# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 Q 0.067 0.010 0.102 0.111 0.414 0.297 2 G 0.058 0.011 0.036 0.036 0.402 0.456 3 I 0.091 0.038 0.013 0.024 0.277 0.557 4 T 0.132 0.046 0.009 0.030 0.197 0.587 5 K 0.085 0.020 0.007 0.039 0.179 0.670 6 P 0.069 0.015 0.014 0.082 0.186 0.635 7 V 0.071 0.026 0.049 0.341 0.168 0.346 8 S 0.075 0.019 0.067 0.454 0.178 0.206 9 E 0.036 0.005 0.188 0.542 0.151 0.078 10 K 0.044 0.004 0.200 0.540 0.144 0.068 11 L 0.042 0.010 0.138 0.564 0.179 0.066 12 L 0.034 0.012 0.056 0.510 0.223 0.164 13 G 0.029 0.009 0.036 0.170 0.368 0.388 14 S 0.040 0.007 0.055 0.091 0.443 0.363 15 S 0.093 0.013 0.054 0.069 0.377 0.393 16 Y 0.185 0.023 0.062 0.092 0.346 0.293 17 K 0.216 0.015 0.028 0.082 0.287 0.371 18 T 0.306 0.018 0.025 0.093 0.215 0.343 19 T 0.429 0.016 0.030 0.136 0.150 0.239 20 T 0.483 0.012 0.043 0.177 0.109 0.176 21 A 0.478 0.017 0.043 0.196 0.098 0.168 22 I 0.450 0.014 0.031 0.246 0.118 0.142 23 E 0.332 0.007 0.018 0.329 0.165 0.149 24 G 0.221 0.006 0.028 0.375 0.217 0.153 25 E 0.297 0.014 0.038 0.390 0.146 0.114 26 I 0.283 0.011 0.062 0.465 0.102 0.077 27 R 0.252 0.008 0.081 0.435 0.128 0.096 28 N 0.212 0.007 0.095 0.442 0.138 0.106 29 F 0.248 0.012 0.094 0.311 0.188 0.147 30 A 0.265 0.011 0.096 0.277 0.194 0.157 31 Y 0.301 0.017 0.088 0.259 0.207 0.128 32 R 0.258 0.010 0.059 0.177 0.289 0.207 33 G 0.333 0.008 0.047 0.060 0.267 0.285 34 I 0.608 0.018 0.031 0.054 0.144 0.144 35 F 0.715 0.019 0.017 0.030 0.100 0.118 36 T 0.645 0.015 0.011 0.026 0.139 0.165 37 T 0.435 0.012 0.013 0.025 0.209 0.306 38 A 0.349 0.014 0.023 0.026 0.236 0.352 39 P 0.476 0.021 0.033 0.030 0.179 0.260 40 I 0.540 0.043 0.042 0.035 0.153 0.187 41 Q 0.456 0.022 0.024 0.034 0.260 0.205 42 K 0.324 0.011 0.028 0.062 0.337 0.238 43 G 0.241 0.010 0.038 0.037 0.389 0.285 44 E 0.410 0.016 0.051 0.054 0.244 0.225 45 A 0.411 0.030 0.065 0.071 0.177 0.247 46 F 0.335 0.052 0.040 0.060 0.197 0.316 47 S 0.227 0.023 0.038 0.039 0.335 0.337 48 E 0.115 0.008 0.185 0.093 0.474 0.124 49 D 0.098 0.006 0.159 0.058 0.568 0.111 50 N 0.175 0.011 0.147 0.036 0.486 0.146 51 I 0.437 0.025 0.049 0.020 0.202 0.267 52 A 0.695 0.025 0.029 0.020 0.080 0.150 53 V 0.806 0.017 0.018 0.011 0.051 0.096 54 L 0.682 0.066 0.007 0.008 0.049 0.189 55 R 0.326 0.020 0.010 0.009 0.590 0.044 56 P 0.054 0.003 0.024 0.017 0.865 0.038 57 G 0.012 0.003 0.029 0.018 0.892 0.046 58 Q 0.096 0.187 0.016 0.014 0.630 0.057 59 K 0.072 0.088 0.014 0.026 0.214 0.586 60 P 0.039 0.060 0.099 0.062 0.508 0.232 61 Q 0.022 0.008 0.133 0.073 0.573 0.191 62 G 0.018 0.010 0.072 0.038 0.562 0.300 63 L 0.024 0.037 0.020 0.041 0.437 0.440 64 H 0.024 0.021 0.007 0.066 0.208 0.673 65 P 0.013 0.003 0.028 0.716 0.113 0.126 66 R 0.016 0.003 0.022 0.885 0.042 0.032 67 F 0.021 0.002 0.017 0.933 0.017 0.009 68 F 0.037 0.001 0.013 0.924 0.014 0.011 69 E 0.042 0.001 0.022 0.904 0.021 0.010 70 L 0.084 0.003 0.029 0.821 0.035 0.027 71 L 0.071 0.004 0.020 0.792 0.047 0.066 72 T 0.049 0.007 0.026 0.674 0.138 0.105 73 S 0.037 0.003 0.029 0.531 0.237 0.164 74 G 0.085 0.005 0.037 0.186 0.362 0.326 75 V 0.321 0.021 0.039 0.130 0.257 0.234 76 R 0.535 0.012 0.039 0.124 0.097 0.192 77 A 0.653 0.011 0.042 0.121 0.064 0.109 78 V 0.672 0.012 0.047 0.095 0.091 0.082 79 R 0.658 0.012 0.037 0.057 0.118 0.117 80 D 0.490 0.013 0.033 0.044 0.211 0.210 81 I 0.322 0.048 0.013 0.022 0.231 0.364 82 P 0.160 0.032 0.014 0.009 0.376 0.410 83 A 0.046 0.020 0.150 0.025 0.603 0.157 84 D 0.029 0.008 0.120 0.022 0.678 0.143 85 T 0.036 0.006 0.116 0.034 0.672 0.137 86 G 0.098 0.008 0.021 0.019 0.349 0.505 87 I 0.400 0.085 0.015 0.046 0.120 0.333 88 V 0.520 0.100 0.011 0.038 0.134 0.197 89 W 0.459 0.025 0.051 0.094 0.233 0.138 90 D 0.263 0.005 0.127 0.108 0.357 0.139 91 D 0.189 0.006 0.240 0.158 0.323 0.085 92 I 0.386 0.026 0.115 0.193 0.180 0.101 93 L 0.486 0.034 0.069 0.191 0.114 0.107 94 L 0.428 0.029 0.057 0.147 0.233 0.106 95 K 0.298 0.019 0.039 0.131 0.327 0.185 96 D 0.109 0.015 0.026 0.079 0.428 0.342 97 S 0.057 0.011 0.020 0.023 0.499 0.390 98 P 0.081 0.014 0.046 0.045 0.386 0.428 99 F 0.101 0.041 0.058 0.063 0.346 0.393 100 H 0.098 0.036 0.028 0.062 0.280 0.495 101 E 0.087 0.013 0.021 0.081 0.190 0.609