# TARGET T0226 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 63.6457 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.005 0.008 0.009 0.137 0.831 2 R 0.021 0.016 0.017 0.023 0.210 0.713 3 D 0.012 0.012 0.045 0.020 0.291 0.620 4 L 0.016 0.012 0.054 0.029 0.355 0.534 5 D 0.028 0.006 0.035 0.015 0.311 0.605 6 R 0.075 0.007 0.053 0.040 0.346 0.480 7 E 0.179 0.009 0.023 0.041 0.250 0.498 8 E 0.540 0.012 0.023 0.046 0.147 0.233 9 T 0.822 0.005 0.007 0.030 0.043 0.093 10 Y 0.878 0.007 0.004 0.029 0.023 0.060 11 L 0.867 0.007 0.002 0.022 0.050 0.052 12 V 0.681 0.014 0.004 0.026 0.132 0.143 13 D 0.245 0.011 0.009 0.023 0.471 0.241 14 R 0.133 0.014 0.016 0.026 0.539 0.272 15 T 0.085 0.016 0.019 0.039 0.388 0.454 16 G 0.113 0.030 0.021 0.083 0.374 0.380 17 L 0.122 0.015 0.014 0.187 0.192 0.469 18 A 0.175 0.013 0.019 0.511 0.104 0.178 19 L 0.229 0.010 0.027 0.571 0.083 0.080 20 E 0.300 0.014 0.044 0.510 0.058 0.073 21 L 0.235 0.010 0.092 0.534 0.072 0.057 22 R 0.168 0.007 0.160 0.447 0.131 0.087 23 D 0.118 0.007 0.182 0.457 0.152 0.084 24 L 0.095 0.025 0.152 0.337 0.257 0.134 25 V 0.078 0.015 0.118 0.283 0.303 0.202 26 G 0.064 0.013 0.088 0.082 0.443 0.310 27 T 0.072 0.022 0.055 0.039 0.423 0.389 28 G 0.088 0.038 0.035 0.015 0.382 0.441 29 P 0.138 0.102 0.029 0.012 0.326 0.393 30 V 0.084 0.069 0.018 0.014 0.602 0.213 31 P 0.044 0.026 0.021 0.016 0.691 0.202 32 G 0.035 0.016 0.029 0.012 0.695 0.212 33 E 0.077 0.049 0.032 0.015 0.621 0.206 34 A 0.104 0.061 0.022 0.015 0.326 0.472 35 Y 0.091 0.049 0.012 0.008 0.331 0.507 36 P 0.103 0.035 0.009 0.007 0.318 0.528 37 G 0.072 0.015 0.009 0.003 0.362 0.539 38 P 0.172 0.015 0.017 0.004 0.384 0.407 39 H 0.323 0.016 0.018 0.004 0.261 0.379 40 A 0.487 0.014 0.013 0.004 0.191 0.291 41 A 0.582 0.019 0.006 0.005 0.123 0.265 42 L 0.618 0.038 0.004 0.006 0.088 0.246 43 G 0.540 0.018 0.002 0.007 0.167 0.266 44 Y 0.345 0.022 0.003 0.011 0.216 0.402 45 G 0.163 0.014 0.005 0.010 0.376 0.432 46 E 0.127 0.016 0.008 0.078 0.407 0.366 47 G 0.090 0.022 0.013 0.156 0.322 0.398 48 Q 0.108 0.035 0.013 0.426 0.184 0.234 49 F 0.080 0.011 0.031 0.635 0.107 0.137 50 A 0.062 0.009 0.062 0.679 0.106 0.082 51 A 0.077 0.013 0.099 0.630 0.112 0.068 52 L 0.082 0.009 0.133 0.563 0.120 0.092 53 L 0.120 0.019 0.116 0.477 0.155 0.114 54 S 0.129 0.016 0.085 0.271 0.245 0.255 55 G 0.112 0.017 0.035 0.064 0.257 0.514 56 L 0.081 0.016 0.014 0.014 0.269 0.607 57 P 0.093 0.011 0.035 0.016 0.361 0.484 58 D 0.151 0.023 0.054 0.023 0.414 0.335 59 W 0.232 0.059 0.062 0.027 0.368 0.252 60 G 0.261 0.079 0.051 0.022 0.408 0.178 61 E 0.193 0.022 0.039 0.015 0.655 0.077 62 E 0.100 0.007 0.024 0.014 0.777 0.079 63 G 0.111 0.005 0.010 0.004 0.753 0.117 64 T 0.537 0.014 0.003 0.002 0.274 0.169 65 L 0.855 0.009 0.001 0.003 0.034 0.097 66 F 0.964 0.002 0.001 0.002 0.010 0.021 67 L 0.982 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 68 L 0.980 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 69 E 0.948 0.002 0.001 0.004 0.019 0.027 70 G 0.727 0.006 0.002 0.006 0.107 0.152 71 G 0.367 0.012 0.008 0.007 0.276 0.329 72 Y 0.234 0.026 0.022 0.015 0.325 0.378 73 D 0.104 0.013 0.033 0.028 0.465 0.357 74 L 0.067 0.021 0.057 0.108 0.493 0.253 75 G 0.089 0.019 0.068 0.094 0.437 0.293 76 E 0.080 0.017 0.229 0.179 0.279 0.216 77 A 0.089 0.030 0.298 0.120 0.302 0.162 78 A 0.063 0.011 0.309 0.061 0.368 0.189 79 G 0.067 0.004 0.032 0.004 0.321 0.571 80 M 0.534 0.011 0.003 0.001 0.149 0.302 81 A 0.859 0.001 0.001 0.001 0.022 0.117 82 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 83 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 84 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 85 E 0.965 0.001 0.001 0.001 0.008 0.026 86 T 0.620 0.006 0.001 0.001 0.109 0.264 87 G 0.181 0.005 0.002 0.002 0.519 0.292 88 R 0.066 0.005 0.006 0.017 0.738 0.166 89 A 0.118 0.008 0.005 0.023 0.718 0.128 90 R 0.625 0.020 0.003 0.020 0.208 0.123 91 V 0.885 0.008 0.003 0.029 0.028 0.047 92 V 0.874 0.002 0.007 0.071 0.020 0.025 93 R 0.918 0.002 0.007 0.042 0.011 0.021 94 V 0.835 0.006 0.007 0.061 0.026 0.065 95 G 0.609 0.008 0.015 0.044 0.066 0.258 96 F 0.217 0.010 0.009 0.008 0.153 0.602 97 R 0.104 0.022 0.037 0.012 0.665 0.159 98 P 0.039 0.006 0.022 0.007 0.778 0.148 99 G 0.021 0.004 0.019 0.002 0.789 0.165 100 V 0.223 0.029 0.003 0.001 0.467 0.277 101 E 0.446 0.007 0.002 0.001 0.090 0.455 102 V 0.942 0.010 0.001 0.001 0.011 0.036 103 H 0.976 0.004 0.001 0.001 0.005 0.016 104 I 0.950 0.005 0.001 0.001 0.006 0.039 105 P 0.623 0.012 0.002 0.001 0.065 0.297 106 P 0.103 0.012 0.020 0.003 0.538 0.323 107 S 0.025 0.005 0.059 0.005 0.770 0.137 108 P 0.009 0.007 0.091 0.011 0.820 0.063 109 L 0.020 0.046 0.043 0.020 0.769 0.102 110 A 0.032 0.071 0.026 0.038 0.511 0.321 111 P 0.062 0.041 0.058 0.080 0.484 0.276 112 Y 0.104 0.028 0.139 0.177 0.386 0.166 113 R 0.202 0.052 0.107 0.208 0.295 0.136 114 Y 0.143 0.051 0.073 0.260 0.326 0.147 115 L 0.062 0.024 0.069 0.439 0.273 0.132 116 R 0.043 0.005 0.112 0.542 0.217 0.081 117 F 0.045 0.004 0.215 0.579 0.123 0.034 118 L 0.052 0.008 0.165 0.656 0.083 0.036 119 L 0.043 0.012 0.075 0.726 0.077 0.066 120 L 0.041 0.012 0.040 0.617 0.132 0.158 121 A 0.033 0.004 0.050 0.631 0.171 0.112 122 T 0.016 0.004 0.067 0.667 0.167 0.079 123 G 0.027 0.015 0.095 0.504 0.234 0.126 124 R 0.029 0.012 0.145 0.523 0.152 0.139 125 E 0.011 0.002 0.171 0.640 0.103 0.073 126 E 0.013 0.003 0.241 0.546 0.121 0.076 127 V 0.016 0.005 0.195 0.529 0.159 0.095 128 L 0.031 0.010 0.149 0.387 0.206 0.216 129 R 0.021 0.009 0.061 0.290 0.218 0.401 130 S 0.020 0.009 0.017 0.155 0.140 0.659 131 V 0.001 0.001 0.021 0.944 0.017 0.017 132 D 0.001 0.001 0.020 0.958 0.013 0.008 133 E 0.001 0.001 0.016 0.966 0.012 0.004 134 A 0.003 0.001 0.012 0.953 0.016 0.015 135 L 0.002 0.002 0.005 0.972 0.007 0.013 136 L 0.002 0.001 0.008 0.963 0.010 0.017 137 E 0.001 0.001 0.007 0.960 0.013 0.020 138 E 0.001 0.001 0.010 0.975 0.008 0.006 139 R 0.001 0.001 0.017 0.965 0.011 0.006 140 R 0.001 0.001 0.026 0.943 0.020 0.011 141 R 0.001 0.001 0.034 0.835 0.055 0.075 142 L 0.001 0.005 0.027 0.701 0.095 0.172 143 G 0.001 0.004 0.013 0.030 0.600 0.353 144 P 0.001 0.001 0.086 0.026 0.684 0.202 145 E 0.005 0.009 0.100 0.032 0.640 0.213 146 V 0.012 0.035 0.046 0.031 0.552 0.324 147 P 0.010 0.020 0.050 0.038 0.274 0.608 148 V 0.005 0.009 0.399 0.136 0.300 0.151 149 E 0.011 0.010 0.328 0.166 0.362 0.123 150 E 0.012 0.015 0.165 0.359 0.294 0.155 151 N 0.004 0.009 0.013 0.448 0.132 0.394 152 P 0.001 0.001 0.006 0.987 0.003 0.004 153 A 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 154 K 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 155 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 156 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 157 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 158 Y 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 159 T 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 160 L 0.001 0.001 0.008 0.980 0.007 0.004 161 L 0.001 0.001 0.018 0.936 0.024 0.020 162 E 0.002 0.001 0.013 0.900 0.040 0.044 163 R 0.011 0.010 0.013 0.697 0.069 0.201 164 L 0.018 0.008 0.008 0.075 0.099 0.792 165 P 0.058 0.006 0.062 0.054 0.235 0.585 166 L 0.334 0.026 0.091 0.040 0.227 0.281 167 F 0.439 0.043 0.043 0.036 0.205 0.234 168 Y 0.395 0.049 0.027 0.054 0.196 0.279 169 S 0.125 0.022 0.022 0.057 0.506 0.268 170 P 0.025 0.007 0.083 0.130 0.611 0.143 171 L 0.015 0.007 0.114 0.113 0.590 0.161 172 F 0.034 0.028 0.136 0.169 0.449 0.183 173 R 0.031 0.018 0.069 0.435 0.188 0.259 174 P 0.028 0.023 0.069 0.570 0.106 0.204 175 L 0.011 0.006 0.039 0.816 0.045 0.083 176 E 0.007 0.002 0.013 0.907 0.029 0.042 177 G 0.001 0.001 0.008 0.971 0.012 0.008 178 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.003 179 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 180 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 181 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 182 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 183 F 0.001 0.001 0.005 0.983 0.007 0.003 184 A 0.001 0.001 0.017 0.959 0.016 0.006 185 R 0.002 0.001 0.019 0.956 0.017 0.004 186 V 0.002 0.001 0.016 0.913 0.026 0.042 187 A 0.005 0.005 0.023 0.320 0.107 0.540 188 K 0.024 0.047 0.041 0.337 0.153 0.398 189 S 0.039 0.023 0.053 0.213 0.217 0.454 190 L 0.017 0.012 0.138 0.249 0.271 0.313 191 S 0.025 0.017 0.105 0.115 0.354 0.384 192 L 0.029 0.031 0.052 0.043 0.379 0.465 193 T 0.018 0.024 0.011 0.014 0.276 0.656 194 P 0.014 0.023 0.009 0.008 0.290 0.656 195 P 0.010 0.023 0.016 0.007 0.304 0.641 196 P 0.011 0.025 0.062 0.016 0.421 0.465 197 S 0.010 0.027 0.158 0.035 0.489 0.280 198 A 0.008 0.019 0.252 0.042 0.505 0.174 199 L 0.014 0.016 0.128 0.054 0.598 0.190 200 E 0.028 0.015 0.073 0.043 0.573 0.267 201 F 0.045 0.012 0.066 0.067 0.512 0.299 202 F 0.106 0.015 0.055 0.082 0.367 0.375 203 L 0.418 0.036 0.070 0.159 0.151 0.167 204 V 0.625 0.015 0.037 0.140 0.075 0.108 205 G 0.662 0.007 0.038 0.147 0.062 0.084 206 L 0.563 0.010 0.046 0.198 0.080 0.103 207 E 0.473 0.013 0.049 0.186 0.138 0.140 208 A 0.262 0.016 0.048 0.189 0.275 0.210 209 R 0.083 0.011 0.091 0.189 0.389 0.236 210 H 0.061 0.011 0.093 0.086 0.467 0.281 211 E 0.059 0.015 0.071 0.065 0.487 0.302 212 Q 0.063 0.023 0.033 0.045 0.435 0.401 213 G 0.072 0.014 0.014 0.014 0.386 0.500 214 D 0.087 0.009 0.018 0.008 0.400 0.478 215 P 0.180 0.016 0.044 0.017 0.380 0.363 216 L 0.476 0.012 0.024 0.012 0.204 0.273 217 A 0.773 0.004 0.009 0.010 0.081 0.123 218 A 0.914 0.002 0.003 0.011 0.025 0.045 219 V 0.967 0.002 0.001 0.008 0.007 0.016 220 L 0.974 0.001 0.001 0.005 0.007 0.013 221 L 0.910 0.005 0.001 0.005 0.018 0.062 222 G 0.519 0.009 0.002 0.006 0.220 0.245 223 P 0.133 0.013 0.004 0.010 0.483 0.357 224 G 0.025 0.005 0.010 0.011 0.652 0.297 225 E 0.042 0.016 0.070 0.072 0.637 0.163 226 E 0.053 0.012 0.134 0.170 0.373 0.257 227 A 0.074 0.010 0.137 0.304 0.258 0.216 228 A 0.095 0.007 0.053 0.409 0.151 0.285 229 L 0.140 0.012 0.017 0.565 0.090 0.175 230 A 0.178 0.007 0.011 0.556 0.064 0.184 231 K 0.166 0.003 0.018 0.707 0.035 0.071 232 E 0.177 0.004 0.034 0.673 0.046 0.066 233 I 0.140 0.009 0.047 0.664 0.054 0.085 234 L 0.102 0.008 0.050 0.648 0.062 0.129 235 E 0.026 0.002 0.129 0.718 0.071 0.055 236 S 0.021 0.002 0.127 0.696 0.095 0.060 237 R 0.027 0.005 0.149 0.584 0.145 0.090 238 V 0.052 0.013 0.090 0.403 0.259 0.183 239 D 0.054 0.005 0.091 0.160 0.372 0.318 240 A 0.163 0.007 0.085 0.070 0.314 0.361 241 L 0.462 0.014 0.031 0.027 0.178 0.288 242 A 0.649 0.013 0.019 0.023 0.097 0.199 243 E 0.714 0.016 0.013 0.018 0.066 0.173 244 V 0.538 0.034 0.011 0.018 0.111 0.290 245 P 0.334 0.033 0.015 0.016 0.283 0.319 246 A 0.099 0.021 0.027 0.015 0.494 0.344 247 T 0.037 0.015 0.024 0.026 0.603 0.295 248 G 0.031 0.011 0.034 0.079 0.550 0.295 249 A 0.016 0.006 0.084 0.525 0.238 0.131 250 N 0.015 0.010 0.096 0.683 0.122 0.074 251 R 0.008 0.005 0.125 0.754 0.070 0.038 252 L 0.005 0.002 0.037 0.902 0.025 0.028 253 A 0.002 0.001 0.012 0.970 0.008 0.007 254 Q 0.001 0.001 0.006 0.986 0.004 0.003 255 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 256 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 257 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 258 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 259 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 260 Y 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 261 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 262 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 263 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 264 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 265 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 266 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 267 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 268 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 269 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 270 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 271 L 0.001 0.001 0.007 0.975 0.007 0.010 272 L 0.002 0.003 0.025 0.904 0.054 0.011 273 Y 0.006 0.003 0.025 0.743 0.151 0.071 274 G 0.004 0.005 0.006 0.033 0.279 0.673 275 V 0.018 0.104 0.006 0.009 0.279 0.584 276 D 0.037 0.039 0.007 0.006 0.546 0.365 277 P 0.005 0.005 0.236 0.062 0.620 0.072 278 G 0.004 0.003 0.244 0.085 0.601 0.064 279 D 0.013 0.009 0.349 0.124 0.441 0.064 280 H 0.038 0.019 0.095 0.390 0.204 0.252 281 G 0.076 0.034 0.066 0.393 0.189 0.242 282 L 0.084 0.023 0.054 0.506 0.108 0.225 283 L 0.076 0.009 0.042 0.650 0.069 0.153 284 E 0.035 0.003 0.045 0.780 0.068 0.068 285 R 0.016 0.002 0.034 0.889 0.037 0.023 286 L 0.012 0.002 0.035 0.891 0.037 0.022 287 R 0.008 0.001 0.049 0.839 0.063 0.040 288 E 0.008 0.002 0.031 0.754 0.085 0.121 289 V 0.008 0.006 0.008 0.632 0.065 0.279 290 T 0.004 0.003 0.001 0.061 0.056 0.875