# TARGET T0226 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.089 0.291 0.104 0.009 0.264 0.011 0.039 0.087 0.053 0.025 0.027 2 L 0.090 0.143 0.071 0.023 0.120 0.023 0.075 0.093 0.132 0.148 0.081 3 A 0.053 0.373 0.199 0.019 0.199 0.008 0.015 0.058 0.037 0.019 0.020 4 P 0.046 0.092 0.018 0.007 0.089 0.018 0.059 0.360 0.232 0.056 0.021 5 Y 0.084 0.113 0.036 0.008 0.134 0.015 0.028 0.279 0.180 0.076 0.048 6 R 0.033 0.041 0.014 0.006 0.062 0.015 0.045 0.597 0.131 0.035 0.020 7 Y 0.047 0.046 0.011 0.004 0.061 0.003 0.011 0.537 0.180 0.081 0.018 8 L 0.016 0.017 0.003 0.001 0.027 0.002 0.007 0.760 0.141 0.015 0.009 9 R 0.006 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.912 0.048 0.002 0.003 10 F 0.006 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.909 0.051 0.006 0.002 11 L 0.004 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.916 0.055 0.003 0.001 12 L 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.894 0.075 0.005 0.001 13 L 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.054 0.819 0.099 0.010 0.002 14 A 0.012 0.009 0.005 0.004 0.010 0.015 0.163 0.642 0.084 0.048 0.009 15 T 0.010 0.520 0.192 0.030 0.072 0.026 0.039 0.045 0.020 0.038 0.009 16 G 0.039 0.044 0.073 0.107 0.023 0.029 0.017 0.051 0.033 0.437 0.148 17 R 0.069 0.146 0.070 0.033 0.109 0.026 0.035 0.178 0.102 0.174 0.059 18 E 0.021 0.167 0.069 0.027 0.110 0.018 0.033 0.367 0.147 0.026 0.014 19 E 0.039 0.070 0.022 0.005 0.071 0.007 0.034 0.511 0.167 0.053 0.022 20 V 0.019 0.062 0.031 0.004 0.035 0.007 0.028 0.593 0.142 0.069 0.011 21 L 0.042 0.044 0.009 0.002 0.054 0.003 0.007 0.630 0.139 0.043 0.026 22 R 0.003 0.029 0.013 0.007 0.014 0.031 0.051 0.693 0.135 0.023 0.003 23 S 0.038 0.047 0.018 0.001 0.034 0.001 0.006 0.580 0.058 0.191 0.026 24 V 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.820 0.139 0.023 0.004 25 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.956 0.033 0.001 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.048 0.005 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.036 0.006 0.001 28 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.053 0.012 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.963 0.028 0.001 0.001 30 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.944 0.033 0.011 0.001 31 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.887 0.088 0.013 0.001 32 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.834 0.131 0.012 0.001 33 R 0.004 0.033 0.011 0.003 0.010 0.009 0.097 0.631 0.178 0.021 0.002 34 R 0.008 0.004 0.003 0.003 0.007 0.012 0.166 0.481 0.137 0.167 0.011 35 L 0.060 0.380 0.181 0.021 0.175 0.010 0.028 0.032 0.020 0.061 0.031 36 G 0.068 0.099 0.175 0.212 0.067 0.047 0.012 0.041 0.041 0.145 0.094 37 P 0.046 0.347 0.111 0.008 0.224 0.006 0.019 0.112 0.081 0.034 0.014 38 E 0.157 0.088 0.036 0.003 0.183 0.007 0.035 0.070 0.100 0.203 0.120 39 V 0.030 0.554 0.183 0.004 0.178 0.002 0.008 0.019 0.009 0.005 0.007 40 P 0.034 0.516 0.218 0.003 0.175 0.001 0.004 0.020 0.010 0.008 0.010 41 V 0.049 0.035 0.010 0.003 0.056 0.009 0.017 0.255 0.470 0.067 0.028 42 E 0.015 0.056 0.023 0.011 0.044 0.036 0.066 0.565 0.138 0.038 0.008 43 E 0.027 0.058 0.026 0.024 0.055 0.022 0.071 0.111 0.052 0.517 0.037 44 N 0.360 0.075 0.028 0.001 0.421 0.001 0.003 0.024 0.006 0.011 0.069 45 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.586 0.386 0.020 0.001 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.897 0.090 0.005 0.001 47 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.959 0.034 0.002 0.001 48 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.968 0.026 0.002 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.048 0.012 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.066 0.003 0.001 51 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.040 0.001 0.001 52 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.929 0.045 0.002 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.820 0.130 0.034 0.001 54 L 0.002 0.015 0.003 0.001 0.003 0.008 0.027 0.591 0.333 0.016 0.001 55 E 0.001 0.014 0.006 0.007 0.004 0.013 0.153 0.607 0.144 0.047 0.004 56 R 0.023 0.011 0.008 0.003 0.020 0.008 0.095 0.107 0.142 0.541 0.042 57 L 0.045 0.600 0.071 0.001 0.268 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.005 58 P 0.063 0.426 0.026 0.001 0.429 0.002 0.006 0.022 0.012 0.007 0.007 59 L 0.280 0.084 0.025 0.003 0.522 0.004 0.023 0.018 0.009 0.006 0.026 60 F 0.088 0.149 0.025 0.013 0.429 0.054 0.116 0.075 0.019 0.010 0.021 61 Y 0.190 0.143 0.044 0.013 0.376 0.008 0.016 0.021 0.016 0.075 0.098 62 S 0.088 0.308 0.199 0.025 0.269 0.005 0.010 0.028 0.012 0.025 0.032 63 P 0.024 0.242 0.151 0.020 0.093 0.043 0.039 0.172 0.127 0.066 0.023 64 L 0.056 0.166 0.043 0.009 0.123 0.009 0.066 0.305 0.110 0.064 0.047 65 F 0.032 0.045 0.019 0.009 0.034 0.012 0.024 0.211 0.202 0.369 0.043 66 R 0.005 0.246 0.159 0.010 0.053 0.006 0.021 0.429 0.064 0.004 0.002 67 P 0.020 0.091 0.028 0.001 0.030 0.002 0.014 0.732 0.061 0.012 0.009 68 L 0.004 0.009 0.005 0.003 0.006 0.004 0.010 0.816 0.113 0.024 0.004 69 E 0.001 0.006 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.909 0.059 0.003 0.001 70 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.922 0.051 0.005 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.031 0.009 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.042 0.005 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.001 0.001 74 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.007 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.014 0.003 0.001 76 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.030 0.002 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.036 0.001 0.001 78 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.965 0.021 0.001 0.001 79 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.907 0.057 0.017 0.001 80 A 0.005 0.011 0.002 0.001 0.008 0.004 0.016 0.810 0.110 0.030 0.003 81 K 0.007 0.011 0.003 0.003 0.008 0.013 0.041 0.625 0.189 0.091 0.009 82 S 0.028 0.087 0.048 0.010 0.099 0.010 0.068 0.458 0.122 0.057 0.013 83 L 0.046 0.063 0.020 0.008 0.075 0.015 0.045 0.406 0.215 0.085 0.022 84 S 0.080 0.096 0.027 0.011 0.153 0.014 0.084 0.273 0.108 0.117 0.037 85 L 0.104 0.152 0.055 0.016 0.192 0.024 0.054 0.141 0.074 0.137 0.051 86 T 0.035 0.358 0.314 0.029 0.162 0.008 0.022 0.034 0.012 0.014 0.012 87 P 0.031 0.324 0.325 0.032 0.118 0.015 0.025 0.062 0.031 0.025 0.013 88 P 0.021 0.385 0.315 0.018 0.091 0.009 0.037 0.060 0.038 0.015 0.011 89 P 0.025 0.367 0.223 0.037 0.089 0.027 0.033 0.080 0.059 0.034 0.025 90 S 0.032 0.372 0.140 0.010 0.136 0.010 0.035 0.113 0.098 0.040 0.015 91 A 0.066 0.089 0.029 0.005 0.085 0.013 0.058 0.181 0.240 0.196 0.038 92 L 0.079 0.275 0.069 0.014 0.197 0.009 0.018 0.131 0.091 0.078 0.038 93 E 0.130 0.082 0.022 0.022 0.176 0.028 0.067 0.198 0.118 0.091 0.065 94 F 0.130 0.189 0.039 0.010 0.308 0.011 0.020 0.123 0.082 0.053 0.034 95 F 0.152 0.119 0.024 0.006 0.319 0.011 0.034 0.184 0.065 0.042 0.044 96 L 0.329 0.065 0.019 0.006 0.250 0.009 0.027 0.090 0.035 0.077 0.093 97 V 0.060 0.192 0.098 0.059 0.137 0.056 0.090 0.104 0.056 0.102 0.047 98 G 0.119 0.159 0.155 0.069 0.156 0.025 0.018 0.072 0.034 0.122 0.071 99 L 0.150 0.106 0.032 0.016 0.163 0.013 0.027 0.149 0.131 0.136 0.076 100 E 0.061 0.194 0.140 0.055 0.144 0.043 0.043 0.177 0.072 0.048 0.024 101 A 0.087 0.148 0.050 0.009 0.189 0.008 0.029 0.243 0.126 0.073 0.038 102 R 0.035 0.126 0.054 0.014 0.118 0.030 0.052 0.301 0.170 0.083 0.018 103 H 0.075 0.120 0.106 0.017 0.074 0.011 0.060 0.317 0.120 0.060 0.041 104 E 0.039 0.039 0.045 0.038 0.040 0.063 0.105 0.269 0.186 0.139 0.036 105 Q 0.007 0.358 0.160 0.118 0.049 0.087 0.128 0.063 0.017 0.010 0.004 106 G 0.014 0.009 0.020 0.045 0.007 0.014 0.008 0.009 0.023 0.670 0.180 107 D 0.161 0.234 0.092 0.007 0.423 0.003 0.013 0.019 0.010 0.016 0.024 108 P 0.168 0.130 0.019 0.003 0.379 0.003 0.007 0.110 0.095 0.045 0.041 109 L 0.186 0.132 0.017 0.013 0.262 0.021 0.057 0.168 0.064 0.049 0.030 110 A 0.254 0.074 0.009 0.014 0.491 0.016 0.023 0.067 0.015 0.017 0.022 111 A 0.173 0.076 0.006 0.004 0.671 0.006 0.009 0.032 0.006 0.005 0.013 112 V 0.238 0.094 0.006 0.002 0.548 0.008 0.016 0.040 0.006 0.007 0.036 113 L 0.316 0.070 0.019 0.004 0.356 0.004 0.014 0.030 0.007 0.057 0.122 114 L 0.131 0.176 0.064 0.044 0.133 0.027 0.045 0.041 0.026 0.189 0.124 115 G 0.012 0.151 0.312 0.346 0.038 0.079 0.010 0.015 0.009 0.021 0.008 116 P 0.019 0.071 0.069 0.086 0.042 0.085 0.143 0.258 0.125 0.082 0.021 117 G 0.021 0.076 0.149 0.107 0.033 0.045 0.039 0.167 0.114 0.205 0.045 118 E 0.026 0.089 0.029 0.009 0.053 0.011 0.026 0.417 0.207 0.111 0.022 119 E 0.015 0.020 0.006 0.003 0.020 0.006 0.015 0.514 0.254 0.128 0.018 120 A 0.012 0.042 0.012 0.006 0.029 0.010 0.023 0.644 0.151 0.061 0.011 121 A 0.014 0.033 0.016 0.004 0.031 0.009 0.027 0.700 0.089 0.069 0.009 122 L 0.012 0.018 0.007 0.001 0.012 0.001 0.004 0.796 0.081 0.059 0.008 123 A 0.003 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.002 0.897 0.066 0.013 0.002 124 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.948 0.042 0.002 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.970 0.020 0.001 0.001 126 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.035 0.007 0.001 127 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.885 0.089 0.018 0.001 128 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.860 0.115 0.005 0.001 129 S 0.002 0.007 0.007 0.002 0.004 0.005 0.046 0.859 0.060 0.006 0.001 130 R 0.009 0.006 0.003 0.004 0.007 0.006 0.035 0.595 0.143 0.185 0.007 131 V 0.129 0.054 0.007 0.005 0.104 0.007 0.018 0.353 0.197 0.075 0.051 132 D 0.007 0.014 0.004 0.007 0.013 0.053 0.118 0.538 0.202 0.036 0.006 133 A 0.051 0.100 0.037 0.006 0.157 0.005 0.034 0.263 0.138 0.191 0.019 134 L 0.434 0.046 0.008 0.003 0.260 0.004 0.007 0.031 0.039 0.055 0.112 135 A 0.023 0.271 0.103 0.047 0.211 0.052 0.074 0.144 0.050 0.018 0.008 136 E 0.319 0.072 0.015 0.001 0.302 0.001 0.005 0.021 0.023 0.106 0.136 137 V 0.069 0.478 0.111 0.006 0.299 0.004 0.006 0.009 0.004 0.004 0.010 138 P 0.246 0.140 0.025 0.003 0.476 0.003 0.008 0.012 0.007 0.014 0.067 139 A 0.150 0.133 0.067 0.023 0.227 0.033 0.043 0.105 0.097 0.063 0.060 140 T 0.015 0.031 0.030 0.088 0.022 0.145 0.241 0.168 0.096 0.142 0.023 141 G 0.026 0.119 0.227 0.197 0.056 0.040 0.016 0.053 0.036 0.193 0.037 142 A 0.047 0.120 0.061 0.025 0.107 0.022 0.030 0.212 0.125 0.206 0.046 143 N 0.021 0.115 0.073 0.007 0.070 0.008 0.015 0.533 0.109 0.033 0.014 144 R 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.839 0.116 0.022 0.003 145 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.880 0.100 0.010 0.001 146 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.042 0.001 0.001 147 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.957 0.036 0.001 0.001 148 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.933 0.058 0.004 0.001 149 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.093 0.004 0.001 150 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 151 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.026 0.001 0.001 152 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.041 0.001 0.001 153 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.032 0.001 0.001 154 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.962 0.034 0.001 0.001 155 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.919 0.076 0.002 0.001 156 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.063 0.001 0.001 157 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.039 0.001 0.001 158 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 160 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.019 0.001 0.001 161 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 163 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.033 0.001 0.001 164 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.903 0.065 0.004 0.001 165 L 0.010 0.003 0.001 0.002 0.006 0.013 0.141 0.746 0.059 0.016 0.003 166 Y 0.004 0.434 0.122 0.049 0.058 0.028 0.077 0.131 0.054 0.039 0.004 167 G 0.069 0.017 0.020 0.016 0.023 0.014 0.014 0.063 0.044 0.561 0.160 168 V 0.042 0.360 0.170 0.020 0.244 0.018 0.032 0.052 0.026 0.023 0.013 169 D 0.118 0.245 0.140 0.024 0.357 0.011 0.025 0.032 0.008 0.009 0.030 170 P 0.042 0.127 0.061 0.018 0.066 0.020 0.042 0.199 0.269 0.123 0.033 171 G 0.008 0.108 0.232 0.140 0.028 0.107 0.053 0.147 0.075 0.092 0.010 172 D 0.168 0.148 0.038 0.009 0.235 0.007 0.024 0.143 0.049 0.113 0.066 173 H 0.022 0.043 0.016 0.005 0.040 0.007 0.016 0.499 0.257 0.071 0.024 174 G 0.006 0.011 0.006 0.003 0.011 0.005 0.017 0.679 0.206 0.049 0.006 175 L 0.014 0.019 0.007 0.001 0.018 0.002 0.006 0.766 0.125 0.037 0.005 176 L 0.028 0.016 0.003 0.003 0.036 0.003 0.012 0.709 0.142 0.030 0.020 177 E 0.007 0.020 0.007 0.004 0.016 0.028 0.071 0.712 0.119 0.012 0.004 178 R 0.022 0.030 0.015 0.004 0.028 0.003 0.018 0.542 0.132 0.187 0.018 179 L 0.060 0.020 0.005 0.003 0.037 0.005 0.012 0.460 0.262 0.099 0.039 180 R 0.003 0.019 0.006 0.008 0.010 0.027 0.072 0.625 0.221 0.008 0.002 181 E 0.028 0.016 0.006 0.003 0.030 0.003 0.037 0.519 0.192 0.145 0.021 182 V 0.105 0.082 0.032 0.010 0.142 0.024 0.065 0.257 0.120 0.112 0.051 183 T 0.057 0.119 0.048 0.027 0.113 0.037 0.056 0.299 0.122 0.082 0.040