This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA Q A 3 3 NATAA A A 4 4 NATAA R A 5 5 NATAA W A 6 6 NATAA I A 7 7 NATAA G A 8 8 NATAA N A 9 9 NATAA M A 10 10 NATAA M A 11 11 NATAA F A 12 12 NATAA H A 13 13 NATAA V A 14 14 NATAA R A 15 15 NATAA T A 16 16 NATAA D A 17 17 NATAA S A 18 18 NATAA N A 19 19 NATAA H A 20 20 NATAA D A 21 21 NATAA V A 22 22 NATAA L A 23 23 NATAA M A 24 24 NATAA D A 25 25 NATAA T A 26 26 NATAA K A 27 27 NATAA E A 28 28 NATAA E A 29 29 NATAA V A 30 30 NATAA G A 31 31 NATAA G A 32 32 NATAA K A 33 33 NATAA D A 34 34 NATAA A A 35 35 NATAA A A 36 36 NATRO P A 37 37 NATAA R A 38 38 NATRO P A 39 39 NATAA L A 40 40 NATAA E A 41 41 NATAA L A 42 42 NATAA V A 43 43 NATAA L A 44 44 NATAA T A 45 45 NATAA G A 46 46 NATAA L A 47 47 NATAA M A 48 48 NATAA G A 49 49 NATRO C A 50 50 NATAA T A 51 51 NATAA G A 52 52 NATAA M A 53 53 NATAA D A 54 54 NATAA V A 55 55 NATAA V A 56 56 NATAA S A 57 57 NATAA I A 58 58 NATAA L A 59 59 NATAA R A 60 60 NATAA K A 61 61 NATAA M A 62 62 NATAA K A 63 63 NATAA V A 64 64 NATAA I A 65 65 NATAA D A 66 66 NATAA Q A 67 67 NATAA M A 68 68 NATAA K A 69 69 NATAA D A 70 70 NATAA F A 71 71 NATAA R A 72 72 NATAA I A 73 73 NATAA E A 74 74 NATAA I A 75 75 NATAA E A 76 76 NATAA Y A 77 77 NATAA E A 78 78 NATAA R A 79 79 NATAA T A 80 80 NATAA E A 81 81 NATAA E A 82 82 NATAA H A 83 83 NATRO P A 84 84 NATAA R A 85 85 NATAA I A 86 86 NATAA F A 87 87 NATAA T A 88 88 NATAA K A 89 89 NATAA V A 90 90 NATAA H A 91 91 NATAA L A 92 92 NATAA K A 93 93 NATAA Y A 94 94 NATAA I A 95 95 NATAA F A 96 96 NATAA K A 97 97 NATAA F A 98 98 NATAA D A 99 99 NATAA G A 100 100 NATAA E A 101 101 NATRO P A 102 102 NATRO P A 103 103 NATAA K A 104 104 NATAA D A 105 105 NATAA K A 106 106 NATAA V A 107 107 NATAA E A 108 108 NATAA K A 109 109 NATAA A A 110 110 NATAA V A 111 111 NATAA Q A 112 112 NATAA L A 113 113 NATAA S A 114 114 NATAA Q A 115 115 NATAA E A 116 116 NATAA K A 117 117 NATAA Y A 118 118 NATRO C A 119 119 NATAA S A 120 120 NATAA V A 121 121 NATAA S A 122 122 NATAA A A 123 123 NATAA I A 124 124 NATAA L A 125 125 NATAA K A 126 126 NATRO C A 127 127 NATAA S A 128 128 NATAA S A 129 129 NATAA K A 130 130 NATAA V A 131 131 NATAA T A 132 132 NATAA Y A 133 133 NATAA E A 134 134 NATAA I A 135 135 NATAA V A 136 136 NATAA Y A 137 137 NATAA E A 138 138 NATAA N B 1 1 NATAA M B 2 2 NATAA Q B 3 3 NATAA A B 4 4 NATAA R B 5 5 NATAA W B 6 6 NATAA I B 7 7 NATAA G B 8 8 NATAA N B 9 9 NATAA M B 10 10 NATAA M B 11 11 NATAA F B 12 12 NATAA H B 13 13 NATAA V B 14 14 NATAA R B 15 15 NATAA T B 16 16 NATAA D B 17 17 NATAA S B 18 18 NATAA N B 19 19 NATAA H B 20 20 NATAA D B 21 21 NATAA V B 22 22 NATAA L B 23 23 NATAA M B 24 24 NATAA D B 25 25 NATAA T B 26 26 NATAA K B 27 27 NATAA E B 28 28 NATAA E B 29 29 NATAA V B 30 30 NATAA G B 31 31 NATAA G B 32 32 NATAA K B 33 33 NATAA D B 34 34 NATAA A B 35 35 NATAA A B 36 36 NATRO P B 37 37 NATAA R B 38 38 NATRO P B 39 39 NATAA L B 40 40 NATAA E B 41 41 NATAA L B 42 42 NATAA V B 43 43 NATAA L B 44 44 NATAA T B 45 45 NATAA G B 46 46 NATAA L B 47 47 NATAA M B 48 48 NATAA G B 49 49 NATRO C B 50 50 NATAA T B 51 51 NATAA G B 52 52 NATAA M B 53 53 NATAA D B 54 54 NATAA V B 55 55 NATAA V B 56 56 NATAA S B 57 57 NATAA I B 58 58 NATAA L B 59 59 NATAA R B 60 60 NATAA K B 61 61 NATAA M B 62 62 NATAA K B 63 63 NATAA V B 64 64 NATAA I B 65 65 NATAA D B 66 66 NATAA Q B 67 67 NATAA M B 68 68 NATAA K B 69 69 NATAA D B 70 70 NATAA F B 71 71 NATAA R B 72 72 NATAA I B 73 73 NATAA E B 74 74 NATAA I B 75 75 NATAA E B 76 76 NATAA Y B 77 77 NATAA E B 78 78 NATAA R B 79 79 NATAA T B 80 80 NATAA E B 81 81 NATAA E B 82 82 NATAA H B 83 83 NATRO P B 84 84 NATAA R B 85 85 NATAA I B 86 86 NATAA F B 87 87 NATAA T B 88 88 NATAA K B 89 89 NATAA V B 90 90 NATAA H B 91 91 NATAA L B 92 92 NATAA K B 93 93 NATAA Y B 94 94 NATAA I B 95 95 NATAA F B 96 96 NATAA K B 97 97 NATAA F B 98 98 NATAA D B 99 99 NATAA G B 100 100 NATAA E B 101 101 NATRO P B 102 102 NATRO P B 103 103 NATAA K B 104 104 NATAA D B 105 105 NATAA K B 106 106 NATAA V B 107 107 NATAA E B 108 108 NATAA K B 109 109 NATAA A B 110 110 NATAA V B 111 111 NATAA Q B 112 112 NATAA L B 113 113 NATAA S B 114 114 NATAA Q B 115 115 NATAA E B 116 116 NATAA K B 117 117 NATAA Y B 118 118 NATRO C B 119 119 NATAA S B 120 120 NATAA V B 121 121 NATAA S B 122 122 NATAA A B 123 123 NATAA I B 124 124 NATAA L B 125 125 NATAA K B 126 126 NATRO C B 127 127 NATAA S B 128 128 NATAA S B 129 129 NATAA K B 130 130 NATAA V B 131 131 NATAA T B 132 132 NATAA Y B 133 133 NATAA E B 134 134 NATAA I B 135 135 NATAA V B 136 136 NATAA Y B 137 137 NATAA E B 138 138 NATAA N