# TARGET T0226 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.995 2 L 0.081 0.026 0.001 0.336 0.001 0.004 0.550 3 A 0.056 0.018 0.004 0.601 0.031 0.013 0.277 4 P 0.008 0.002 0.006 0.922 0.009 0.015 0.039 5 Y 0.006 0.001 0.005 0.951 0.009 0.009 0.020 6 R 0.009 0.001 0.003 0.960 0.008 0.007 0.013 7 Y 0.008 0.001 0.002 0.961 0.013 0.005 0.010 8 L 0.007 0.001 0.002 0.963 0.010 0.006 0.011 9 R 0.002 0.001 0.006 0.954 0.007 0.019 0.011 10 F 0.001 0.001 0.012 0.875 0.007 0.092 0.011 11 L 0.002 0.002 0.020 0.426 0.015 0.513 0.022 12 L 0.004 0.007 0.029 0.177 0.048 0.641 0.093 13 L 0.011 0.027 0.058 0.084 0.210 0.115 0.496 14 A 0.030 0.026 0.083 0.087 0.246 0.087 0.439 15 T 0.032 0.027 0.043 0.057 0.206 0.157 0.478 16 G 0.008 0.019 0.015 0.027 0.294 0.044 0.594 17 R 0.006 0.007 0.004 0.038 0.137 0.016 0.793 18 E 0.001 0.001 0.048 0.880 0.015 0.045 0.011 19 E 0.001 0.001 0.042 0.903 0.010 0.039 0.006 20 V 0.001 0.001 0.036 0.924 0.006 0.023 0.010 21 L 0.001 0.001 0.003 0.980 0.005 0.007 0.005 22 R 0.001 0.001 0.002 0.981 0.003 0.012 0.003 23 S 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.015 0.002 24 V 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.008 0.005 25 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.002 26 E 0.001 0.001 0.002 0.978 0.002 0.017 0.002 27 A 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.031 0.002 28 L 0.001 0.001 0.001 0.962 0.004 0.025 0.007 29 L 0.001 0.001 0.005 0.961 0.004 0.025 0.005 30 E 0.001 0.001 0.006 0.957 0.007 0.021 0.008 31 E 0.001 0.001 0.011 0.943 0.007 0.028 0.010 32 R 0.001 0.002 0.017 0.889 0.013 0.063 0.016 33 R 0.002 0.002 0.037 0.783 0.018 0.139 0.020 34 R 0.003 0.001 0.022 0.624 0.054 0.259 0.036 35 L 0.011 0.007 0.012 0.263 0.188 0.214 0.304 36 G 0.011 0.008 0.010 0.034 0.169 0.074 0.694 37 P 0.027 0.016 0.026 0.023 0.156 0.093 0.658 38 E 0.061 0.025 0.054 0.030 0.183 0.126 0.521 39 V 0.057 0.033 0.034 0.038 0.210 0.029 0.600 40 P 0.050 0.025 0.033 0.045 0.098 0.040 0.709 41 V 0.030 0.012 0.167 0.169 0.122 0.188 0.312 42 E 0.010 0.006 0.139 0.164 0.184 0.250 0.246 43 E 0.004 0.010 0.035 0.275 0.373 0.105 0.198 44 N 0.003 0.005 0.004 0.168 0.326 0.028 0.466 45 P 0.001 0.001 0.023 0.776 0.029 0.115 0.056 46 A 0.001 0.001 0.016 0.915 0.008 0.039 0.019 47 K 0.002 0.001 0.010 0.952 0.011 0.013 0.012 48 F 0.004 0.001 0.007 0.963 0.005 0.006 0.014 49 L 0.004 0.001 0.008 0.960 0.004 0.014 0.010 50 A 0.005 0.001 0.009 0.956 0.006 0.017 0.007 51 Y 0.004 0.001 0.012 0.954 0.004 0.021 0.005 52 T 0.001 0.001 0.014 0.915 0.004 0.059 0.006 53 L 0.002 0.002 0.031 0.830 0.016 0.096 0.024 54 L 0.001 0.001 0.130 0.559 0.027 0.256 0.026 55 E 0.001 0.001 0.094 0.277 0.020 0.596 0.010 56 R 0.005 0.006 0.118 0.303 0.099 0.364 0.105 57 L 0.023 0.006 0.005 0.077 0.438 0.033 0.417 58 P 0.137 0.006 0.006 0.033 0.252 0.053 0.515 59 L 0.680 0.121 0.007 0.023 0.019 0.013 0.138 60 F 0.756 0.009 0.007 0.015 0.021 0.011 0.180 61 Y 0.587 0.012 0.009 0.025 0.099 0.016 0.252 62 S 0.215 0.014 0.019 0.054 0.154 0.023 0.521 63 P 0.036 0.011 0.099 0.066 0.159 0.247 0.382 64 L 0.012 0.006 0.159 0.122 0.160 0.351 0.190 65 F 0.009 0.008 0.161 0.344 0.124 0.106 0.248 66 R 0.006 0.003 0.100 0.624 0.080 0.085 0.103 67 P 0.009 0.010 0.093 0.641 0.053 0.098 0.095 68 L 0.004 0.003 0.066 0.747 0.028 0.073 0.079 69 E 0.001 0.001 0.014 0.928 0.018 0.025 0.013 70 G 0.001 0.001 0.005 0.961 0.008 0.015 0.009 71 A 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.013 0.007 72 V 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.009 0.005 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.001 74 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 76 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.002 77 A 0.001 0.001 0.006 0.963 0.003 0.024 0.004 78 R 0.001 0.001 0.007 0.864 0.007 0.116 0.004 79 V 0.001 0.002 0.011 0.697 0.010 0.268 0.013 80 A 0.004 0.011 0.010 0.468 0.123 0.233 0.151 81 K 0.007 0.009 0.016 0.156 0.236 0.271 0.306 82 S 0.014 0.006 0.009 0.060 0.506 0.053 0.352 83 L 0.042 0.016 0.060 0.126 0.143 0.122 0.491 84 S 0.166 0.058 0.109 0.138 0.090 0.106 0.333 85 L 0.219 0.086 0.123 0.118 0.068 0.058 0.328 86 T 0.147 0.031 0.130 0.087 0.100 0.084 0.421 87 P 0.084 0.011 0.074 0.074 0.198 0.138 0.421 88 P 0.032 0.019 0.052 0.045 0.234 0.108 0.510 89 P 0.012 0.014 0.022 0.024 0.264 0.033 0.631 90 S 0.012 0.008 0.044 0.025 0.084 0.135 0.694 91 A 0.025 0.013 0.081 0.035 0.090 0.218 0.537 92 L 0.034 0.029 0.072 0.043 0.173 0.089 0.561 93 E 0.052 0.039 0.034 0.048 0.138 0.047 0.643 94 F 0.053 0.015 0.089 0.173 0.157 0.131 0.382 95 F 0.079 0.018 0.101 0.174 0.126 0.161 0.341 96 L 0.109 0.026 0.102 0.268 0.118 0.130 0.248 97 V 0.126 0.025 0.060 0.307 0.106 0.132 0.244 98 G 0.118 0.021 0.046 0.276 0.102 0.150 0.287 99 L 0.100 0.019 0.046 0.231 0.134 0.140 0.330 100 E 0.072 0.023 0.069 0.270 0.151 0.136 0.279 101 A 0.049 0.017 0.086 0.240 0.154 0.125 0.329 102 R 0.032 0.010 0.141 0.198 0.123 0.193 0.303 103 H 0.030 0.008 0.176 0.186 0.134 0.260 0.205 104 E 0.027 0.008 0.137 0.137 0.188 0.201 0.302 105 Q 0.025 0.014 0.116 0.080 0.180 0.186 0.398 106 G 0.028 0.009 0.108 0.038 0.200 0.343 0.274 107 D 0.054 0.012 0.111 0.023 0.238 0.233 0.329 108 P 0.139 0.019 0.083 0.024 0.221 0.142 0.372 109 L 0.487 0.013 0.022 0.008 0.124 0.040 0.305 110 A 0.814 0.010 0.007 0.003 0.028 0.005 0.133 111 A 0.954 0.004 0.003 0.002 0.004 0.002 0.032 112 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 113 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 114 L 0.911 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.072 115 G 0.673 0.017 0.001 0.002 0.048 0.007 0.252 116 P 0.218 0.015 0.006 0.005 0.206 0.062 0.487 117 G 0.024 0.009 0.039 0.022 0.390 0.259 0.257 118 E 0.013 0.012 0.049 0.042 0.353 0.201 0.329 119 E 0.006 0.007 0.082 0.113 0.128 0.218 0.447 120 A 0.001 0.002 0.023 0.122 0.064 0.028 0.760 121 A 0.003 0.006 0.051 0.662 0.024 0.088 0.167 122 L 0.004 0.004 0.033 0.745 0.039 0.066 0.109 123 A 0.006 0.003 0.025 0.848 0.020 0.037 0.061 124 K 0.006 0.001 0.014 0.927 0.016 0.018 0.017 125 E 0.015 0.001 0.016 0.927 0.009 0.015 0.017 126 I 0.010 0.002 0.015 0.938 0.006 0.019 0.010 127 L 0.025 0.004 0.010 0.889 0.009 0.050 0.013 128 E 0.038 0.004 0.018 0.704 0.028 0.171 0.038 129 S 0.036 0.006 0.015 0.451 0.088 0.294 0.109 130 R 0.050 0.013 0.022 0.245 0.158 0.188 0.324 131 V 0.067 0.012 0.054 0.134 0.222 0.161 0.350 132 D 0.151 0.014 0.072 0.086 0.222 0.114 0.341 133 A 0.301 0.014 0.071 0.064 0.127 0.104 0.319 134 L 0.607 0.017 0.037 0.037 0.058 0.048 0.196 135 A 0.706 0.008 0.024 0.034 0.042 0.021 0.166 136 E 0.770 0.019 0.014 0.017 0.031 0.012 0.137 137 V 0.739 0.031 0.006 0.012 0.032 0.005 0.175 138 P 0.528 0.031 0.007 0.011 0.050 0.014 0.359 139 A 0.234 0.056 0.018 0.021 0.112 0.090 0.468 140 T 0.044 0.015 0.021 0.011 0.233 0.362 0.314 141 G 0.007 0.005 0.015 0.010 0.361 0.364 0.237 142 A 0.003 0.007 0.014 0.021 0.556 0.096 0.303 143 N 0.003 0.016 0.019 0.101 0.453 0.054 0.354 144 R 0.001 0.001 0.060 0.845 0.029 0.043 0.021 145 L 0.001 0.001 0.035 0.901 0.009 0.037 0.017 146 A 0.001 0.001 0.013 0.951 0.010 0.014 0.011 147 Q 0.001 0.001 0.002 0.978 0.004 0.007 0.008 148 V 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.008 0.005 149 M 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.008 0.003 150 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 151 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 152 W 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 153 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 154 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 155 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 156 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 157 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 158 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 160 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 163 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 164 L 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.011 0.001 165 L 0.001 0.001 0.004 0.927 0.002 0.065 0.002 166 Y 0.001 0.001 0.005 0.578 0.010 0.400 0.006 167 G 0.002 0.002 0.007 0.186 0.148 0.511 0.145 168 V 0.009 0.027 0.010 0.042 0.278 0.038 0.596 169 D 0.020 0.022 0.014 0.020 0.176 0.022 0.727 170 P 0.016 0.013 0.130 0.084 0.143 0.247 0.365 171 G 0.014 0.012 0.114 0.092 0.181 0.258 0.330 172 D 0.015 0.012 0.099 0.167 0.176 0.137 0.395 173 H 0.006 0.005 0.100 0.578 0.075 0.079 0.157 174 G 0.007 0.007 0.119 0.625 0.050 0.097 0.095 175 L 0.005 0.005 0.076 0.782 0.030 0.043 0.060 176 L 0.005 0.004 0.034 0.888 0.013 0.023 0.032 177 E 0.009 0.001 0.045 0.852 0.019 0.043 0.031 178 R 0.009 0.002 0.049 0.826 0.016 0.072 0.027 179 L 0.011 0.006 0.038 0.809 0.026 0.059 0.050 180 R 0.021 0.005 0.033 0.698 0.048 0.130 0.064 181 E 0.025 0.004 0.023 0.484 0.062 0.285 0.116 182 V 0.015 0.013 0.016 0.234 0.009 0.140 0.574 183 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997