# TARGET T0226 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 R 0.039 0.038 0.009 0.098 0.005 0.041 0.769 3 D 0.040 0.015 0.020 0.113 0.198 0.087 0.526 4 L 0.046 0.009 0.037 0.156 0.152 0.145 0.454 5 D 0.063 0.010 0.039 0.152 0.178 0.150 0.408 6 R 0.082 0.010 0.058 0.214 0.230 0.128 0.278 7 E 0.148 0.012 0.062 0.235 0.160 0.115 0.268 8 E 0.217 0.012 0.052 0.251 0.110 0.099 0.258 9 T 0.308 0.021 0.040 0.216 0.083 0.068 0.264 10 Y 0.436 0.022 0.029 0.216 0.060 0.054 0.182 11 L 0.481 0.026 0.022 0.197 0.051 0.051 0.171 12 V 0.420 0.030 0.020 0.186 0.070 0.048 0.226 13 D 0.242 0.012 0.024 0.156 0.105 0.115 0.346 14 R 0.129 0.008 0.040 0.233 0.137 0.253 0.199 15 T 0.079 0.006 0.033 0.217 0.172 0.322 0.170 16 G 0.127 0.009 0.041 0.215 0.174 0.222 0.211 17 L 0.229 0.023 0.042 0.275 0.085 0.050 0.296 18 A 0.362 0.023 0.031 0.322 0.049 0.036 0.177 19 L 0.357 0.014 0.047 0.378 0.032 0.043 0.130 20 E 0.297 0.015 0.050 0.385 0.046 0.067 0.141 21 L 0.141 0.008 0.089 0.563 0.041 0.058 0.100 22 R 0.076 0.004 0.139 0.609 0.047 0.055 0.070 23 D 0.079 0.004 0.153 0.559 0.046 0.091 0.068 24 L 0.079 0.014 0.122 0.534 0.056 0.109 0.086 25 V 0.105 0.025 0.054 0.397 0.109 0.174 0.137 26 G 0.084 0.012 0.034 0.214 0.143 0.279 0.234 27 T 0.067 0.018 0.023 0.098 0.243 0.212 0.339 28 G 0.087 0.018 0.013 0.031 0.338 0.073 0.439 29 P 0.088 0.044 0.015 0.019 0.202 0.059 0.574 30 V 0.094 0.060 0.022 0.028 0.143 0.049 0.603 31 P 0.054 0.022 0.052 0.033 0.152 0.190 0.498 32 G 0.037 0.012 0.102 0.041 0.223 0.303 0.282 33 E 0.068 0.029 0.133 0.067 0.222 0.180 0.300 34 A 0.097 0.056 0.087 0.070 0.189 0.118 0.382 35 Y 0.096 0.048 0.044 0.053 0.219 0.105 0.434 36 P 0.075 0.029 0.028 0.055 0.261 0.145 0.407 37 G 0.078 0.025 0.026 0.090 0.232 0.099 0.451 38 P 0.054 0.017 0.090 0.279 0.128 0.143 0.289 39 H 0.075 0.016 0.156 0.314 0.096 0.150 0.193 40 A 0.089 0.015 0.212 0.331 0.081 0.125 0.147 41 A 0.109 0.026 0.187 0.339 0.066 0.133 0.141 42 L 0.093 0.022 0.130 0.282 0.092 0.228 0.154 43 G 0.075 0.019 0.076 0.205 0.137 0.304 0.184 44 Y 0.052 0.013 0.048 0.184 0.197 0.216 0.290 45 G 0.055 0.016 0.043 0.202 0.172 0.194 0.318 46 E 0.029 0.008 0.050 0.431 0.112 0.204 0.166 47 G 0.024 0.007 0.045 0.543 0.099 0.169 0.114 48 Q 0.033 0.008 0.030 0.694 0.066 0.059 0.111 49 F 0.038 0.007 0.022 0.820 0.025 0.028 0.059 50 A 0.036 0.003 0.030 0.851 0.016 0.022 0.042 51 A 0.041 0.003 0.062 0.800 0.019 0.040 0.034 52 L 0.029 0.004 0.076 0.792 0.017 0.051 0.030 53 L 0.029 0.009 0.058 0.736 0.031 0.082 0.055 54 S 0.020 0.003 0.037 0.444 0.054 0.379 0.063 55 G 0.016 0.006 0.023 0.128 0.138 0.456 0.233 56 L 0.026 0.039 0.032 0.069 0.181 0.066 0.587 57 P 0.033 0.025 0.098 0.102 0.171 0.189 0.383 58 D 0.021 0.011 0.127 0.102 0.145 0.364 0.230 59 W 0.026 0.016 0.133 0.123 0.182 0.285 0.234 60 G 0.043 0.013 0.089 0.116 0.217 0.270 0.252 61 E 0.072 0.016 0.087 0.150 0.169 0.220 0.287 62 E 0.117 0.017 0.051 0.139 0.189 0.253 0.234 63 G 0.266 0.012 0.023 0.076 0.152 0.152 0.318 64 T 0.479 0.019 0.017 0.055 0.086 0.032 0.312 65 L 0.790 0.016 0.013 0.047 0.025 0.010 0.099 66 F 0.862 0.011 0.013 0.039 0.011 0.009 0.056 67 L 0.856 0.008 0.014 0.043 0.013 0.013 0.053 68 L 0.769 0.010 0.015 0.052 0.026 0.031 0.096 69 E 0.521 0.009 0.024 0.069 0.102 0.098 0.177 70 G 0.157 0.007 0.026 0.047 0.221 0.357 0.185 71 G 0.077 0.012 0.033 0.040 0.260 0.324 0.253 72 Y 0.144 0.042 0.039 0.074 0.216 0.094 0.390 73 D 0.144 0.056 0.038 0.130 0.133 0.085 0.414 74 L 0.048 0.011 0.069 0.342 0.108 0.193 0.229 75 G 0.031 0.006 0.066 0.393 0.130 0.237 0.137 76 E 0.027 0.005 0.060 0.539 0.121 0.117 0.131 77 A 0.039 0.011 0.029 0.671 0.055 0.078 0.117 78 A 0.042 0.007 0.019 0.653 0.036 0.157 0.086 79 G 0.075 0.006 0.023 0.537 0.047 0.217 0.094 80 M 0.124 0.009 0.029 0.648 0.050 0.032 0.109 81 A 0.186 0.006 0.044 0.667 0.019 0.019 0.059 82 L 0.170 0.007 0.048 0.675 0.016 0.038 0.047 83 L 0.165 0.008 0.052 0.631 0.031 0.057 0.056 84 A 0.107 0.002 0.048 0.646 0.047 0.095 0.054 85 E 0.077 0.004 0.046 0.564 0.074 0.155 0.080 86 T 0.053 0.005 0.033 0.289 0.172 0.320 0.129 87 G 0.075 0.006 0.019 0.061 0.213 0.374 0.253 88 R 0.227 0.013 0.024 0.049 0.181 0.103 0.403 89 A 0.497 0.014 0.020 0.043 0.097 0.033 0.295 90 R 0.663 0.011 0.021 0.036 0.063 0.022 0.186 91 V 0.838 0.008 0.013 0.019 0.022 0.011 0.089 92 V 0.863 0.006 0.009 0.017 0.017 0.010 0.077 93 R 0.854 0.007 0.010 0.017 0.018 0.009 0.085 94 V 0.736 0.005 0.013 0.017 0.041 0.037 0.151 95 G 0.622 0.011 0.012 0.010 0.090 0.069 0.185 96 F 0.546 0.050 0.009 0.009 0.094 0.025 0.266 97 R 0.255 0.024 0.014 0.006 0.090 0.035 0.576 98 P 0.078 0.009 0.036 0.008 0.132 0.634 0.103 99 G 0.083 0.007 0.029 0.004 0.169 0.589 0.119 100 V 0.356 0.023 0.010 0.006 0.162 0.028 0.414 101 E 0.625 0.044 0.004 0.004 0.030 0.010 0.283 102 V 0.692 0.034 0.006 0.004 0.026 0.012 0.227 103 H 0.566 0.023 0.009 0.004 0.076 0.026 0.296 104 I 0.298 0.036 0.004 0.003 0.223 0.011 0.426 105 P 0.095 0.021 0.004 0.003 0.108 0.016 0.753 106 P 0.031 0.020 0.042 0.026 0.204 0.115 0.562 107 S 0.014 0.013 0.076 0.033 0.198 0.120 0.547 108 P 0.013 0.007 0.146 0.067 0.155 0.297 0.315 109 L 0.011 0.014 0.096 0.094 0.205 0.150 0.430 110 A 0.013 0.018 0.043 0.099 0.181 0.053 0.594 111 P 0.023 0.010 0.069 0.285 0.086 0.142 0.385 112 Y 0.033 0.009 0.094 0.467 0.074 0.103 0.220 113 R 0.070 0.012 0.064 0.602 0.059 0.054 0.139 114 Y 0.120 0.009 0.032 0.697 0.025 0.033 0.085 115 L 0.185 0.007 0.024 0.677 0.020 0.026 0.062 116 R 0.202 0.003 0.033 0.657 0.023 0.026 0.056 117 F 0.237 0.004 0.030 0.640 0.023 0.029 0.036 118 L 0.235 0.003 0.041 0.616 0.024 0.040 0.042 119 L 0.219 0.004 0.049 0.526 0.048 0.081 0.073 120 L 0.212 0.006 0.036 0.359 0.089 0.146 0.153 121 A 0.096 0.011 0.024 0.191 0.007 0.142 0.528 122 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997