# TARGET T0226 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.014 0.004 0.002 0.003 0.035 0.019 0.923 2 L 0.030 0.044 0.003 0.007 0.035 0.020 0.860 3 A 0.071 0.020 0.005 0.015 0.085 0.011 0.792 4 P 0.112 0.008 0.022 0.043 0.107 0.043 0.666 5 Y 0.426 0.022 0.044 0.095 0.111 0.050 0.252 6 R 0.475 0.024 0.039 0.202 0.058 0.018 0.184 7 Y 0.477 0.011 0.040 0.343 0.017 0.018 0.093 8 L 0.329 0.005 0.037 0.456 0.025 0.021 0.128 9 R 0.168 0.002 0.030 0.706 0.027 0.017 0.051 10 F 0.063 0.002 0.036 0.821 0.015 0.018 0.046 11 L 0.030 0.003 0.031 0.874 0.014 0.022 0.026 12 L 0.023 0.002 0.029 0.912 0.007 0.021 0.007 13 L 0.022 0.001 0.018 0.908 0.004 0.042 0.005 14 A 0.013 0.002 0.014 0.825 0.006 0.126 0.015 15 T 0.009 0.005 0.012 0.397 0.033 0.475 0.070 16 G 0.010 0.005 0.010 0.075 0.133 0.515 0.252 17 R 0.029 0.009 0.011 0.110 0.245 0.056 0.540 18 E 0.034 0.011 0.032 0.437 0.133 0.056 0.297 19 E 0.042 0.014 0.080 0.436 0.086 0.068 0.274 20 V 0.049 0.011 0.083 0.552 0.049 0.058 0.198 21 L 0.042 0.013 0.066 0.695 0.032 0.044 0.106 22 R 0.028 0.006 0.034 0.702 0.068 0.099 0.064 23 S 0.017 0.007 0.016 0.739 0.050 0.067 0.104 24 V 0.002 0.002 0.013 0.946 0.005 0.011 0.021 25 D 0.001 0.001 0.019 0.957 0.003 0.009 0.009 26 E 0.001 0.001 0.024 0.956 0.001 0.016 0.003 27 A 0.001 0.001 0.024 0.934 0.002 0.031 0.007 28 L 0.001 0.001 0.019 0.883 0.005 0.068 0.022 29 L 0.001 0.001 0.016 0.846 0.015 0.077 0.044 30 E 0.002 0.001 0.026 0.821 0.020 0.046 0.084 31 E 0.002 0.002 0.062 0.825 0.016 0.052 0.042 32 R 0.002 0.003 0.072 0.765 0.018 0.114 0.025 33 R 0.003 0.002 0.086 0.625 0.031 0.199 0.054 34 R 0.003 0.002 0.043 0.485 0.048 0.363 0.057 35 L 0.006 0.020 0.023 0.215 0.170 0.395 0.171 36 G 0.005 0.005 0.004 0.002 0.347 0.023 0.613 37 P 0.011 0.008 0.025 0.005 0.167 0.329 0.456 38 E 0.029 0.049 0.046 0.005 0.266 0.311 0.296 39 V 0.046 0.039 0.004 0.002 0.507 0.005 0.399 40 P 0.032 0.031 0.006 0.001 0.020 0.006 0.903 41 V 0.032 0.049 0.400 0.044 0.076 0.108 0.291 42 E 0.012 0.013 0.362 0.081 0.069 0.316 0.149 43 E 0.006 0.008 0.141 0.160 0.199 0.227 0.258 44 N 0.004 0.007 0.011 0.241 0.410 0.035 0.292 45 P 0.001 0.001 0.012 0.912 0.006 0.058 0.012 46 A 0.001 0.001 0.006 0.970 0.001 0.018 0.004 47 K 0.001 0.001 0.004 0.977 0.003 0.005 0.009 48 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.002 49 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.010 0.002 50 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 51 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 52 T 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.004 0.001 53 L 0.001 0.001 0.020 0.963 0.001 0.016 0.001 54 L 0.001 0.001 0.084 0.860 0.004 0.051 0.001 55 E 0.001 0.001 0.086 0.561 0.004 0.347 0.002 56 R 0.003 0.002 0.075 0.315 0.158 0.401 0.046 57 L 0.007 0.001 0.002 0.004 0.714 0.012 0.260 58 P 0.046 0.004 0.009 0.005 0.224 0.085 0.628 59 L 0.749 0.022 0.009 0.002 0.088 0.040 0.089 60 F 0.919 0.011 0.002 0.001 0.015 0.003 0.047 61 Y 0.854 0.014 0.002 0.002 0.015 0.002 0.110 62 S 0.308 0.012 0.004 0.002 0.075 0.011 0.587 63 P 0.102 0.010 0.022 0.007 0.240 0.157 0.462 64 L 0.031 0.011 0.053 0.024 0.166 0.138 0.576 65 F 0.030 0.018 0.129 0.089 0.107 0.084 0.542 66 R 0.064 0.025 0.071 0.328 0.243 0.053 0.216 67 P 0.063 0.029 0.065 0.509 0.071 0.037 0.227 68 L 0.007 0.003 0.035 0.889 0.010 0.019 0.037 69 E 0.001 0.001 0.014 0.966 0.003 0.009 0.007 70 G 0.001 0.001 0.009 0.976 0.002 0.009 0.003 71 A 0.001 0.001 0.006 0.982 0.002 0.006 0.004 72 V 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.009 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 74 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 76 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 78 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.007 0.001 79 V 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.016 0.001 80 A 0.001 0.001 0.009 0.970 0.002 0.018 0.002 81 K 0.001 0.001 0.015 0.946 0.003 0.032 0.002 82 S 0.002 0.001 0.029 0.891 0.006 0.066 0.007 83 L 0.004 0.003 0.066 0.712 0.019 0.155 0.041 84 S 0.018 0.017 0.121 0.317 0.056 0.369 0.101 85 L 0.046 0.024 0.098 0.109 0.231 0.281 0.212 86 T 0.025 0.014 0.023 0.019 0.460 0.091 0.369 87 P 0.014 0.019 0.011 0.006 0.283 0.066 0.601 88 P 0.007 0.013 0.008 0.002 0.075 0.018 0.878 89 P 0.007 0.012 0.197 0.021 0.051 0.078 0.634 90 S 0.005 0.005 0.498 0.067 0.058 0.231 0.137 91 A 0.007 0.004 0.502 0.073 0.071 0.216 0.125 92 L 0.049 0.016 0.118 0.068 0.252 0.157 0.341 93 E 0.105 0.013 0.039 0.049 0.205 0.155 0.434 94 F 0.310 0.026 0.012 0.032 0.122 0.025 0.473 95 F 0.496 0.026 0.008 0.028 0.034 0.014 0.394 96 L 0.759 0.044 0.009 0.028 0.022 0.014 0.125 97 V 0.576 0.023 0.016 0.034 0.052 0.054 0.245 98 G 0.307 0.017 0.025 0.026 0.114 0.105 0.407 99 L 0.231 0.019 0.037 0.028 0.108 0.096 0.481 100 E 0.182 0.034 0.053 0.050 0.169 0.054 0.457 101 A 0.116 0.011 0.088 0.068 0.155 0.061 0.502 102 R 0.097 0.029 0.151 0.111 0.105 0.144 0.363 103 H 0.057 0.014 0.116 0.119 0.117 0.226 0.351 104 E 0.051 0.015 0.080 0.155 0.109 0.347 0.242 105 Q 0.031 0.008 0.029 0.104 0.138 0.584 0.106 106 G 0.025 0.006 0.012 0.050 0.327 0.377 0.203 107 D 0.036 0.009 0.002 0.012 0.228 0.011 0.702 108 P 0.118 0.030 0.021 0.055 0.143 0.094 0.539 109 L 0.474 0.026 0.046 0.080 0.102 0.095 0.176 110 A 0.740 0.010 0.042 0.061 0.025 0.014 0.108 111 A 0.873 0.007 0.019 0.054 0.009 0.007 0.030 112 V 0.899 0.004 0.013 0.039 0.007 0.013 0.024 113 L 0.806 0.018 0.008 0.031 0.023 0.019 0.096 114 L 0.410 0.029 0.006 0.026 0.068 0.026 0.435 115 G 0.054 0.010 0.002 0.005 0.314 0.021 0.594 116 P 0.006 0.005 0.022 0.068 0.120 0.700 0.079 117 G 0.005 0.005 0.053 0.132 0.146 0.570 0.089 118 E 0.008 0.014 0.091 0.256 0.180 0.117 0.333 119 E 0.007 0.012 0.115 0.461 0.052 0.133 0.220 120 A 0.004 0.004 0.090 0.635 0.039 0.143 0.084 121 A 0.002 0.002 0.040 0.818 0.018 0.072 0.048 122 L 0.004 0.003 0.015 0.872 0.021 0.034 0.050 123 A 0.005 0.002 0.013 0.865 0.016 0.046 0.054 124 K 0.002 0.001 0.012 0.955 0.006 0.020 0.006 125 E 0.003 0.001 0.011 0.965 0.004 0.012 0.005 126 I 0.003 0.001 0.011 0.961 0.003 0.014 0.007 127 L 0.005 0.001 0.011 0.951 0.005 0.018 0.008 128 E 0.007 0.001 0.029 0.911 0.010 0.030 0.011 129 S 0.019 0.002 0.055 0.788 0.021 0.091 0.025 130 R 0.039 0.008 0.069 0.635 0.040 0.130 0.077 131 V 0.155 0.024 0.083 0.290 0.077 0.088 0.283 132 D 0.170 0.005 0.082 0.183 0.174 0.171 0.216 133 A 0.455 0.008 0.061 0.101 0.068 0.192 0.114 134 L 0.673 0.013 0.016 0.040 0.040 0.032 0.187 135 A 0.814 0.005 0.007 0.018 0.038 0.011 0.107 136 E 0.850 0.005 0.005 0.011 0.015 0.012 0.102 137 V 0.617 0.015 0.003 0.008 0.056 0.008 0.292 138 P 0.443 0.011 0.004 0.007 0.041 0.015 0.478 139 A 0.147 0.013 0.014 0.009 0.083 0.097 0.638 140 T 0.102 0.032 0.018 0.020 0.185 0.221 0.422 141 G 0.038 0.006 0.022 0.033 0.364 0.209 0.327 142 A 0.023 0.006 0.023 0.084 0.198 0.153 0.513 143 N 0.022 0.016 0.040 0.392 0.189 0.097 0.244 144 R 0.007 0.006 0.022 0.852 0.026 0.046 0.041 145 L 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.004 0.002 146 A 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 148 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 149 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 150 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 151 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 152 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 153 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 154 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 155 M 0.001 0.001 0.002 0.965 0.001 0.031 0.002 156 A 0.001 0.001 0.003 0.953 0.004 0.032 0.008 157 W 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.014 0.002 158 T 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 159 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 160 Y 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 163 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 164 L 0.006 0.001 0.003 0.971 0.001 0.017 0.002 165 L 0.024 0.006 0.010 0.858 0.007 0.083 0.013 166 Y 0.021 0.005 0.008 0.319 0.043 0.552 0.053 167 G 0.022 0.011 0.006 0.026 0.159 0.409 0.366 168 V 0.022 0.042 0.005 0.004 0.229 0.027 0.671 169 D 0.030 0.022 0.006 0.002 0.227 0.030 0.683 170 P 0.007 0.010 0.052 0.020 0.154 0.613 0.144 171 G 0.010 0.013 0.046 0.043 0.372 0.347 0.169 172 D 0.018 0.011 0.034 0.166 0.265 0.096 0.410 173 H 0.020 0.013 0.033 0.622 0.078 0.062 0.173 174 G 0.033 0.023 0.032 0.707 0.070 0.041 0.093 175 L 0.014 0.003 0.016 0.926 0.007 0.016 0.018 176 L 0.010 0.001 0.009 0.965 0.002 0.005 0.007 177 E 0.020 0.001 0.015 0.945 0.004 0.007 0.008 178 R 0.013 0.001 0.018 0.940 0.003 0.018 0.007 179 L 0.029 0.002 0.030 0.889 0.006 0.029 0.015 180 R 0.039 0.006 0.040 0.811 0.027 0.055 0.022 181 E 0.046 0.004 0.042 0.631 0.033 0.202 0.043 182 V 0.030 0.017 0.004 0.223 0.063 0.032 0.630 183 T 0.002 0.002 0.001 0.007 0.003 0.002 0.983