# TARGET T0226 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.022 0.013 0.008 0.015 0.166 0.776 2 L 0.012 0.018 0.005 0.011 0.128 0.826 3 A 0.013 0.012 0.004 0.015 0.123 0.834 4 P 0.036 0.009 0.018 0.110 0.213 0.613 5 Y 0.072 0.015 0.033 0.330 0.178 0.372 6 R 0.074 0.018 0.039 0.627 0.076 0.167 7 Y 0.027 0.004 0.038 0.880 0.018 0.033 8 L 0.028 0.003 0.022 0.904 0.012 0.030 9 R 0.011 0.001 0.009 0.961 0.006 0.012 10 F 0.009 0.001 0.010 0.962 0.010 0.008 11 L 0.004 0.001 0.017 0.961 0.014 0.003 12 L 0.002 0.001 0.017 0.964 0.015 0.002 13 L 0.001 0.001 0.012 0.977 0.009 0.001 14 A 0.001 0.001 0.007 0.977 0.010 0.005 15 T 0.001 0.001 0.004 0.929 0.013 0.053 16 G 0.001 0.001 0.002 0.089 0.041 0.866 17 R 0.005 0.004 0.010 0.088 0.080 0.813 18 E 0.043 0.008 0.052 0.478 0.144 0.274 19 E 0.043 0.009 0.060 0.574 0.144 0.170 20 V 0.036 0.010 0.052 0.688 0.091 0.123 21 L 0.043 0.005 0.057 0.686 0.095 0.114 22 R 0.015 0.001 0.051 0.799 0.071 0.063 23 S 0.011 0.002 0.035 0.861 0.041 0.051 24 V 0.005 0.002 0.018 0.928 0.022 0.024 25 D 0.004 0.001 0.028 0.899 0.031 0.037 26 E 0.005 0.001 0.030 0.913 0.028 0.024 27 A 0.007 0.002 0.019 0.924 0.027 0.021 28 L 0.004 0.002 0.007 0.958 0.011 0.019 29 L 0.003 0.001 0.009 0.958 0.012 0.019 30 E 0.002 0.001 0.008 0.966 0.012 0.012 31 E 0.001 0.001 0.013 0.968 0.011 0.007 32 R 0.001 0.001 0.013 0.965 0.013 0.008 33 R 0.001 0.001 0.016 0.952 0.018 0.012 34 R 0.001 0.002 0.014 0.841 0.050 0.093 35 L 0.002 0.005 0.014 0.629 0.090 0.260 36 G 0.003 0.005 0.004 0.011 0.374 0.604 37 P 0.005 0.003 0.034 0.014 0.520 0.424 38 E 0.025 0.027 0.046 0.018 0.516 0.368 39 V 0.052 0.055 0.032 0.017 0.431 0.412 40 P 0.044 0.024 0.038 0.027 0.290 0.577 41 V 0.026 0.014 0.287 0.080 0.380 0.213 42 E 0.035 0.019 0.204 0.124 0.414 0.204 43 E 0.022 0.022 0.092 0.246 0.348 0.270 44 N 0.005 0.008 0.010 0.258 0.194 0.524 45 P 0.001 0.001 0.012 0.963 0.012 0.013 46 A 0.001 0.001 0.010 0.961 0.015 0.013 47 K 0.001 0.001 0.007 0.980 0.009 0.004 48 F 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.002 49 L 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 51 Y 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 52 T 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.002 53 L 0.001 0.001 0.014 0.966 0.009 0.009 54 L 0.002 0.001 0.045 0.889 0.040 0.023 55 E 0.003 0.001 0.024 0.885 0.050 0.036 56 R 0.013 0.007 0.018 0.678 0.072 0.212 57 L 0.016 0.005 0.005 0.027 0.110 0.837 58 P 0.092 0.007 0.041 0.016 0.198 0.646 59 L 0.517 0.040 0.051 0.014 0.158 0.219 60 F 0.512 0.049 0.032 0.016 0.182 0.208 61 Y 0.389 0.039 0.019 0.036 0.233 0.283 62 S 0.113 0.012 0.020 0.059 0.405 0.390 63 P 0.032 0.010 0.037 0.249 0.439 0.233 64 L 0.012 0.015 0.082 0.470 0.282 0.139 65 F 0.013 0.016 0.115 0.544 0.203 0.109 66 R 0.007 0.006 0.104 0.669 0.142 0.073 67 P 0.006 0.005 0.127 0.676 0.106 0.081 68 L 0.004 0.003 0.062 0.833 0.053 0.045 69 E 0.003 0.002 0.024 0.913 0.033 0.025 70 G 0.001 0.001 0.017 0.962 0.013 0.006 71 A 0.001 0.001 0.013 0.974 0.007 0.005 72 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.002 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 74 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 76 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 77 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 78 R 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 79 V 0.001 0.001 0.008 0.955 0.015 0.021 80 A 0.002 0.003 0.018 0.856 0.046 0.074 81 K 0.006 0.006 0.037 0.759 0.067 0.125 82 S 0.011 0.006 0.097 0.625 0.120 0.141 83 L 0.008 0.004 0.140 0.641 0.106 0.102 84 S 0.013 0.010 0.122 0.383 0.222 0.250 85 L 0.024 0.029 0.056 0.106 0.340 0.444 86 T 0.023 0.023 0.016 0.025 0.251 0.663 87 P 0.018 0.016 0.014 0.013 0.285 0.654 88 P 0.009 0.014 0.017 0.007 0.291 0.663 89 P 0.005 0.017 0.099 0.013 0.493 0.372 90 S 0.003 0.005 0.353 0.023 0.487 0.129 91 A 0.004 0.005 0.471 0.028 0.406 0.086 92 L 0.022 0.016 0.213 0.043 0.506 0.200 93 E 0.067 0.016 0.076 0.036 0.377 0.429 94 F 0.221 0.019 0.036 0.038 0.280 0.405 95 F 0.532 0.020 0.019 0.030 0.154 0.245 96 L 0.785 0.020 0.013 0.022 0.061 0.098 97 V 0.696 0.016 0.013 0.026 0.087 0.164 98 G 0.504 0.011 0.014 0.034 0.146 0.291 99 L 0.284 0.020 0.023 0.073 0.187 0.412 100 E 0.158 0.017 0.042 0.091 0.305 0.386 101 A 0.086 0.022 0.077 0.177 0.374 0.265 102 R 0.053 0.023 0.159 0.186 0.353 0.225 103 H 0.073 0.031 0.157 0.195 0.330 0.214 104 E 0.054 0.023 0.122 0.180 0.475 0.146 105 Q 0.027 0.014 0.052 0.172 0.494 0.242 106 G 0.015 0.010 0.009 0.027 0.428 0.511 107 D 0.024 0.005 0.009 0.015 0.481 0.466 108 P 0.087 0.010 0.028 0.045 0.398 0.432 109 L 0.488 0.020 0.023 0.057 0.219 0.193 110 A 0.831 0.005 0.010 0.043 0.057 0.054 111 A 0.914 0.001 0.004 0.043 0.017 0.020 112 V 0.925 0.002 0.003 0.048 0.010 0.013 113 L 0.893 0.004 0.002 0.043 0.023 0.034 114 L 0.599 0.015 0.003 0.035 0.089 0.260 115 G 0.116 0.009 0.008 0.015 0.467 0.386 116 P 0.015 0.004 0.048 0.022 0.690 0.221 117 G 0.004 0.004 0.107 0.056 0.677 0.151 118 E 0.003 0.007 0.239 0.237 0.451 0.063 119 E 0.002 0.004 0.151 0.561 0.186 0.096 120 A 0.002 0.003 0.127 0.645 0.159 0.064 121 A 0.001 0.001 0.101 0.798 0.067 0.032 122 L 0.004 0.003 0.035 0.867 0.051 0.041 123 A 0.005 0.003 0.013 0.888 0.029 0.062 124 K 0.002 0.001 0.005 0.968 0.009 0.016 125 E 0.003 0.001 0.005 0.980 0.006 0.006 126 I 0.002 0.001 0.005 0.983 0.005 0.004 127 L 0.003 0.001 0.006 0.977 0.007 0.007 128 E 0.003 0.001 0.019 0.948 0.019 0.011 129 S 0.006 0.001 0.029 0.893 0.043 0.027 130 R 0.013 0.002 0.047 0.781 0.072 0.084 131 V 0.070 0.010 0.078 0.356 0.237 0.248 132 D 0.132 0.003 0.111 0.186 0.279 0.289 133 A 0.459 0.005 0.076 0.064 0.154 0.240 134 L 0.777 0.008 0.022 0.037 0.060 0.097 135 A 0.880 0.004 0.008 0.021 0.034 0.053 136 E 0.880 0.005 0.004 0.017 0.026 0.067 137 V 0.728 0.016 0.005 0.015 0.063 0.173 138 P 0.486 0.022 0.010 0.016 0.206 0.259 139 A 0.150 0.017 0.023 0.018 0.436 0.357 140 T 0.048 0.016 0.019 0.033 0.540 0.344 141 G 0.029 0.012 0.018 0.077 0.397 0.467 142 A 0.016 0.008 0.029 0.564 0.158 0.225 143 N 0.010 0.008 0.026 0.811 0.068 0.078 144 R 0.003 0.002 0.036 0.921 0.020 0.018 145 L 0.001 0.001 0.012 0.977 0.005 0.004 146 A 0.001 0.001 0.009 0.983 0.004 0.003 147 Q 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.002 148 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 149 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 150 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 151 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 152 W 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 153 Y 0.001 0.001 0.010 0.986 0.002 0.001 154 R 0.001 0.001 0.005 0.989 0.002 0.004 155 M 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.006 156 A 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.003 157 W 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 158 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 160 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 163 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 164 L 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 165 L 0.001 0.001 0.008 0.985 0.004 0.002 166 Y 0.001 0.001 0.009 0.946 0.012 0.031 167 G 0.002 0.002 0.003 0.041 0.060 0.892 168 V 0.020 0.068 0.007 0.020 0.152 0.733 169 D 0.038 0.026 0.006 0.018 0.358 0.553 170 P 0.011 0.009 0.164 0.186 0.499 0.131 171 G 0.007 0.004 0.150 0.174 0.538 0.127 172 D 0.013 0.009 0.233 0.297 0.359 0.089 173 H 0.006 0.003 0.135 0.688 0.097 0.070 174 G 0.014 0.009 0.118 0.700 0.096 0.063 175 L 0.016 0.004 0.170 0.709 0.070 0.031 176 L 0.066 0.009 0.101 0.618 0.122 0.084 177 E 0.056 0.004 0.122 0.576 0.172 0.070 178 R 0.043 0.004 0.097 0.695 0.103 0.058 179 L 0.040 0.006 0.083 0.675 0.099 0.098 180 R 0.044 0.003 0.102 0.546 0.136 0.169 181 E 0.053 0.006 0.052 0.440 0.120 0.329 182 V 0.062 0.021 0.012 0.236 0.094 0.575 183 T 0.024 0.006 0.002 0.054 0.070 0.844