# TARGET T0226 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.576 0.125 0.037 0.079 0.051 0.038 0.033 0.022 0.018 0.012 0.008 2 L 0.103 0.057 0.019 0.086 0.112 0.131 0.191 0.132 0.086 0.055 0.030 3 A 0.137 0.143 0.022 0.081 0.082 0.075 0.115 0.113 0.109 0.081 0.042 4 P 0.082 0.073 0.020 0.125 0.176 0.174 0.156 0.086 0.062 0.032 0.015 5 Y 0.052 0.031 0.018 0.060 0.079 0.103 0.171 0.142 0.156 0.117 0.071 6 R 0.027 0.052 0.075 0.198 0.180 0.152 0.154 0.080 0.050 0.022 0.010 7 Y 0.003 0.007 0.011 0.019 0.020 0.031 0.116 0.188 0.239 0.219 0.148 8 L 0.002 0.004 0.017 0.020 0.028 0.054 0.132 0.167 0.214 0.202 0.159 9 R 0.004 0.012 0.067 0.102 0.097 0.122 0.209 0.132 0.123 0.084 0.049 10 F 0.001 0.002 0.028 0.028 0.027 0.037 0.129 0.170 0.215 0.202 0.161 11 L 0.001 0.001 0.009 0.005 0.004 0.006 0.040 0.099 0.223 0.304 0.309 12 L 0.001 0.001 0.023 0.019 0.026 0.055 0.153 0.166 0.218 0.188 0.151 13 L 0.001 0.003 0.057 0.041 0.058 0.112 0.234 0.175 0.161 0.103 0.057 14 A 0.001 0.002 0.008 0.009 0.019 0.055 0.229 0.198 0.238 0.157 0.085 15 T 0.005 0.006 0.007 0.012 0.013 0.026 0.104 0.156 0.256 0.250 0.165 16 G 0.107 0.111 0.048 0.126 0.125 0.128 0.136 0.082 0.067 0.044 0.025 17 R 0.075 0.093 0.057 0.128 0.146 0.151 0.166 0.088 0.051 0.029 0.015 18 E 0.407 0.184 0.061 0.117 0.088 0.050 0.049 0.022 0.013 0.006 0.003 19 E 0.471 0.154 0.050 0.091 0.072 0.056 0.048 0.024 0.016 0.010 0.007 20 V 0.104 0.241 0.060 0.141 0.103 0.092 0.097 0.054 0.045 0.038 0.024 21 L 0.038 0.045 0.032 0.096 0.146 0.191 0.214 0.109 0.074 0.037 0.018 22 R 0.440 0.175 0.150 0.128 0.060 0.024 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 23 S 0.059 0.154 0.133 0.228 0.155 0.114 0.091 0.034 0.017 0.009 0.006 24 V 0.007 0.005 0.007 0.013 0.023 0.054 0.155 0.178 0.227 0.201 0.130 25 D 0.080 0.080 0.164 0.246 0.176 0.130 0.084 0.023 0.012 0.004 0.002 26 E 0.024 0.066 0.523 0.228 0.084 0.042 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 27 A 0.007 0.007 0.025 0.031 0.039 0.071 0.182 0.166 0.177 0.169 0.124 28 L 0.003 0.004 0.015 0.015 0.023 0.062 0.205 0.192 0.201 0.172 0.109 29 L 0.008 0.044 0.474 0.216 0.134 0.067 0.037 0.011 0.006 0.002 0.001 30 E 0.054 0.064 0.328 0.145 0.116 0.113 0.100 0.039 0.022 0.012 0.007 31 E 0.028 0.032 0.075 0.085 0.083 0.095 0.209 0.140 0.132 0.081 0.041 32 R 0.034 0.028 0.082 0.096 0.104 0.142 0.215 0.120 0.095 0.055 0.028 33 R 0.049 0.068 0.353 0.201 0.133 0.091 0.062 0.022 0.012 0.006 0.003 34 R 0.045 0.099 0.218 0.164 0.133 0.121 0.124 0.051 0.028 0.013 0.004 35 L 0.022 0.020 0.018 0.031 0.045 0.070 0.174 0.171 0.174 0.158 0.117 36 G 0.163 0.164 0.062 0.137 0.137 0.104 0.116 0.053 0.036 0.019 0.010 37 P 0.280 0.101 0.065 0.113 0.106 0.093 0.100 0.055 0.045 0.028 0.013 38 E 0.330 0.220 0.083 0.185 0.098 0.043 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 39 V 0.009 0.011 0.006 0.021 0.037 0.069 0.168 0.201 0.224 0.163 0.091 40 P 0.273 0.373 0.093 0.141 0.067 0.028 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 41 V 0.148 0.112 0.048 0.126 0.149 0.147 0.142 0.066 0.037 0.019 0.007 42 E 0.510 0.171 0.059 0.106 0.065 0.036 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002 43 E 0.294 0.199 0.088 0.213 0.109 0.051 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 44 N 0.089 0.100 0.041 0.100 0.114 0.128 0.156 0.107 0.080 0.055 0.029 45 P 0.171 0.212 0.072 0.149 0.122 0.093 0.079 0.040 0.029 0.019 0.012 46 A 0.020 0.024 0.016 0.040 0.054 0.090 0.203 0.161 0.171 0.135 0.086 47 K 0.037 0.053 0.064 0.170 0.175 0.160 0.172 0.072 0.055 0.029 0.015 48 F 0.038 0.057 0.101 0.237 0.171 0.141 0.121 0.060 0.041 0.020 0.012 49 L 0.001 0.005 0.017 0.028 0.031 0.047 0.129 0.158 0.220 0.204 0.160 50 A 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.030 0.126 0.166 0.232 0.231 0.191 51 Y 0.003 0.007 0.100 0.129 0.142 0.203 0.202 0.084 0.070 0.041 0.020 52 T 0.001 0.006 0.050 0.084 0.126 0.202 0.308 0.118 0.058 0.030 0.017 53 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.004 0.027 0.068 0.198 0.326 0.368 54 L 0.001 0.002 0.007 0.021 0.037 0.063 0.186 0.188 0.218 0.171 0.106 55 E 0.028 0.048 0.428 0.249 0.133 0.066 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 56 R 0.004 0.016 0.035 0.070 0.122 0.253 0.339 0.099 0.042 0.017 0.005 57 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.010 0.054 0.171 0.292 0.298 0.161 58 P 0.003 0.011 0.010 0.037 0.078 0.164 0.280 0.178 0.120 0.069 0.050 59 L 0.002 0.003 0.009 0.012 0.016 0.027 0.103 0.173 0.258 0.237 0.160 60 F 0.003 0.002 0.002 0.011 0.017 0.034 0.130 0.216 0.254 0.206 0.127 61 Y 0.004 0.009 0.006 0.028 0.035 0.055 0.156 0.187 0.229 0.173 0.118 62 S 0.007 0.010 0.008 0.028 0.036 0.052 0.122 0.168 0.235 0.200 0.135 63 P 0.203 0.128 0.049 0.153 0.129 0.098 0.098 0.065 0.040 0.024 0.013 64 L 0.052 0.080 0.025 0.104 0.131 0.125 0.171 0.127 0.097 0.062 0.026 65 F 0.044 0.052 0.021 0.082 0.098 0.113 0.163 0.141 0.142 0.091 0.054 66 R 0.360 0.165 0.098 0.164 0.096 0.051 0.034 0.014 0.011 0.005 0.003 67 P 0.058 0.110 0.066 0.139 0.130 0.138 0.151 0.091 0.063 0.036 0.018 68 L 0.005 0.008 0.005 0.015 0.024 0.062 0.152 0.178 0.212 0.188 0.151 69 E 0.047 0.042 0.059 0.136 0.165 0.199 0.215 0.073 0.040 0.016 0.007 70 G 0.128 0.154 0.403 0.202 0.069 0.026 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 71 A 0.005 0.012 0.037 0.070 0.075 0.102 0.209 0.180 0.154 0.099 0.059 72 V 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.011 0.064 0.112 0.227 0.293 0.281 73 Q 0.001 0.003 0.146 0.135 0.203 0.242 0.194 0.050 0.020 0.006 0.002 74 T 0.003 0.020 0.277 0.304 0.204 0.129 0.048 0.010 0.004 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.033 0.194 0.231 0.244 0.179 0.099 76 F 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.006 0.054 0.124 0.253 0.298 0.256 77 A 0.001 0.003 0.258 0.105 0.145 0.181 0.185 0.059 0.033 0.018 0.011 78 R 0.002 0.011 0.268 0.169 0.168 0.171 0.131 0.043 0.021 0.011 0.005 79 V 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.016 0.105 0.158 0.240 0.254 0.210 80 A 0.004 0.003 0.013 0.010 0.009 0.014 0.058 0.122 0.228 0.277 0.260 81 K 0.010 0.020 0.152 0.126 0.156 0.164 0.180 0.089 0.056 0.029 0.018 82 S 0.014 0.036 0.129 0.119 0.120 0.166 0.177 0.100 0.072 0.045 0.021 83 L 0.010 0.012 0.013 0.021 0.027 0.045 0.144 0.170 0.221 0.200 0.137 84 S 0.080 0.034 0.029 0.033 0.028 0.043 0.117 0.119 0.171 0.165 0.181 85 L 0.035 0.030 0.030 0.049 0.060 0.080 0.149 0.144 0.167 0.142 0.113 86 T 0.055 0.095 0.040 0.121 0.115 0.105 0.130 0.111 0.101 0.072 0.055 87 P 0.235 0.117 0.044 0.095 0.093 0.085 0.097 0.074 0.068 0.056 0.037 88 P 0.215 0.086 0.027 0.092 0.094 0.090 0.130 0.095 0.082 0.056 0.033 89 P 0.134 0.068 0.025 0.081 0.085 0.097 0.130 0.110 0.109 0.090 0.070 90 S 0.270 0.149 0.058 0.122 0.083 0.071 0.071 0.051 0.047 0.042 0.036 91 A 0.160 0.119 0.055 0.149 0.120 0.109 0.107 0.067 0.053 0.036 0.025 92 L 0.060 0.022 0.013 0.025 0.030 0.045 0.101 0.148 0.197 0.195 0.164 93 E 0.123 0.145 0.089 0.205 0.156 0.095 0.082 0.041 0.031 0.018 0.015 94 F 0.044 0.045 0.044 0.086 0.083 0.095 0.137 0.131 0.135 0.116 0.085 95 F 0.077 0.072 0.044 0.132 0.131 0.123 0.147 0.097 0.081 0.058 0.040 96 L 0.016 0.019 0.020 0.043 0.044 0.061 0.130 0.144 0.194 0.182 0.146 97 V 0.028 0.034 0.025 0.058 0.062 0.077 0.149 0.147 0.172 0.147 0.101 98 G 0.058 0.068 0.040 0.109 0.106 0.114 0.154 0.114 0.107 0.078 0.052 99 L 0.014 0.016 0.012 0.031 0.044 0.066 0.133 0.152 0.192 0.190 0.149 100 E 0.166 0.184 0.109 0.231 0.142 0.071 0.049 0.022 0.015 0.007 0.005 101 A 0.130 0.075 0.061 0.112 0.105 0.117 0.147 0.089 0.075 0.055 0.035 102 R 0.172 0.149 0.079 0.146 0.105 0.090 0.097 0.057 0.047 0.033 0.025 103 H 0.080 0.062 0.038 0.102 0.109 0.121 0.169 0.115 0.089 0.066 0.050 104 E 0.146 0.152 0.118 0.155 0.112 0.089 0.091 0.047 0.035 0.028 0.027 105 Q 0.119 0.112 0.082 0.179 0.141 0.114 0.120 0.057 0.039 0.024 0.013 106 G 0.426 0.134 0.057 0.126 0.081 0.062 0.047 0.024 0.019 0.014 0.009 107 D 0.035 0.143 0.070 0.196 0.173 0.127 0.123 0.056 0.042 0.023 0.012 108 P 0.025 0.023 0.016 0.061 0.076 0.104 0.178 0.145 0.166 0.124 0.083 109 L 0.008 0.011 0.011 0.057 0.103 0.151 0.225 0.153 0.143 0.083 0.054 110 A 0.003 0.004 0.006 0.019 0.021 0.043 0.149 0.184 0.221 0.198 0.153 111 A 0.001 0.003 0.008 0.038 0.052 0.112 0.180 0.190 0.174 0.141 0.099 112 V 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.013 0.070 0.157 0.262 0.292 0.188 113 L 0.001 0.001 0.006 0.013 0.025 0.039 0.124 0.168 0.231 0.226 0.165 114 L 0.001 0.001 0.003 0.010 0.015 0.025 0.091 0.122 0.255 0.269 0.209 115 G 0.005 0.016 0.014 0.086 0.172 0.210 0.273 0.128 0.070 0.020 0.005 116 P 0.330 0.258 0.094 0.163 0.070 0.043 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 117 G 0.638 0.183 0.063 0.070 0.027 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 118 E 0.148 0.208 0.054 0.137 0.112 0.107 0.101 0.059 0.040 0.021 0.014 119 E 0.176 0.160 0.062 0.155 0.157 0.118 0.097 0.041 0.023 0.009 0.003 120 A 0.233 0.167 0.159 0.174 0.095 0.072 0.061 0.020 0.011 0.005 0.003 121 A 0.084 0.071 0.129 0.169 0.143 0.135 0.143 0.063 0.036 0.019 0.009 122 L 0.015 0.013 0.023 0.033 0.052 0.090 0.172 0.158 0.161 0.160 0.123 123 A 0.032 0.121 0.177 0.183 0.132 0.113 0.117 0.055 0.038 0.022 0.010 124 K 0.048 0.066 0.182 0.199 0.174 0.137 0.118 0.040 0.023 0.010 0.004 125 E 0.432 0.138 0.196 0.121 0.057 0.027 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 126 I 0.007 0.018 0.040 0.062 0.082 0.132 0.239 0.140 0.130 0.095 0.054 127 L 0.004 0.010 0.033 0.030 0.043 0.078 0.206 0.176 0.184 0.144 0.092 128 E 0.037 0.059 0.313 0.262 0.174 0.090 0.046 0.012 0.005 0.002 0.001 129 S 0.120 0.108 0.401 0.181 0.094 0.052 0.030 0.008 0.003 0.002 0.001 130 R 0.009 0.023 0.047 0.085 0.091 0.132 0.219 0.140 0.129 0.082 0.044 131 V 0.003 0.004 0.011 0.014 0.025 0.053 0.175 0.172 0.205 0.176 0.162 132 D 0.061 0.132 0.530 0.187 0.063 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 133 A 0.030 0.077 0.110 0.164 0.182 0.197 0.162 0.043 0.021 0.009 0.004 134 L 0.006 0.004 0.005 0.010 0.012 0.018 0.060 0.115 0.214 0.255 0.302 135 A 0.069 0.082 0.064 0.163 0.185 0.182 0.163 0.053 0.025 0.009 0.005 136 E 0.129 0.200 0.250 0.229 0.107 0.048 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 137 V 0.006 0.007 0.004 0.015 0.025 0.048 0.129 0.166 0.200 0.218 0.183 138 P 0.254 0.232 0.085 0.193 0.114 0.057 0.037 0.014 0.008 0.004 0.003 139 A 0.045 0.020 0.012 0.028 0.037 0.056 0.131 0.134 0.194 0.174 0.170 140 T 0.181 0.267 0.068 0.191 0.119 0.072 0.056 0.022 0.012 0.006 0.004 141 G 0.111 0.131 0.026 0.093 0.109 0.111 0.129 0.095 0.083 0.069 0.044 142 A 0.111 0.120 0.050 0.158 0.170 0.150 0.110 0.049 0.038 0.026 0.019 143 N 0.115 0.089 0.047 0.144 0.153 0.141 0.160 0.064 0.050 0.025 0.014 144 R 0.032 0.052 0.036 0.162 0.175 0.169 0.206 0.084 0.049 0.022 0.012 145 L 0.018 0.007 0.012 0.027 0.032 0.042 0.132 0.139 0.195 0.203 0.191 146 A 0.013 0.007 0.045 0.061 0.086 0.150 0.254 0.131 0.124 0.081 0.048 147 Q 0.003 0.010 0.121 0.182 0.149 0.147 0.209 0.090 0.052 0.028 0.010 148 V 0.001 0.002 0.038 0.013 0.018 0.039 0.158 0.167 0.211 0.214 0.138 149 M 0.002 0.002 0.031 0.013 0.012 0.020 0.105 0.136 0.212 0.275 0.193 150 A 0.002 0.007 0.151 0.041 0.045 0.064 0.184 0.142 0.155 0.129 0.079 151 L 0.003 0.008 0.145 0.037 0.030 0.045 0.171 0.150 0.174 0.151 0.086 152 W 0.005 0.005 0.068 0.024 0.024 0.032 0.132 0.161 0.239 0.204 0.107 153 Y 0.006 0.005 0.085 0.024 0.026 0.050 0.200 0.143 0.189 0.162 0.111 154 R 0.004 0.006 0.160 0.044 0.050 0.068 0.221 0.141 0.158 0.100 0.047 155 M 0.005 0.009 0.087 0.030 0.031 0.058 0.226 0.163 0.194 0.137 0.060 156 A 0.017 0.019 0.128 0.049 0.050 0.073 0.198 0.143 0.151 0.115 0.057 157 W 0.007 0.010 0.101 0.028 0.029 0.046 0.167 0.155 0.182 0.160 0.113 158 T 0.002 0.005 0.072 0.019 0.015 0.019 0.088 0.138 0.242 0.246 0.154 159 A 0.001 0.003 0.029 0.014 0.015 0.027 0.129 0.146 0.235 0.242 0.161 160 Y 0.001 0.002 0.058 0.019 0.024 0.049 0.175 0.139 0.195 0.185 0.151 161 Y 0.001 0.002 0.050 0.019 0.019 0.036 0.167 0.163 0.216 0.193 0.135 162 L 0.001 0.001 0.028 0.017 0.012 0.014 0.070 0.131 0.229 0.268 0.229 163 A 0.001 0.001 0.019 0.008 0.009 0.017 0.072 0.118 0.237 0.273 0.247 164 L 0.001 0.003 0.056 0.066 0.105 0.149 0.261 0.149 0.124 0.057 0.029 165 L 0.001 0.004 0.035 0.037 0.053 0.090 0.221 0.193 0.210 0.107 0.051 166 Y 0.005 0.009 0.012 0.037 0.057 0.131 0.328 0.194 0.136 0.066 0.024 167 G 0.360 0.174 0.095 0.123 0.068 0.050 0.058 0.029 0.023 0.013 0.008 168 V 0.020 0.037 0.021 0.071 0.080 0.086 0.141 0.166 0.158 0.133 0.087 169 D 0.227 0.306 0.056 0.144 0.101 0.061 0.051 0.025 0.016 0.008 0.005 170 P 0.261 0.086 0.026 0.068 0.076 0.089 0.138 0.093 0.081 0.049 0.033 171 G 0.324 0.150 0.028 0.083 0.089 0.086 0.098 0.055 0.042 0.029 0.016 172 D 0.177 0.315 0.091 0.201 0.097 0.050 0.032 0.014 0.011 0.007 0.004 173 H 0.069 0.041 0.030 0.081 0.112 0.152 0.214 0.120 0.097 0.055 0.029 174 G 0.417 0.227 0.131 0.132 0.050 0.023 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 175 L 0.008 0.027 0.025 0.098 0.108 0.169 0.274 0.152 0.081 0.044 0.015 176 L 0.011 0.009 0.037 0.032 0.045 0.080 0.186 0.158 0.188 0.142 0.111 177 E 0.052 0.065 0.509 0.234 0.082 0.032 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 178 R 0.006 0.029 0.159 0.250 0.216 0.158 0.120 0.038 0.014 0.006 0.002 179 L 0.003 0.006 0.074 0.024 0.024 0.038 0.117 0.135 0.203 0.212 0.165 180 R 0.009 0.018 0.181 0.188 0.194 0.160 0.170 0.052 0.020 0.006 0.001 181 E 0.023 0.059 0.610 0.173 0.079 0.036 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 182 V 0.007 0.019 0.062 0.051 0.070 0.111 0.219 0.157 0.139 0.111 0.055 183 T 0.144 0.148 0.100 0.112 0.103 0.079 0.125 0.077 0.061 0.033 0.018