# TARGET T0226 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 R 0.029 0.035 0.011 0.045 0.005 0.032 0.843 3 D 0.039 0.017 0.028 0.059 0.206 0.083 0.567 4 L 0.060 0.013 0.049 0.062 0.154 0.134 0.528 5 D 0.097 0.014 0.040 0.044 0.146 0.130 0.528 6 R 0.121 0.016 0.065 0.090 0.285 0.141 0.282 7 E 0.194 0.020 0.069 0.058 0.227 0.075 0.357 8 E 0.238 0.011 0.056 0.051 0.173 0.074 0.396 9 T 0.461 0.018 0.037 0.049 0.104 0.051 0.280 10 Y 0.754 0.018 0.012 0.039 0.030 0.019 0.127 11 L 0.834 0.012 0.006 0.036 0.015 0.018 0.078 12 V 0.816 0.015 0.004 0.026 0.019 0.010 0.110 13 D 0.563 0.009 0.011 0.029 0.062 0.044 0.282 14 R 0.313 0.012 0.034 0.049 0.108 0.200 0.284 15 T 0.195 0.008 0.030 0.066 0.196 0.283 0.222 16 G 0.193 0.014 0.023 0.053 0.199 0.186 0.332 17 L 0.270 0.037 0.016 0.129 0.118 0.019 0.410 18 A 0.388 0.018 0.017 0.194 0.035 0.025 0.324 19 L 0.409 0.014 0.064 0.310 0.029 0.045 0.129 20 E 0.407 0.024 0.089 0.319 0.027 0.063 0.071 21 L 0.311 0.017 0.093 0.312 0.053 0.088 0.127 22 R 0.189 0.008 0.091 0.267 0.156 0.112 0.177 23 D 0.116 0.013 0.050 0.157 0.279 0.131 0.253 24 L 0.077 0.015 0.053 0.089 0.221 0.143 0.403 25 V 0.058 0.020 0.088 0.105 0.182 0.277 0.270 26 G 0.048 0.021 0.103 0.116 0.157 0.248 0.306 27 T 0.060 0.026 0.107 0.122 0.179 0.127 0.378 28 G 0.094 0.020 0.087 0.093 0.170 0.208 0.327 29 P 0.058 0.021 0.076 0.067 0.156 0.264 0.358 30 V 0.050 0.046 0.066 0.040 0.199 0.085 0.513 31 P 0.047 0.022 0.108 0.055 0.136 0.239 0.393 32 G 0.040 0.015 0.120 0.043 0.122 0.329 0.331 33 E 0.037 0.045 0.154 0.054 0.182 0.186 0.342 34 A 0.033 0.031 0.108 0.045 0.232 0.197 0.354 35 Y 0.030 0.016 0.071 0.031 0.327 0.229 0.296 36 P 0.043 0.017 0.029 0.012 0.327 0.217 0.356 37 G 0.173 0.009 0.003 0.002 0.218 0.018 0.578 38 P 0.471 0.005 0.001 0.001 0.152 0.004 0.365 39 H 0.966 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.023 40 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 41 A 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 42 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 43 G 0.844 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.137 44 Y 0.414 0.009 0.003 0.002 0.087 0.015 0.471 45 G 0.079 0.011 0.016 0.004 0.261 0.213 0.417 46 E 0.007 0.003 0.019 0.005 0.271 0.620 0.075 47 G 0.008 0.004 0.016 0.009 0.454 0.340 0.170 48 Q 0.018 0.026 0.006 0.025 0.276 0.029 0.620 49 F 0.018 0.026 0.039 0.589 0.096 0.060 0.171 50 A 0.017 0.005 0.066 0.725 0.037 0.073 0.077 51 A 0.020 0.005 0.163 0.634 0.030 0.095 0.052 52 L 0.021 0.005 0.169 0.660 0.031 0.049 0.065 53 L 0.031 0.004 0.168 0.652 0.021 0.055 0.069 54 S 0.024 0.004 0.148 0.560 0.026 0.185 0.053 55 G 0.011 0.007 0.074 0.552 0.047 0.183 0.127 56 L 0.004 0.005 0.050 0.433 0.058 0.038 0.411 57 P 0.004 0.002 0.064 0.724 0.023 0.088 0.095 58 D 0.004 0.001 0.064 0.666 0.030 0.165 0.068 59 W 0.011 0.006 0.075 0.614 0.077 0.127 0.091 60 G 0.032 0.016 0.060 0.494 0.102 0.145 0.151 61 E 0.037 0.009 0.062 0.437 0.101 0.190 0.164 62 E 0.020 0.005 0.031 0.235 0.162 0.463 0.085 63 G 0.045 0.004 0.010 0.057 0.131 0.461 0.292 64 T 0.111 0.005 0.002 0.009 0.102 0.015 0.756 65 L 0.566 0.009 0.006 0.016 0.136 0.011 0.256 66 F 0.859 0.013 0.007 0.021 0.011 0.008 0.081 67 L 0.905 0.005 0.006 0.019 0.007 0.005 0.053 68 L 0.865 0.004 0.003 0.012 0.014 0.006 0.096 69 E 0.606 0.012 0.004 0.012 0.076 0.010 0.280 70 G 0.228 0.012 0.006 0.023 0.161 0.017 0.553 71 G 0.041 0.008 0.049 0.188 0.139 0.106 0.469 72 Y 0.013 0.007 0.110 0.420 0.094 0.137 0.219 73 D 0.008 0.003 0.106 0.575 0.081 0.099 0.129 74 L 0.006 0.003 0.057 0.725 0.051 0.068 0.090 75 G 0.010 0.006 0.057 0.672 0.071 0.089 0.096 76 E 0.008 0.004 0.046 0.669 0.046 0.140 0.086 77 A 0.012 0.005 0.030 0.682 0.052 0.137 0.081 78 A 0.015 0.004 0.022 0.572 0.073 0.195 0.119 79 G 0.030 0.008 0.017 0.437 0.071 0.256 0.181 80 M 0.050 0.011 0.029 0.469 0.077 0.066 0.299 81 A 0.071 0.005 0.048 0.650 0.056 0.041 0.128 82 L 0.098 0.004 0.048 0.736 0.027 0.038 0.050 83 L 0.124 0.006 0.029 0.752 0.022 0.035 0.031 84 A 0.210 0.006 0.025 0.661 0.021 0.037 0.041 85 E 0.215 0.006 0.031 0.584 0.038 0.060 0.065 86 T 0.133 0.004 0.028 0.536 0.066 0.144 0.089 87 G 0.076 0.008 0.026 0.295 0.114 0.342 0.138 88 R 0.055 0.006 0.020 0.095 0.193 0.446 0.186 89 A 0.165 0.013 0.031 0.115 0.207 0.084 0.385 90 R 0.361 0.049 0.030 0.155 0.066 0.030 0.310 91 V 0.357 0.025 0.059 0.277 0.044 0.049 0.189 92 V 0.254 0.020 0.101 0.303 0.044 0.069 0.209 93 R 0.234 0.012 0.122 0.295 0.080 0.085 0.172 94 V 0.191 0.008 0.102 0.327 0.088 0.137 0.147 95 G 0.171 0.023 0.064 0.268 0.120 0.130 0.224 96 F 0.112 0.027 0.050 0.148 0.168 0.147 0.348 97 R 0.073 0.016 0.052 0.091 0.251 0.134 0.382 98 P 0.026 0.009 0.064 0.072 0.164 0.526 0.139 99 G 0.020 0.007 0.036 0.017 0.178 0.600 0.143 100 V 0.103 0.019 0.010 0.010 0.229 0.033 0.597 101 E 0.240 0.019 0.006 0.007 0.083 0.022 0.623 102 V 0.652 0.023 0.012 0.009 0.056 0.019 0.230 103 H 0.720 0.023 0.008 0.006 0.031 0.012 0.201 104 I 0.677 0.028 0.005 0.005 0.052 0.008 0.225 105 P 0.452 0.030 0.004 0.006 0.059 0.010 0.439 106 P 0.106 0.026 0.023 0.013 0.137 0.064 0.632 107 S 0.025 0.008 0.036 0.016 0.245 0.190 0.480 108 P 0.021 0.009 0.045 0.030 0.305 0.255 0.336 109 L 0.020 0.019 0.016 0.039 0.389 0.085 0.431 110 A 0.038 0.019 0.004 0.069 0.225 0.018 0.628 111 P 0.022 0.011 0.021 0.612 0.036 0.039 0.258 112 Y 0.044 0.008 0.031 0.781 0.030 0.029 0.076 113 R 0.087 0.009 0.037 0.798 0.013 0.016 0.041 114 Y 0.062 0.003 0.020 0.865 0.012 0.012 0.026 115 L 0.104 0.002 0.027 0.815 0.011 0.020 0.022 116 R 0.065 0.001 0.044 0.813 0.023 0.030 0.024 117 F 0.050 0.002 0.050 0.815 0.021 0.039 0.022 118 L 0.043 0.003 0.072 0.727 0.031 0.084 0.039 119 L 0.041 0.003 0.096 0.562 0.036 0.217 0.045 120 L 0.046 0.014 0.125 0.326 0.112 0.246 0.131 121 A 0.047 0.014 0.063 0.166 0.235 0.150 0.324 122 T 0.037 0.020 0.030 0.068 0.183 0.184 0.478 123 G 0.009 0.026 0.014 0.038 0.334 0.054 0.525 124 R 0.006 0.008 0.004 0.042 0.138 0.015 0.787 125 E 0.001 0.001 0.040 0.912 0.011 0.030 0.007 126 E 0.001 0.001 0.031 0.932 0.007 0.026 0.004 127 V 0.001 0.001 0.029 0.942 0.003 0.019 0.006 128 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.006 0.003 129 R 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.011 0.002 130 S 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.014 0.002 131 V 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.007 0.004 132 D 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.005 0.001 133 E 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.016 0.002 134 A 0.001 0.001 0.001 0.966 0.001 0.029 0.002 135 L 0.001 0.001 0.001 0.964 0.004 0.024 0.006 136 L 0.001 0.001 0.006 0.961 0.004 0.025 0.005 137 E 0.001 0.001 0.007 0.957 0.006 0.022 0.008 138 E 0.001 0.001 0.012 0.940 0.006 0.032 0.009 139 R 0.001 0.002 0.018 0.881 0.013 0.069 0.015 140 R 0.002 0.001 0.040 0.768 0.020 0.148 0.022 141 R 0.003 0.001 0.025 0.600 0.066 0.260 0.045 142 L 0.011 0.006 0.012 0.197 0.214 0.186 0.373 143 G 0.015 0.008 0.010 0.028 0.157 0.069 0.712 144 P 0.036 0.013 0.027 0.021 0.143 0.091 0.668 145 E 0.085 0.028 0.060 0.029 0.171 0.102 0.524 146 V 0.073 0.031 0.027 0.038 0.191 0.019 0.622 147 P 0.061 0.018 0.028 0.042 0.097 0.035 0.720 148 V 0.039 0.011 0.131 0.159 0.125 0.200 0.335 149 E 0.015 0.007 0.124 0.159 0.176 0.247 0.272 150 E 0.006 0.011 0.033 0.275 0.353 0.098 0.223 151 N 0.005 0.005 0.004 0.207 0.309 0.026 0.444 152 P 0.001 0.001 0.016 0.847 0.024 0.067 0.044 153 A 0.001 0.001 0.010 0.952 0.005 0.022 0.010 154 K 0.001 0.001 0.006 0.970 0.007 0.010 0.006 155 F 0.002 0.001 0.005 0.978 0.004 0.004 0.007 156 L 0.002 0.001 0.005 0.973 0.002 0.011 0.006 157 A 0.002 0.001 0.007 0.965 0.004 0.016 0.005 158 Y 0.002 0.001 0.010 0.957 0.003 0.022 0.005 159 T 0.001 0.001 0.014 0.909 0.004 0.067 0.006 160 L 0.001 0.002 0.031 0.820 0.015 0.106 0.025 161 L 0.001 0.001 0.130 0.554 0.027 0.261 0.026 162 E 0.001 0.001 0.094 0.284 0.021 0.588 0.010 163 R 0.004 0.006 0.119 0.307 0.099 0.362 0.102 164 L 0.023 0.005 0.005 0.079 0.440 0.033 0.414 165 P 0.134 0.005 0.006 0.033 0.255 0.054 0.513 166 L 0.679 0.119 0.007 0.024 0.019 0.013 0.139 167 F 0.752 0.009 0.008 0.016 0.022 0.011 0.183 168 Y 0.584 0.012 0.009 0.026 0.100 0.016 0.252 169 S 0.211 0.014 0.019 0.055 0.151 0.023 0.527 170 P 0.035 0.011 0.103 0.066 0.155 0.260 0.371 171 L 0.012 0.006 0.158 0.116 0.159 0.362 0.188 172 F 0.009 0.008 0.154 0.324 0.130 0.105 0.270 173 R 0.006 0.003 0.097 0.615 0.083 0.086 0.110 174 P 0.009 0.011 0.093 0.631 0.055 0.101 0.100 175 L 0.004 0.003 0.068 0.741 0.028 0.075 0.082 176 E 0.001 0.001 0.015 0.927 0.018 0.026 0.013 177 G 0.001 0.001 0.005 0.961 0.008 0.015 0.009 178 A 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.012 0.006 179 V 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.009 0.005 180 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.001 181 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 182 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 183 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.002 184 A 0.001 0.001 0.006 0.964 0.003 0.023 0.004 185 R 0.001 0.001 0.007 0.871 0.007 0.110 0.004 186 V 0.001 0.002 0.010 0.711 0.009 0.255 0.012 187 A 0.004 0.011 0.009 0.483 0.117 0.234 0.143 188 K 0.007 0.008 0.016 0.162 0.229 0.278 0.300 189 S 0.013 0.006 0.009 0.062 0.497 0.053 0.360 190 L 0.041 0.016 0.059 0.127 0.146 0.123 0.488 191 S 0.173 0.056 0.100 0.136 0.096 0.108 0.330 192 L 0.237 0.081 0.110 0.116 0.070 0.060 0.327 193 T 0.154 0.031 0.124 0.082 0.102 0.087 0.419 194 P 0.085 0.011 0.072 0.069 0.200 0.133 0.430 195 P 0.034 0.021 0.039 0.045 0.226 0.094 0.540 196 P 0.011 0.014 0.016 0.032 0.258 0.027 0.642 197 S 0.010 0.007 0.034 0.045 0.074 0.093 0.736 198 A 0.014 0.010 0.126 0.110 0.092 0.228 0.420 199 L 0.024 0.013 0.188 0.154 0.121 0.178 0.322 200 E 0.055 0.020 0.123 0.179 0.120 0.129 0.373 201 F 0.099 0.020 0.075 0.255 0.132 0.096 0.323 202 F 0.166 0.024 0.055 0.264 0.097 0.078 0.318 203 L 0.180 0.017 0.050 0.372 0.078 0.089 0.213 204 V 0.188 0.018 0.046 0.405 0.070 0.091 0.181 205 G 0.182 0.018 0.052 0.375 0.069 0.096 0.208 206 L 0.166 0.017 0.066 0.316 0.097 0.115 0.223 207 E 0.107 0.016 0.083 0.306 0.119 0.133 0.236 208 A 0.063 0.014 0.090 0.194 0.166 0.153 0.320 209 R 0.040 0.009 0.114 0.098 0.151 0.242 0.345 210 H 0.041 0.013 0.153 0.086 0.186 0.265 0.255 211 E 0.035 0.014 0.112 0.049 0.229 0.181 0.380 212 Q 0.024 0.016 0.106 0.026 0.212 0.245 0.372 213 G 0.017 0.009 0.072 0.010 0.259 0.396 0.237 214 D 0.037 0.013 0.050 0.007 0.403 0.180 0.310 215 P 0.126 0.019 0.069 0.015 0.220 0.158 0.394 216 L 0.487 0.021 0.024 0.006 0.114 0.043 0.304 217 A 0.811 0.016 0.010 0.002 0.022 0.004 0.135 218 A 0.938 0.006 0.004 0.001 0.004 0.003 0.044 219 V 0.965 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.022 220 L 0.963 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 221 L 0.876 0.007 0.001 0.001 0.012 0.002 0.100 222 G 0.629 0.022 0.002 0.002 0.062 0.008 0.275 223 P 0.172 0.019 0.006 0.006 0.191 0.052 0.555 224 G 0.018 0.008 0.054 0.031 0.333 0.262 0.294 225 E 0.007 0.006 0.087 0.063 0.277 0.358 0.202 226 E 0.004 0.004 0.112 0.129 0.147 0.295 0.309 227 A 0.002 0.003 0.031 0.184 0.110 0.042 0.629 228 A 0.003 0.007 0.040 0.678 0.029 0.081 0.162 229 L 0.004 0.004 0.025 0.772 0.038 0.058 0.099 230 A 0.005 0.002 0.016 0.890 0.016 0.027 0.044 231 K 0.004 0.001 0.008 0.952 0.011 0.012 0.012 232 E 0.009 0.001 0.009 0.953 0.007 0.010 0.012 233 I 0.006 0.001 0.008 0.960 0.004 0.013 0.007 234 L 0.015 0.002 0.006 0.926 0.006 0.036 0.009 235 E 0.024 0.002 0.011 0.784 0.017 0.137 0.024 236 S 0.025 0.004 0.012 0.547 0.058 0.280 0.073 237 R 0.049 0.011 0.022 0.346 0.132 0.180 0.260 238 V 0.089 0.012 0.054 0.208 0.178 0.135 0.323 239 D 0.205 0.015 0.066 0.131 0.173 0.093 0.317 240 A 0.355 0.013 0.059 0.075 0.102 0.093 0.302 241 L 0.621 0.015 0.032 0.040 0.056 0.041 0.194 242 A 0.718 0.006 0.021 0.035 0.042 0.019 0.159 243 E 0.776 0.016 0.012 0.018 0.030 0.012 0.136 244 V 0.751 0.028 0.006 0.013 0.030 0.005 0.167 245 P 0.525 0.029 0.007 0.012 0.051 0.015 0.362 246 A 0.214 0.052 0.019 0.023 0.120 0.099 0.474 247 T 0.038 0.014 0.021 0.011 0.238 0.369 0.310 248 G 0.007 0.005 0.015 0.010 0.366 0.357 0.241 249 A 0.003 0.007 0.015 0.022 0.549 0.098 0.306 250 N 0.003 0.016 0.021 0.103 0.454 0.057 0.345 251 R 0.001 0.001 0.061 0.839 0.030 0.045 0.022 252 L 0.001 0.001 0.035 0.900 0.009 0.037 0.018 253 A 0.001 0.001 0.013 0.950 0.010 0.014 0.012 254 Q 0.001 0.001 0.002 0.978 0.004 0.008 0.008 255 V 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.007 0.005 256 M 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.008 0.003 257 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 258 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.002 259 W 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 260 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 261 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 262 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 263 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 264 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 265 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 266 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 267 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 268 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 269 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 270 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 271 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.011 0.001 272 L 0.001 0.001 0.004 0.928 0.002 0.064 0.002 273 Y 0.001 0.001 0.005 0.581 0.010 0.398 0.006 274 G 0.002 0.002 0.006 0.188 0.148 0.509 0.144 275 V 0.009 0.027 0.010 0.042 0.279 0.038 0.595 276 D 0.020 0.022 0.014 0.020 0.175 0.021 0.727 277 P 0.016 0.013 0.134 0.086 0.144 0.249 0.358 278 G 0.013 0.012 0.116 0.096 0.179 0.265 0.319 279 D 0.015 0.011 0.100 0.174 0.174 0.143 0.384 280 H 0.005 0.004 0.095 0.582 0.075 0.081 0.157 281 G 0.007 0.007 0.115 0.634 0.048 0.097 0.092 282 L 0.005 0.005 0.073 0.788 0.029 0.043 0.057 283 L 0.005 0.005 0.032 0.893 0.013 0.022 0.031 284 E 0.010 0.001 0.044 0.857 0.018 0.041 0.029 285 R 0.009 0.001 0.047 0.831 0.016 0.071 0.026 286 L 0.012 0.006 0.038 0.815 0.024 0.058 0.047 287 R 0.022 0.005 0.034 0.707 0.046 0.125 0.061 288 E 0.026 0.004 0.023 0.499 0.061 0.277 0.110 289 V 0.016 0.013 0.017 0.245 0.009 0.138 0.563 290 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.996