# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22.9186 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.090 0.097 0.045 0.101 0.090 0.094 0.130 0.106 0.109 0.081 0.057 2 G 0.057 0.031 0.016 0.039 0.039 0.050 0.106 0.122 0.170 0.185 0.185 3 I 0.083 0.100 0.055 0.148 0.160 0.128 0.128 0.082 0.060 0.037 0.020 4 T 0.087 0.177 0.062 0.135 0.116 0.097 0.108 0.081 0.067 0.046 0.024 5 K 0.062 0.072 0.041 0.140 0.174 0.170 0.145 0.081 0.059 0.035 0.020 6 P 0.361 0.180 0.098 0.147 0.086 0.054 0.039 0.016 0.011 0.006 0.003 7 V 0.040 0.061 0.051 0.171 0.160 0.160 0.167 0.081 0.058 0.032 0.020 8 S 0.016 0.008 0.009 0.014 0.015 0.023 0.083 0.132 0.222 0.231 0.247 9 E 0.020 0.018 0.060 0.125 0.134 0.177 0.219 0.113 0.075 0.040 0.020 10 K 0.012 0.051 0.385 0.217 0.137 0.086 0.061 0.025 0.014 0.008 0.004 11 L 0.004 0.008 0.024 0.033 0.050 0.097 0.203 0.170 0.168 0.143 0.100 12 L 0.022 0.029 0.031 0.066 0.077 0.097 0.177 0.152 0.156 0.123 0.071 13 G 0.085 0.103 0.115 0.119 0.115 0.111 0.133 0.080 0.071 0.042 0.027 14 S 0.343 0.208 0.127 0.160 0.079 0.041 0.024 0.009 0.005 0.003 0.001 15 S 0.222 0.163 0.052 0.112 0.118 0.088 0.109 0.056 0.042 0.025 0.014 16 Y 0.125 0.093 0.047 0.115 0.101 0.111 0.133 0.090 0.084 0.058 0.043 17 K 0.171 0.116 0.090 0.146 0.130 0.105 0.114 0.050 0.041 0.024 0.012 18 T 0.240 0.185 0.121 0.168 0.103 0.068 0.059 0.028 0.017 0.009 0.004 19 T 0.073 0.074 0.037 0.064 0.068 0.096 0.160 0.130 0.121 0.105 0.071 20 T 0.110 0.164 0.103 0.185 0.151 0.109 0.092 0.039 0.027 0.013 0.006 21 A 0.580 0.144 0.121 0.090 0.036 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 22 I 0.105 0.148 0.113 0.175 0.131 0.114 0.110 0.047 0.031 0.017 0.011 23 E 0.018 0.017 0.019 0.037 0.056 0.109 0.222 0.183 0.170 0.110 0.060 24 G 0.262 0.137 0.186 0.172 0.105 0.066 0.045 0.014 0.007 0.003 0.002 25 E 0.107 0.115 0.364 0.222 0.101 0.049 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 26 I 0.017 0.021 0.044 0.049 0.048 0.073 0.170 0.148 0.178 0.148 0.103 27 R 0.021 0.020 0.052 0.095 0.113 0.177 0.222 0.121 0.093 0.055 0.032 28 N 0.055 0.077 0.369 0.196 0.123 0.087 0.058 0.018 0.010 0.004 0.002 29 F 0.011 0.024 0.090 0.090 0.106 0.154 0.244 0.119 0.087 0.051 0.024 30 A 0.019 0.011 0.024 0.028 0.028 0.039 0.129 0.148 0.217 0.205 0.152 31 Y 0.014 0.021 0.077 0.119 0.142 0.185 0.187 0.103 0.077 0.049 0.025 32 R 0.004 0.016 0.092 0.078 0.087 0.115 0.207 0.156 0.133 0.079 0.032 33 G 0.009 0.015 0.054 0.041 0.037 0.054 0.124 0.143 0.185 0.186 0.152 34 I 0.006 0.007 0.021 0.021 0.020 0.028 0.108 0.157 0.231 0.243 0.157 35 F 0.003 0.013 0.048 0.079 0.107 0.124 0.176 0.154 0.145 0.096 0.055 36 T 0.003 0.007 0.026 0.023 0.021 0.029 0.086 0.119 0.211 0.233 0.243 37 T 0.031 0.031 0.049 0.152 0.197 0.159 0.190 0.098 0.061 0.022 0.010 38 A 0.127 0.128 0.097 0.170 0.131 0.133 0.129 0.046 0.025 0.010 0.004 39 P 0.190 0.198 0.118 0.198 0.133 0.075 0.052 0.018 0.011 0.005 0.002 40 I 0.004 0.003 0.002 0.006 0.009 0.015 0.056 0.101 0.196 0.236 0.372 41 Q 0.205 0.322 0.148 0.172 0.088 0.037 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 42 K 0.189 0.190 0.072 0.195 0.134 0.097 0.075 0.027 0.013 0.006 0.002 43 G 0.363 0.103 0.038 0.108 0.094 0.079 0.077 0.051 0.039 0.029 0.021 44 E 0.094 0.197 0.078 0.198 0.151 0.106 0.091 0.037 0.026 0.014 0.008 45 A 0.196 0.133 0.094 0.175 0.132 0.101 0.092 0.036 0.022 0.011 0.006 46 F 0.008 0.007 0.006 0.013 0.026 0.052 0.127 0.137 0.177 0.204 0.243 47 S 0.027 0.250 0.159 0.228 0.130 0.067 0.068 0.031 0.021 0.011 0.008 48 E 0.458 0.142 0.069 0.151 0.096 0.047 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 49 D 0.663 0.135 0.067 0.076 0.030 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 50 N 0.014 0.047 0.059 0.167 0.160 0.184 0.197 0.083 0.053 0.026 0.012 51 I 0.004 0.004 0.006 0.009 0.012 0.023 0.090 0.139 0.228 0.258 0.228 52 A 0.019 0.078 0.171 0.230 0.189 0.142 0.101 0.038 0.019 0.009 0.004 53 V 0.013 0.042 0.087 0.112 0.107 0.117 0.156 0.124 0.111 0.089 0.042 54 L 0.013 0.019 0.014 0.068 0.106 0.120 0.197 0.169 0.147 0.092 0.054 55 R 0.024 0.038 0.028 0.081 0.102 0.134 0.219 0.147 0.119 0.073 0.035 56 P 0.153 0.158 0.075 0.163 0.123 0.080 0.094 0.061 0.048 0.030 0.012 57 G 0.394 0.135 0.034 0.107 0.085 0.071 0.075 0.044 0.030 0.016 0.008 58 Q 0.408 0.170 0.042 0.089 0.064 0.044 0.053 0.044 0.034 0.031 0.022 59 K 0.257 0.262 0.059 0.152 0.096 0.059 0.050 0.027 0.019 0.012 0.007 60 P 0.394 0.125 0.043 0.111 0.092 0.076 0.068 0.041 0.028 0.015 0.007 61 Q 0.370 0.147 0.050 0.121 0.085 0.060 0.068 0.043 0.031 0.018 0.008 62 G 0.291 0.137 0.067 0.134 0.090 0.068 0.075 0.050 0.044 0.028 0.017 63 L 0.057 0.073 0.024 0.092 0.100 0.113 0.141 0.131 0.116 0.094 0.058 64 H 0.085 0.179 0.042 0.121 0.120 0.110 0.119 0.087 0.070 0.043 0.023 65 P 0.272 0.077 0.040 0.099 0.088 0.085 0.100 0.077 0.075 0.051 0.034 66 R 0.211 0.162 0.067 0.176 0.144 0.090 0.076 0.032 0.023 0.012 0.008 67 F 0.051 0.094 0.075 0.161 0.114 0.105 0.117 0.095 0.088 0.060 0.040 68 F 0.058 0.033 0.056 0.089 0.107 0.129 0.176 0.123 0.113 0.073 0.043 69 E 0.155 0.110 0.298 0.199 0.097 0.059 0.050 0.017 0.009 0.004 0.002 70 L 0.037 0.070 0.131 0.176 0.143 0.147 0.146 0.073 0.044 0.024 0.009 71 L 0.028 0.031 0.040 0.061 0.066 0.082 0.143 0.138 0.160 0.139 0.112 72 T 0.091 0.098 0.136 0.106 0.102 0.101 0.128 0.079 0.073 0.051 0.034 73 S 0.122 0.164 0.119 0.175 0.136 0.095 0.090 0.044 0.029 0.018 0.007 74 G 0.378 0.157 0.075 0.129 0.091 0.063 0.050 0.024 0.017 0.010 0.006 75 V 0.132 0.099 0.083 0.132 0.118 0.119 0.137 0.073 0.053 0.033 0.022 76 R 0.185 0.272 0.142 0.192 0.109 0.051 0.029 0.010 0.005 0.003 0.001 77 A 0.022 0.012 0.012 0.021 0.028 0.044 0.116 0.149 0.200 0.204 0.191 78 V 0.071 0.104 0.107 0.231 0.214 0.123 0.096 0.030 0.015 0.006 0.003 79 R 0.081 0.108 0.184 0.224 0.143 0.097 0.079 0.037 0.024 0.014 0.009 80 D 0.170 0.185 0.133 0.197 0.128 0.084 0.059 0.020 0.012 0.007 0.004 81 I 0.013 0.013 0.012 0.022 0.036 0.061 0.160 0.160 0.185 0.179 0.159 82 P 0.369 0.362 0.114 0.095 0.036 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 83 A 0.269 0.118 0.089 0.183 0.123 0.090 0.071 0.027 0.016 0.009 0.006 84 D 0.360 0.151 0.060 0.120 0.091 0.071 0.062 0.032 0.024 0.016 0.014 85 T 0.079 0.133 0.067 0.194 0.151 0.133 0.114 0.056 0.039 0.022 0.012 86 G 0.240 0.142 0.070 0.150 0.116 0.103 0.085 0.040 0.028 0.017 0.009 87 I 0.017 0.013 0.011 0.022 0.027 0.042 0.115 0.134 0.202 0.204 0.213 88 V 0.028 0.134 0.104 0.273 0.175 0.105 0.096 0.038 0.024 0.013 0.009 89 W 0.018 0.021 0.020 0.067 0.089 0.102 0.165 0.147 0.160 0.118 0.093 90 D 0.156 0.115 0.109 0.204 0.151 0.114 0.085 0.034 0.019 0.008 0.005 91 D 0.010 0.031 0.034 0.136 0.148 0.179 0.215 0.121 0.074 0.037 0.015 92 I 0.006 0.005 0.009 0.014 0.015 0.023 0.078 0.139 0.229 0.259 0.224 93 L 0.004 0.007 0.016 0.033 0.044 0.066 0.172 0.174 0.196 0.161 0.128 94 L 0.004 0.012 0.040 0.048 0.050 0.058 0.137 0.159 0.210 0.172 0.110 95 K 0.021 0.032 0.030 0.092 0.115 0.142 0.210 0.150 0.112 0.062 0.033 96 D 0.064 0.071 0.038 0.113 0.115 0.111 0.167 0.137 0.103 0.059 0.023 97 S 0.100 0.132 0.049 0.125 0.115 0.098 0.128 0.098 0.078 0.053 0.025 98 P 0.244 0.148 0.061 0.155 0.114 0.084 0.084 0.047 0.034 0.020 0.010 99 F 0.160 0.069 0.026 0.072 0.073 0.082 0.135 0.120 0.117 0.092 0.056 100 H 0.123 0.130 0.052 0.139 0.116 0.103 0.114 0.083 0.072 0.044 0.023 101 E 0.257 0.125 0.045 0.104 0.091 0.082 0.094 0.075 0.062 0.042 0.023