# TARGET T0227 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0227.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.8789 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.841 0.118 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 2 E 0.761 0.179 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 3 R 0.468 0.322 0.146 0.055 0.008 0.001 0.001 4 P 0.106 0.201 0.293 0.273 0.112 0.014 0.001 5 K 0.262 0.383 0.237 0.091 0.023 0.003 0.001 6 L 0.028 0.059 0.156 0.306 0.326 0.119 0.005 7 G 0.014 0.034 0.062 0.138 0.295 0.410 0.046 8 L 0.031 0.053 0.075 0.150 0.266 0.349 0.077 9 I 0.027 0.080 0.142 0.234 0.234 0.222 0.061 10 V 0.008 0.026 0.060 0.160 0.259 0.382 0.105 11 R 0.015 0.048 0.100 0.205 0.306 0.264 0.062 12 E 0.232 0.405 0.223 0.097 0.031 0.009 0.002 13 P 0.141 0.313 0.299 0.173 0.056 0.015 0.002 14 Y 0.026 0.056 0.116 0.231 0.357 0.206 0.009 15 A 0.056 0.094 0.160 0.311 0.285 0.091 0.003 16 S 0.288 0.448 0.182 0.065 0.013 0.003 0.001 17 L 0.121 0.163 0.286 0.300 0.111 0.018 0.001 18 I 0.192 0.085 0.078 0.172 0.267 0.191 0.014 19 V 0.230 0.192 0.208 0.230 0.111 0.026 0.002 20 D 0.532 0.321 0.104 0.033 0.008 0.002 0.001 21 G 0.382 0.267 0.210 0.107 0.029 0.004 0.001 22 R 0.477 0.291 0.135 0.066 0.024 0.006 0.001 23 K 0.292 0.202 0.173 0.148 0.115 0.060 0.010 24 V 0.209 0.223 0.200 0.197 0.120 0.045 0.006 25 W 0.103 0.128 0.140 0.210 0.209 0.165 0.045 26 E 0.044 0.097 0.132 0.215 0.214 0.218 0.080 27 I 0.013 0.027 0.053 0.114 0.211 0.384 0.197 28 R 0.034 0.082 0.137 0.243 0.266 0.190 0.047 29 R 0.123 0.196 0.215 0.202 0.154 0.088 0.022 30 R 0.124 0.216 0.238 0.200 0.146 0.067 0.009 31 K 0.140 0.245 0.258 0.208 0.108 0.037 0.004 32 T 0.204 0.245 0.201 0.177 0.120 0.049 0.004 33 R 0.366 0.265 0.179 0.127 0.053 0.010 0.001 34 H 0.564 0.252 0.109 0.056 0.016 0.002 0.001 35 R 0.525 0.313 0.116 0.038 0.007 0.001 0.001 36 G 0.166 0.342 0.282 0.154 0.046 0.008 0.001 37 P 0.032 0.134 0.256 0.313 0.202 0.058 0.004 38 L 0.002 0.006 0.024 0.092 0.313 0.489 0.074 39 G 0.001 0.004 0.014 0.052 0.195 0.544 0.190 40 I 0.001 0.003 0.008 0.029 0.124 0.482 0.354 41 V 0.001 0.007 0.020 0.081 0.256 0.403 0.232 42 S 0.013 0.067 0.149 0.244 0.259 0.199 0.069 43 G 0.052 0.184 0.234 0.241 0.168 0.096 0.026 44 G 0.029 0.107 0.200 0.269 0.238 0.138 0.018 45 R 0.023 0.100 0.220 0.287 0.251 0.106 0.012 46 L 0.004 0.012 0.036 0.111 0.281 0.473 0.083 47 I 0.007 0.029 0.067 0.161 0.296 0.347 0.093 48 G 0.008 0.037 0.075 0.173 0.286 0.355 0.066 49 Q 0.023 0.142 0.272 0.324 0.172 0.060 0.008 50 A 0.019 0.073 0.184 0.313 0.289 0.113 0.010 51 D 0.091 0.411 0.314 0.133 0.041 0.009 0.001 52 L 0.008 0.015 0.055 0.232 0.456 0.226 0.009 53 V 0.100 0.330 0.337 0.170 0.051 0.010 0.001 54 G 0.100 0.356 0.319 0.168 0.048 0.009 0.001 55 V 0.009 0.024 0.078 0.276 0.423 0.184 0.007 56 E 0.064 0.230 0.327 0.243 0.112 0.024 0.001 57 G 0.198 0.365 0.247 0.132 0.046 0.011 0.001 58 P 0.296 0.292 0.197 0.134 0.062 0.018 0.002 59 F 0.093 0.197 0.287 0.252 0.133 0.034 0.003 60 S 0.206 0.373 0.222 0.127 0.052 0.019 0.002 61 V 0.030 0.073 0.171 0.348 0.293 0.081 0.004 62 E 0.214 0.367 0.257 0.115 0.038 0.009 0.001 63 E 0.100 0.338 0.352 0.168 0.037 0.005 0.001 64 L 0.010 0.017 0.057 0.263 0.478 0.171 0.005 65 L 0.017 0.120 0.346 0.364 0.139 0.014 0.001 66 A 0.372 0.470 0.124 0.028 0.005 0.001 0.001 67 H 0.144 0.275 0.326 0.205 0.046 0.005 0.001 68 Q 0.531 0.240 0.127 0.070 0.027 0.004 0.001 69 E 0.721 0.191 0.061 0.021 0.006 0.001 0.001 70 K 0.632 0.256 0.077 0.027 0.006 0.001 0.001 71 H 0.309 0.300 0.198 0.130 0.050 0.012 0.001 72 L 0.220 0.249 0.221 0.195 0.095 0.020 0.001 73 A 0.405 0.339 0.173 0.066 0.015 0.002 0.001 74 E 0.478 0.320 0.142 0.049 0.010 0.001 0.001 75 E 0.553 0.293 0.113 0.033 0.007 0.001 0.001 76 A 0.188 0.412 0.256 0.111 0.028 0.005 0.001 77 F 0.024 0.049 0.130 0.351 0.356 0.088 0.002 78 L 0.030 0.103 0.268 0.346 0.205 0.046 0.002 79 R 0.338 0.457 0.149 0.042 0.010 0.003 0.001 80 A 0.054 0.175 0.287 0.304 0.146 0.032 0.001 81 Y 0.018 0.052 0.161 0.336 0.347 0.084 0.001 82 A 0.319 0.391 0.205 0.070 0.014 0.001 0.001 83 K 0.741 0.208 0.042 0.008 0.001 0.001 0.001 84 D 0.527 0.281 0.133 0.049 0.010 0.001 0.001 85 E 0.330 0.387 0.195 0.072 0.014 0.001 0.001 86 P 0.044 0.169 0.343 0.322 0.106 0.016 0.001 87 L 0.003 0.017 0.051 0.142 0.375 0.388 0.025 88 Y 0.001 0.003 0.019 0.102 0.352 0.465 0.059 89 A 0.001 0.003 0.010 0.037 0.144 0.558 0.247 90 W 0.001 0.005 0.016 0.069 0.237 0.516 0.155 91 V 0.002 0.019 0.083 0.224 0.312 0.307 0.053 92 L 0.002 0.009 0.032 0.133 0.387 0.387 0.050 93 E 0.242 0.387 0.211 0.110 0.039 0.011 0.001 94 N 0.139 0.353 0.282 0.165 0.049 0.010 0.001 95 A 0.031 0.097 0.217 0.316 0.257 0.079 0.003 96 F 0.097 0.244 0.292 0.234 0.111 0.021 0.001 97 R 0.306 0.376 0.207 0.083 0.023 0.005 0.001 98 Y 0.053 0.102 0.219 0.325 0.243 0.057 0.002 99 E 0.393 0.362 0.168 0.058 0.016 0.004 0.001 100 K 0.120 0.256 0.277 0.226 0.095 0.025 0.002 101 P 0.064 0.130 0.205 0.283 0.230 0.083 0.006 102 L 0.026 0.086 0.194 0.324 0.272 0.092 0.006 103 H 0.228 0.374 0.244 0.109 0.034 0.010 0.001 104 V 0.055 0.104 0.199 0.337 0.242 0.061 0.002 105 P 0.486 0.337 0.117 0.043 0.013 0.003 0.001 106 R 0.386 0.334 0.174 0.079 0.021 0.004 0.001 107 R 0.309 0.304 0.222 0.123 0.036 0.006 0.001 108 P 0.613 0.251 0.088 0.035 0.010 0.002 0.001 109 G 0.469 0.278 0.157 0.069 0.022 0.005 0.001 110 R 0.308 0.295 0.206 0.128 0.049 0.013 0.001 111 V 0.244 0.224 0.201 0.192 0.106 0.030 0.002 112 M 0.164 0.168 0.196 0.220 0.163 0.082 0.008 113 F 0.128 0.119 0.139 0.215 0.232 0.145 0.022 114 V 0.172 0.173 0.199 0.214 0.146 0.077 0.018 115 D 0.331 0.322 0.177 0.096 0.044 0.022 0.007 116 L 0.160 0.179 0.195 0.216 0.158 0.078 0.016 117 S 0.299 0.229 0.168 0.132 0.093 0.063 0.016 118 E 0.267 0.259 0.201 0.140 0.081 0.043 0.009 119 V 0.141 0.111 0.140 0.211 0.222 0.149 0.026 120 R 0.191 0.213 0.206 0.186 0.124 0.067 0.013 121 W 0.220 0.178 0.183 0.188 0.135 0.079 0.017