# TARGET T0226 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0226.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.015 0.143 0.078 0.366 0.341 2 R 0.082 0.019 0.137 0.088 0.342 0.332 3 D 0.050 0.015 0.155 0.074 0.404 0.302 4 L 0.039 0.024 0.108 0.080 0.371 0.378 5 D 0.040 0.013 0.046 0.035 0.399 0.467 6 R 0.027 0.006 0.289 0.119 0.428 0.131 7 E 0.090 0.007 0.168 0.119 0.422 0.194 8 E 0.223 0.010 0.154 0.133 0.331 0.150 9 T 0.402 0.008 0.039 0.121 0.202 0.228 10 Y 0.661 0.014 0.016 0.103 0.078 0.127 11 L 0.789 0.013 0.008 0.080 0.043 0.067 12 V 0.747 0.017 0.007 0.071 0.058 0.099 13 D 0.540 0.016 0.015 0.066 0.235 0.128 14 R 0.232 0.007 0.037 0.105 0.453 0.166 15 T 0.091 0.006 0.036 0.158 0.531 0.177 16 G 0.190 0.016 0.029 0.138 0.417 0.210 17 L 0.393 0.018 0.021 0.204 0.115 0.248 18 A 0.541 0.017 0.025 0.196 0.078 0.143 19 L 0.548 0.011 0.038 0.187 0.092 0.124 20 E 0.555 0.016 0.056 0.177 0.080 0.116 21 L 0.293 0.009 0.169 0.341 0.110 0.079 22 R 0.202 0.004 0.237 0.337 0.142 0.077 23 D 0.213 0.006 0.241 0.326 0.144 0.071 24 L 0.199 0.019 0.115 0.359 0.162 0.147 25 V 0.176 0.022 0.070 0.299 0.176 0.257 26 G 0.142 0.024 0.033 0.088 0.317 0.397 27 T 0.123 0.024 0.019 0.040 0.330 0.464 28 G 0.082 0.020 0.009 0.007 0.292 0.590 29 P 0.084 0.051 0.011 0.006 0.254 0.595 30 V 0.063 0.045 0.012 0.008 0.320 0.551 31 P 0.051 0.034 0.023 0.016 0.422 0.455 32 G 0.045 0.031 0.063 0.017 0.466 0.378 33 E 0.090 0.038 0.136 0.034 0.429 0.273 34 A 0.134 0.064 0.135 0.040 0.339 0.287 35 Y 0.073 0.036 0.028 0.029 0.415 0.420 36 P 0.073 0.030 0.016 0.041 0.355 0.485 37 G 0.051 0.019 0.014 0.023 0.447 0.446 38 P 0.044 0.020 0.119 0.132 0.496 0.189 39 H 0.054 0.016 0.322 0.162 0.313 0.132 40 A 0.088 0.014 0.431 0.152 0.217 0.098 41 A 0.125 0.022 0.246 0.203 0.230 0.173 42 L 0.131 0.036 0.102 0.170 0.265 0.295 43 G 0.080 0.020 0.027 0.063 0.361 0.448 44 Y 0.059 0.029 0.020 0.070 0.353 0.470 45 G 0.049 0.015 0.013 0.052 0.384 0.488 46 E 0.045 0.011 0.019 0.392 0.276 0.257 47 G 0.059 0.012 0.019 0.466 0.199 0.244 48 Q 0.049 0.012 0.011 0.821 0.050 0.057 49 F 0.067 0.005 0.014 0.854 0.025 0.035 50 A 0.060 0.003 0.026 0.863 0.029 0.019 51 A 0.064 0.003 0.033 0.857 0.027 0.016 52 L 0.045 0.004 0.034 0.861 0.032 0.025 53 L 0.039 0.006 0.037 0.834 0.053 0.031 54 S 0.034 0.006 0.043 0.695 0.111 0.111 55 G 0.029 0.011 0.045 0.242 0.232 0.441 56 L 0.025 0.022 0.018 0.023 0.392 0.520 57 P 0.036 0.019 0.067 0.030 0.446 0.403 58 D 0.039 0.019 0.096 0.038 0.547 0.260 59 W 0.041 0.030 0.110 0.040 0.563 0.217 60 G 0.043 0.023 0.081 0.023 0.599 0.231 61 E 0.084 0.023 0.091 0.046 0.600 0.156 62 E 0.120 0.014 0.048 0.033 0.616 0.169 63 G 0.228 0.011 0.017 0.017 0.512 0.215 64 T 0.470 0.016 0.010 0.015 0.195 0.294 65 L 0.799 0.017 0.009 0.019 0.054 0.102 66 F 0.907 0.007 0.007 0.017 0.023 0.039 67 L 0.909 0.005 0.008 0.018 0.022 0.038 68 L 0.827 0.008 0.008 0.025 0.064 0.069 69 E 0.543 0.009 0.014 0.038 0.230 0.167 70 G 0.184 0.006 0.021 0.063 0.481 0.245 71 G 0.167 0.014 0.036 0.084 0.393 0.306 72 Y 0.224 0.042 0.032 0.165 0.186 0.351 73 D 0.151 0.021 0.026 0.272 0.152 0.378 74 L 0.020 0.003 0.025 0.844 0.054 0.054 75 G 0.043 0.006 0.037 0.708 0.103 0.103 76 E 0.029 0.003 0.056 0.799 0.071 0.042 77 A 0.025 0.003 0.038 0.845 0.054 0.035 78 A 0.012 0.002 0.025 0.905 0.036 0.021 79 G 0.019 0.002 0.020 0.873 0.033 0.052 80 M 0.017 0.001 0.013 0.926 0.015 0.028 81 A 0.023 0.001 0.011 0.943 0.011 0.012 82 L 0.037 0.001 0.018 0.916 0.015 0.013 83 L 0.038 0.003 0.018 0.868 0.036 0.036 84 A 0.045 0.003 0.039 0.789 0.089 0.036 85 E 0.052 0.003 0.035 0.685 0.169 0.056 86 T 0.048 0.004 0.036 0.451 0.284 0.177 87 G 0.063 0.007 0.021 0.034 0.343 0.531 88 R 0.239 0.013 0.030 0.035 0.229 0.454 89 A 0.576 0.005 0.028 0.036 0.144 0.210 90 R 0.828 0.002 0.009 0.023 0.056 0.083 91 V 0.949 0.001 0.002 0.012 0.010 0.027 92 V 0.969 0.002 0.001 0.012 0.004 0.014 93 R 0.954 0.002 0.001 0.012 0.013 0.019 94 V 0.860 0.004 0.001 0.010 0.048 0.077 95 G 0.562 0.004 0.004 0.005 0.192 0.234 96 F 0.555 0.040 0.003 0.003 0.167 0.232 97 R 0.288 0.018 0.006 0.005 0.569 0.114 98 P 0.143 0.007 0.005 0.007 0.738 0.100 99 G 0.095 0.003 0.006 0.007 0.722 0.167 100 V 0.795 0.019 0.002 0.005 0.131 0.048 101 E 0.910 0.006 0.001 0.005 0.018 0.059 102 V 0.934 0.007 0.001 0.005 0.015 0.037 103 H 0.857 0.006 0.002 0.004 0.034 0.097 104 I 0.547 0.019 0.003 0.003 0.085 0.343 105 P 0.163 0.012 0.005 0.003 0.279 0.538 106 P 0.035 0.013 0.061 0.013 0.408 0.470 107 S 0.018 0.009 0.068 0.009 0.563 0.333 108 P 0.009 0.007 0.251 0.032 0.545 0.156 109 L 0.009 0.015 0.153 0.075 0.409 0.339 110 A 0.018 0.024 0.070 0.072 0.367 0.449 111 P 0.025 0.009 0.100 0.189 0.244 0.433 112 Y 0.069 0.015 0.118 0.285 0.205 0.307 113 R 0.170 0.017 0.121 0.317 0.188 0.187 114 Y 0.365 0.013 0.058 0.359 0.101 0.105 115 L 0.515 0.005 0.032 0.266 0.093 0.089 116 R 0.580 0.004 0.024 0.265 0.068 0.059 117 F 0.571 0.003 0.016 0.347 0.032 0.030 118 L 0.434 0.003 0.022 0.473 0.032 0.036 119 L 0.430 0.004 0.022 0.444 0.038 0.062 120 L 0.332 0.008 0.016 0.381 0.060 0.202 121 A 0.171 0.014 0.006 0.155 0.076 0.578 122 T 0.036 0.005 0.001 0.013 0.053 0.893