# TARGET T0226 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.180 0.087 0.030 0.105 0.109 0.107 0.124 0.088 0.082 0.055 0.034 2 L 0.022 0.029 0.012 0.055 0.089 0.119 0.181 0.158 0.152 0.111 0.073 3 A 0.022 0.041 0.020 0.073 0.096 0.128 0.198 0.152 0.135 0.087 0.047 4 P 0.009 0.010 0.007 0.031 0.058 0.104 0.222 0.196 0.183 0.120 0.061 5 Y 0.016 0.009 0.014 0.027 0.031 0.048 0.125 0.148 0.207 0.207 0.168 6 R 0.004 0.009 0.033 0.078 0.085 0.107 0.197 0.164 0.152 0.105 0.068 7 Y 0.001 0.003 0.032 0.019 0.013 0.017 0.073 0.141 0.218 0.265 0.216 8 L 0.001 0.001 0.020 0.014 0.019 0.029 0.088 0.136 0.208 0.252 0.233 9 R 0.002 0.006 0.117 0.084 0.084 0.107 0.216 0.135 0.128 0.080 0.042 10 F 0.001 0.003 0.048 0.040 0.049 0.088 0.232 0.176 0.170 0.117 0.075 11 L 0.001 0.001 0.011 0.007 0.006 0.013 0.070 0.127 0.237 0.291 0.236 12 L 0.004 0.009 0.041 0.053 0.075 0.128 0.254 0.165 0.145 0.080 0.045 13 L 0.002 0.004 0.032 0.020 0.025 0.038 0.118 0.139 0.233 0.214 0.175 14 A 0.008 0.011 0.023 0.040 0.065 0.107 0.287 0.162 0.147 0.094 0.055 15 T 0.146 0.111 0.068 0.119 0.108 0.101 0.173 0.082 0.056 0.025 0.010 16 G 0.041 0.060 0.029 0.058 0.084 0.115 0.152 0.119 0.117 0.122 0.102 17 R 0.067 0.607 0.105 0.124 0.053 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 18 E 0.587 0.109 0.048 0.120 0.082 0.032 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 19 E 0.952 0.033 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.004 0.018 0.035 0.104 0.113 0.238 0.304 0.104 0.052 0.021 0.008 21 L 0.003 0.006 0.030 0.024 0.044 0.130 0.304 0.203 0.137 0.080 0.040 22 R 0.018 0.034 0.858 0.071 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 S 0.019 0.058 0.582 0.218 0.084 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 24 V 0.001 0.002 0.026 0.008 0.010 0.036 0.195 0.172 0.227 0.196 0.128 25 D 0.003 0.006 0.112 0.099 0.181 0.251 0.283 0.048 0.014 0.003 0.001 26 E 0.007 0.014 0.921 0.046 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.002 0.012 0.166 0.119 0.177 0.246 0.198 0.049 0.019 0.009 0.003 28 L 0.001 0.002 0.026 0.004 0.006 0.017 0.149 0.183 0.260 0.212 0.142 29 L 0.004 0.021 0.465 0.249 0.171 0.062 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 30 E 0.026 0.039 0.830 0.064 0.026 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 31 E 0.005 0.012 0.151 0.071 0.075 0.108 0.272 0.130 0.100 0.050 0.025 32 R 0.003 0.004 0.037 0.023 0.038 0.080 0.293 0.199 0.169 0.105 0.050 33 R 0.012 0.034 0.593 0.209 0.096 0.036 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 34 R 0.024 0.086 0.421 0.144 0.121 0.102 0.073 0.018 0.007 0.003 0.001 35 L 0.005 0.008 0.010 0.019 0.032 0.057 0.172 0.194 0.208 0.179 0.116 36 G 0.127 0.137 0.053 0.106 0.115 0.105 0.158 0.079 0.061 0.035 0.024 37 P 0.156 0.075 0.092 0.126 0.112 0.100 0.124 0.076 0.070 0.046 0.024 38 E 0.284 0.210 0.084 0.171 0.112 0.059 0.047 0.016 0.010 0.004 0.002 39 V 0.023 0.028 0.013 0.036 0.042 0.065 0.135 0.168 0.206 0.165 0.118 40 P 0.281 0.263 0.078 0.139 0.093 0.060 0.040 0.020 0.012 0.008 0.005 41 V 0.119 0.106 0.041 0.113 0.129 0.133 0.157 0.091 0.061 0.035 0.015 42 E 0.432 0.152 0.055 0.112 0.084 0.054 0.051 0.028 0.017 0.010 0.005 43 E 0.389 0.178 0.082 0.183 0.091 0.041 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 44 N 0.068 0.087 0.041 0.092 0.103 0.122 0.161 0.119 0.097 0.070 0.040 45 P 0.142 0.156 0.049 0.126 0.120 0.106 0.114 0.072 0.055 0.037 0.023 46 A 0.029 0.031 0.018 0.046 0.062 0.098 0.197 0.156 0.160 0.122 0.080 47 K 0.039 0.049 0.057 0.138 0.154 0.154 0.192 0.088 0.069 0.039 0.021 48 F 0.043 0.050 0.093 0.237 0.174 0.139 0.119 0.063 0.043 0.024 0.014 49 L 0.002 0.007 0.018 0.030 0.034 0.051 0.130 0.156 0.210 0.202 0.160 50 A 0.001 0.001 0.005 0.008 0.012 0.028 0.119 0.165 0.232 0.234 0.195 51 Y 0.005 0.010 0.111 0.143 0.157 0.198 0.193 0.076 0.059 0.033 0.016 52 T 0.002 0.010 0.078 0.116 0.158 0.204 0.269 0.089 0.040 0.020 0.013 53 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.005 0.033 0.073 0.202 0.319 0.356 54 L 0.001 0.002 0.008 0.022 0.041 0.074 0.219 0.190 0.205 0.150 0.090 55 E 0.043 0.054 0.477 0.233 0.108 0.049 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 56 R 0.007 0.025 0.049 0.089 0.140 0.255 0.305 0.081 0.032 0.013 0.004 57 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.043 0.144 0.282 0.318 0.195 58 P 0.003 0.012 0.012 0.039 0.079 0.171 0.268 0.172 0.118 0.072 0.054 59 L 0.001 0.003 0.011 0.011 0.015 0.028 0.106 0.174 0.255 0.235 0.161 60 F 0.002 0.002 0.002 0.011 0.016 0.030 0.122 0.218 0.248 0.211 0.138 61 Y 0.002 0.005 0.004 0.015 0.018 0.031 0.113 0.164 0.241 0.220 0.188 62 S 0.006 0.009 0.008 0.027 0.035 0.054 0.117 0.159 0.236 0.202 0.147 63 P 0.086 0.066 0.033 0.124 0.124 0.126 0.150 0.120 0.086 0.055 0.029 64 L 0.033 0.055 0.022 0.078 0.109 0.115 0.188 0.157 0.126 0.082 0.035 65 F 0.040 0.041 0.020 0.066 0.068 0.083 0.138 0.142 0.171 0.134 0.099 66 R 0.172 0.110 0.071 0.178 0.156 0.109 0.084 0.045 0.039 0.022 0.013 67 P 0.026 0.073 0.049 0.104 0.102 0.124 0.158 0.128 0.113 0.076 0.047 68 L 0.003 0.005 0.004 0.013 0.023 0.060 0.149 0.172 0.217 0.189 0.163 69 E 0.027 0.017 0.024 0.070 0.109 0.174 0.284 0.133 0.092 0.046 0.024 70 G 0.058 0.114 0.300 0.261 0.136 0.070 0.037 0.012 0.007 0.003 0.001 71 A 0.002 0.005 0.019 0.036 0.037 0.051 0.136 0.170 0.207 0.184 0.153 72 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.040 0.085 0.203 0.302 0.358 73 Q 0.001 0.002 0.107 0.089 0.145 0.217 0.278 0.092 0.047 0.017 0.006 74 T 0.002 0.012 0.180 0.262 0.232 0.189 0.087 0.022 0.009 0.004 0.002 75 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.021 0.138 0.189 0.245 0.227 0.167 76 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.032 0.099 0.243 0.318 0.297 77 A 0.001 0.003 0.158 0.072 0.108 0.189 0.254 0.091 0.062 0.037 0.026 78 R 0.002 0.010 0.244 0.141 0.148 0.178 0.160 0.057 0.032 0.019 0.010 79 V 0.001 0.002 0.004 0.006 0.010 0.027 0.149 0.179 0.226 0.220 0.178 80 A 0.005 0.004 0.010 0.008 0.007 0.010 0.039 0.094 0.208 0.294 0.320 81 K 0.020 0.029 0.102 0.112 0.152 0.175 0.202 0.095 0.061 0.032 0.021 82 S 0.029 0.054 0.143 0.136 0.121 0.153 0.149 0.088 0.065 0.042 0.021 83 L 0.012 0.015 0.014 0.027 0.037 0.058 0.155 0.168 0.198 0.183 0.132 84 S 0.075 0.032 0.027 0.031 0.026 0.039 0.110 0.115 0.172 0.170 0.204 85 L 0.030 0.023 0.024 0.037 0.046 0.064 0.134 0.144 0.186 0.168 0.143 86 T 0.051 0.087 0.038 0.120 0.112 0.104 0.130 0.113 0.106 0.077 0.062 87 P 0.214 0.120 0.046 0.097 0.095 0.087 0.104 0.080 0.071 0.053 0.031 88 P 0.285 0.082 0.028 0.091 0.090 0.083 0.115 0.083 0.071 0.047 0.026 89 P 0.121 0.062 0.020 0.070 0.076 0.085 0.134 0.124 0.126 0.107 0.077 90 S 0.246 0.145 0.046 0.100 0.075 0.069 0.080 0.066 0.068 0.061 0.045 91 A 0.216 0.114 0.048 0.125 0.102 0.104 0.101 0.067 0.056 0.040 0.027 92 L 0.087 0.038 0.019 0.039 0.044 0.061 0.115 0.149 0.176 0.159 0.112 93 E 0.208 0.175 0.096 0.168 0.113 0.066 0.065 0.040 0.032 0.021 0.015 94 F 0.101 0.079 0.064 0.117 0.106 0.099 0.126 0.097 0.090 0.071 0.051 95 F 0.105 0.077 0.061 0.125 0.116 0.117 0.137 0.092 0.078 0.057 0.035 96 L 0.079 0.096 0.110 0.183 0.139 0.111 0.113 0.064 0.053 0.033 0.019 97 V 0.051 0.054 0.053 0.074 0.069 0.078 0.139 0.127 0.142 0.125 0.089 98 G 0.095 0.086 0.062 0.102 0.093 0.101 0.136 0.099 0.098 0.075 0.053 99 L 0.056 0.056 0.057 0.101 0.114 0.132 0.167 0.111 0.100 0.069 0.037 100 E 0.158 0.157 0.158 0.185 0.121 0.074 0.063 0.033 0.025 0.015 0.010 101 A 0.127 0.076 0.085 0.108 0.099 0.099 0.136 0.087 0.080 0.062 0.042 102 R 0.216 0.125 0.089 0.133 0.097 0.088 0.098 0.057 0.045 0.032 0.020 103 H 0.137 0.119 0.097 0.145 0.116 0.108 0.116 0.064 0.048 0.031 0.019 104 E 0.235 0.119 0.093 0.109 0.077 0.072 0.091 0.060 0.053 0.048 0.042 105 Q 0.171 0.115 0.059 0.130 0.103 0.093 0.123 0.071 0.062 0.046 0.027 106 G 0.388 0.136 0.062 0.103 0.068 0.061 0.062 0.038 0.036 0.026 0.019 107 D 0.105 0.146 0.074 0.192 0.144 0.108 0.102 0.050 0.039 0.024 0.015 108 P 0.104 0.099 0.065 0.174 0.147 0.130 0.127 0.064 0.048 0.027 0.014 109 L 0.010 0.013 0.015 0.062 0.096 0.127 0.200 0.165 0.156 0.101 0.055 110 A 0.002 0.004 0.007 0.024 0.035 0.066 0.186 0.208 0.210 0.159 0.098 111 A 0.001 0.005 0.012 0.058 0.084 0.145 0.210 0.190 0.145 0.095 0.055 112 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.020 0.092 0.180 0.261 0.264 0.165 113 L 0.001 0.001 0.003 0.009 0.017 0.030 0.109 0.165 0.246 0.245 0.174 114 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.021 0.092 0.139 0.264 0.265 0.198 115 G 0.003 0.013 0.010 0.071 0.154 0.178 0.268 0.156 0.099 0.036 0.011 116 P 0.139 0.225 0.082 0.215 0.135 0.093 0.073 0.025 0.009 0.003 0.001 117 G 0.585 0.135 0.054 0.107 0.061 0.028 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 118 E 0.432 0.253 0.053 0.107 0.064 0.038 0.026 0.012 0.007 0.004 0.002 119 E 0.133 0.262 0.053 0.141 0.106 0.091 0.094 0.052 0.038 0.022 0.009 120 A 0.100 0.081 0.032 0.116 0.141 0.187 0.182 0.077 0.052 0.022 0.009 121 A 0.629 0.147 0.114 0.061 0.023 0.011 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 122 L 0.011 0.029 0.049 0.143 0.161 0.196 0.215 0.090 0.055 0.034 0.017 123 A 0.012 0.010 0.014 0.019 0.027 0.053 0.164 0.193 0.218 0.180 0.109 124 K 0.030 0.051 0.249 0.342 0.202 0.083 0.032 0.008 0.003 0.001 0.001 125 E 0.033 0.076 0.488 0.198 0.102 0.062 0.030 0.007 0.003 0.001 0.001 126 I 0.003 0.005 0.023 0.029 0.038 0.074 0.193 0.177 0.204 0.159 0.095 127 L 0.004 0.004 0.017 0.014 0.022 0.055 0.238 0.209 0.206 0.152 0.079 128 E 0.012 0.055 0.472 0.262 0.123 0.044 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 129 S 0.044 0.081 0.184 0.120 0.119 0.135 0.148 0.069 0.050 0.032 0.018 130 R 0.045 0.058 0.077 0.112 0.105 0.107 0.167 0.117 0.102 0.070 0.041 131 V 0.090 0.073 0.073 0.111 0.124 0.136 0.177 0.086 0.064 0.039 0.027 132 D 0.156 0.165 0.279 0.180 0.100 0.054 0.034 0.015 0.010 0.005 0.003 133 A 0.075 0.075 0.059 0.123 0.139 0.146 0.184 0.083 0.061 0.035 0.020 134 L 0.022 0.015 0.017 0.029 0.032 0.047 0.104 0.131 0.193 0.206 0.206 135 A 0.061 0.072 0.114 0.173 0.175 0.152 0.131 0.059 0.035 0.017 0.010 136 E 0.099 0.145 0.154 0.239 0.149 0.095 0.068 0.027 0.014 0.007 0.004 137 V 0.010 0.008 0.006 0.014 0.023 0.040 0.110 0.144 0.201 0.238 0.207 138 P 0.207 0.236 0.112 0.228 0.120 0.051 0.029 0.009 0.005 0.002 0.002 139 A 0.027 0.011 0.009 0.017 0.022 0.036 0.109 0.130 0.208 0.212 0.217 140 T 0.217 0.352 0.104 0.182 0.082 0.033 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 141 G 0.153 0.212 0.045 0.122 0.108 0.108 0.111 0.058 0.040 0.028 0.014 142 A 0.173 0.114 0.059 0.155 0.156 0.137 0.098 0.041 0.032 0.020 0.014 143 N 0.197 0.163 0.085 0.166 0.124 0.093 0.096 0.036 0.025 0.010 0.005 144 R 0.015 0.057 0.044 0.195 0.194 0.179 0.181 0.072 0.038 0.017 0.009 145 L 0.011 0.004 0.009 0.020 0.030 0.051 0.160 0.168 0.208 0.191 0.148 146 A 0.018 0.015 0.078 0.141 0.192 0.241 0.201 0.057 0.037 0.015 0.006 147 Q 0.002 0.012 0.140 0.291 0.194 0.129 0.146 0.053 0.021 0.009 0.003 148 V 0.001 0.001 0.015 0.006 0.011 0.028 0.119 0.150 0.244 0.257 0.169 149 M 0.001 0.001 0.033 0.017 0.020 0.033 0.191 0.183 0.202 0.206 0.113 150 A 0.002 0.008 0.250 0.124 0.160 0.155 0.160 0.067 0.043 0.023 0.009 151 L 0.002 0.006 0.080 0.024 0.025 0.053 0.266 0.178 0.175 0.132 0.059 152 W 0.004 0.003 0.032 0.018 0.015 0.018 0.085 0.161 0.274 0.265 0.125 153 Y 0.005 0.005 0.081 0.019 0.025 0.061 0.265 0.148 0.157 0.137 0.097 154 R 0.003 0.006 0.295 0.058 0.060 0.062 0.173 0.119 0.120 0.073 0.031 155 M 0.003 0.006 0.075 0.018 0.020 0.045 0.237 0.166 0.206 0.160 0.066 156 A 0.009 0.009 0.120 0.030 0.030 0.046 0.174 0.152 0.188 0.158 0.083 157 W 0.004 0.006 0.125 0.020 0.021 0.036 0.155 0.148 0.186 0.173 0.126 158 T 0.002 0.003 0.105 0.014 0.010 0.013 0.078 0.123 0.229 0.254 0.169 159 A 0.001 0.002 0.056 0.014 0.013 0.024 0.129 0.137 0.224 0.238 0.163 160 Y 0.001 0.002 0.105 0.014 0.015 0.028 0.134 0.120 0.195 0.206 0.179 161 Y 0.001 0.001 0.062 0.014 0.013 0.025 0.141 0.144 0.217 0.215 0.167 162 L 0.001 0.001 0.051 0.014 0.010 0.012 0.068 0.119 0.224 0.265 0.236 163 A 0.001 0.001 0.028 0.008 0.009 0.018 0.085 0.125 0.234 0.256 0.235 164 L 0.001 0.002 0.058 0.039 0.060 0.105 0.255 0.168 0.169 0.091 0.051 165 L 0.001 0.003 0.034 0.026 0.035 0.065 0.190 0.185 0.231 0.145 0.083 166 Y 0.009 0.013 0.022 0.043 0.059 0.118 0.296 0.184 0.148 0.077 0.032 167 G 0.196 0.111 0.089 0.106 0.073 0.074 0.119 0.077 0.073 0.050 0.031 168 V 0.021 0.039 0.026 0.076 0.083 0.090 0.142 0.151 0.151 0.127 0.094 169 D 0.173 0.248 0.065 0.141 0.115 0.081 0.079 0.042 0.029 0.016 0.011 170 P 0.303 0.087 0.029 0.067 0.071 0.077 0.123 0.085 0.075 0.048 0.033 171 G 0.268 0.133 0.028 0.082 0.097 0.092 0.115 0.067 0.056 0.040 0.023 172 D 0.222 0.372 0.104 0.166 0.065 0.032 0.019 0.008 0.006 0.004 0.002 173 H 0.145 0.077 0.056 0.133 0.137 0.145 0.159 0.069 0.046 0.022 0.011 174 G 0.596 0.208 0.090 0.067 0.021 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 175 L 0.016 0.046 0.045 0.143 0.125 0.186 0.250 0.109 0.049 0.023 0.007 176 L 0.013 0.010 0.057 0.038 0.054 0.108 0.236 0.160 0.151 0.103 0.069 177 E 0.046 0.052 0.623 0.181 0.056 0.023 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 178 R 0.004 0.019 0.192 0.308 0.243 0.139 0.070 0.018 0.005 0.002 0.001 179 L 0.003 0.007 0.145 0.024 0.025 0.040 0.126 0.131 0.186 0.186 0.126 180 R 0.003 0.009 0.226 0.167 0.192 0.155 0.177 0.050 0.017 0.004 0.001 181 E 0.013 0.034 0.789 0.112 0.036 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 182 V 0.007 0.027 0.148 0.084 0.121 0.177 0.240 0.097 0.055 0.032 0.011 183 T 0.113 0.119 0.179 0.090 0.079 0.062 0.128 0.086 0.078 0.044 0.022