# TARGET T0227 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0227.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.8789 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.128 0.221 0.404 0.037 0.089 0.022 0.038 0.012 0.025 0.024 0.001 2 E 0.294 0.071 0.235 0.220 0.017 0.079 0.046 0.010 0.015 0.005 0.009 3 R 0.034 0.382 0.297 0.019 0.071 0.023 0.027 0.001 0.144 0.002 0.001 4 P 0.086 0.023 0.827 0.013 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 5 K 0.046 0.578 0.248 0.020 0.069 0.018 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 6 L 0.015 0.760 0.134 0.012 0.052 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 7 G 0.014 0.608 0.125 0.014 0.186 0.015 0.004 0.001 0.029 0.003 0.001 8 L 0.006 0.705 0.178 0.004 0.078 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 9 I 0.007 0.506 0.362 0.003 0.023 0.070 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 10 V 0.021 0.594 0.289 0.014 0.025 0.029 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 11 R 0.007 0.201 0.703 0.001 0.022 0.037 0.002 0.001 0.024 0.002 0.001 12 E 0.191 0.044 0.689 0.001 0.014 0.022 0.002 0.001 0.020 0.008 0.007 13 P 0.953 0.001 0.028 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 14 Y 0.897 0.005 0.011 0.064 0.005 0.002 0.002 0.007 0.003 0.004 0.001 15 A 0.970 0.002 0.010 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.955 0.007 0.005 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.911 0.008 0.009 0.067 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 V 0.726 0.084 0.070 0.069 0.007 0.017 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 20 D 0.238 0.020 0.085 0.552 0.010 0.022 0.054 0.005 0.010 0.004 0.001 21 G 0.197 0.026 0.084 0.092 0.071 0.003 0.125 0.340 0.004 0.059 0.001 22 R 0.168 0.301 0.297 0.133 0.040 0.029 0.012 0.002 0.016 0.001 0.001 23 K 0.028 0.273 0.616 0.009 0.012 0.043 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 24 V 0.031 0.790 0.087 0.015 0.052 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 25 W 0.011 0.775 0.124 0.004 0.065 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 26 E 0.007 0.808 0.110 0.003 0.038 0.019 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 27 I 0.018 0.711 0.167 0.006 0.046 0.025 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 28 R 0.012 0.736 0.138 0.004 0.059 0.018 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 29 R 0.058 0.208 0.618 0.011 0.007 0.076 0.004 0.001 0.015 0.001 0.003 30 R 0.043 0.516 0.262 0.011 0.065 0.028 0.008 0.001 0.064 0.001 0.001 31 K 0.140 0.154 0.569 0.024 0.021 0.049 0.011 0.002 0.021 0.003 0.007 32 T 0.277 0.222 0.263 0.125 0.053 0.034 0.006 0.003 0.012 0.003 0.002 33 R 0.325 0.255 0.131 0.165 0.053 0.025 0.013 0.005 0.023 0.005 0.001 34 H 0.121 0.289 0.263 0.099 0.083 0.047 0.040 0.007 0.044 0.006 0.002 35 R 0.087 0.206 0.385 0.159 0.049 0.028 0.034 0.010 0.033 0.004 0.005 36 G 0.016 0.017 0.141 0.001 0.202 0.001 0.007 0.053 0.004 0.557 0.001 37 P 0.125 0.014 0.481 0.059 0.004 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 38 L 0.008 0.752 0.108 0.018 0.092 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 39 G 0.002 0.868 0.049 0.001 0.050 0.009 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 40 I 0.004 0.743 0.187 0.002 0.005 0.039 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 41 V 0.009 0.588 0.150 0.012 0.034 0.070 0.003 0.001 0.134 0.001 0.001 42 S 0.073 0.272 0.371 0.040 0.090 0.054 0.018 0.008 0.042 0.027 0.004 43 G 0.029 0.030 0.095 0.070 0.079 0.012 0.489 0.078 0.011 0.104 0.003 44 G 0.019 0.011 0.065 0.015 0.112 0.001 0.043 0.445 0.001 0.285 0.003 45 R 0.036 0.462 0.377 0.017 0.040 0.030 0.009 0.001 0.025 0.001 0.002 46 L 0.020 0.272 0.579 0.003 0.004 0.102 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 47 I 0.121 0.428 0.059 0.313 0.031 0.014 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 48 G 0.004 0.060 0.048 0.005 0.798 0.002 0.011 0.022 0.001 0.049 0.001 49 Q 0.027 0.643 0.127 0.042 0.100 0.029 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 50 A 0.022 0.548 0.173 0.021 0.192 0.013 0.006 0.001 0.021 0.002 0.001 51 D 0.006 0.208 0.607 0.004 0.012 0.132 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 52 L 0.236 0.243 0.342 0.025 0.004 0.124 0.002 0.001 0.021 0.001 0.002 53 V 0.836 0.026 0.024 0.104 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 G 0.085 0.036 0.035 0.259 0.163 0.005 0.329 0.080 0.006 0.003 0.001 55 V 0.046 0.203 0.685 0.011 0.011 0.036 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 56 E 0.285 0.020 0.025 0.659 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 57 G 0.010 0.120 0.072 0.002 0.658 0.001 0.007 0.006 0.005 0.119 0.001 58 P 0.162 0.084 0.417 0.116 0.010 0.058 0.003 0.003 0.012 0.001 0.135 59 F 0.011 0.544 0.236 0.038 0.105 0.028 0.016 0.001 0.019 0.001 0.001 60 S 0.002 0.147 0.716 0.001 0.071 0.043 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 61 V 0.989 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 E 0.978 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 L 0.975 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.955 0.010 0.013 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.900 0.011 0.016 0.061 0.003 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 67 H 0.673 0.031 0.072 0.179 0.006 0.012 0.009 0.002 0.014 0.001 0.001 68 Q 0.718 0.048 0.085 0.073 0.012 0.013 0.029 0.007 0.008 0.006 0.001 69 E 0.704 0.039 0.071 0.115 0.014 0.017 0.025 0.006 0.006 0.004 0.001 70 K 0.614 0.056 0.081 0.196 0.016 0.010 0.014 0.005 0.008 0.002 0.001 71 H 0.575 0.065 0.108 0.138 0.022 0.023 0.037 0.011 0.016 0.005 0.001 72 L 0.535 0.097 0.187 0.097 0.018 0.032 0.015 0.002 0.014 0.002 0.001 73 A 0.444 0.084 0.243 0.072 0.055 0.036 0.018 0.009 0.017 0.020 0.001 74 E 0.776 0.038 0.096 0.052 0.009 0.016 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 75 E 0.941 0.007 0.020 0.024 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.949 0.003 0.012 0.025 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 77 F 0.974 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.955 0.004 0.010 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.952 0.009 0.012 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.881 0.010 0.022 0.071 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 81 Y 0.668 0.036 0.063 0.208 0.003 0.009 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 82 A 0.496 0.081 0.113 0.167 0.018 0.031 0.056 0.008 0.024 0.006 0.001 83 K 0.218 0.049 0.095 0.339 0.045 0.017 0.170 0.029 0.011 0.027 0.001 84 D 0.135 0.039 0.121 0.303 0.021 0.050 0.261 0.045 0.018 0.005 0.001 85 E 0.012 0.508 0.353 0.002 0.027 0.012 0.005 0.001 0.081 0.001 0.001 86 P 0.040 0.020 0.848 0.005 0.001 0.059 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 87 L 0.014 0.547 0.305 0.009 0.093 0.019 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 88 Y 0.017 0.795 0.073 0.014 0.081 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 89 A 0.003 0.809 0.093 0.003 0.071 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 90 W 0.002 0.866 0.047 0.001 0.055 0.010 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 91 V 0.003 0.775 0.133 0.001 0.007 0.049 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 92 L 0.020 0.320 0.467 0.005 0.007 0.152 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 93 E 0.616 0.109 0.083 0.126 0.030 0.018 0.007 0.001 0.007 0.002 0.001 94 N 0.051 0.151 0.085 0.118 0.320 0.042 0.157 0.006 0.065 0.004 0.001 95 A 0.355 0.229 0.225 0.128 0.026 0.020 0.003 0.002 0.010 0.001 0.002 96 F 0.234 0.422 0.151 0.053 0.073 0.018 0.012 0.002 0.032 0.003 0.001 97 R 0.266 0.176 0.401 0.070 0.015 0.039 0.009 0.003 0.017 0.002 0.001 98 Y 0.225 0.271 0.232 0.138 0.039 0.038 0.025 0.008 0.020 0.003 0.001 99 E 0.231 0.283 0.270 0.058 0.017 0.048 0.021 0.001 0.068 0.002 0.001 100 K 0.058 0.110 0.709 0.002 0.027 0.014 0.011 0.001 0.059 0.003 0.006 101 P 0.128 0.005 0.640 0.010 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 102 L 0.079 0.304 0.457 0.063 0.037 0.041 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 103 H 0.034 0.167 0.375 0.054 0.010 0.235 0.037 0.001 0.084 0.001 0.001 104 V 0.043 0.450 0.334 0.008 0.023 0.015 0.003 0.001 0.123 0.001 0.001 105 P 0.171 0.014 0.750 0.009 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 106 R 0.186 0.193 0.431 0.111 0.017 0.036 0.004 0.002 0.018 0.001 0.001 107 R 0.056 0.224 0.401 0.002 0.051 0.018 0.012 0.001 0.221 0.012 0.001 108 P 0.203 0.002 0.648 0.040 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.082 109 G 0.042 0.012 0.044 0.055 0.045 0.005 0.101 0.672 0.002 0.023 0.001 110 R 0.129 0.390 0.340 0.057 0.026 0.031 0.006 0.002 0.019 0.001 0.001 111 V 0.068 0.467 0.329 0.018 0.039 0.028 0.010 0.002 0.038 0.002 0.001 112 M 0.163 0.442 0.208 0.058 0.071 0.030 0.007 0.001 0.017 0.002 0.001 113 F 0.125 0.334 0.282 0.065 0.066 0.080 0.011 0.003 0.029 0.002 0.002 114 V 0.038 0.670 0.169 0.009 0.032 0.024 0.002 0.001 0.055 0.001 0.001 115 D 0.026 0.049 0.670 0.003 0.003 0.192 0.003 0.001 0.047 0.001 0.004 116 L 0.786 0.034 0.077 0.063 0.005 0.019 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 117 S 0.862 0.011 0.032 0.082 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 118 E 0.264 0.079 0.054 0.513 0.045 0.008 0.015 0.005 0.016 0.001 0.001 119 V 0.069 0.408 0.371 0.048 0.034 0.031 0.007 0.001 0.030 0.001 0.001 120 R 0.069 0.563 0.214 0.037 0.018 0.055 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 121 W 0.079 0.400 0.315 0.039 0.064 0.044 0.013 0.004 0.033 0.009 0.001