# TARGET T0222 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0222.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 27.9382 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.167 0.192 0.082 0.020 0.329 0.014 0.022 0.032 0.027 0.055 0.060 2 F 0.168 0.210 0.034 0.005 0.478 0.004 0.007 0.018 0.016 0.020 0.041 3 T 0.267 0.132 0.035 0.002 0.469 0.002 0.007 0.016 0.011 0.017 0.042 4 I 0.096 0.220 0.102 0.024 0.189 0.015 0.024 0.094 0.087 0.096 0.054 5 D 0.201 0.169 0.063 0.008 0.412 0.004 0.013 0.044 0.026 0.016 0.044 6 K 0.031 0.054 0.009 0.003 0.054 0.011 0.030 0.294 0.416 0.080 0.018 7 N 0.133 0.065 0.039 0.008 0.140 0.010 0.045 0.081 0.092 0.305 0.081 8 L 0.120 0.284 0.174 0.021 0.223 0.011 0.020 0.068 0.029 0.031 0.019 9 P 0.043 0.172 0.130 0.093 0.068 0.085 0.149 0.097 0.058 0.071 0.033 10 G 0.037 0.114 0.200 0.237 0.073 0.062 0.026 0.060 0.056 0.082 0.051 11 A 0.072 0.159 0.087 0.022 0.161 0.031 0.050 0.159 0.144 0.078 0.037 12 D 0.116 0.134 0.047 0.015 0.178 0.015 0.033 0.109 0.103 0.183 0.067 13 H 0.149 0.092 0.030 0.011 0.173 0.007 0.016 0.168 0.165 0.121 0.067 14 S 0.066 0.060 0.015 0.008 0.126 0.022 0.084 0.246 0.261 0.089 0.022 15 F 0.126 0.156 0.039 0.012 0.305 0.011 0.026 0.079 0.067 0.124 0.055 16 A 0.168 0.160 0.029 0.003 0.374 0.004 0.011 0.045 0.025 0.111 0.071 17 L 0.057 0.332 0.236 0.017 0.205 0.020 0.031 0.014 0.012 0.047 0.028 18 N 0.210 0.210 0.062 0.001 0.496 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 19 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.515 0.476 0.004 0.001 20 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.857 0.137 0.003 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.057 0.026 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.048 0.004 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.043 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.001 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.058 0.006 0.001 26 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.049 0.001 0.001 27 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.015 0.001 0.001 28 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.020 0.004 0.001 29 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.049 0.004 0.001 30 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.006 0.001 0.001 32 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.016 0.001 0.001 33 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.055 0.002 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.931 0.056 0.001 0.001 35 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.072 0.850 0.048 0.022 0.001 36 L 0.029 0.406 0.133 0.006 0.093 0.005 0.024 0.200 0.049 0.040 0.016 37 K 0.036 0.030 0.029 0.035 0.023 0.045 0.050 0.352 0.136 0.203 0.061 38 Q 0.016 0.375 0.190 0.051 0.105 0.029 0.072 0.081 0.034 0.036 0.011 39 G 0.033 0.035 0.040 0.041 0.031 0.024 0.019 0.098 0.093 0.442 0.145 40 I 0.080 0.160 0.035 0.013 0.171 0.020 0.065 0.214 0.104 0.099 0.038 41 T 0.061 0.135 0.098 0.031 0.105 0.017 0.023 0.123 0.107 0.247 0.050 42 K 0.024 0.272 0.226 0.027 0.105 0.012 0.024 0.252 0.042 0.010 0.006 43 P 0.058 0.145 0.052 0.006 0.139 0.008 0.026 0.430 0.071 0.036 0.028 44 V 0.042 0.053 0.018 0.010 0.054 0.018 0.042 0.521 0.128 0.094 0.021 45 S 0.037 0.051 0.028 0.022 0.061 0.019 0.025 0.522 0.133 0.085 0.016 46 E 0.028 0.085 0.019 0.013 0.084 0.019 0.031 0.441 0.186 0.079 0.014 47 K 0.076 0.085 0.033 0.007 0.129 0.012 0.078 0.416 0.084 0.057 0.023 48 L 0.075 0.035 0.025 0.029 0.070 0.066 0.130 0.369 0.079 0.080 0.041 49 L 0.051 0.099 0.043 0.130 0.073 0.097 0.151 0.193 0.056 0.075 0.032 50 G 0.023 0.059 0.079 0.146 0.032 0.061 0.020 0.061 0.075 0.397 0.045 51 S 0.043 0.221 0.158 0.041 0.147 0.020 0.031 0.122 0.107 0.091 0.020 52 S 0.078 0.122 0.046 0.014 0.138 0.017 0.037 0.181 0.149 0.162 0.057 53 Y 0.140 0.147 0.049 0.013 0.250 0.012 0.048 0.092 0.084 0.106 0.059 54 K 0.097 0.248 0.106 0.011 0.247 0.015 0.043 0.091 0.047 0.047 0.048 55 T 0.060 0.473 0.206 0.003 0.195 0.001 0.004 0.021 0.009 0.012 0.015 56 T 0.180 0.255 0.050 0.005 0.275 0.005 0.013 0.063 0.051 0.042 0.060 57 T 0.009 0.518 0.301 0.013 0.071 0.004 0.005 0.046 0.023 0.008 0.002 58 A 0.060 0.042 0.016 0.004 0.063 0.010 0.041 0.537 0.167 0.033 0.029 59 I 0.030 0.082 0.039 0.018 0.052 0.016 0.038 0.531 0.098 0.077 0.017 60 E 0.049 0.086 0.024 0.016 0.055 0.017 0.044 0.459 0.095 0.130 0.024 61 G 0.011 0.055 0.047 0.049 0.033 0.033 0.015 0.614 0.093 0.041 0.011 62 E 0.025 0.056 0.017 0.005 0.056 0.009 0.029 0.704 0.066 0.024 0.009 63 I 0.025 0.032 0.014 0.007 0.031 0.008 0.021 0.675 0.084 0.090 0.012 64 R 0.020 0.027 0.008 0.009 0.035 0.011 0.019 0.688 0.141 0.032 0.008 65 N 0.025 0.025 0.009 0.011 0.039 0.024 0.089 0.661 0.085 0.024 0.009 66 F 0.032 0.032 0.015 0.014 0.051 0.018 0.072 0.495 0.125 0.130 0.017 67 A 0.096 0.059 0.016 0.014 0.139 0.023 0.062 0.391 0.106 0.067 0.026 68 Y 0.141 0.083 0.017 0.016 0.211 0.027 0.050 0.226 0.083 0.094 0.052 69 R 0.079 0.076 0.030 0.033 0.157 0.050 0.120 0.315 0.062 0.052 0.026 70 G 0.191 0.157 0.022 0.008 0.504 0.008 0.011 0.050 0.013 0.014 0.021 71 I 0.260 0.077 0.005 0.004 0.543 0.008 0.011 0.041 0.011 0.009 0.031 72 F 0.359 0.071 0.009 0.003 0.398 0.003 0.006 0.022 0.007 0.028 0.092 73 T 0.167 0.199 0.036 0.010 0.443 0.006 0.012 0.050 0.014 0.028 0.034 74 T 0.248 0.092 0.027 0.013 0.221 0.016 0.044 0.084 0.060 0.128 0.068 75 A 0.021 0.480 0.237 0.012 0.144 0.008 0.011 0.061 0.014 0.005 0.007 76 P 0.162 0.194 0.040 0.002 0.355 0.003 0.013 0.089 0.033 0.052 0.056 77 I 0.101 0.238 0.072 0.008 0.139 0.011 0.027 0.167 0.126 0.063 0.047 78 Q 0.017 0.197 0.334 0.044 0.064 0.023 0.026 0.176 0.087 0.025 0.006 79 K 0.005 0.160 0.119 0.065 0.028 0.077 0.328 0.156 0.046 0.012 0.004 80 G 0.018 0.017 0.018 0.030 0.012 0.008 0.007 0.016 0.045 0.630 0.201 81 E 0.090 0.377 0.062 0.002 0.370 0.003 0.011 0.020 0.020 0.020 0.026 82 A 0.139 0.345 0.068 0.001 0.334 0.002 0.005 0.010 0.012 0.039 0.044 83 F 0.183 0.305 0.087 0.014 0.322 0.005 0.012 0.008 0.007 0.019 0.039 84 S 0.011 0.485 0.425 0.010 0.048 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.004 85 E 0.002 0.004 0.003 0.003 0.003 0.003 0.006 0.425 0.543 0.009 0.001 86 D 0.001 0.006 0.004 0.003 0.003 0.006 0.024 0.789 0.147 0.015 0.002 87 N 0.006 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.157 0.194 0.612 0.006 88 I 0.282 0.049 0.007 0.001 0.269 0.001 0.001 0.156 0.105 0.069 0.060 89 A 0.033 0.305 0.078 0.004 0.260 0.007 0.035 0.118 0.086 0.063 0.011 90 V 0.242 0.163 0.037 0.001 0.436 0.001 0.014 0.026 0.011 0.032 0.035 91 L 0.106 0.343 0.115 0.013 0.312 0.009 0.021 0.026 0.012 0.017 0.027 92 R 0.050 0.392 0.265 0.012 0.241 0.003 0.004 0.012 0.005 0.004 0.012 93 P 0.029 0.133 0.077 0.033 0.073 0.054 0.087 0.272 0.185 0.042 0.016 94 G 0.017 0.141 0.102 0.064 0.060 0.032 0.037 0.145 0.129 0.245 0.029 95 Q 0.049 0.230 0.123 0.020 0.167 0.020 0.059 0.099 0.061 0.142 0.030 96 K 0.062 0.295 0.372 0.013 0.156 0.005 0.022 0.036 0.012 0.007 0.021 97 P 0.059 0.174 0.093 0.016 0.136 0.022 0.063 0.208 0.151 0.048 0.030 98 Q 0.007 0.320 0.176 0.066 0.056 0.057 0.134 0.062 0.056 0.058 0.009 99 G 0.019 0.021 0.034 0.033 0.015 0.015 0.011 0.024 0.042 0.633 0.154 100 L 0.063 0.389 0.158 0.010 0.244 0.006 0.029 0.027 0.021 0.026 0.027 101 H 0.059 0.472 0.150 0.002 0.291 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.015 102 P 0.026 0.042 0.006 0.001 0.043 0.002 0.005 0.357 0.474 0.025 0.019 103 R 0.005 0.016 0.009 0.003 0.009 0.015 0.047 0.630 0.204 0.056 0.006 104 F 0.007 0.027 0.006 0.001 0.009 0.001 0.003 0.573 0.131 0.239 0.004 105 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.755 0.207 0.023 0.003 106 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.885 0.094 0.002 0.001 107 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.012 0.895 0.066 0.014 0.001 108 L 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.019 0.873 0.083 0.012 0.001 109 T 0.003 0.009 0.007 0.004 0.004 0.015 0.069 0.764 0.073 0.047 0.005 110 S 0.001 0.695 0.210 0.025 0.020 0.005 0.012 0.015 0.003 0.012 0.001 111 G 0.041 0.010 0.013 0.015 0.014 0.005 0.002 0.011 0.016 0.517 0.355 112 V 0.043 0.448 0.078 0.005 0.279 0.003 0.011 0.089 0.025 0.009 0.009 113 R 0.228 0.161 0.026 0.003 0.434 0.004 0.019 0.055 0.020 0.016 0.035 114 A 0.130 0.194 0.050 0.022 0.326 0.019 0.034 0.108 0.065 0.026 0.026 115 V 0.164 0.124 0.032 0.011 0.298 0.019 0.038 0.146 0.081 0.033 0.055 116 R 0.054 0.286 0.070 0.016 0.196 0.022 0.076 0.155 0.055 0.040 0.030 117 D 0.222 0.082 0.020 0.002 0.218 0.003 0.020 0.045 0.040 0.229 0.119 118 I 0.065 0.503 0.148 0.006 0.186 0.002 0.006 0.030 0.020 0.012 0.022 119 P 0.020 0.342 0.403 0.043 0.078 0.012 0.006 0.040 0.035 0.012 0.008 120 A 0.006 0.034 0.019 0.013 0.013 0.058 0.405 0.335 0.108 0.006 0.003 121 D 0.021 0.011 0.005 0.008 0.013 0.007 0.018 0.032 0.069 0.687 0.130 122 T 0.033 0.530 0.185 0.010 0.152 0.003 0.011 0.013 0.014 0.035 0.013 123 G 0.106 0.210 0.135 0.036 0.164 0.028 0.012 0.037 0.035 0.139 0.099 124 I 0.133 0.290 0.085 0.011 0.353 0.005 0.014 0.020 0.016 0.023 0.048 125 V 0.059 0.495 0.230 0.006 0.159 0.002 0.002 0.016 0.005 0.011 0.015 126 W 0.033 0.034 0.014 0.005 0.049 0.004 0.009 0.505 0.297 0.034 0.018 127 D 0.004 0.009 0.006 0.007 0.007 0.021 0.050 0.681 0.181 0.029 0.005 128 D 0.028 0.030 0.011 0.002 0.049 0.002 0.012 0.496 0.193 0.163 0.014 129 I 0.046 0.028 0.012 0.002 0.053 0.006 0.013 0.561 0.205 0.057 0.015 130 L 0.035 0.055 0.026 0.012 0.056 0.014 0.051 0.357 0.172 0.185 0.037 131 L 0.059 0.164 0.065 0.017 0.134 0.017 0.041 0.247 0.122 0.106 0.029 132 K 0.039 0.075 0.037 0.024 0.072 0.039 0.112 0.289 0.147 0.127 0.039 133 D 0.104 0.075 0.043 0.016 0.119 0.011 0.034 0.081 0.100 0.321 0.097 134 S 0.049 0.362 0.218 0.014 0.185 0.007 0.019 0.071 0.039 0.021 0.014 135 P 0.066 0.221 0.092 0.013 0.157 0.014 0.038 0.170 0.111 0.079 0.038 136 F 0.111 0.136 0.046 0.014 0.148 0.017 0.052 0.157 0.139 0.118 0.062 137 H 0.057 0.189 0.127 0.037 0.130 0.030 0.037 0.157 0.102 0.097 0.037 138 E 0.077 0.200 0.091 0.021 0.166 0.019 0.047 0.186 0.094 0.068 0.031