# TARGET T0226 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.483 0.220 0.147 0.090 0.041 0.017 0.002 2 L 0.130 0.143 0.154 0.215 0.208 0.126 0.025 3 A 0.049 0.074 0.088 0.192 0.258 0.260 0.078 4 P 0.043 0.075 0.083 0.141 0.228 0.296 0.134 5 Y 0.029 0.033 0.061 0.128 0.193 0.315 0.241 6 R 0.031 0.046 0.063 0.128 0.206 0.314 0.212 7 Y 0.013 0.011 0.019 0.052 0.154 0.462 0.288 8 L 0.009 0.020 0.041 0.121 0.255 0.397 0.157 9 R 0.021 0.108 0.185 0.261 0.211 0.162 0.052 10 F 0.012 0.042 0.085 0.192 0.315 0.285 0.069 11 L 0.014 0.031 0.058 0.144 0.285 0.390 0.077 12 L 0.046 0.100 0.143 0.206 0.248 0.222 0.035 13 L 0.034 0.035 0.078 0.160 0.267 0.357 0.068 14 A 0.045 0.098 0.134 0.252 0.301 0.159 0.012 15 T 0.143 0.244 0.271 0.209 0.099 0.030 0.003 16 G 0.140 0.232 0.262 0.227 0.110 0.025 0.002 17 R 0.366 0.395 0.163 0.063 0.012 0.002 0.001 18 E 0.539 0.295 0.116 0.041 0.007 0.001 0.001 19 E 0.808 0.167 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 20 V 0.182 0.363 0.275 0.148 0.030 0.003 0.001 21 L 0.018 0.084 0.257 0.385 0.226 0.029 0.001 22 R 0.342 0.492 0.141 0.022 0.003 0.001 0.001 23 S 0.140 0.513 0.269 0.069 0.008 0.001 0.001 24 V 0.003 0.011 0.042 0.187 0.507 0.242 0.006 25 D 0.009 0.084 0.292 0.397 0.187 0.030 0.001 26 E 0.161 0.600 0.189 0.040 0.008 0.002 0.001 27 A 0.010 0.072 0.276 0.414 0.194 0.033 0.001 28 L 0.004 0.011 0.029 0.157 0.463 0.324 0.012 29 L 0.102 0.435 0.307 0.124 0.027 0.004 0.001 30 E 0.216 0.475 0.228 0.067 0.012 0.002 0.001 31 E 0.035 0.109 0.204 0.356 0.242 0.052 0.002 32 R 0.098 0.215 0.278 0.261 0.123 0.024 0.001 33 R 0.658 0.253 0.061 0.022 0.005 0.001 0.001 34 R 0.350 0.338 0.196 0.086 0.025 0.005 0.001 35 L 0.174 0.173 0.210 0.249 0.152 0.039 0.002 36 G 0.327 0.303 0.196 0.110 0.049 0.013 0.001 37 P 0.348 0.190 0.143 0.179 0.102 0.033 0.004 38 E 0.429 0.313 0.148 0.073 0.029 0.007 0.001 39 V 0.201 0.183 0.208 0.230 0.136 0.039 0.002 40 P 0.394 0.288 0.158 0.103 0.043 0.012 0.001 41 V 0.363 0.247 0.169 0.136 0.068 0.016 0.001 42 E 0.393 0.301 0.166 0.097 0.033 0.008 0.001 43 E 0.357 0.336 0.174 0.089 0.034 0.009 0.001 44 N 0.132 0.219 0.213 0.222 0.149 0.057 0.008 45 P 0.073 0.193 0.230 0.258 0.165 0.071 0.011 46 A 0.006 0.024 0.061 0.175 0.354 0.320 0.060 47 K 0.009 0.075 0.177 0.268 0.299 0.152 0.021 48 F 0.047 0.194 0.235 0.258 0.170 0.086 0.010 49 L 0.002 0.010 0.030 0.117 0.284 0.439 0.117 50 A 0.002 0.005 0.011 0.057 0.214 0.540 0.171 51 Y 0.008 0.090 0.243 0.368 0.213 0.072 0.006 52 T 0.008 0.059 0.182 0.356 0.289 0.102 0.004 53 L 0.003 0.009 0.012 0.049 0.294 0.549 0.085 54 L 0.005 0.024 0.112 0.304 0.338 0.197 0.021 55 E 0.064 0.431 0.336 0.130 0.031 0.008 0.001 56 R 0.010 0.080 0.240 0.389 0.228 0.050 0.004 57 L 0.001 0.009 0.030 0.116 0.326 0.439 0.078 58 P 0.003 0.013 0.038 0.104 0.254 0.402 0.185 59 L 0.001 0.001 0.004 0.017 0.061 0.298 0.618 60 F 0.002 0.003 0.007 0.025 0.092 0.354 0.517 61 Y 0.004 0.009 0.019 0.046 0.114 0.322 0.487 62 S 0.008 0.029 0.060 0.120 0.198 0.303 0.282 63 P 0.036 0.107 0.155 0.224 0.228 0.169 0.083 64 L 0.047 0.109 0.151 0.194 0.216 0.203 0.081 65 F 0.022 0.052 0.085 0.170 0.260 0.312 0.100 66 R 0.040 0.120 0.180 0.256 0.229 0.138 0.037 67 P 0.024 0.064 0.126 0.239 0.289 0.201 0.057 68 L 0.006 0.015 0.020 0.056 0.178 0.489 0.236 69 E 0.006 0.031 0.080 0.211 0.333 0.284 0.055 70 G 0.021 0.119 0.236 0.311 0.215 0.090 0.009 71 A 0.007 0.024 0.067 0.209 0.345 0.301 0.046 72 V 0.002 0.003 0.005 0.025 0.128 0.558 0.279 73 Q 0.006 0.054 0.160 0.317 0.287 0.155 0.022 74 T 0.012 0.109 0.218 0.335 0.234 0.084 0.008 75 L 0.002 0.007 0.022 0.094 0.319 0.446 0.110 76 F 0.002 0.007 0.017 0.062 0.193 0.512 0.206 77 A 0.024 0.088 0.156 0.281 0.258 0.159 0.033 78 R 0.033 0.093 0.162 0.277 0.267 0.142 0.026 79 V 0.022 0.035 0.053 0.116 0.242 0.390 0.142 80 A 0.020 0.031 0.056 0.136 0.269 0.370 0.119 81 K 0.054 0.139 0.198 0.258 0.194 0.127 0.030 82 S 0.052 0.071 0.113 0.193 0.262 0.233 0.076 83 L 0.052 0.062 0.087 0.157 0.225 0.288 0.129 84 S 0.058 0.065 0.095 0.164 0.230 0.279 0.108 85 L 0.059 0.053 0.066 0.129 0.228 0.321 0.143 86 T 0.074 0.098 0.140 0.221 0.239 0.181 0.048 87 P 0.170 0.167 0.163 0.177 0.167 0.119 0.036 88 P 0.204 0.198 0.182 0.180 0.131 0.085 0.020 89 P 0.190 0.172 0.164 0.203 0.166 0.089 0.015 90 S 0.386 0.285 0.163 0.099 0.045 0.019 0.004 91 A 0.419 0.280 0.161 0.090 0.036 0.013 0.002 92 L 0.210 0.168 0.188 0.214 0.157 0.057 0.006 93 E 0.364 0.289 0.178 0.106 0.046 0.015 0.002 94 F 0.305 0.206 0.175 0.160 0.101 0.046 0.008 95 F 0.368 0.255 0.165 0.118 0.060 0.028 0.005 96 L 0.259 0.229 0.188 0.148 0.100 0.061 0.014 97 V 0.154 0.144 0.163 0.202 0.186 0.128 0.023 98 G 0.158 0.138 0.153 0.199 0.201 0.133 0.018 99 L 0.228 0.218 0.202 0.188 0.113 0.045 0.007 100 E 0.311 0.259 0.187 0.139 0.073 0.027 0.004 101 A 0.377 0.262 0.165 0.116 0.057 0.020 0.003 102 R 0.383 0.255 0.160 0.123 0.057 0.019 0.003 103 H 0.481 0.262 0.134 0.076 0.033 0.012 0.002 104 E 0.392 0.240 0.160 0.119 0.062 0.023 0.004 105 Q 0.251 0.203 0.171 0.185 0.131 0.051 0.007 106 G 0.323 0.271 0.181 0.135 0.066 0.021 0.003 107 D 0.243 0.265 0.198 0.162 0.094 0.033 0.004 108 P 0.049 0.133 0.195 0.279 0.229 0.104 0.010 109 L 0.011 0.044 0.112 0.239 0.321 0.241 0.032 110 A 0.005 0.017 0.043 0.131 0.293 0.405 0.105 111 A 0.003 0.010 0.029 0.092 0.235 0.466 0.166 112 V 0.001 0.001 0.004 0.022 0.084 0.471 0.417 113 L 0.001 0.001 0.004 0.021 0.097 0.466 0.410 114 L 0.001 0.003 0.013 0.044 0.185 0.528 0.225 115 G 0.005 0.028 0.098 0.251 0.377 0.215 0.026 116 P 0.082 0.258 0.312 0.238 0.086 0.021 0.002 117 G 0.293 0.312 0.196 0.125 0.056 0.016 0.001 118 E 0.498 0.273 0.134 0.065 0.023 0.007 0.001 119 E 0.544 0.246 0.121 0.059 0.023 0.006 0.001 120 A 0.240 0.244 0.251 0.173 0.074 0.017 0.001 121 A 0.497 0.341 0.114 0.036 0.010 0.002 0.001 122 L 0.070 0.229 0.301 0.255 0.118 0.024 0.002 123 A 0.022 0.055 0.122 0.274 0.350 0.165 0.011 124 K 0.080 0.282 0.305 0.226 0.085 0.019 0.002 125 E 0.189 0.365 0.250 0.132 0.048 0.013 0.001 126 I 0.029 0.059 0.118 0.267 0.332 0.179 0.016 127 L 0.033 0.041 0.089 0.227 0.324 0.255 0.030 128 E 0.210 0.308 0.229 0.148 0.071 0.029 0.005 129 S 0.169 0.250 0.230 0.190 0.111 0.044 0.006 130 R 0.070 0.112 0.135 0.206 0.233 0.200 0.044 131 V 0.134 0.179 0.196 0.215 0.171 0.088 0.017 132 D 0.197 0.272 0.211 0.168 0.096 0.046 0.011 133 A 0.112 0.155 0.181 0.232 0.196 0.109 0.015 134 L 0.064 0.063 0.108 0.204 0.271 0.240 0.050 135 A 0.114 0.188 0.202 0.227 0.176 0.082 0.011 136 E 0.122 0.243 0.275 0.218 0.104 0.034 0.004 137 V 0.035 0.046 0.077 0.196 0.329 0.271 0.046 138 P 0.116 0.282 0.295 0.204 0.077 0.022 0.002 139 A 0.124 0.132 0.168 0.247 0.226 0.096 0.008 140 T 0.344 0.317 0.174 0.104 0.045 0.015 0.002 141 G 0.348 0.283 0.186 0.124 0.046 0.011 0.001 142 A 0.337 0.342 0.190 0.090 0.031 0.008 0.001 143 N 0.342 0.315 0.180 0.107 0.044 0.010 0.001 144 R 0.103 0.184 0.235 0.238 0.166 0.063 0.011 145 L 0.023 0.043 0.080 0.199 0.361 0.265 0.029 146 A 0.038 0.158 0.254 0.298 0.183 0.061 0.007 147 Q 0.055 0.101 0.161 0.240 0.238 0.178 0.027 148 V 0.023 0.021 0.023 0.057 0.194 0.516 0.166 149 M 0.030 0.030 0.056 0.141 0.266 0.382 0.096 150 A 0.093 0.132 0.175 0.228 0.206 0.141 0.026 151 L 0.114 0.088 0.070 0.114 0.193 0.315 0.106 152 W 0.018 0.018 0.023 0.067 0.139 0.358 0.379 153 Y 0.048 0.083 0.093 0.174 0.224 0.253 0.126 154 R 0.040 0.059 0.095 0.176 0.250 0.252 0.129 155 M 0.018 0.014 0.042 0.084 0.175 0.336 0.332 156 A 0.027 0.027 0.067 0.093 0.174 0.357 0.255 157 W 0.017 0.024 0.068 0.143 0.218 0.292 0.239 158 T 0.022 0.025 0.043 0.077 0.153 0.359 0.321 159 A 0.023 0.031 0.036 0.077 0.135 0.366 0.332 160 Y 0.029 0.030 0.052 0.123 0.202 0.350 0.215 161 Y 0.035 0.042 0.056 0.124 0.215 0.366 0.163 162 L 0.106 0.069 0.080 0.138 0.209 0.261 0.137 163 A 0.045 0.044 0.070 0.149 0.275 0.302 0.116 164 L 0.031 0.068 0.100 0.190 0.256 0.285 0.071 165 L 0.044 0.058 0.095 0.215 0.291 0.235 0.062 166 Y 0.060 0.107 0.146 0.204 0.261 0.193 0.030 167 G 0.113 0.161 0.164 0.231 0.217 0.099 0.015 168 V 0.135 0.170 0.196 0.214 0.169 0.097 0.019 169 D 0.217 0.237 0.170 0.177 0.119 0.070 0.010 170 P 0.209 0.163 0.163 0.181 0.171 0.096 0.017 171 G 0.191 0.231 0.203 0.190 0.131 0.048 0.006 172 D 0.215 0.348 0.245 0.136 0.043 0.011 0.001 173 H 0.223 0.248 0.233 0.187 0.089 0.018 0.002 174 G 0.468 0.388 0.109 0.027 0.006 0.001 0.001 175 L 0.070 0.158 0.275 0.308 0.151 0.036 0.002 176 L 0.033 0.042 0.104 0.272 0.371 0.169 0.008 177 E 0.257 0.403 0.215 0.090 0.030 0.006 0.001 178 R 0.183 0.324 0.318 0.135 0.033 0.006 0.001 179 L 0.050 0.072 0.134 0.304 0.331 0.106 0.003 180 R 0.201 0.307 0.274 0.160 0.050 0.008 0.001 181 E 0.570 0.294 0.098 0.030 0.007 0.001 0.001 182 V 0.529 0.240 0.137 0.070 0.021 0.003 0.001 183 T 0.692 0.198 0.069 0.029 0.009 0.002 0.001