# TARGET T0226 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.496 0.110 0.127 0.187 0.016 0.028 0.016 0.003 0.015 0.001 0.001 2 R 0.517 0.168 0.183 0.058 0.027 0.015 0.012 0.002 0.015 0.003 0.001 3 D 0.286 0.048 0.205 0.246 0.011 0.090 0.064 0.005 0.042 0.001 0.003 4 L 0.291 0.158 0.350 0.132 0.016 0.031 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 5 D 0.133 0.104 0.354 0.123 0.035 0.156 0.044 0.006 0.038 0.006 0.001 6 R 0.600 0.070 0.079 0.183 0.017 0.014 0.016 0.007 0.013 0.002 0.001 7 E 0.589 0.084 0.142 0.136 0.013 0.011 0.009 0.005 0.009 0.002 0.001 8 E 0.365 0.159 0.232 0.150 0.024 0.035 0.014 0.003 0.016 0.001 0.001 9 T 0.322 0.314 0.176 0.095 0.055 0.014 0.007 0.002 0.011 0.002 0.001 10 Y 0.165 0.399 0.210 0.039 0.086 0.034 0.013 0.003 0.049 0.003 0.001 11 L 0.204 0.278 0.394 0.032 0.011 0.057 0.003 0.001 0.017 0.001 0.003 12 V 0.217 0.436 0.161 0.052 0.031 0.052 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 13 D 0.168 0.137 0.431 0.038 0.056 0.110 0.020 0.003 0.027 0.008 0.002 14 R 0.704 0.054 0.032 0.143 0.013 0.019 0.017 0.004 0.012 0.001 0.001 15 T 0.443 0.080 0.102 0.338 0.013 0.005 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 16 G 0.158 0.008 0.036 0.031 0.050 0.002 0.106 0.490 0.003 0.116 0.001 17 L 0.359 0.202 0.292 0.064 0.034 0.029 0.005 0.001 0.010 0.002 0.001 18 A 0.443 0.174 0.232 0.061 0.017 0.043 0.010 0.002 0.015 0.002 0.001 19 L 0.498 0.220 0.157 0.050 0.040 0.016 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 20 E 0.347 0.261 0.264 0.022 0.032 0.044 0.006 0.002 0.021 0.001 0.001 21 L 0.725 0.072 0.084 0.073 0.005 0.027 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 22 R 0.765 0.073 0.074 0.044 0.015 0.009 0.006 0.002 0.009 0.002 0.001 23 D 0.630 0.037 0.087 0.128 0.015 0.037 0.046 0.003 0.015 0.001 0.001 24 L 0.675 0.057 0.108 0.119 0.005 0.022 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 25 V 0.276 0.138 0.081 0.460 0.017 0.008 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 26 G 0.099 0.030 0.139 0.046 0.119 0.006 0.095 0.252 0.004 0.209 0.001 27 T 0.161 0.291 0.267 0.213 0.033 0.016 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 28 G 0.062 0.056 0.234 0.009 0.165 0.004 0.032 0.028 0.016 0.394 0.001 29 P 0.123 0.010 0.650 0.040 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 30 V 0.019 0.379 0.399 0.003 0.017 0.028 0.006 0.001 0.146 0.001 0.001 31 P 0.032 0.005 0.912 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 32 G 0.108 0.035 0.140 0.032 0.140 0.005 0.030 0.394 0.004 0.110 0.001 33 E 0.367 0.151 0.306 0.083 0.053 0.017 0.007 0.004 0.006 0.005 0.001 34 A 0.149 0.112 0.376 0.280 0.026 0.032 0.008 0.005 0.010 0.002 0.001 35 Y 0.015 0.311 0.435 0.002 0.070 0.017 0.011 0.001 0.137 0.002 0.001 36 P 0.121 0.004 0.690 0.020 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 37 G 0.072 0.055 0.275 0.003 0.204 0.002 0.006 0.047 0.020 0.315 0.001 38 P 0.520 0.006 0.283 0.042 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 39 H 0.415 0.161 0.142 0.165 0.040 0.023 0.018 0.011 0.022 0.003 0.001 40 A 0.427 0.169 0.228 0.075 0.057 0.016 0.007 0.004 0.010 0.006 0.001 41 A 0.553 0.112 0.200 0.064 0.018 0.028 0.006 0.002 0.014 0.002 0.001 42 L 0.317 0.122 0.204 0.294 0.024 0.017 0.006 0.002 0.012 0.001 0.001 43 G 0.192 0.040 0.098 0.080 0.090 0.014 0.093 0.230 0.009 0.153 0.001 44 Y 0.183 0.146 0.292 0.236 0.053 0.023 0.033 0.005 0.020 0.007 0.001 45 G 0.141 0.033 0.108 0.041 0.118 0.007 0.054 0.209 0.004 0.284 0.001 46 E 0.407 0.104 0.212 0.201 0.030 0.015 0.014 0.003 0.009 0.004 0.001 47 G 0.197 0.018 0.083 0.049 0.095 0.003 0.050 0.299 0.002 0.203 0.001 48 Q 0.592 0.114 0.158 0.065 0.027 0.026 0.004 0.002 0.010 0.002 0.001 49 F 0.717 0.106 0.091 0.043 0.009 0.021 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 50 A 0.849 0.055 0.036 0.037 0.009 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 51 A 0.815 0.065 0.062 0.020 0.020 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 52 L 0.853 0.037 0.038 0.050 0.005 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 53 L 0.680 0.090 0.072 0.123 0.009 0.011 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 54 S 0.443 0.049 0.136 0.317 0.021 0.005 0.017 0.005 0.004 0.004 0.001 55 G 0.075 0.006 0.032 0.079 0.021 0.004 0.114 0.587 0.003 0.079 0.001 56 L 0.032 0.161 0.579 0.005 0.014 0.028 0.012 0.001 0.167 0.002 0.001 57 P 0.350 0.003 0.575 0.012 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 58 D 0.268 0.115 0.171 0.255 0.047 0.066 0.034 0.011 0.027 0.003 0.001 59 W 0.191 0.123 0.203 0.382 0.032 0.020 0.022 0.004 0.021 0.002 0.001 60 G 0.087 0.017 0.180 0.033 0.117 0.004 0.026 0.210 0.003 0.323 0.001 61 E 0.435 0.097 0.247 0.128 0.025 0.037 0.007 0.004 0.014 0.004 0.002 62 E 0.145 0.126 0.354 0.274 0.025 0.017 0.037 0.005 0.013 0.003 0.001 63 G 0.041 0.017 0.078 0.023 0.135 0.002 0.048 0.450 0.002 0.205 0.001 64 T 0.083 0.440 0.361 0.027 0.054 0.023 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 65 L 0.062 0.580 0.258 0.016 0.022 0.036 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 66 F 0.048 0.702 0.132 0.013 0.050 0.025 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 67 L 0.067 0.544 0.262 0.010 0.024 0.058 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 68 L 0.129 0.431 0.282 0.034 0.047 0.050 0.005 0.001 0.019 0.002 0.001 69 E 0.144 0.291 0.314 0.081 0.091 0.025 0.019 0.005 0.025 0.004 0.001 70 G 0.065 0.032 0.095 0.069 0.185 0.002 0.113 0.235 0.004 0.199 0.001 71 G 0.112 0.026 0.119 0.076 0.075 0.014 0.120 0.268 0.004 0.183 0.003 72 Y 0.128 0.331 0.373 0.045 0.070 0.022 0.007 0.002 0.014 0.006 0.001 73 D 0.195 0.091 0.340 0.061 0.025 0.186 0.044 0.004 0.043 0.006 0.005 74 L 0.705 0.031 0.052 0.188 0.006 0.007 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 75 G 0.617 0.011 0.048 0.061 0.035 0.004 0.018 0.130 0.003 0.073 0.001 76 E 0.687 0.054 0.135 0.076 0.016 0.018 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 77 A 0.702 0.047 0.118 0.086 0.010 0.013 0.012 0.004 0.005 0.003 0.001 78 A 0.613 0.047 0.134 0.168 0.018 0.004 0.007 0.003 0.003 0.002 0.001 79 G 0.455 0.013 0.046 0.066 0.041 0.003 0.052 0.250 0.003 0.070 0.001 80 M 0.585 0.124 0.201 0.045 0.018 0.015 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 81 A 0.708 0.119 0.108 0.023 0.012 0.016 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 82 L 0.771 0.100 0.079 0.025 0.005 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 83 L 0.753 0.077 0.084 0.042 0.005 0.023 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 84 A 0.758 0.069 0.092 0.031 0.020 0.015 0.005 0.002 0.005 0.003 0.001 85 E 0.779 0.050 0.052 0.077 0.011 0.013 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 86 T 0.377 0.049 0.068 0.479 0.013 0.003 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 87 G 0.100 0.010 0.044 0.038 0.049 0.003 0.136 0.500 0.006 0.115 0.001 88 R 0.269 0.172 0.324 0.127 0.029 0.043 0.014 0.002 0.014 0.005 0.001 89 A 0.208 0.224 0.377 0.077 0.064 0.015 0.013 0.010 0.007 0.005 0.001 90 R 0.097 0.434 0.275 0.049 0.070 0.039 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 91 V 0.034 0.582 0.320 0.005 0.018 0.029 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 92 V 0.047 0.790 0.068 0.023 0.034 0.014 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 93 R 0.018 0.486 0.410 0.004 0.023 0.039 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 94 V 0.056 0.616 0.142 0.067 0.044 0.019 0.006 0.001 0.050 0.001 0.001 95 G 0.057 0.084 0.119 0.032 0.212 0.010 0.084 0.233 0.005 0.164 0.001 96 F 0.087 0.312 0.380 0.088 0.077 0.027 0.006 0.002 0.013 0.007 0.001 97 R 0.020 0.407 0.331 0.002 0.031 0.009 0.009 0.001 0.189 0.002 0.001 98 P 0.055 0.001 0.888 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 99 G 0.036 0.008 0.042 0.043 0.033 0.004 0.045 0.763 0.004 0.022 0.001 100 V 0.017 0.361 0.538 0.010 0.019 0.031 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 101 E 0.022 0.369 0.536 0.007 0.007 0.038 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 102 V 0.037 0.741 0.136 0.023 0.037 0.014 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 103 H 0.027 0.390 0.323 0.026 0.043 0.099 0.030 0.002 0.056 0.002 0.002 104 I 0.004 0.508 0.271 0.001 0.017 0.018 0.002 0.001 0.178 0.001 0.001 105 P 0.007 0.004 0.936 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 106 P 0.106 0.005 0.729 0.010 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 107 S 0.063 0.214 0.468 0.003 0.142 0.012 0.013 0.005 0.061 0.020 0.001 108 P 0.341 0.006 0.498 0.038 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 109 L 0.311 0.081 0.245 0.273 0.016 0.034 0.013 0.008 0.017 0.001 0.001 110 A 0.193 0.170 0.460 0.005 0.052 0.013 0.011 0.003 0.071 0.021 0.001 111 P 0.476 0.004 0.364 0.026 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 112 Y 0.481 0.097 0.130 0.137 0.042 0.039 0.031 0.021 0.019 0.003 0.001 113 R 0.600 0.116 0.109 0.073 0.026 0.040 0.019 0.004 0.010 0.002 0.001 114 Y 0.692 0.121 0.056 0.062 0.018 0.026 0.007 0.002 0.015 0.001 0.001 115 L 0.592 0.200 0.093 0.065 0.017 0.022 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 116 R 0.743 0.133 0.054 0.028 0.017 0.011 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 117 F 0.681 0.190 0.053 0.025 0.027 0.011 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 118 L 0.700 0.170 0.064 0.040 0.008 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 119 L 0.590 0.180 0.130 0.038 0.013 0.024 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 120 L 0.444 0.152 0.167 0.167 0.013 0.029 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 121 A 0.266 0.149 0.300 0.131 0.054 0.034 0.026 0.010 0.020 0.009 0.001 122 T 0.361 0.145 0.168 0.154 0.085 0.020 0.022 0.012 0.014 0.019 0.001