# TARGET T0227 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0227.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.1003 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.160 0.251 0.396 0.030 0.044 0.033 0.018 0.002 0.063 0.003 0.001 2 E 0.378 0.039 0.408 0.100 0.005 0.044 0.004 0.002 0.004 0.002 0.014 3 R 0.082 0.205 0.356 0.012 0.077 0.020 0.024 0.003 0.204 0.017 0.001 4 P 0.497 0.007 0.340 0.050 0.002 0.012 0.001 0.002 0.001 0.002 0.086 5 K 0.244 0.190 0.182 0.175 0.079 0.035 0.046 0.016 0.028 0.004 0.001 6 L 0.077 0.437 0.262 0.119 0.058 0.019 0.006 0.002 0.017 0.001 0.001 7 G 0.070 0.297 0.179 0.031 0.317 0.011 0.018 0.019 0.019 0.037 0.001 8 L 0.023 0.631 0.218 0.013 0.087 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 9 I 0.015 0.671 0.201 0.007 0.035 0.044 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 10 V 0.022 0.698 0.168 0.010 0.031 0.033 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 11 R 0.027 0.363 0.437 0.006 0.022 0.074 0.008 0.001 0.058 0.001 0.002 12 E 0.038 0.120 0.702 0.001 0.014 0.039 0.007 0.001 0.071 0.002 0.006 13 P 0.428 0.004 0.442 0.012 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 14 Y 0.461 0.071 0.091 0.195 0.047 0.015 0.033 0.061 0.016 0.011 0.001 15 A 0.357 0.144 0.363 0.028 0.039 0.042 0.009 0.004 0.009 0.004 0.001 16 S 0.866 0.019 0.019 0.084 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.369 0.380 0.084 0.033 0.110 0.009 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 18 I 0.434 0.369 0.110 0.036 0.008 0.023 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 19 V 0.293 0.415 0.133 0.033 0.018 0.043 0.003 0.001 0.061 0.001 0.001 20 D 0.188 0.117 0.254 0.268 0.036 0.046 0.054 0.004 0.025 0.006 0.001 21 G 0.119 0.029 0.077 0.050 0.152 0.003 0.117 0.320 0.003 0.128 0.001 22 R 0.150 0.326 0.328 0.087 0.050 0.029 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 23 K 0.035 0.249 0.632 0.008 0.009 0.049 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 24 V 0.061 0.722 0.103 0.024 0.056 0.017 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 25 W 0.028 0.702 0.152 0.010 0.077 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 26 E 0.023 0.728 0.131 0.009 0.075 0.017 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 27 I 0.048 0.632 0.160 0.017 0.080 0.027 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 28 R 0.031 0.630 0.213 0.007 0.053 0.025 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 29 R 0.111 0.164 0.592 0.019 0.006 0.083 0.005 0.001 0.015 0.001 0.004 30 R 0.075 0.456 0.288 0.015 0.075 0.030 0.014 0.001 0.043 0.001 0.001 31 K 0.235 0.141 0.423 0.066 0.014 0.077 0.017 0.002 0.018 0.002 0.005 32 T 0.135 0.368 0.215 0.117 0.097 0.030 0.006 0.002 0.028 0.003 0.001 33 R 0.367 0.155 0.168 0.178 0.041 0.032 0.027 0.007 0.019 0.006 0.001 34 H 0.142 0.241 0.233 0.156 0.079 0.057 0.042 0.011 0.031 0.007 0.001 35 R 0.091 0.283 0.262 0.186 0.057 0.031 0.041 0.006 0.039 0.002 0.001 36 G 0.062 0.022 0.196 0.002 0.140 0.001 0.008 0.035 0.005 0.528 0.001 37 P 0.333 0.016 0.460 0.047 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 38 L 0.187 0.392 0.192 0.115 0.068 0.015 0.009 0.003 0.016 0.002 0.001 39 G 0.086 0.445 0.154 0.020 0.242 0.015 0.006 0.004 0.021 0.006 0.001 40 I 0.126 0.550 0.214 0.024 0.015 0.050 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 41 V 0.052 0.513 0.184 0.041 0.064 0.060 0.008 0.001 0.076 0.001 0.001 42 S 0.141 0.216 0.420 0.067 0.078 0.031 0.009 0.007 0.016 0.012 0.002 43 G 0.088 0.062 0.132 0.136 0.127 0.008 0.254 0.103 0.012 0.077 0.001 44 G 0.050 0.014 0.070 0.043 0.101 0.004 0.102 0.401 0.001 0.211 0.001 45 R 0.075 0.405 0.330 0.054 0.063 0.028 0.015 0.002 0.024 0.001 0.001 46 L 0.023 0.275 0.562 0.006 0.011 0.080 0.007 0.001 0.032 0.001 0.002 47 I 0.136 0.192 0.487 0.122 0.007 0.040 0.002 0.001 0.012 0.001 0.002 48 G 0.009 0.092 0.097 0.005 0.702 0.004 0.007 0.016 0.005 0.062 0.001 49 Q 0.352 0.230 0.149 0.127 0.051 0.057 0.008 0.003 0.019 0.002 0.003 50 A 0.232 0.318 0.149 0.137 0.128 0.008 0.007 0.003 0.015 0.004 0.001 51 D 0.053 0.318 0.423 0.034 0.035 0.089 0.010 0.001 0.036 0.001 0.001 52 L 0.102 0.304 0.456 0.008 0.006 0.102 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 53 V 0.484 0.117 0.024 0.344 0.014 0.004 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 54 G 0.032 0.161 0.129 0.036 0.522 0.007 0.073 0.028 0.004 0.006 0.001 55 V 0.034 0.669 0.186 0.019 0.048 0.024 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 56 E 0.111 0.325 0.219 0.207 0.039 0.041 0.008 0.001 0.046 0.002 0.001 57 G 0.025 0.189 0.371 0.004 0.307 0.005 0.013 0.006 0.032 0.048 0.001 58 P 0.227 0.044 0.483 0.099 0.005 0.041 0.002 0.002 0.003 0.002 0.091 59 F 0.018 0.427 0.289 0.028 0.145 0.032 0.032 0.002 0.024 0.002 0.001 60 S 0.007 0.068 0.822 0.001 0.049 0.035 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 61 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 H 0.942 0.001 0.003 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 Q 0.979 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.972 0.002 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.845 0.004 0.009 0.134 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.574 0.019 0.040 0.303 0.008 0.008 0.028 0.009 0.009 0.002 0.001 72 L 0.464 0.021 0.055 0.179 0.008 0.039 0.204 0.013 0.013 0.005 0.001 73 A 0.347 0.100 0.332 0.071 0.066 0.031 0.013 0.007 0.015 0.017 0.001 74 E 0.534 0.039 0.239 0.073 0.022 0.065 0.007 0.002 0.012 0.005 0.002 75 E 0.945 0.006 0.011 0.031 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.942 0.003 0.011 0.035 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 77 F 0.977 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.973 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.978 0.003 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.921 0.005 0.011 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 Y 0.647 0.016 0.059 0.257 0.001 0.007 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 82 A 0.479 0.072 0.214 0.123 0.016 0.024 0.032 0.010 0.021 0.008 0.001 83 K 0.387 0.033 0.141 0.309 0.020 0.012 0.063 0.010 0.003 0.021 0.001 84 D 0.119 0.027 0.115 0.389 0.016 0.058 0.189 0.061 0.022 0.006 0.001 85 E 0.029 0.331 0.494 0.002 0.016 0.017 0.005 0.001 0.106 0.001 0.001 86 P 0.167 0.009 0.713 0.005 0.001 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 87 L 0.329 0.312 0.221 0.043 0.042 0.030 0.004 0.003 0.014 0.001 0.001 88 Y 0.435 0.325 0.112 0.041 0.056 0.015 0.003 0.001 0.008 0.002 0.001 89 A 0.586 0.184 0.110 0.028 0.057 0.017 0.004 0.002 0.009 0.002 0.001 90 W 0.677 0.151 0.074 0.030 0.038 0.015 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 91 V 0.597 0.203 0.078 0.044 0.015 0.033 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 92 L 0.561 0.161 0.143 0.069 0.011 0.038 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 93 E 0.729 0.063 0.080 0.085 0.018 0.011 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 94 N 0.132 0.085 0.148 0.251 0.070 0.086 0.049 0.004 0.173 0.002 0.001 95 A 0.680 0.045 0.127 0.102 0.008 0.016 0.009 0.004 0.007 0.001 0.001 96 F 0.675 0.074 0.083 0.120 0.018 0.009 0.011 0.003 0.005 0.002 0.001 97 R 0.584 0.085 0.130 0.158 0.011 0.013 0.005 0.003 0.011 0.001 0.001 98 Y 0.369 0.209 0.208 0.096 0.031 0.031 0.022 0.003 0.027 0.003 0.001 99 E 0.389 0.082 0.346 0.074 0.005 0.054 0.010 0.001 0.034 0.002 0.004 100 K 0.115 0.170 0.585 0.003 0.052 0.009 0.011 0.001 0.042 0.006 0.004 101 P 0.132 0.005 0.585 0.008 0.001 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.229 102 L 0.104 0.287 0.381 0.133 0.041 0.031 0.007 0.002 0.012 0.001 0.001 103 H 0.041 0.152 0.181 0.085 0.016 0.267 0.160 0.003 0.090 0.002 0.001 104 V 0.014 0.627 0.201 0.005 0.023 0.015 0.002 0.001 0.112 0.001 0.001 105 P 0.089 0.024 0.735 0.014 0.001 0.121 0.002 0.001 0.004 0.001 0.010 106 R 0.059 0.373 0.431 0.032 0.038 0.031 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 107 R 0.024 0.219 0.537 0.001 0.050 0.011 0.006 0.001 0.143 0.006 0.002 108 P 0.117 0.001 0.644 0.020 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 109 G 0.024 0.028 0.096 0.037 0.191 0.002 0.033 0.526 0.003 0.060 0.001 110 R 0.014 0.314 0.509 0.026 0.041 0.068 0.005 0.001 0.019 0.001 0.002 111 V 0.002 0.795 0.159 0.002 0.020 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 112 M 0.001 0.911 0.029 0.001 0.038 0.006 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 113 F 0.001 0.487 0.420 0.001 0.006 0.066 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 114 V 0.002 0.827 0.079 0.001 0.035 0.024 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 115 D 0.002 0.126 0.551 0.001 0.007 0.251 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 116 L 0.702 0.055 0.087 0.090 0.005 0.044 0.002 0.001 0.013 0.001 0.002 117 S 0.861 0.004 0.007 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 E 0.318 0.076 0.068 0.281 0.107 0.010 0.104 0.014 0.019 0.002 0.001 119 V 0.441 0.195 0.218 0.093 0.014 0.021 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 120 R 0.253 0.217 0.194 0.179 0.023 0.068 0.012 0.003 0.048 0.002 0.001 121 W 0.178 0.202 0.274 0.108 0.112 0.019 0.035 0.019 0.015 0.038 0.001