# TARGET T0226 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.062 0.047 0.084 0.073 0.083 0.131 0.122 0.131 0.100 0.068 2 R 0.164 0.161 0.108 0.167 0.128 0.097 0.083 0.040 0.027 0.016 0.008 3 D 0.210 0.201 0.122 0.182 0.112 0.069 0.053 0.025 0.015 0.007 0.003 4 L 0.057 0.034 0.023 0.047 0.069 0.097 0.178 0.163 0.155 0.114 0.063 5 D 0.223 0.308 0.152 0.157 0.079 0.036 0.024 0.010 0.006 0.003 0.002 6 R 0.164 0.138 0.100 0.188 0.142 0.101 0.087 0.039 0.023 0.012 0.006 7 E 0.396 0.133 0.097 0.124 0.085 0.062 0.053 0.023 0.014 0.008 0.005 8 E 0.134 0.100 0.128 0.201 0.133 0.109 0.105 0.043 0.027 0.013 0.007 9 T 0.066 0.079 0.091 0.163 0.139 0.140 0.136 0.079 0.054 0.034 0.018 10 Y 0.033 0.058 0.086 0.108 0.117 0.144 0.172 0.108 0.084 0.056 0.033 11 L 0.026 0.042 0.080 0.101 0.100 0.108 0.172 0.119 0.110 0.085 0.059 12 V 0.031 0.038 0.061 0.085 0.097 0.103 0.165 0.125 0.125 0.099 0.070 13 D 0.101 0.138 0.131 0.225 0.157 0.099 0.072 0.034 0.023 0.012 0.007 14 R 0.103 0.105 0.108 0.129 0.120 0.121 0.124 0.073 0.059 0.038 0.020 15 T 0.212 0.133 0.087 0.143 0.107 0.086 0.092 0.053 0.045 0.028 0.016 16 G 0.285 0.136 0.079 0.123 0.093 0.081 0.083 0.044 0.036 0.024 0.016 17 L 0.036 0.053 0.039 0.075 0.073 0.095 0.155 0.127 0.134 0.120 0.091 18 A 0.051 0.059 0.053 0.110 0.109 0.133 0.166 0.104 0.094 0.070 0.052 19 L 0.075 0.046 0.099 0.096 0.089 0.101 0.143 0.104 0.112 0.082 0.055 20 E 0.047 0.080 0.122 0.216 0.176 0.124 0.110 0.051 0.035 0.022 0.018 21 L 0.013 0.015 0.039 0.030 0.026 0.033 0.080 0.111 0.189 0.229 0.236 22 R 0.023 0.025 0.064 0.128 0.171 0.183 0.189 0.096 0.066 0.035 0.021 23 D 0.088 0.113 0.339 0.190 0.101 0.069 0.052 0.022 0.014 0.008 0.005 24 L 0.010 0.019 0.028 0.050 0.077 0.121 0.233 0.153 0.132 0.106 0.071 25 V 0.040 0.039 0.030 0.056 0.055 0.064 0.131 0.130 0.169 0.151 0.135 26 G 0.222 0.133 0.081 0.103 0.093 0.089 0.102 0.056 0.048 0.037 0.037 27 T 0.154 0.182 0.096 0.179 0.117 0.081 0.082 0.044 0.032 0.021 0.013 28 G 0.271 0.134 0.036 0.095 0.106 0.094 0.094 0.060 0.049 0.037 0.025 29 P 0.225 0.184 0.068 0.166 0.114 0.079 0.067 0.036 0.028 0.018 0.014 30 V 0.055 0.044 0.023 0.055 0.078 0.100 0.166 0.130 0.141 0.119 0.091 31 P 0.183 0.218 0.085 0.167 0.116 0.078 0.070 0.036 0.024 0.013 0.010 32 G 0.236 0.115 0.048 0.112 0.111 0.106 0.112 0.063 0.044 0.031 0.020 33 E 0.426 0.197 0.072 0.121 0.070 0.039 0.031 0.016 0.011 0.009 0.008 34 A 0.119 0.125 0.045 0.146 0.131 0.111 0.129 0.076 0.059 0.037 0.023 35 Y 0.033 0.038 0.016 0.054 0.076 0.100 0.167 0.150 0.143 0.122 0.101 36 P 0.314 0.166 0.056 0.121 0.085 0.060 0.068 0.041 0.037 0.030 0.023 37 G 0.203 0.094 0.037 0.102 0.105 0.098 0.119 0.082 0.074 0.052 0.035 38 P 0.176 0.136 0.053 0.140 0.103 0.092 0.095 0.067 0.059 0.045 0.035 39 H 0.094 0.085 0.051 0.117 0.116 0.131 0.140 0.092 0.078 0.056 0.040 40 A 0.146 0.069 0.059 0.108 0.094 0.099 0.131 0.101 0.084 0.063 0.047 41 A 0.111 0.076 0.057 0.111 0.101 0.109 0.150 0.100 0.082 0.059 0.045 42 L 0.033 0.045 0.045 0.087 0.085 0.091 0.142 0.131 0.139 0.114 0.089 43 G 0.254 0.147 0.078 0.117 0.088 0.072 0.073 0.048 0.046 0.039 0.037 44 Y 0.052 0.062 0.038 0.096 0.110 0.114 0.157 0.117 0.107 0.086 0.061 45 G 0.155 0.179 0.057 0.114 0.107 0.098 0.098 0.063 0.057 0.042 0.030 46 E 0.144 0.152 0.068 0.167 0.137 0.105 0.090 0.048 0.041 0.028 0.019 47 G 0.284 0.090 0.059 0.094 0.084 0.088 0.098 0.059 0.061 0.047 0.038 48 Q 0.044 0.070 0.057 0.158 0.143 0.147 0.155 0.084 0.070 0.042 0.029 49 F 0.023 0.014 0.022 0.033 0.033 0.049 0.124 0.148 0.199 0.187 0.167 50 A 0.033 0.021 0.093 0.117 0.107 0.122 0.148 0.102 0.103 0.082 0.070 51 A 0.018 0.028 0.149 0.107 0.094 0.113 0.156 0.106 0.098 0.073 0.057 52 L 0.003 0.007 0.030 0.038 0.048 0.086 0.169 0.155 0.172 0.160 0.132 53 L 0.006 0.009 0.030 0.024 0.035 0.057 0.152 0.151 0.191 0.182 0.163 54 S 0.058 0.085 0.163 0.147 0.120 0.106 0.126 0.071 0.059 0.040 0.026 55 G 0.287 0.174 0.103 0.144 0.108 0.074 0.056 0.022 0.015 0.010 0.007 56 L 0.020 0.034 0.022 0.055 0.062 0.078 0.153 0.139 0.159 0.148 0.130 57 P 0.202 0.133 0.074 0.140 0.127 0.103 0.094 0.048 0.036 0.023 0.020 58 D 0.388 0.190 0.076 0.120 0.080 0.053 0.047 0.019 0.013 0.008 0.005 59 W 0.054 0.065 0.025 0.084 0.094 0.118 0.178 0.123 0.103 0.088 0.068 60 G 0.189 0.137 0.042 0.108 0.102 0.093 0.093 0.062 0.065 0.054 0.055 61 E 0.251 0.157 0.086 0.169 0.110 0.079 0.067 0.030 0.023 0.015 0.012 62 E 0.197 0.135 0.078 0.177 0.126 0.095 0.094 0.041 0.028 0.018 0.012 63 G 0.077 0.051 0.024 0.086 0.095 0.116 0.161 0.122 0.118 0.089 0.061 64 T 0.033 0.067 0.051 0.167 0.165 0.154 0.150 0.081 0.063 0.042 0.027 65 L 0.006 0.010 0.021 0.039 0.049 0.078 0.147 0.151 0.192 0.169 0.137 66 F 0.007 0.012 0.021 0.063 0.083 0.109 0.199 0.174 0.150 0.107 0.075 67 L 0.007 0.011 0.017 0.040 0.044 0.056 0.135 0.160 0.192 0.186 0.154 68 L 0.004 0.007 0.016 0.038 0.055 0.085 0.153 0.159 0.195 0.155 0.133 69 E 0.066 0.098 0.097 0.175 0.146 0.123 0.125 0.071 0.053 0.029 0.016 70 G 0.139 0.101 0.060 0.124 0.107 0.104 0.141 0.086 0.064 0.049 0.026 71 G 0.182 0.138 0.062 0.140 0.106 0.083 0.097 0.062 0.053 0.042 0.034 72 Y 0.033 0.054 0.034 0.101 0.130 0.137 0.163 0.114 0.101 0.072 0.060 73 D 0.173 0.259 0.113 0.175 0.108 0.068 0.047 0.022 0.016 0.011 0.009 74 L 0.054 0.040 0.017 0.065 0.084 0.103 0.165 0.136 0.136 0.111 0.088 75 G 0.277 0.120 0.039 0.076 0.085 0.086 0.102 0.068 0.067 0.045 0.036 76 E 0.118 0.144 0.101 0.239 0.143 0.099 0.068 0.031 0.025 0.017 0.015 77 A 0.078 0.048 0.059 0.071 0.073 0.089 0.147 0.109 0.120 0.107 0.100 78 A 0.090 0.046 0.067 0.104 0.089 0.096 0.131 0.100 0.103 0.093 0.079 79 G 0.073 0.078 0.098 0.110 0.096 0.106 0.135 0.085 0.092 0.073 0.056 80 M 0.019 0.026 0.073 0.093 0.090 0.124 0.167 0.111 0.118 0.099 0.081 81 A 0.079 0.062 0.143 0.111 0.097 0.102 0.141 0.084 0.075 0.057 0.048 82 L 0.026 0.026 0.078 0.070 0.066 0.085 0.153 0.122 0.140 0.125 0.109 83 L 0.021 0.024 0.052 0.055 0.056 0.075 0.140 0.128 0.157 0.155 0.139 84 A 0.033 0.042 0.126 0.098 0.102 0.116 0.154 0.103 0.105 0.071 0.050 85 E 0.151 0.095 0.228 0.152 0.104 0.091 0.083 0.037 0.029 0.018 0.013 86 T 0.093 0.102 0.085 0.125 0.105 0.102 0.139 0.084 0.072 0.057 0.036 87 G 0.295 0.117 0.066 0.081 0.064 0.076 0.094 0.062 0.058 0.049 0.037 88 R 0.103 0.128 0.120 0.205 0.157 0.113 0.090 0.036 0.024 0.015 0.010 89 A 0.079 0.061 0.083 0.082 0.075 0.088 0.135 0.106 0.121 0.094 0.076 90 R 0.070 0.079 0.081 0.231 0.180 0.129 0.113 0.053 0.034 0.018 0.011 91 V 0.041 0.033 0.040 0.056 0.057 0.069 0.133 0.135 0.161 0.148 0.127 92 V 0.013 0.026 0.059 0.099 0.110 0.138 0.164 0.127 0.121 0.082 0.061 93 R 0.036 0.075 0.116 0.180 0.156 0.135 0.135 0.070 0.050 0.030 0.017 94 V 0.027 0.032 0.037 0.065 0.069 0.082 0.158 0.144 0.155 0.134 0.096 95 G 0.257 0.162 0.071 0.137 0.111 0.075 0.079 0.041 0.034 0.020 0.012 96 F 0.036 0.036 0.018 0.052 0.053 0.061 0.111 0.121 0.167 0.165 0.180 97 R 0.132 0.206 0.093 0.174 0.135 0.097 0.076 0.037 0.026 0.014 0.009 98 P 0.297 0.140 0.055 0.133 0.107 0.087 0.083 0.044 0.029 0.017 0.009 99 G 0.405 0.153 0.050 0.110 0.081 0.059 0.057 0.033 0.025 0.017 0.011 100 V 0.037 0.045 0.028 0.079 0.090 0.108 0.160 0.134 0.137 0.106 0.076 101 E 0.148 0.205 0.108 0.209 0.130 0.080 0.059 0.027 0.017 0.010 0.007 102 V 0.050 0.043 0.030 0.064 0.079 0.096 0.172 0.155 0.144 0.102 0.066 103 H 0.166 0.163 0.056 0.177 0.150 0.095 0.087 0.046 0.030 0.018 0.012 104 I 0.037 0.043 0.015 0.053 0.071 0.075 0.135 0.137 0.169 0.146 0.120 105 P 0.304 0.198 0.060 0.143 0.099 0.064 0.058 0.031 0.022 0.013 0.008 106 P 0.323 0.093 0.033 0.104 0.103 0.093 0.103 0.060 0.043 0.028 0.017 107 S 0.269 0.201 0.046 0.123 0.088 0.066 0.076 0.050 0.040 0.026 0.014 108 P 0.289 0.130 0.047 0.131 0.102 0.091 0.086 0.048 0.037 0.024 0.014 109 L 0.126 0.072 0.026 0.081 0.085 0.099 0.147 0.115 0.106 0.082 0.063 110 A 0.092 0.108 0.038 0.103 0.100 0.102 0.150 0.115 0.095 0.064 0.033 111 P 0.107 0.083 0.041 0.148 0.144 0.135 0.136 0.080 0.064 0.040 0.022 112 Y 0.054 0.047 0.035 0.087 0.113 0.131 0.176 0.121 0.118 0.074 0.044 113 R 0.040 0.061 0.082 0.173 0.142 0.138 0.161 0.090 0.064 0.033 0.015 114 Y 0.009 0.016 0.042 0.070 0.072 0.088 0.182 0.156 0.168 0.124 0.073 115 L 0.009 0.008 0.056 0.036 0.032 0.050 0.125 0.148 0.198 0.190 0.149 116 R 0.004 0.010 0.089 0.119 0.122 0.146 0.206 0.125 0.097 0.058 0.025 117 F 0.002 0.006 0.087 0.035 0.027 0.040 0.136 0.149 0.201 0.189 0.127 118 L 0.002 0.004 0.048 0.029 0.028 0.047 0.134 0.156 0.201 0.202 0.149 119 L 0.004 0.010 0.105 0.047 0.044 0.060 0.158 0.156 0.184 0.144 0.086 120 L 0.005 0.012 0.088 0.069 0.078 0.110 0.188 0.141 0.144 0.104 0.062 121 A 0.017 0.027 0.072 0.063 0.074 0.107 0.208 0.142 0.153 0.093 0.044 122 T 0.101 0.099 0.064 0.146 0.131 0.115 0.132 0.087 0.072 0.037 0.016