# TARGET T0222 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 58 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.043 0.054 0.032 0.017 0.056 0.018 0.042 0.461 0.144 0.108 0.025 2 G 0.069 0.086 0.032 0.014 0.095 0.019 0.017 0.413 0.132 0.080 0.043 3 I 0.010 0.019 0.010 0.010 0.017 0.021 0.048 0.733 0.106 0.017 0.008 4 T 0.020 0.022 0.014 0.005 0.019 0.001 0.002 0.621 0.141 0.139 0.016 5 K 0.005 0.016 0.003 0.001 0.011 0.001 0.004 0.850 0.101 0.007 0.001 6 P 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.008 0.914 0.054 0.004 0.001 7 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.921 0.053 0.007 0.001 8 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.902 0.086 0.005 0.001 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.842 0.138 0.005 0.001 10 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.072 0.788 0.118 0.007 0.001 11 L 0.005 0.005 0.002 0.006 0.007 0.020 0.226 0.563 0.096 0.067 0.003 12 L 0.021 0.292 0.207 0.061 0.097 0.023 0.060 0.122 0.042 0.064 0.012 13 G 0.049 0.081 0.106 0.158 0.045 0.052 0.017 0.070 0.056 0.298 0.068 14 S 0.027 0.177 0.166 0.065 0.107 0.037 0.066 0.185 0.094 0.059 0.017 15 S 0.033 0.070 0.031 0.018 0.048 0.025 0.048 0.155 0.215 0.293 0.065 16 Y 0.117 0.227 0.036 0.003 0.360 0.003 0.012 0.060 0.083 0.065 0.034 17 K 0.111 0.119 0.068 0.014 0.211 0.051 0.074 0.107 0.122 0.088 0.036 18 T 0.096 0.369 0.188 0.005 0.267 0.002 0.004 0.010 0.008 0.026 0.027 19 T 0.150 0.372 0.090 0.007 0.265 0.007 0.012 0.015 0.009 0.039 0.033 20 T 0.002 0.598 0.365 0.006 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 21 A 0.006 0.003 0.003 0.003 0.007 0.005 0.009 0.696 0.259 0.007 0.003 22 I 0.002 0.005 0.004 0.001 0.003 0.002 0.011 0.809 0.141 0.020 0.003 23 E 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.009 0.765 0.130 0.074 0.004 24 G 0.006 0.012 0.008 0.004 0.012 0.004 0.009 0.776 0.143 0.024 0.002 25 E 0.004 0.015 0.004 0.003 0.009 0.003 0.030 0.803 0.111 0.015 0.004 26 I 0.016 0.024 0.010 0.003 0.024 0.005 0.027 0.698 0.092 0.092 0.008 27 R 0.014 0.016 0.006 0.002 0.020 0.002 0.012 0.768 0.138 0.018 0.005 28 N 0.011 0.007 0.003 0.002 0.011 0.005 0.022 0.816 0.107 0.010 0.007 29 F 0.008 0.013 0.005 0.004 0.016 0.007 0.029 0.813 0.079 0.025 0.003 30 A 0.010 0.010 0.005 0.002 0.019 0.004 0.019 0.798 0.109 0.021 0.002 31 Y 0.012 0.012 0.006 0.005 0.019 0.007 0.031 0.750 0.120 0.032 0.006 32 R 0.025 0.048 0.015 0.012 0.055 0.015 0.034 0.642 0.096 0.046 0.011 33 G 0.044 0.104 0.022 0.009 0.197 0.013 0.050 0.465 0.063 0.026 0.007 34 I 0.244 0.029 0.005 0.002 0.330 0.004 0.022 0.269 0.040 0.019 0.035 35 F 0.105 0.154 0.022 0.017 0.263 0.064 0.067 0.234 0.032 0.024 0.018 36 T 0.188 0.120 0.022 0.007 0.393 0.006 0.014 0.153 0.024 0.026 0.048 37 T 0.109 0.066 0.025 0.027 0.150 0.042 0.065 0.284 0.129 0.068 0.035 38 A 0.032 0.253 0.219 0.039 0.140 0.025 0.040 0.176 0.050 0.014 0.012 39 P 0.180 0.133 0.031 0.007 0.225 0.009 0.022 0.111 0.058 0.144 0.078 40 I 0.081 0.306 0.169 0.025 0.126 0.011 0.021 0.125 0.065 0.046 0.026 41 Q 0.022 0.186 0.327 0.059 0.067 0.039 0.022 0.195 0.043 0.035 0.006 42 K 0.019 0.089 0.057 0.083 0.045 0.078 0.183 0.327 0.078 0.031 0.010 43 G 0.018 0.018 0.021 0.034 0.016 0.007 0.004 0.046 0.034 0.621 0.182 44 E 0.040 0.466 0.096 0.003 0.276 0.005 0.017 0.061 0.019 0.012 0.004 45 A 0.395 0.094 0.010 0.001 0.443 0.001 0.002 0.022 0.003 0.004 0.026 46 F 0.154 0.213 0.061 0.077 0.220 0.089 0.064 0.042 0.009 0.020 0.052 47 S 0.005 0.400 0.505 0.040 0.031 0.004 0.002 0.007 0.002 0.003 0.001 48 E 0.005 0.007 0.006 0.008 0.007 0.007 0.024 0.530 0.383 0.019 0.004 49 D 0.010 0.049 0.023 0.012 0.020 0.028 0.071 0.430 0.265 0.082 0.011 50 N 0.108 0.042 0.008 0.005 0.159 0.007 0.030 0.180 0.141 0.252 0.069 51 I 0.304 0.053 0.008 0.004 0.261 0.003 0.004 0.123 0.117 0.057 0.067 52 A 0.036 0.063 0.030 0.035 0.089 0.034 0.097 0.319 0.235 0.045 0.018 53 V 0.138 0.125 0.042 0.006 0.198 0.003 0.018 0.157 0.078 0.202 0.035 54 L 0.087 0.272 0.101 0.032 0.203 0.021 0.079 0.110 0.033 0.038 0.024 55 R 0.029 0.173 0.500 0.165 0.079 0.011 0.004 0.013 0.004 0.008 0.015 56 P 0.014 0.089 0.034 0.033 0.042 0.100 0.325 0.247 0.084 0.025 0.007 57 G 0.041 0.016 0.013 0.010 0.031 0.006 0.011 0.041 0.062 0.654 0.116 58 Q 0.061 0.392 0.211 0.029 0.188 0.007 0.012 0.023 0.017 0.035 0.024 59 K 0.053 0.296 0.265 0.037 0.210 0.017 0.024 0.034 0.019 0.021 0.025 60 P 0.119 0.213 0.113 0.020 0.230 0.028 0.075 0.099 0.049 0.027 0.028 61 Q 0.025 0.155 0.076 0.052 0.068 0.072 0.095 0.119 0.105 0.199 0.034 62 G 0.036 0.068 0.174 0.210 0.045 0.051 0.023 0.038 0.053 0.209 0.094 63 L 0.056 0.333 0.232 0.024 0.144 0.013 0.015 0.043 0.047 0.061 0.034 64 H 0.042 0.495 0.226 0.006 0.167 0.002 0.003 0.016 0.011 0.013 0.018 65 P 0.039 0.067 0.016 0.005 0.112 0.005 0.007 0.290 0.389 0.058 0.014 66 R 0.011 0.024 0.011 0.004 0.023 0.013 0.053 0.585 0.229 0.039 0.008 67 F 0.042 0.068 0.016 0.003 0.055 0.003 0.023 0.363 0.136 0.263 0.029 68 F 0.031 0.019 0.004 0.001 0.044 0.003 0.009 0.573 0.246 0.054 0.016 69 E 0.005 0.016 0.007 0.005 0.012 0.007 0.027 0.714 0.184 0.019 0.004 70 L 0.008 0.009 0.003 0.003 0.023 0.006 0.051 0.690 0.136 0.068 0.005 71 L 0.027 0.015 0.004 0.003 0.027 0.008 0.071 0.703 0.103 0.029 0.009 72 T 0.038 0.012 0.007 0.020 0.036 0.044 0.123 0.435 0.092 0.162 0.032 73 S 0.008 0.356 0.209 0.135 0.049 0.042 0.051 0.094 0.021 0.031 0.004 74 G 0.024 0.027 0.057 0.097 0.015 0.012 0.008 0.067 0.043 0.513 0.136 75 V 0.057 0.238 0.098 0.016 0.135 0.013 0.040 0.268 0.071 0.039 0.024 76 R 0.094 0.226 0.063 0.010 0.206 0.010 0.023 0.239 0.063 0.034 0.031 77 A 0.108 0.144 0.035 0.010 0.211 0.009 0.023 0.335 0.083 0.022 0.020 78 V 0.087 0.045 0.016 0.017 0.102 0.036 0.062 0.400 0.158 0.055 0.023 79 R 0.041 0.141 0.087 0.022 0.131 0.013 0.028 0.338 0.145 0.032 0.022 80 D 0.106 0.098 0.028 0.008 0.173 0.007 0.029 0.185 0.103 0.212 0.052 81 I 0.063 0.321 0.173 0.016 0.144 0.005 0.020 0.124 0.066 0.043 0.025 82 P 0.024 0.204 0.359 0.084 0.048 0.036 0.030 0.151 0.035 0.020 0.008 83 A 0.003 0.099 0.045 0.036 0.017 0.104 0.457 0.192 0.041 0.005 0.001 84 D 0.009 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 0.815 0.146 85 T 0.017 0.541 0.235 0.017 0.138 0.008 0.010 0.011 0.010 0.010 0.004 86 G 0.268 0.185 0.040 0.003 0.382 0.003 0.004 0.009 0.010 0.029 0.067 87 I 0.199 0.309 0.060 0.012 0.303 0.012 0.020 0.006 0.006 0.016 0.056 88 V 0.016 0.642 0.225 0.012 0.079 0.004 0.003 0.002 0.002 0.008 0.006 89 W 0.089 0.021 0.009 0.018 0.087 0.007 0.011 0.150 0.498 0.050 0.059 90 D 0.002 0.005 0.009 0.045 0.004 0.106 0.200 0.331 0.281 0.016 0.001 91 D 0.032 0.033 0.008 0.007 0.070 0.008 0.059 0.181 0.199 0.369 0.034 92 I 0.287 0.114 0.010 0.003 0.364 0.004 0.007 0.033 0.055 0.064 0.060 93 L 0.130 0.142 0.042 0.019 0.386 0.006 0.011 0.019 0.042 0.091 0.111 94 L 0.165 0.214 0.082 0.017 0.274 0.007 0.008 0.028 0.036 0.078 0.091 95 K 0.032 0.157 0.093 0.052 0.081 0.026 0.127 0.185 0.148 0.082 0.018 96 D 0.057 0.151 0.087 0.034 0.097 0.012 0.018 0.045 0.090 0.322 0.086 97 S 0.060 0.307 0.146 0.014 0.294 0.004 0.007 0.050 0.069 0.028 0.020 98 P 0.010 0.026 0.016 0.011 0.022 0.028 0.126 0.438 0.267 0.048 0.009 99 F 0.030 0.036 0.022 0.008 0.060 0.012 0.054 0.321 0.191 0.237 0.027 100 H 0.055 0.092 0.054 0.028 0.085 0.031 0.055 0.275 0.126 0.143 0.056 101 E 0.033 0.063 0.042 0.024 0.072 0.035 0.080 0.330 0.176 0.116 0.029