# TARGET T0226 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.006 0.004 0.002 0.033 0.092 0.863 2 L 0.018 0.016 0.005 0.206 0.071 0.684 3 A 0.024 0.013 0.014 0.479 0.060 0.410 4 P 0.004 0.001 0.019 0.933 0.014 0.029 5 Y 0.003 0.001 0.014 0.953 0.017 0.013 6 R 0.004 0.001 0.011 0.955 0.019 0.009 7 Y 0.005 0.002 0.009 0.960 0.019 0.005 8 L 0.003 0.001 0.009 0.962 0.019 0.007 9 R 0.003 0.001 0.016 0.944 0.024 0.012 10 F 0.001 0.001 0.010 0.953 0.021 0.015 11 L 0.002 0.001 0.006 0.891 0.028 0.072 12 L 0.005 0.001 0.007 0.094 0.129 0.764 13 L 0.033 0.009 0.024 0.076 0.261 0.597 14 A 0.084 0.017 0.054 0.082 0.330 0.432 15 T 0.039 0.011 0.029 0.030 0.280 0.611 16 G 0.009 0.007 0.008 0.013 0.227 0.736 17 R 0.002 0.002 0.002 0.012 0.074 0.909 18 E 0.001 0.001 0.029 0.852 0.058 0.060 19 E 0.001 0.001 0.028 0.895 0.052 0.023 20 V 0.001 0.001 0.033 0.936 0.020 0.009 21 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.004 0.004 22 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.004 23 S 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 24 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.005 25 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 26 E 0.001 0.001 0.002 0.979 0.009 0.010 27 A 0.001 0.001 0.002 0.976 0.008 0.014 28 L 0.001 0.001 0.002 0.976 0.008 0.013 29 L 0.001 0.001 0.003 0.948 0.021 0.027 30 E 0.001 0.001 0.004 0.963 0.020 0.013 31 E 0.001 0.001 0.004 0.953 0.024 0.018 32 R 0.001 0.001 0.010 0.913 0.044 0.031 33 R 0.002 0.001 0.023 0.876 0.054 0.043 34 R 0.006 0.007 0.029 0.697 0.132 0.129 35 L 0.004 0.020 0.025 0.676 0.091 0.184 36 G 0.004 0.013 0.075 0.098 0.534 0.277 37 P 0.005 0.002 0.115 0.050 0.585 0.242 38 E 0.010 0.014 0.142 0.043 0.645 0.147 39 V 0.027 0.047 0.032 0.016 0.587 0.291 40 P 0.039 0.031 0.047 0.023 0.491 0.370 41 V 0.029 0.029 0.122 0.027 0.473 0.319 42 E 0.011 0.009 0.058 0.026 0.519 0.378 43 E 0.011 0.008 0.026 0.042 0.322 0.591 44 N 0.011 0.007 0.006 0.075 0.244 0.656 45 P 0.001 0.001 0.019 0.883 0.062 0.034 46 A 0.001 0.001 0.012 0.954 0.026 0.006 47 K 0.001 0.001 0.007 0.967 0.020 0.004 48 F 0.001 0.001 0.006 0.971 0.013 0.009 49 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.003 50 A 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.003 51 Y 0.001 0.001 0.012 0.978 0.007 0.003 52 T 0.001 0.001 0.016 0.966 0.013 0.004 53 L 0.001 0.001 0.023 0.947 0.020 0.009 54 L 0.002 0.002 0.233 0.680 0.069 0.014 55 E 0.005 0.001 0.266 0.403 0.251 0.075 56 R 0.014 0.003 0.242 0.296 0.267 0.178 57 L 0.106 0.017 0.032 0.050 0.375 0.419 58 P 0.239 0.003 0.014 0.014 0.225 0.505 59 L 0.825 0.009 0.008 0.008 0.063 0.086 60 F 0.884 0.015 0.006 0.005 0.042 0.047 61 Y 0.734 0.009 0.004 0.009 0.050 0.194 62 S 0.145 0.005 0.013 0.014 0.207 0.617 63 P 0.015 0.005 0.132 0.062 0.378 0.407 64 L 0.004 0.003 0.309 0.158 0.342 0.184 65 F 0.004 0.005 0.350 0.204 0.315 0.122 66 R 0.005 0.006 0.192 0.364 0.235 0.198 67 P 0.003 0.003 0.247 0.525 0.139 0.084 68 L 0.004 0.005 0.221 0.634 0.096 0.039 69 E 0.004 0.003 0.129 0.699 0.113 0.053 70 G 0.001 0.001 0.051 0.724 0.103 0.119 71 A 0.001 0.001 0.040 0.884 0.036 0.038 72 V 0.001 0.002 0.016 0.947 0.016 0.018 73 Q 0.001 0.001 0.007 0.977 0.008 0.007 74 T 0.001 0.001 0.006 0.972 0.013 0.008 75 L 0.001 0.001 0.007 0.973 0.012 0.007 76 F 0.001 0.001 0.009 0.974 0.013 0.004 77 A 0.001 0.001 0.036 0.922 0.035 0.006 78 R 0.001 0.001 0.037 0.888 0.059 0.017 79 V 0.001 0.001 0.040 0.856 0.066 0.037 80 A 0.002 0.003 0.025 0.640 0.144 0.186 81 K 0.005 0.004 0.013 0.105 0.217 0.656 82 S 0.035 0.007 0.016 0.038 0.284 0.619 83 L 0.101 0.007 0.053 0.049 0.333 0.457 84 S 0.295 0.028 0.082 0.068 0.240 0.287 85 L 0.336 0.022 0.091 0.090 0.183 0.278 86 T 0.214 0.019 0.089 0.080 0.258 0.341 87 P 0.111 0.008 0.068 0.086 0.265 0.462 88 P 0.043 0.023 0.031 0.052 0.275 0.576 89 P 0.015 0.017 0.028 0.042 0.377 0.521 90 S 0.011 0.005 0.044 0.047 0.402 0.492 91 A 0.020 0.018 0.106 0.094 0.418 0.344 92 L 0.025 0.021 0.049 0.101 0.435 0.369 93 E 0.035 0.017 0.040 0.071 0.417 0.420 94 F 0.065 0.016 0.065 0.152 0.380 0.322 95 F 0.075 0.025 0.098 0.173 0.379 0.250 96 L 0.151 0.019 0.119 0.237 0.302 0.172 97 V 0.184 0.028 0.081 0.268 0.225 0.214 98 G 0.130 0.020 0.075 0.258 0.211 0.306 99 L 0.070 0.010 0.076 0.206 0.277 0.361 100 E 0.043 0.011 0.095 0.187 0.285 0.379 101 A 0.035 0.014 0.087 0.162 0.364 0.338 102 R 0.018 0.009 0.148 0.180 0.421 0.223 103 H 0.013 0.010 0.168 0.166 0.468 0.176 104 E 0.015 0.009 0.129 0.130 0.488 0.229 105 Q 0.022 0.012 0.089 0.100 0.522 0.256 106 G 0.023 0.014 0.059 0.062 0.510 0.333 107 D 0.055 0.010 0.052 0.034 0.540 0.310 108 P 0.222 0.010 0.051 0.036 0.393 0.290 109 L 0.634 0.012 0.018 0.011 0.145 0.181 110 A 0.928 0.003 0.003 0.003 0.023 0.040 111 A 0.973 0.001 0.001 0.002 0.006 0.017 112 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 113 L 0.977 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 114 L 0.949 0.002 0.001 0.002 0.012 0.034 115 G 0.767 0.010 0.002 0.004 0.072 0.146 116 P 0.293 0.013 0.007 0.008 0.297 0.382 117 G 0.056 0.007 0.019 0.019 0.462 0.437 118 E 0.025 0.017 0.013 0.024 0.389 0.532 119 E 0.015 0.009 0.038 0.152 0.422 0.364 120 A 0.009 0.002 0.025 0.391 0.248 0.325 121 A 0.009 0.003 0.032 0.809 0.091 0.056 122 L 0.009 0.002 0.021 0.889 0.048 0.031 123 A 0.011 0.001 0.014 0.930 0.024 0.020 124 K 0.014 0.002 0.012 0.945 0.016 0.011 125 E 0.011 0.001 0.013 0.935 0.022 0.017 126 I 0.008 0.001 0.008 0.947 0.015 0.020 127 L 0.015 0.002 0.011 0.916 0.024 0.032 128 E 0.016 0.001 0.012 0.906 0.036 0.028 129 S 0.029 0.002 0.014 0.764 0.075 0.117 130 R 0.032 0.005 0.016 0.592 0.129 0.226 131 V 0.123 0.012 0.029 0.397 0.223 0.216 132 D 0.101 0.005 0.034 0.345 0.265 0.250 133 A 0.212 0.011 0.056 0.247 0.230 0.244 134 L 0.438 0.012 0.087 0.160 0.160 0.143 135 A 0.494 0.005 0.070 0.121 0.135 0.176 136 E 0.618 0.010 0.028 0.084 0.081 0.179 137 V 0.623 0.029 0.007 0.037 0.079 0.226 138 P 0.477 0.024 0.006 0.033 0.175 0.286 139 A 0.156 0.054 0.012 0.027 0.520 0.232 140 T 0.034 0.008 0.014 0.015 0.688 0.241 141 G 0.008 0.004 0.008 0.012 0.698 0.271 142 A 0.006 0.008 0.006 0.021 0.454 0.505 143 N 0.011 0.027 0.009 0.120 0.250 0.583 144 R 0.001 0.002 0.024 0.902 0.046 0.024 145 L 0.002 0.001 0.031 0.924 0.034 0.008 146 A 0.002 0.001 0.016 0.946 0.030 0.006 147 Q 0.002 0.001 0.010 0.960 0.018 0.009 148 V 0.002 0.001 0.003 0.975 0.009 0.010 149 M 0.002 0.001 0.004 0.973 0.009 0.011 150 A 0.001 0.001 0.004 0.981 0.005 0.009 151 L 0.002 0.001 0.007 0.976 0.006 0.008 152 W 0.001 0.001 0.005 0.976 0.005 0.012 153 Y 0.001 0.001 0.010 0.947 0.009 0.033 154 R 0.001 0.001 0.007 0.947 0.006 0.038 155 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 156 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 157 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 158 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 160 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 163 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 164 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 165 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.005 0.005 166 Y 0.001 0.001 0.005 0.927 0.014 0.053 167 G 0.003 0.001 0.003 0.058 0.096 0.838 168 V 0.009 0.011 0.006 0.021 0.164 0.788 169 D 0.016 0.009 0.011 0.025 0.399 0.541 170 P 0.011 0.005 0.150 0.091 0.521 0.221 171 G 0.019 0.013 0.099 0.079 0.468 0.322 172 D 0.030 0.009 0.075 0.197 0.353 0.337 173 H 0.007 0.001 0.060 0.783 0.078 0.071 174 G 0.009 0.003 0.052 0.837 0.053 0.047 175 L 0.008 0.002 0.076 0.876 0.026 0.013 176 L 0.009 0.001 0.059 0.885 0.030 0.017 177 E 0.008 0.001 0.048 0.897 0.032 0.015 178 R 0.004 0.001 0.031 0.933 0.020 0.012 179 L 0.006 0.001 0.022 0.929 0.027 0.016 180 R 0.005 0.001 0.038 0.890 0.038 0.028 181 E 0.011 0.002 0.024 0.677 0.092 0.194 182 V 0.010 0.003 0.007 0.241 0.092 0.646 183 T 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.984