# TARGET T0226 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.101 0.129 0.064 0.012 0.112 0.010 0.025 0.173 0.143 0.167 0.063 2 L 0.020 0.337 0.255 0.024 0.082 0.013 0.014 0.160 0.057 0.024 0.013 3 A 0.046 0.187 0.046 0.002 0.114 0.002 0.005 0.511 0.060 0.011 0.015 4 P 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.786 0.179 0.014 0.002 5 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.876 0.110 0.004 0.001 6 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.935 0.050 0.003 0.001 7 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.932 0.055 0.005 0.001 8 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.904 0.077 0.007 0.001 9 R 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.033 0.808 0.140 0.007 0.002 10 F 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.006 0.059 0.778 0.123 0.024 0.001 11 L 0.004 0.676 0.170 0.013 0.050 0.004 0.006 0.039 0.021 0.016 0.002 12 L 0.042 0.042 0.020 0.016 0.035 0.007 0.015 0.083 0.068 0.497 0.176 13 L 0.058 0.125 0.032 0.013 0.125 0.029 0.051 0.210 0.132 0.182 0.041 14 A 0.058 0.232 0.098 0.028 0.204 0.020 0.049 0.132 0.085 0.062 0.033 15 T 0.077 0.284 0.164 0.025 0.133 0.019 0.035 0.064 0.055 0.093 0.052 16 G 0.053 0.332 0.176 0.026 0.198 0.017 0.026 0.055 0.031 0.057 0.028 17 R 0.019 0.504 0.350 0.009 0.075 0.002 0.002 0.014 0.006 0.012 0.008 18 E 0.004 0.005 0.003 0.002 0.010 0.005 0.009 0.713 0.236 0.014 0.002 19 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.854 0.112 0.014 0.002 20 V 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.005 0.854 0.081 0.045 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.927 0.063 0.005 0.001 22 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.940 0.048 0.001 0.001 23 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.935 0.050 0.009 0.001 24 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.067 0.005 0.001 25 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.061 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.948 0.039 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.932 0.046 0.010 0.001 28 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.854 0.115 0.020 0.002 29 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.891 0.087 0.004 0.001 30 E 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.003 0.026 0.849 0.078 0.030 0.001 31 E 0.003 0.008 0.005 0.002 0.007 0.006 0.027 0.696 0.203 0.041 0.003 32 R 0.016 0.024 0.003 0.003 0.022 0.003 0.029 0.575 0.247 0.063 0.015 33 R 0.004 0.015 0.006 0.008 0.011 0.023 0.094 0.502 0.224 0.107 0.007 34 R 0.021 0.024 0.008 0.008 0.039 0.018 0.168 0.417 0.116 0.162 0.020 35 L 0.068 0.204 0.119 0.028 0.167 0.014 0.030 0.083 0.072 0.174 0.042 36 G 0.033 0.164 0.196 0.132 0.076 0.048 0.052 0.113 0.083 0.076 0.026 37 P 0.079 0.270 0.097 0.006 0.259 0.004 0.016 0.111 0.094 0.041 0.023 38 E 0.119 0.098 0.033 0.008 0.157 0.012 0.039 0.105 0.141 0.216 0.072 39 V 0.066 0.364 0.164 0.015 0.261 0.012 0.025 0.033 0.019 0.021 0.020 40 P 0.101 0.255 0.122 0.029 0.173 0.016 0.020 0.066 0.062 0.083 0.073 41 V 0.033 0.115 0.065 0.052 0.095 0.037 0.062 0.199 0.216 0.108 0.020 42 E 0.037 0.084 0.070 0.038 0.075 0.025 0.047 0.297 0.187 0.119 0.022 43 E 0.017 0.052 0.027 0.031 0.029 0.122 0.201 0.186 0.080 0.216 0.039 44 N 0.180 0.145 0.057 0.010 0.320 0.005 0.006 0.088 0.035 0.051 0.104 45 P 0.003 0.044 0.019 0.002 0.008 0.001 0.005 0.587 0.278 0.048 0.005 46 A 0.003 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.002 0.802 0.137 0.035 0.002 47 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.924 0.059 0.001 0.001 48 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.944 0.038 0.003 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.934 0.051 0.007 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.908 0.076 0.009 0.001 51 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.899 0.079 0.003 0.001 52 T 0.004 0.004 0.002 0.001 0.006 0.002 0.047 0.885 0.041 0.006 0.002 53 L 0.006 0.004 0.003 0.003 0.006 0.008 0.044 0.539 0.220 0.158 0.007 54 L 0.017 0.168 0.022 0.013 0.055 0.014 0.028 0.447 0.189 0.040 0.008 55 E 0.006 0.034 0.017 0.035 0.016 0.024 0.075 0.409 0.219 0.158 0.006 56 R 0.013 0.009 0.018 0.013 0.015 0.022 0.178 0.164 0.154 0.382 0.031 57 L 0.099 0.422 0.072 0.004 0.324 0.001 0.003 0.018 0.013 0.015 0.029 58 P 0.098 0.186 0.030 0.005 0.469 0.010 0.029 0.096 0.043 0.013 0.020 59 L 0.237 0.074 0.012 0.004 0.448 0.006 0.016 0.068 0.046 0.046 0.043 60 F 0.193 0.082 0.026 0.020 0.359 0.033 0.106 0.088 0.024 0.029 0.040 61 Y 0.120 0.154 0.057 0.019 0.232 0.010 0.016 0.047 0.044 0.208 0.093 62 S 0.027 0.178 0.243 0.163 0.085 0.063 0.063 0.069 0.046 0.041 0.022 63 P 0.048 0.150 0.125 0.038 0.103 0.045 0.071 0.188 0.095 0.090 0.047 64 L 0.049 0.091 0.033 0.010 0.085 0.009 0.034 0.356 0.228 0.073 0.032 65 F 0.024 0.054 0.029 0.016 0.039 0.016 0.028 0.418 0.255 0.101 0.018 66 R 0.012 0.078 0.044 0.017 0.041 0.014 0.035 0.611 0.117 0.022 0.010 67 P 0.018 0.031 0.014 0.005 0.018 0.005 0.016 0.718 0.110 0.046 0.019 68 L 0.005 0.012 0.010 0.004 0.007 0.003 0.006 0.771 0.139 0.037 0.006 69 E 0.002 0.015 0.006 0.002 0.005 0.003 0.006 0.874 0.080 0.005 0.001 70 G 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.006 0.017 0.899 0.057 0.008 0.001 71 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.927 0.049 0.011 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.061 0.010 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.051 0.002 0.001 74 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.951 0.031 0.002 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.907 0.058 0.016 0.001 76 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.884 0.095 0.012 0.002 77 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.843 0.129 0.006 0.001 78 R 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.009 0.155 0.729 0.086 0.009 0.001 79 V 0.010 0.010 0.004 0.006 0.009 0.019 0.176 0.420 0.157 0.176 0.013 80 A 0.069 0.341 0.033 0.005 0.212 0.006 0.017 0.110 0.071 0.098 0.037 81 K 0.041 0.025 0.015 0.037 0.039 0.044 0.056 0.167 0.154 0.363 0.058 82 S 0.041 0.297 0.296 0.044 0.157 0.007 0.012 0.066 0.036 0.029 0.014 83 L 0.080 0.139 0.058 0.025 0.155 0.018 0.041 0.234 0.135 0.070 0.045 84 S 0.093 0.164 0.068 0.010 0.250 0.011 0.037 0.187 0.088 0.062 0.030 85 L 0.170 0.145 0.063 0.013 0.278 0.009 0.018 0.103 0.048 0.088 0.063 86 T 0.057 0.294 0.126 0.035 0.206 0.026 0.045 0.105 0.053 0.039 0.016 87 P 0.061 0.166 0.107 0.034 0.124 0.021 0.051 0.197 0.116 0.091 0.034 88 P 0.060 0.214 0.156 0.026 0.131 0.013 0.042 0.123 0.074 0.124 0.038 89 P 0.070 0.289 0.151 0.031 0.162 0.012 0.019 0.094 0.075 0.058 0.038 90 S 0.023 0.199 0.127 0.030 0.088 0.025 0.060 0.231 0.174 0.032 0.011 91 A 0.057 0.094 0.059 0.011 0.094 0.010 0.051 0.202 0.204 0.181 0.036 92 L 0.113 0.257 0.072 0.010 0.246 0.018 0.046 0.078 0.049 0.072 0.039 93 E 0.126 0.274 0.136 0.025 0.253 0.012 0.012 0.028 0.020 0.052 0.063 94 F 0.075 0.091 0.028 0.027 0.146 0.035 0.055 0.214 0.231 0.063 0.035 95 F 0.061 0.048 0.036 0.029 0.090 0.019 0.035 0.199 0.206 0.222 0.055 96 L 0.082 0.072 0.020 0.012 0.130 0.021 0.080 0.220 0.142 0.174 0.046 97 V 0.112 0.136 0.053 0.030 0.222 0.017 0.031 0.126 0.077 0.129 0.066 98 G 0.077 0.178 0.128 0.074 0.174 0.023 0.025 0.098 0.074 0.097 0.052 99 L 0.045 0.224 0.123 0.023 0.140 0.015 0.030 0.197 0.112 0.069 0.022 100 E 0.052 0.082 0.048 0.020 0.066 0.021 0.070 0.291 0.175 0.126 0.048 101 A 0.058 0.198 0.122 0.027 0.123 0.015 0.032 0.167 0.106 0.111 0.042 102 R 0.048 0.123 0.046 0.017 0.098 0.018 0.031 0.275 0.222 0.093 0.030 103 H 0.036 0.082 0.046 0.020 0.068 0.027 0.084 0.325 0.210 0.082 0.020 104 E 0.060 0.101 0.065 0.032 0.074 0.035 0.073 0.162 0.103 0.244 0.052 105 Q 0.121 0.217 0.088 0.027 0.218 0.021 0.034 0.102 0.052 0.073 0.047 106 G 0.044 0.112 0.075 0.074 0.073 0.080 0.096 0.145 0.111 0.154 0.037 107 D 0.085 0.148 0.128 0.058 0.164 0.016 0.030 0.102 0.065 0.152 0.051 108 P 0.101 0.166 0.038 0.014 0.160 0.016 0.052 0.191 0.092 0.127 0.044 109 L 0.206 0.106 0.021 0.009 0.334 0.018 0.043 0.112 0.042 0.068 0.042 110 A 0.334 0.077 0.010 0.010 0.447 0.013 0.010 0.031 0.010 0.017 0.041 111 A 0.247 0.073 0.008 0.007 0.600 0.007 0.007 0.016 0.004 0.007 0.024 112 V 0.176 0.115 0.009 0.002 0.668 0.003 0.002 0.006 0.002 0.003 0.013 113 L 0.266 0.061 0.004 0.001 0.616 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.043 114 L 0.315 0.097 0.018 0.008 0.375 0.009 0.009 0.010 0.007 0.042 0.112 115 G 0.030 0.438 0.303 0.042 0.148 0.004 0.003 0.006 0.004 0.010 0.011 116 P 0.065 0.154 0.082 0.041 0.159 0.041 0.074 0.186 0.129 0.043 0.027 117 G 0.023 0.046 0.040 0.029 0.040 0.034 0.071 0.163 0.248 0.271 0.036 118 E 0.033 0.277 0.140 0.024 0.130 0.017 0.046 0.147 0.099 0.067 0.021 119 E 0.058 0.120 0.046 0.012 0.083 0.014 0.029 0.205 0.185 0.203 0.043 120 A 0.036 0.107 0.047 0.010 0.112 0.011 0.023 0.350 0.222 0.064 0.018 121 A 0.016 0.031 0.014 0.005 0.029 0.008 0.035 0.650 0.151 0.047 0.015 122 L 0.018 0.032 0.012 0.002 0.023 0.002 0.019 0.668 0.132 0.084 0.009 123 A 0.005 0.013 0.004 0.001 0.007 0.001 0.004 0.811 0.128 0.022 0.003 124 K 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.882 0.091 0.005 0.001 125 E 0.003 0.005 0.003 0.001 0.006 0.001 0.009 0.896 0.069 0.006 0.001 126 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.009 0.889 0.080 0.009 0.001 127 L 0.010 0.006 0.002 0.001 0.016 0.002 0.010 0.781 0.135 0.032 0.004 128 E 0.007 0.017 0.005 0.005 0.015 0.011 0.043 0.726 0.130 0.035 0.005 129 S 0.038 0.086 0.035 0.011 0.087 0.011 0.046 0.485 0.090 0.095 0.016 130 R 0.063 0.099 0.046 0.015 0.127 0.017 0.061 0.377 0.103 0.070 0.023 131 V 0.092 0.053 0.017 0.015 0.101 0.026 0.065 0.344 0.130 0.104 0.053 132 D 0.058 0.170 0.085 0.049 0.137 0.026 0.042 0.212 0.083 0.103 0.034 133 A 0.053 0.204 0.074 0.020 0.162 0.024 0.066 0.222 0.082 0.078 0.017 134 L 0.402 0.041 0.005 0.004 0.282 0.005 0.010 0.077 0.043 0.034 0.099 135 A 0.034 0.193 0.050 0.058 0.197 0.095 0.092 0.185 0.058 0.031 0.008 136 E 0.412 0.042 0.010 0.002 0.374 0.002 0.005 0.025 0.013 0.044 0.071 137 V 0.110 0.357 0.081 0.017 0.357 0.010 0.007 0.022 0.009 0.010 0.020 138 P 0.143 0.252 0.076 0.005 0.366 0.006 0.012 0.026 0.014 0.031 0.069 139 A 0.216 0.218 0.137 0.012 0.286 0.006 0.008 0.027 0.014 0.018 0.058 140 T 0.011 0.051 0.038 0.146 0.020 0.269 0.272 0.093 0.042 0.050 0.008 141 G 0.025 0.097 0.161 0.344 0.042 0.069 0.023 0.034 0.024 0.140 0.042 142 A 0.052 0.119 0.070 0.078 0.065 0.052 0.026 0.096 0.090 0.260 0.091 143 N 0.032 0.294 0.295 0.058 0.108 0.013 0.008 0.104 0.029 0.034 0.026 144 R 0.014 0.070 0.022 0.002 0.019 0.001 0.006 0.641 0.169 0.047 0.010 145 L 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.844 0.118 0.017 0.002 146 A 0.001 0.006 0.001 0.002 0.003 0.006 0.008 0.885 0.082 0.004 0.001 147 Q 0.005 0.006 0.004 0.001 0.008 0.001 0.013 0.877 0.070 0.012 0.003 148 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.793 0.142 0.056 0.001 149 M 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.845 0.133 0.006 0.002 150 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.937 0.056 0.001 0.001 151 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.049 0.002 0.001 152 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.929 0.063 0.001 0.001 153 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.051 0.001 0.001 154 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.924 0.071 0.002 0.001 155 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.922 0.073 0.001 0.001 156 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.936 0.055 0.001 0.001 157 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.060 0.001 0.001 158 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.036 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.033 0.001 0.001 160 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.030 0.001 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.024 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.032 0.001 0.001 163 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.944 0.049 0.001 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.885 0.086 0.004 0.001 165 L 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.005 0.166 0.741 0.068 0.008 0.001 166 Y 0.002 0.787 0.142 0.005 0.038 0.002 0.004 0.006 0.003 0.008 0.001 167 G 0.092 0.018 0.015 0.017 0.022 0.005 0.007 0.016 0.022 0.494 0.293 168 V 0.047 0.398 0.124 0.014 0.179 0.021 0.032 0.044 0.047 0.062 0.033 169 D 0.123 0.228 0.048 0.007 0.435 0.004 0.006 0.027 0.029 0.024 0.071 170 P 0.047 0.164 0.083 0.013 0.121 0.029 0.066 0.173 0.216 0.067 0.021 171 G 0.031 0.176 0.087 0.017 0.121 0.029 0.094 0.245 0.097 0.087 0.016 172 D 0.134 0.226 0.058 0.004 0.225 0.005 0.011 0.126 0.071 0.093 0.048 173 H 0.022 0.044 0.022 0.008 0.049 0.007 0.011 0.451 0.304 0.064 0.017 174 G 0.005 0.020 0.007 0.001 0.014 0.001 0.014 0.815 0.107 0.012 0.004 175 L 0.004 0.012 0.004 0.001 0.004 0.001 0.005 0.802 0.128 0.039 0.002 176 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.833 0.151 0.007 0.001 177 E 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.894 0.088 0.002 0.001 178 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.776 0.148 0.058 0.001 179 L 0.010 0.008 0.002 0.001 0.014 0.001 0.006 0.675 0.221 0.055 0.007 180 R 0.003 0.016 0.004 0.004 0.007 0.009 0.039 0.687 0.216 0.014 0.002 181 E 0.015 0.015 0.006 0.005 0.023 0.007 0.048 0.465 0.167 0.230 0.020 182 V 0.097 0.099 0.043 0.015 0.169 0.019 0.063 0.244 0.092 0.115 0.044 183 T 0.063 0.134 0.042 0.018 0.150 0.021 0.059 0.264 0.118 0.094 0.037