# TARGET T0227 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0227.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.8789 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.201 0.120 0.037 0.160 0.024 0.031 0.161 0.100 0.073 0.025 2 E 0.038 0.093 0.115 0.064 0.068 0.083 0.160 0.156 0.101 0.093 0.030 3 R 0.215 0.162 0.083 0.019 0.284 0.009 0.022 0.023 0.020 0.057 0.106 4 P 0.150 0.264 0.047 0.002 0.404 0.001 0.002 0.014 0.029 0.045 0.042 5 K 0.109 0.164 0.042 0.009 0.334 0.032 0.118 0.080 0.053 0.044 0.016 6 L 0.313 0.079 0.013 0.005 0.507 0.007 0.016 0.011 0.006 0.010 0.034 7 G 0.182 0.101 0.020 0.016 0.590 0.019 0.011 0.010 0.005 0.010 0.035 8 L 0.165 0.133 0.008 0.001 0.661 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.024 9 I 0.255 0.113 0.018 0.001 0.414 0.001 0.003 0.008 0.004 0.033 0.149 10 V 0.140 0.304 0.095 0.012 0.268 0.006 0.020 0.040 0.023 0.035 0.057 11 R 0.018 0.368 0.288 0.059 0.060 0.016 0.024 0.086 0.039 0.029 0.012 12 E 0.012 0.175 0.118 0.023 0.055 0.016 0.013 0.435 0.132 0.013 0.010 13 P 0.007 0.036 0.021 0.007 0.019 0.028 0.057 0.724 0.088 0.009 0.004 14 Y 0.010 0.015 0.008 0.004 0.008 0.002 0.007 0.689 0.088 0.161 0.007 15 A 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.771 0.188 0.025 0.004 16 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 0.888 0.081 0.002 0.001 17 L 0.003 0.004 0.003 0.001 0.011 0.002 0.021 0.876 0.062 0.016 0.001 18 I 0.008 0.004 0.005 0.002 0.008 0.005 0.041 0.838 0.074 0.014 0.003 19 V 0.009 0.018 0.010 0.012 0.010 0.027 0.089 0.642 0.088 0.084 0.011 20 D 0.007 0.440 0.159 0.065 0.045 0.021 0.047 0.056 0.022 0.123 0.014 21 G 0.066 0.072 0.063 0.026 0.058 0.010 0.009 0.023 0.041 0.436 0.196 22 R 0.076 0.419 0.085 0.004 0.318 0.003 0.011 0.029 0.020 0.019 0.014 23 K 0.222 0.177 0.023 0.002 0.532 0.002 0.007 0.007 0.003 0.005 0.020 24 V 0.268 0.095 0.014 0.011 0.530 0.018 0.031 0.007 0.003 0.005 0.019 25 W 0.237 0.092 0.008 0.003 0.634 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.015 26 E 0.220 0.072 0.005 0.001 0.679 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.017 27 I 0.403 0.065 0.007 0.003 0.394 0.003 0.004 0.005 0.002 0.023 0.092 28 R 0.081 0.392 0.078 0.009 0.396 0.004 0.007 0.007 0.002 0.007 0.016 29 R 0.261 0.150 0.042 0.010 0.322 0.009 0.015 0.023 0.017 0.049 0.103 30 R 0.075 0.341 0.216 0.029 0.227 0.014 0.024 0.031 0.018 0.010 0.015 31 K 0.085 0.363 0.139 0.016 0.256 0.011 0.016 0.038 0.029 0.021 0.025 32 T 0.117 0.246 0.060 0.016 0.230 0.015 0.040 0.094 0.089 0.053 0.040 33 R 0.110 0.109 0.045 0.021 0.123 0.046 0.087 0.139 0.147 0.120 0.052 34 H 0.122 0.130 0.149 0.066 0.164 0.049 0.069 0.059 0.048 0.104 0.038 35 R 0.088 0.086 0.095 0.198 0.061 0.077 0.136 0.033 0.030 0.108 0.089 36 G 0.011 0.133 0.268 0.346 0.030 0.079 0.009 0.009 0.013 0.078 0.025 37 P 0.151 0.234 0.052 0.007 0.460 0.004 0.009 0.012 0.017 0.029 0.025 38 L 0.252 0.115 0.009 0.001 0.598 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 39 G 0.086 0.164 0.012 0.001 0.727 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 40 I 0.518 0.039 0.006 0.001 0.333 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.089 41 V 0.059 0.170 0.346 0.153 0.169 0.042 0.018 0.009 0.004 0.011 0.019 42 S 0.080 0.098 0.083 0.108 0.116 0.124 0.149 0.160 0.034 0.020 0.030 43 G 0.014 0.058 0.076 0.189 0.020 0.032 0.035 0.072 0.135 0.323 0.044 44 G 0.011 0.066 0.158 0.471 0.031 0.109 0.010 0.021 0.029 0.081 0.012 45 R 0.085 0.354 0.069 0.006 0.362 0.005 0.015 0.051 0.025 0.017 0.011 46 L 0.333 0.114 0.032 0.006 0.332 0.011 0.021 0.021 0.010 0.028 0.091 47 I 0.120 0.080 0.030 0.096 0.128 0.134 0.130 0.071 0.050 0.084 0.076 48 G 0.040 0.121 0.161 0.211 0.103 0.090 0.025 0.047 0.046 0.116 0.041 49 Q 0.239 0.059 0.020 0.011 0.197 0.010 0.023 0.048 0.076 0.180 0.137 50 A 0.102 0.299 0.107 0.014 0.328 0.009 0.013 0.032 0.035 0.031 0.029 51 D 0.214 0.219 0.035 0.003 0.405 0.002 0.006 0.026 0.013 0.023 0.054 52 L 0.376 0.039 0.009 0.007 0.205 0.007 0.008 0.039 0.087 0.077 0.146 53 V 0.007 0.027 0.011 0.048 0.024 0.191 0.236 0.295 0.143 0.014 0.004 54 G 0.273 0.076 0.022 0.002 0.294 0.002 0.006 0.053 0.043 0.143 0.085 55 V 0.310 0.064 0.017 0.010 0.328 0.016 0.020 0.056 0.041 0.055 0.082 56 E 0.043 0.051 0.055 0.182 0.059 0.112 0.163 0.119 0.075 0.094 0.047 57 G 0.015 0.165 0.287 0.237 0.051 0.055 0.021 0.049 0.038 0.062 0.020 58 P 0.120 0.120 0.041 0.011 0.149 0.020 0.030 0.077 0.072 0.257 0.103 59 F 0.056 0.335 0.196 0.032 0.206 0.022 0.021 0.021 0.015 0.055 0.041 60 S 0.018 0.670 0.226 0.001 0.077 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 61 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.673 0.319 0.006 0.001 62 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.061 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.063 0.016 0.001 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.055 0.007 0.001 65 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.867 0.112 0.010 0.001 66 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.031 0.867 0.063 0.026 0.001 67 H 0.010 0.016 0.006 0.002 0.015 0.004 0.030 0.683 0.123 0.103 0.008 68 Q 0.037 0.041 0.017 0.008 0.045 0.008 0.020 0.534 0.165 0.101 0.024 69 E 0.024 0.043 0.015 0.011 0.044 0.017 0.056 0.561 0.163 0.054 0.012 70 K 0.018 0.050 0.031 0.012 0.044 0.014 0.059 0.499 0.162 0.093 0.018 71 H 0.026 0.067 0.033 0.011 0.043 0.012 0.042 0.509 0.122 0.112 0.024 72 L 0.059 0.112 0.029 0.007 0.091 0.009 0.028 0.400 0.125 0.101 0.039 73 A 0.016 0.247 0.144 0.014 0.044 0.009 0.012 0.356 0.090 0.056 0.012 74 E 0.008 0.032 0.014 0.003 0.018 0.004 0.011 0.714 0.169 0.023 0.005 75 E 0.003 0.018 0.006 0.002 0.009 0.004 0.016 0.824 0.100 0.014 0.003 76 A 0.006 0.006 0.002 0.001 0.007 0.002 0.015 0.807 0.097 0.052 0.005 77 F 0.005 0.005 0.002 0.001 0.006 0.002 0.004 0.848 0.092 0.032 0.003 78 L 0.007 0.019 0.005 0.002 0.013 0.003 0.009 0.704 0.186 0.048 0.005 79 R 0.003 0.010 0.007 0.004 0.008 0.005 0.035 0.787 0.126 0.013 0.002 80 A 0.005 0.018 0.012 0.004 0.014 0.016 0.123 0.662 0.108 0.035 0.003 81 Y 0.034 0.023 0.016 0.011 0.028 0.009 0.051 0.398 0.170 0.217 0.043 82 A 0.031 0.063 0.034 0.032 0.039 0.064 0.091 0.337 0.197 0.092 0.020 83 K 0.013 0.179 0.102 0.090 0.048 0.046 0.075 0.154 0.135 0.141 0.018 84 D 0.056 0.023 0.025 0.019 0.030 0.013 0.022 0.038 0.092 0.544 0.138 85 E 0.033 0.498 0.193 0.014 0.152 0.006 0.026 0.038 0.019 0.014 0.008 86 P 0.155 0.241 0.064 0.008 0.321 0.009 0.018 0.040 0.038 0.056 0.050 87 L 0.256 0.158 0.031 0.010 0.417 0.016 0.018 0.017 0.016 0.023 0.040 88 Y 0.245 0.074 0.010 0.012 0.550 0.013 0.018 0.013 0.007 0.018 0.040 89 A 0.210 0.112 0.013 0.004 0.637 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.014 90 W 0.194 0.105 0.006 0.001 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 91 V 0.314 0.092 0.009 0.001 0.494 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.079 92 L 0.311 0.087 0.036 0.020 0.337 0.015 0.011 0.011 0.013 0.031 0.128 93 E 0.008 0.020 0.018 0.065 0.016 0.254 0.347 0.143 0.085 0.035 0.010 94 N 0.181 0.163 0.104 0.007 0.279 0.001 0.004 0.027 0.034 0.099 0.099 95 A 0.155 0.096 0.015 0.007 0.174 0.014 0.018 0.102 0.243 0.116 0.060 96 F 0.043 0.230 0.137 0.042 0.196 0.026 0.040 0.110 0.117 0.043 0.016 97 R 0.229 0.090 0.020 0.010 0.215 0.017 0.057 0.129 0.059 0.086 0.087 98 Y 0.126 0.168 0.108 0.037 0.245 0.023 0.036 0.055 0.039 0.110 0.052 99 E 0.056 0.101 0.141 0.100 0.080 0.136 0.113 0.125 0.061 0.054 0.033 100 K 0.028 0.329 0.372 0.038 0.122 0.008 0.015 0.040 0.015 0.017 0.014 101 P 0.070 0.293 0.127 0.011 0.188 0.012 0.016 0.062 0.078 0.096 0.046 102 L 0.033 0.468 0.149 0.002 0.295 0.002 0.009 0.019 0.011 0.007 0.006 103 H 0.228 0.221 0.056 0.001 0.381 0.001 0.006 0.019 0.012 0.019 0.054 104 V 0.034 0.516 0.168 0.004 0.229 0.002 0.007 0.019 0.011 0.004 0.006 105 P 0.101 0.295 0.087 0.007 0.254 0.014 0.036 0.096 0.052 0.030 0.029 106 R 0.121 0.212 0.134 0.014 0.214 0.010 0.033 0.075 0.060 0.083 0.044 107 R 0.061 0.205 0.292 0.077 0.146 0.047 0.046 0.053 0.024 0.027 0.023 108 P 0.028 0.131 0.115 0.147 0.048 0.076 0.207 0.103 0.055 0.063 0.027 109 G 0.032 0.093 0.087 0.081 0.061 0.046 0.018 0.044 0.086 0.382 0.070 110 R 0.101 0.283 0.051 0.006 0.376 0.006 0.019 0.046 0.046 0.046 0.020 111 V 0.352 0.088 0.017 0.002 0.406 0.004 0.010 0.013 0.013 0.029 0.067 112 M 0.116 0.209 0.045 0.017 0.515 0.016 0.020 0.019 0.010 0.016 0.019 113 F 0.433 0.052 0.016 0.004 0.329 0.003 0.006 0.009 0.009 0.037 0.101 114 V 0.026 0.257 0.329 0.102 0.118 0.058 0.041 0.036 0.015 0.010 0.009 115 D 0.241 0.216 0.036 0.001 0.433 0.001 0.002 0.005 0.002 0.005 0.059 116 L 0.123 0.033 0.005 0.005 0.093 0.007 0.006 0.053 0.372 0.179 0.124 117 S 0.007 0.014 0.007 0.017 0.020 0.086 0.215 0.352 0.249 0.030 0.003 118 E 0.179 0.065 0.012 0.003 0.220 0.003 0.017 0.093 0.114 0.245 0.049 119 V 0.344 0.078 0.008 0.002 0.437 0.003 0.004 0.015 0.013 0.025 0.072 120 R 0.177 0.138 0.030 0.008 0.446 0.011 0.014 0.044 0.023 0.027 0.082 121 W 0.289 0.158 0.032 0.005 0.337 0.004 0.007 0.029 0.018 0.033 0.088