# TARGET T0226 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.727 0.172 0.052 0.029 0.014 0.006 0.001 2 L 0.450 0.266 0.149 0.079 0.039 0.015 0.002 3 A 0.176 0.185 0.212 0.233 0.127 0.058 0.010 4 P 0.199 0.328 0.216 0.134 0.075 0.038 0.010 5 Y 0.039 0.072 0.165 0.257 0.283 0.145 0.039 6 R 0.075 0.103 0.162 0.257 0.251 0.129 0.023 7 Y 0.075 0.054 0.069 0.097 0.193 0.335 0.177 8 L 0.052 0.057 0.063 0.101 0.143 0.304 0.280 9 R 0.043 0.067 0.106 0.162 0.186 0.219 0.217 10 F 0.024 0.022 0.039 0.105 0.179 0.282 0.348 11 L 0.016 0.019 0.021 0.046 0.095 0.325 0.477 12 L 0.024 0.040 0.050 0.088 0.151 0.341 0.307 13 L 0.019 0.040 0.079 0.144 0.232 0.304 0.182 14 A 0.028 0.046 0.078 0.152 0.255 0.343 0.098 15 T 0.026 0.053 0.087 0.189 0.291 0.299 0.055 16 G 0.063 0.114 0.161 0.243 0.254 0.143 0.023 17 R 0.135 0.244 0.263 0.208 0.109 0.036 0.004 18 E 0.222 0.310 0.239 0.149 0.059 0.018 0.002 19 E 0.428 0.291 0.133 0.083 0.046 0.016 0.003 20 V 0.123 0.282 0.276 0.197 0.097 0.025 0.002 21 L 0.026 0.103 0.263 0.359 0.205 0.042 0.002 22 R 0.458 0.373 0.124 0.034 0.009 0.002 0.001 23 S 0.136 0.333 0.316 0.161 0.044 0.010 0.001 24 V 0.008 0.015 0.054 0.272 0.459 0.188 0.005 25 D 0.078 0.259 0.361 0.210 0.075 0.016 0.001 26 E 0.227 0.391 0.227 0.109 0.035 0.009 0.001 27 A 0.018 0.038 0.087 0.248 0.365 0.231 0.012 28 L 0.012 0.042 0.122 0.320 0.363 0.135 0.006 29 L 0.186 0.455 0.258 0.083 0.016 0.002 0.001 30 E 0.235 0.479 0.215 0.060 0.009 0.001 0.001 31 E 0.065 0.132 0.206 0.293 0.221 0.078 0.003 32 R 0.163 0.265 0.245 0.206 0.099 0.022 0.001 33 R 0.236 0.328 0.245 0.136 0.045 0.009 0.001 34 R 0.083 0.195 0.281 0.262 0.132 0.045 0.003 35 L 0.059 0.118 0.209 0.299 0.221 0.088 0.005 36 G 0.394 0.303 0.179 0.085 0.031 0.007 0.001 37 P 0.435 0.189 0.144 0.132 0.076 0.022 0.002 38 E 0.485 0.321 0.124 0.046 0.017 0.006 0.001 39 V 0.097 0.167 0.254 0.282 0.156 0.042 0.003 40 P 0.451 0.321 0.133 0.064 0.024 0.007 0.001 41 V 0.344 0.297 0.198 0.110 0.043 0.008 0.001 42 E 0.810 0.140 0.032 0.013 0.004 0.001 0.001 43 E 0.696 0.228 0.058 0.015 0.003 0.001 0.001 44 N 0.273 0.297 0.256 0.133 0.036 0.004 0.001 45 P 0.228 0.353 0.256 0.124 0.032 0.006 0.001 46 A 0.026 0.042 0.101 0.298 0.389 0.134 0.010 47 K 0.060 0.168 0.285 0.277 0.157 0.047 0.005 48 F 0.072 0.140 0.198 0.251 0.212 0.114 0.014 49 L 0.010 0.016 0.035 0.082 0.197 0.474 0.185 50 A 0.011 0.031 0.038 0.090 0.203 0.465 0.163 51 Y 0.022 0.094 0.200 0.316 0.228 0.116 0.023 52 T 0.016 0.079 0.161 0.306 0.289 0.138 0.011 53 L 0.006 0.010 0.021 0.070 0.269 0.516 0.108 54 L 0.008 0.037 0.112 0.278 0.331 0.212 0.021 55 E 0.035 0.180 0.267 0.267 0.182 0.059 0.010 56 R 0.012 0.042 0.144 0.341 0.303 0.130 0.028 57 L 0.001 0.002 0.005 0.022 0.115 0.531 0.324 58 P 0.001 0.007 0.017 0.058 0.193 0.425 0.298 59 L 0.001 0.002 0.007 0.026 0.094 0.328 0.544 60 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.035 0.251 0.705 61 Y 0.001 0.003 0.007 0.028 0.092 0.346 0.524 62 S 0.001 0.003 0.010 0.044 0.166 0.397 0.380 63 P 0.007 0.038 0.075 0.154 0.241 0.307 0.179 64 L 0.005 0.020 0.041 0.101 0.216 0.420 0.197 65 F 0.005 0.025 0.068 0.189 0.321 0.327 0.065 66 R 0.033 0.173 0.301 0.276 0.154 0.055 0.009 67 P 0.011 0.064 0.158 0.256 0.301 0.176 0.033 68 L 0.001 0.003 0.006 0.025 0.146 0.550 0.270 69 E 0.002 0.027 0.107 0.336 0.333 0.175 0.021 70 G 0.011 0.168 0.365 0.307 0.116 0.031 0.003 71 A 0.001 0.008 0.057 0.229 0.425 0.264 0.016 72 V 0.001 0.001 0.002 0.017 0.159 0.624 0.199 73 Q 0.001 0.025 0.157 0.378 0.343 0.089 0.007 74 T 0.009 0.096 0.216 0.323 0.257 0.089 0.011 75 L 0.001 0.005 0.023 0.080 0.247 0.491 0.154 76 F 0.001 0.003 0.006 0.026 0.108 0.401 0.456 77 A 0.004 0.036 0.095 0.211 0.258 0.247 0.149 78 R 0.001 0.034 0.118 0.251 0.283 0.219 0.093 79 V 0.001 0.001 0.008 0.064 0.244 0.476 0.206 80 A 0.001 0.004 0.011 0.042 0.138 0.454 0.349 81 K 0.005 0.031 0.084 0.206 0.308 0.276 0.089 82 S 0.006 0.030 0.106 0.202 0.273 0.292 0.091 83 L 0.005 0.012 0.028 0.070 0.166 0.402 0.317 84 S 0.012 0.028 0.037 0.081 0.188 0.415 0.239 85 L 0.017 0.033 0.058 0.129 0.259 0.335 0.168 86 T 0.042 0.084 0.123 0.205 0.258 0.223 0.065 87 P 0.055 0.123 0.194 0.261 0.210 0.127 0.030 88 P 0.138 0.215 0.196 0.185 0.146 0.094 0.026 89 P 0.095 0.141 0.183 0.229 0.205 0.114 0.032 90 S 0.232 0.242 0.194 0.152 0.098 0.059 0.023 91 A 0.127 0.196 0.193 0.179 0.148 0.117 0.041 92 L 0.032 0.039 0.078 0.197 0.303 0.270 0.081 93 E 0.148 0.291 0.243 0.163 0.082 0.053 0.019 94 F 0.069 0.090 0.125 0.197 0.236 0.217 0.067 95 F 0.076 0.111 0.140 0.184 0.209 0.209 0.069 96 L 0.047 0.052 0.091 0.152 0.229 0.295 0.134 97 V 0.068 0.079 0.105 0.175 0.226 0.261 0.086 98 G 0.089 0.120 0.139 0.179 0.215 0.197 0.061 99 L 0.044 0.070 0.127 0.247 0.296 0.182 0.035 100 E 0.255 0.329 0.215 0.116 0.055 0.024 0.005 101 A 0.214 0.276 0.228 0.166 0.081 0.029 0.006 102 R 0.205 0.265 0.206 0.173 0.104 0.042 0.005 103 H 0.171 0.254 0.239 0.180 0.102 0.047 0.008 104 E 0.214 0.251 0.222 0.178 0.098 0.034 0.004 105 Q 0.312 0.286 0.189 0.118 0.064 0.027 0.005 106 G 0.398 0.247 0.153 0.115 0.058 0.024 0.005 107 D 0.166 0.286 0.245 0.169 0.089 0.039 0.006 108 P 0.049 0.096 0.159 0.262 0.267 0.144 0.022 109 L 0.014 0.026 0.069 0.190 0.302 0.318 0.081 110 A 0.007 0.015 0.035 0.073 0.188 0.483 0.199 111 A 0.005 0.014 0.048 0.152 0.328 0.349 0.104 112 V 0.002 0.004 0.010 0.028 0.135 0.512 0.307 113 L 0.002 0.005 0.010 0.044 0.201 0.548 0.190 114 L 0.003 0.016 0.059 0.196 0.367 0.327 0.031 115 G 0.039 0.225 0.316 0.273 0.121 0.023 0.002 116 P 0.239 0.420 0.230 0.088 0.019 0.003 0.001 117 G 0.586 0.283 0.087 0.033 0.009 0.002 0.001 118 E 0.497 0.295 0.133 0.058 0.015 0.003 0.001 119 E 0.231 0.294 0.269 0.150 0.049 0.007 0.001 120 A 0.204 0.314 0.268 0.150 0.052 0.010 0.001 121 A 0.138 0.369 0.290 0.141 0.048 0.013 0.001 122 L 0.013 0.026 0.077 0.263 0.392 0.217 0.013 123 A 0.057 0.173 0.262 0.267 0.170 0.066 0.005 124 K 0.183 0.336 0.268 0.147 0.051 0.013 0.001 125 E 0.213 0.353 0.250 0.125 0.044 0.014 0.001 126 I 0.014 0.041 0.107 0.271 0.359 0.194 0.014 127 L 0.030 0.095 0.201 0.307 0.260 0.099 0.007 128 E 0.286 0.419 0.196 0.074 0.020 0.004 0.001 129 S 0.214 0.370 0.249 0.118 0.038 0.010 0.001 130 R 0.027 0.155 0.269 0.296 0.190 0.062 0.003 131 V 0.012 0.027 0.088 0.294 0.419 0.153 0.007 132 D 0.158 0.461 0.270 0.088 0.019 0.003 0.001 133 A 0.031 0.130 0.261 0.347 0.183 0.046 0.002 134 L 0.006 0.013 0.034 0.164 0.400 0.351 0.032 135 A 0.053 0.251 0.325 0.242 0.103 0.024 0.002 136 E 0.101 0.367 0.315 0.161 0.044 0.010 0.001 137 V 0.008 0.029 0.081 0.236 0.385 0.241 0.021 138 P 0.050 0.226 0.310 0.243 0.122 0.044 0.006 139 A 0.047 0.104 0.154 0.250 0.276 0.152 0.018 140 T 0.136 0.287 0.277 0.177 0.082 0.033 0.007 141 G 0.062 0.134 0.207 0.281 0.207 0.095 0.014 142 A 0.123 0.239 0.228 0.193 0.128 0.071 0.018 143 N 0.041 0.083 0.156 0.249 0.272 0.169 0.031 144 R 0.049 0.137 0.237 0.252 0.193 0.103 0.029 145 L 0.013 0.015 0.028 0.082 0.202 0.438 0.222 146 A 0.024 0.063 0.113 0.188 0.254 0.250 0.108 147 Q 0.024 0.104 0.163 0.192 0.189 0.219 0.110 148 V 0.021 0.034 0.061 0.128 0.226 0.296 0.234 149 M 0.018 0.030 0.051 0.080 0.127 0.301 0.394 150 A 0.027 0.056 0.104 0.170 0.186 0.244 0.214 151 L 0.032 0.037 0.059 0.093 0.152 0.300 0.327 152 W 0.039 0.058 0.067 0.118 0.176 0.270 0.272 153 Y 0.054 0.047 0.067 0.117 0.161 0.273 0.282 154 R 0.057 0.099 0.126 0.170 0.147 0.198 0.203 155 M 0.059 0.068 0.097 0.151 0.158 0.218 0.249 156 A 0.037 0.069 0.100 0.153 0.153 0.255 0.234 157 W 0.032 0.044 0.073 0.152 0.206 0.264 0.231 158 T 0.016 0.027 0.034 0.062 0.098 0.297 0.466 159 A 0.009 0.018 0.028 0.064 0.123 0.334 0.424 160 Y 0.008 0.023 0.048 0.123 0.198 0.329 0.271 161 Y 0.007 0.016 0.036 0.090 0.171 0.344 0.335 162 L 0.004 0.011 0.015 0.036 0.074 0.336 0.524 163 A 0.011 0.022 0.051 0.148 0.230 0.325 0.213 164 L 0.014 0.052 0.096 0.158 0.213 0.313 0.154 165 L 0.021 0.038 0.064 0.159 0.251 0.331 0.136 166 Y 0.027 0.083 0.139 0.215 0.231 0.240 0.064 167 G 0.077 0.153 0.162 0.182 0.198 0.183 0.046 168 V 0.062 0.099 0.156 0.216 0.239 0.188 0.040 169 D 0.074 0.167 0.210 0.246 0.192 0.097 0.014 170 P 0.118 0.136 0.176 0.219 0.205 0.120 0.027 171 G 0.105 0.174 0.207 0.237 0.178 0.086 0.014 172 D 0.227 0.326 0.219 0.130 0.067 0.025 0.005 173 H 0.077 0.137 0.245 0.321 0.178 0.040 0.002 174 G 0.241 0.424 0.223 0.082 0.025 0.005 0.001 175 L 0.026 0.063 0.156 0.321 0.307 0.120 0.007 176 L 0.022 0.032 0.068 0.241 0.402 0.227 0.009 177 E 0.166 0.456 0.270 0.091 0.016 0.002 0.001 178 R 0.080 0.246 0.330 0.261 0.068 0.013 0.001 179 L 0.043 0.050 0.102 0.250 0.383 0.167 0.005 180 R 0.318 0.372 0.213 0.080 0.016 0.001 0.001 181 E 0.504 0.339 0.115 0.034 0.007 0.001 0.001 182 V 0.211 0.206 0.277 0.216 0.079 0.011 0.001 183 T 0.681 0.198 0.080 0.031 0.008 0.002 0.001