 0.004 0.001 0.001 95 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.053 0.109 0.238 0.294 0.291 96 K 0.038 0.178 0.104 0.436 0.185 0.040 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 97 F 0.001 0.002 0.001 0.005 0.014 0.030 0.151 0.182 0.262 0.203 0.149 98 D 0.334 0.291 0.095 0.200 0.061 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 99 G 0.380 0.112 0.021 0.114 0.107 0.091 0.104 0.037 0.020 0.010 0.003 100 E 0.332 0.174 0.048 0.127 0.092 0.068 0.081 0.037 0.024 0.013 0.006 101 P 0.025 0.075 0.016 0.071 0.126 0.187 0.210 0.121 0.089 0.057 0.024 102 P 0.074 0.715 0.062 0.086 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.002 0.001 103 K 0.373 0.109 0.047 0.206 0.173 0.069 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 104 D 0.921 0.057 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 K 0.001 0.013 0.025 0.165 0.166 0.262 0.256 0.079 0.024 0.006 0.002 106 V 0.001 0.001 0.007 0.004 0.011 0.043 0.218 0.260 0.210 0.166 0.080 107 E 0.002 0.012 0.666 0.193 0.076 0.038 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 108 K 0.002 0.015 0.402 0.357 0.150 0.053 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.011 0.090 0.128 0.236 0.272 0.254 110 V 0.001 0.001 0.014 0.010 0.026 0.086 0.409 0.233 0.147 0.057 0.018 111 Q 0.001 0.009 0.817 0.127 0.034 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 L 0.001 0.008 0.082 0.058 0.131 0.280 0.320 0.076 0.030 0.011 0.004 113 S 0.003 0.003 0.012 0.003 0.003 0.006 0.042 0.090 0.248 0.291 0.299 114 Q 0.012 0.020 0.058 0.068 0.111 0.176 0.283 0.120 0.075 0.046 0.030 115 E 0.048 0.074 0.577 0.182 0.078 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 116 K 0.094 0.085 0.109 0.112 0.131 0.153 0.175 0.069 0.039 0.022 0.010 117 Y 0.040 0.052 0.041 0.081 0.079 0.102 0.182 0.140 0.137 0.090 0.055 118 C 0.012 0.019 0.018 0.036 0.059 0.102 0.183 0.158 0.167 0.143 0.102 119 S 0.086 0.131 0.133 0.162 0.121 0.103 0.107 0.060 0.045 0.032 0.019 120 V 0.008 0.006 0.007 0.018 0.025 0.037 0.111 0.144 0.221 0.219 0.203 121 S 0.026 0.025 0.035 0.085 0.087 0.120 0.180 0.129 0.144 0.098 0.072 122 A 0.029 0.050 0.116 0.228 0.172 0.144 0.122 0.064 0.041 0.021 0.012 123 I 0.009 0.015 0.049 0.040 0.042 0.060 0.136 0.158 0.197 0.169 0.125 124 L 0.006 0.007 0.014 0.029 0.037 0.055 0.123 0.135 0.183 0.203 0.208 125 K 0.038 0.080 0.119 0.193 0.172 0.131 0.132 0.062 0.043 0.020 0.009 126 C 0.065 0.064 0.079 0.161 0.157 0.168 0.150 0.071 0.045 0.024 0.013 127 S 0.325 0.195 0.089 0.157 0.092 0.055 0.043 0.020 0.012 0.007 0.004 128 S 0.028 0.022 0.010 0.039 0.047 0.079 0.162 0.150 0.170 0.159 0.135 129 K 0.253 0.306 0.137 0.198 0.072 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 130 V 0.003 0.002 0.001 0.005 0.009 0.020 0.085 0.144 0.246 0.249 0.236 131 T 0.055 0.248 0.139 0.344 0.148 0.044 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 132 Y 0.006 0.009 0.005 0.023 0.045 0.078 0.188 0.186 0.215 0.154 0.091 133 E 0.138 0.194 0.143 0.323 0.130 0.047 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 134 I 0.004 0.005 0.004 0.013 0.022 0.039 0.139 0.171 0.247 0.222 0.134 135 V 0.040 0.131 0.096 0.324 0.194 0.096 0.066 0.027 0.016 0.007 0.004 136 Y 0.028 0.033 0.024 0.053 0.063 0.088 0.187 0.157 0.166 0.123 0.078 137 E 0.165 0.185 0.127 0.233 0.134 0.073 0.046 0.019 0.011 0.005 0.002 138 N 0.450 0.204 0.042 0.110 0.074 0.044 0.036 0.019 0.012 0.006 0.003