# TARGET T0226 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.590 0.228 0.114 0.052 0.012 0.002 0.001 2 R 0.581 0.248 0.102 0.049 0.017 0.003 0.001 3 D 0.608 0.236 0.086 0.045 0.019 0.005 0.001 4 L 0.392 0.193 0.159 0.151 0.081 0.022 0.002 5 D 0.653 0.220 0.080 0.033 0.010 0.003 0.001 6 R 0.513 0.249 0.119 0.081 0.031 0.007 0.001 7 E 0.473 0.248 0.145 0.088 0.036 0.009 0.001 8 E 0.406 0.264 0.159 0.106 0.049 0.015 0.001 9 T 0.322 0.257 0.186 0.139 0.070 0.023 0.002 10 Y 0.178 0.158 0.174 0.222 0.176 0.083 0.008 11 L 0.171 0.132 0.142 0.209 0.207 0.123 0.016 12 V 0.212 0.142 0.141 0.187 0.194 0.108 0.016 13 D 0.334 0.251 0.181 0.139 0.068 0.024 0.004 14 R 0.298 0.209 0.169 0.155 0.105 0.054 0.010 15 T 0.329 0.222 0.149 0.131 0.093 0.060 0.016 16 G 0.239 0.212 0.178 0.160 0.116 0.075 0.020 17 L 0.114 0.113 0.130 0.198 0.227 0.178 0.040 18 A 0.135 0.154 0.167 0.200 0.181 0.132 0.031 19 L 0.136 0.133 0.141 0.189 0.202 0.162 0.036 20 E 0.127 0.197 0.217 0.220 0.148 0.077 0.014 21 L 0.072 0.083 0.109 0.197 0.271 0.224 0.044 22 R 0.142 0.208 0.211 0.206 0.144 0.076 0.013 23 D 0.219 0.274 0.205 0.155 0.089 0.048 0.009 24 L 0.100 0.107 0.143 0.227 0.240 0.159 0.024 25 V 0.150 0.162 0.187 0.212 0.177 0.098 0.014 26 G 0.336 0.234 0.162 0.130 0.086 0.045 0.008 27 T 0.268 0.255 0.194 0.148 0.087 0.041 0.007 28 G 0.202 0.201 0.185 0.198 0.137 0.067 0.010 29 P 0.183 0.218 0.210 0.189 0.127 0.063 0.010 30 V 0.153 0.150 0.181 0.239 0.184 0.083 0.010 31 P 0.287 0.269 0.194 0.144 0.076 0.028 0.004 32 G 0.294 0.221 0.179 0.163 0.099 0.039 0.005 33 E 0.363 0.299 0.167 0.104 0.047 0.018 0.003 34 A 0.185 0.192 0.194 0.202 0.147 0.071 0.009 35 Y 0.131 0.152 0.183 0.232 0.192 0.097 0.013 36 P 0.272 0.216 0.179 0.160 0.107 0.057 0.009 37 G 0.285 0.235 0.171 0.152 0.099 0.048 0.010 38 P 0.253 0.203 0.169 0.170 0.122 0.068 0.015 39 H 0.199 0.181 0.170 0.182 0.150 0.096 0.023 40 A 0.195 0.163 0.159 0.182 0.165 0.112 0.025 41 A 0.236 0.159 0.140 0.162 0.152 0.122 0.031 42 L 0.168 0.138 0.147 0.185 0.182 0.144 0.036 43 G 0.233 0.190 0.154 0.169 0.141 0.090 0.022 44 Y 0.154 0.161 0.168 0.191 0.167 0.119 0.041 45 G 0.252 0.182 0.154 0.174 0.137 0.080 0.021 46 E 0.263 0.243 0.183 0.144 0.095 0.055 0.017 47 G 0.259 0.192 0.161 0.162 0.124 0.082 0.021 48 Q 0.104 0.163 0.175 0.212 0.189 0.123 0.034 49 F 0.063 0.068 0.088 0.154 0.236 0.291 0.101 50 A 0.068 0.092 0.131 0.195 0.217 0.225 0.073 51 A 0.093 0.124 0.146 0.185 0.196 0.200 0.055 52 L 0.041 0.053 0.078 0.157 0.253 0.314 0.104 53 L 0.053 0.063 0.102 0.188 0.264 0.267 0.063 54 S 0.134 0.205 0.201 0.192 0.146 0.097 0.025 55 G 0.194 0.236 0.197 0.177 0.119 0.064 0.012 56 L 0.092 0.122 0.164 0.230 0.227 0.143 0.023 57 P 0.295 0.246 0.176 0.145 0.089 0.042 0.007 58 D 0.353 0.283 0.164 0.113 0.058 0.025 0.005 59 W 0.230 0.179 0.179 0.203 0.141 0.059 0.008 60 G 0.297 0.230 0.174 0.153 0.100 0.039 0.007 61 E 0.392 0.242 0.163 0.116 0.059 0.024 0.005 62 E 0.329 0.266 0.178 0.130 0.066 0.027 0.005 63 G 0.142 0.179 0.178 0.206 0.174 0.102 0.019 64 T 0.056 0.113 0.159 0.226 0.231 0.177 0.038 65 L 0.037 0.042 0.069 0.139 0.235 0.358 0.121 66 F 0.035 0.042 0.063 0.141 0.242 0.350 0.127 67 L 0.039 0.049 0.081 0.142 0.216 0.323 0.149 68 L 0.040 0.047 0.076 0.160 0.267 0.309 0.102 69 E 0.087 0.148 0.179 0.200 0.186 0.149 0.051 70 G 0.145 0.171 0.173 0.196 0.169 0.116 0.029 71 G 0.124 0.178 0.166 0.191 0.173 0.133 0.035 72 Y 0.076 0.099 0.143 0.221 0.245 0.176 0.040 73 D 0.213 0.235 0.183 0.162 0.118 0.070 0.018 74 L 0.145 0.104 0.125 0.181 0.205 0.184 0.055 75 G 0.244 0.182 0.140 0.160 0.142 0.098 0.034 76 E 0.234 0.208 0.186 0.150 0.110 0.077 0.034 77 A 0.152 0.121 0.127 0.170 0.184 0.174 0.072 78 A 0.131 0.142 0.138 0.166 0.175 0.174 0.074 79 G 0.147 0.154 0.147 0.168 0.162 0.156 0.067 80 M 0.118 0.113 0.125 0.169 0.203 0.203 0.069 81 A 0.142 0.139 0.141 0.176 0.171 0.165 0.066 82 L 0.123 0.103 0.109 0.160 0.198 0.227 0.080 83 L 0.103 0.093 0.115 0.169 0.219 0.235 0.066 84 A 0.137 0.164 0.166 0.211 0.181 0.113 0.029 85 E 0.268 0.237 0.180 0.149 0.096 0.054 0.016 86 T 0.305 0.235 0.175 0.140 0.088 0.047 0.011 87 G 0.276 0.219 0.159 0.154 0.112 0.065 0.015 88 R 0.246 0.239 0.195 0.159 0.099 0.051 0.011 89 A 0.215 0.172 0.164 0.181 0.158 0.096 0.015 90 R 0.169 0.209 0.197 0.199 0.139 0.075 0.012 91 V 0.099 0.104 0.137 0.207 0.230 0.186 0.038 92 V 0.089 0.104 0.133 0.211 0.249 0.181 0.033 93 R 0.172 0.209 0.202 0.185 0.134 0.082 0.016 94 V 0.121 0.134 0.154 0.222 0.210 0.135 0.024 95 G 0.192 0.220 0.187 0.175 0.131 0.081 0.013 96 F 0.098 0.118 0.157 0.239 0.234 0.133 0.020 97 R 0.225 0.257 0.210 0.168 0.094 0.040 0.006 98 P 0.296 0.227 0.176 0.159 0.094 0.041 0.007 99 G 0.343 0.276 0.165 0.115 0.066 0.030 0.005 100 V 0.117 0.153 0.196 0.244 0.188 0.090 0.013 101 E 0.244 0.275 0.212 0.149 0.079 0.035 0.005 102 V 0.108 0.126 0.147 0.222 0.236 0.143 0.019 103 H 0.153 0.208 0.231 0.215 0.130 0.057 0.006 104 I 0.088 0.110 0.153 0.244 0.247 0.141 0.018 105 P 0.243 0.257 0.200 0.168 0.091 0.035 0.005 106 P 0.310 0.227 0.166 0.145 0.097 0.047 0.008 107 S 0.291 0.230 0.178 0.162 0.092 0.039 0.007 108 P 0.343 0.269 0.161 0.119 0.069 0.033 0.006 109 L 0.207 0.146 0.163 0.196 0.167 0.103 0.018 110 A 0.268 0.172 0.145 0.170 0.143 0.087 0.015 111 P 0.343 0.216 0.152 0.132 0.089 0.055 0.013 112 Y 0.235 0.157 0.144 0.173 0.165 0.104 0.022 113 R 0.274 0.229 0.180 0.154 0.101 0.051 0.010 114 Y 0.207 0.146 0.153 0.186 0.164 0.121 0.023 115 L 0.210 0.107 0.113 0.159 0.195 0.182 0.035 116 R 0.255 0.176 0.168 0.169 0.137 0.080 0.016 117 F 0.300 0.140 0.119 0.138 0.150 0.124 0.028 118 L 0.258 0.139 0.131 0.166 0.157 0.128 0.023 119 L 0.286 0.181 0.141 0.161 0.128 0.090 0.013 120 L 0.342 0.190 0.136 0.142 0.119 0.062 0.009 121 A 0.464 0.198 0.132 0.110 0.066 0.027 0.003 122 T 0.632 0.206 0.084 0.047 0.021 0.009 0.001