# TARGET T0220 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0220.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 134 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.006 0.003 0.005 0.140 0.810 2 E 0.152 0.022 0.006 0.008 0.094 0.719 3 T 0.324 0.021 0.024 0.011 0.108 0.512 4 L 0.548 0.014 0.039 0.010 0.101 0.287 5 I 0.611 0.036 0.028 0.007 0.083 0.234 6 L 0.326 0.047 0.006 0.005 0.083 0.532 7 T 0.098 0.011 0.002 0.009 0.084 0.797 8 Q 0.002 0.001 0.071 0.818 0.077 0.032 9 E 0.001 0.001 0.103 0.789 0.099 0.008 10 E 0.001 0.001 0.131 0.784 0.082 0.002 11 V 0.001 0.001 0.086 0.828 0.076 0.008 12 E 0.001 0.001 0.201 0.714 0.078 0.006 13 S 0.001 0.001 0.306 0.556 0.122 0.016 14 L 0.001 0.001 0.086 0.579 0.212 0.123 15 I 0.001 0.012 0.023 0.163 0.213 0.588 16 S 0.002 0.004 0.004 0.028 0.085 0.878 17 M 0.003 0.001 0.050 0.763 0.067 0.117 18 D 0.006 0.001 0.053 0.831 0.075 0.034 19 E 0.003 0.001 0.039 0.895 0.040 0.021 20 A 0.003 0.001 0.013 0.946 0.018 0.018 21 M 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 22 N 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.003 23 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 24 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 25 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 26 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.006 0.005 27 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.007 0.006 28 F 0.001 0.001 0.002 0.966 0.015 0.016 29 R 0.001 0.001 0.005 0.949 0.028 0.018 30 L 0.001 0.001 0.008 0.928 0.042 0.022 31 Y 0.001 0.001 0.011 0.883 0.062 0.043 32 A 0.002 0.003 0.023 0.721 0.150 0.100 33 L 0.003 0.003 0.035 0.603 0.216 0.141 34 G 0.003 0.002 0.020 0.097 0.339 0.540 35 K 0.012 0.006 0.060 0.056 0.381 0.486 36 A 0.075 0.038 0.049 0.049 0.318 0.471 37 Q 0.107 0.023 0.037 0.054 0.293 0.486 38 M 0.128 0.037 0.016 0.030 0.238 0.551 39 P 0.101 0.007 0.014 0.017 0.203 0.657 40 P 0.258 0.014 0.027 0.018 0.173 0.510 41 K 0.539 0.008 0.026 0.015 0.116 0.296 42 V 0.820 0.006 0.010 0.006 0.046 0.111 43 Y 0.868 0.006 0.004 0.003 0.027 0.092 44 L 0.852 0.008 0.004 0.003 0.032 0.101 45 E 0.777 0.012 0.003 0.002 0.045 0.162 46 F 0.383 0.023 0.006 0.003 0.397 0.187 47 E 0.045 0.005 0.008 0.004 0.849 0.091 48 K 0.021 0.002 0.007 0.002 0.923 0.045 49 G 0.101 0.005 0.006 0.002 0.813 0.072 50 D 0.732 0.009 0.002 0.002 0.114 0.141 51 L 0.960 0.007 0.001 0.001 0.008 0.025 52 R 0.978 0.002 0.001 0.001 0.005 0.015 53 A 0.971 0.003 0.001 0.001 0.007 0.018 54 M 0.911 0.003 0.002 0.001 0.024 0.058 55 P 0.792 0.005 0.012 0.002 0.084 0.105 56 A 0.648 0.011 0.026 0.005 0.177 0.133 57 H 0.523 0.033 0.032 0.005 0.231 0.175 58 L 0.234 0.024 0.033 0.005 0.618 0.085 59 M 0.038 0.002 0.059 0.006 0.843 0.052 60 G 0.050 0.004 0.044 0.006 0.833 0.064 61 Y 0.221 0.013 0.024 0.005 0.665 0.071 62 A 0.562 0.006 0.006 0.005 0.204 0.216 63 G 0.916 0.006 0.001 0.001 0.035 0.042 64 L 0.970 0.002 0.001 0.001 0.011 0.016 65 K 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 66 W 0.974 0.002 0.001 0.001 0.006 0.018 67 V 0.926 0.003 0.001 0.002 0.018 0.051 68 N 0.839 0.006 0.001 0.003 0.039 0.113 69 S 0.509 0.048 0.002 0.004 0.104 0.333 70 H 0.179 0.072 0.003 0.004 0.517 0.225 71 P 0.045 0.010 0.011 0.006 0.707 0.222 72 G 0.012 0.008 0.015 0.004 0.823 0.138 73 N 0.014 0.027 0.036 0.004 0.830 0.089 74 P 0.016 0.025 0.133 0.020 0.593 0.214 75 D 0.014 0.023 0.239 0.024 0.589 0.111 76 K 0.025 0.017 0.122 0.017 0.664 0.155 77 G 0.043 0.031 0.035 0.009 0.530 0.352 78 L 0.092 0.034 0.015 0.004 0.478 0.377 79 P 0.132 0.018 0.017 0.004 0.347 0.482 80 T 0.401 0.037 0.024 0.005 0.269 0.263 81 V 0.705 0.009 0.012 0.003 0.141 0.130 82 M 0.795 0.003 0.006 0.002 0.076 0.119 83 A 0.937 0.002 0.001 0.001 0.020 0.038 84 L 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 85 M 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 86 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 87 L 0.966 0.003 0.001 0.001 0.009 0.020 88 N 0.866 0.011 0.001 0.001 0.034 0.087 89 S 0.504 0.043 0.003 0.001 0.333 0.117 90 P 0.016 0.004 0.031 0.003 0.927 0.019 91 E 0.005 0.002 0.042 0.006 0.936 0.008 92 T 0.018 0.003 0.023 0.008 0.940 0.008 93 G 0.110 0.013 0.009 0.010 0.693 0.164 94 F 0.666 0.061 0.002 0.006 0.095 0.170 95 P 0.869 0.012 0.006 0.005 0.040 0.068 96 L 0.930 0.005 0.006 0.005 0.017 0.035 97 A 0.941 0.007 0.006 0.006 0.014 0.026 98 V 0.903 0.005 0.010 0.015 0.029 0.038 99 M 0.735 0.008 0.011 0.030 0.080 0.136 100 D 0.328 0.012 0.018 0.067 0.238 0.337 101 A 0.084 0.007 0.166 0.203 0.341 0.200 102 T 0.045 0.014 0.221 0.248 0.307 0.165 103 Y 0.026 0.008 0.219 0.496 0.190 0.060 104 T 0.021 0.004 0.066 0.703 0.134 0.072 105 T 0.009 0.003 0.022 0.861 0.061 0.044 106 S 0.003 0.001 0.017 0.938 0.027 0.015 107 L 0.002 0.001 0.010 0.946 0.021 0.019 108 R 0.002 0.001 0.012 0.939 0.022 0.023 109 T 0.001 0.001 0.008 0.947 0.012 0.031 110 G 0.001 0.001 0.009 0.963 0.007 0.020 111 A 0.001 0.001 0.012 0.978 0.004 0.006 112 A 0.001 0.001 0.013 0.979 0.003 0.003 113 G 0.001 0.001 0.014 0.974 0.005 0.006 114 G 0.001 0.001 0.011 0.977 0.005 0.007 115 I 0.001 0.001 0.010 0.984 0.003 0.003 116 A 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 117 A 0.001 0.001 0.007 0.988 0.004 0.001 118 K 0.001 0.001 0.009 0.976 0.011 0.003 119 Y 0.001 0.001 0.023 0.940 0.029 0.009 120 L 0.001 0.002 0.029 0.854 0.084 0.032 121 A 0.001 0.005 0.051 0.551 0.240 0.152 122 R 0.004 0.005 0.040 0.144 0.546 0.262 123 K 0.005 0.002 0.049 0.066 0.529 0.348 124 N 0.013 0.007 0.037 0.019 0.531 0.393 125 S 0.068 0.004 0.054 0.020 0.587 0.267 126 S 0.299 0.004 0.040 0.013 0.332 0.312 127 V 0.923 0.005 0.008 0.004 0.036 0.026 128 F 0.984 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 129 G 0.986 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 130 F 0.975 0.001 0.001 0.005 0.004 0.013 131 I 0.863 0.004 0.001 0.025 0.028 0.079 132 G 0.265 0.014 0.004 0.107 0.191 0.420 133 C 0.031 0.005 0.009 0.498 0.194 0.263 134 G 0.003 0.002 0.009 0.707 0.139 0.140 135 T 0.001 0.001 0.009 0.975 0.011 0.005 136 Q 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 137 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 138 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 139 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 140 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 141 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 142 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 144 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.001 145 R 0.001 0.001 0.017 0.946 0.029 0.008 146 R 0.001 0.001 0.029 0.878 0.065 0.027 147 V 0.002 0.002 0.033 0.510 0.289 0.164 148 F 0.004 0.003 0.014 0.027 0.410 0.542 149 D 0.016 0.004 0.017 0.003 0.362 0.598 150 I 0.132 0.001 0.020 0.003 0.389 0.454 151 G 0.477 0.004 0.012 0.001 0.108 0.397 152 E 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 153 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 154 K 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 155 A 0.961 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 156 Y 0.831 0.003 0.001 0.001 0.038 0.126 157 D 0.193 0.014 0.005 0.002 0.364 0.422 158 V 0.013 0.023 0.008 0.005 0.509 0.442 159 R 0.004 0.005 0.003 0.011 0.237 0.741 160 E 0.001 0.001 0.108 0.785 0.094 0.013 161 K 0.001 0.001 0.043 0.903 0.043 0.011 162 A 0.001 0.001 0.046 0.932 0.018 0.004 163 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 164 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 165 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 166 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.002 167 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 168 S 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.003 169 Y 0.001 0.001 0.003 0.985 0.006 0.005 170 C 0.002 0.001 0.005 0.981 0.008 0.004 171 E 0.001 0.001 0.016 0.964 0.014 0.006 172 D 0.001 0.001 0.019 0.901 0.045 0.034 173 R 0.004 0.001 0.030 0.544 0.149 0.272 174 G 0.006 0.001 0.002 0.011 0.121 0.860 175 I 0.058 0.007 0.004 0.004 0.149 0.778 176 S 0.203 0.014 0.009 0.005 0.150 0.620 177 A 0.560 0.041 0.009 0.005 0.095 0.290 178 S 0.475 0.021 0.007 0.007 0.092 0.397 179 V 0.271 0.026 0.009 0.020 0.114 0.560 180 Q 0.115 0.008 0.002 0.020 0.062 0.794 181 P 0.002 0.001 0.008 0.949 0.020 0.020 182 A 0.001 0.001 0.010 0.971 0.016 0.003 183 E 0.001 0.001 0.028 0.939 0.031 0.001 184 E 0.001 0.001 0.033 0.917 0.046 0.003 185 A 0.001 0.001 0.100 0.858 0.038 0.003 186 S 0.001 0.001 0.168 0.701 0.116 0.014 187 R 0.003 0.001 0.088 0.261 0.424 0.225 188 C 0.018 0.006 0.014 0.015 0.485 0.462 189 D 0.075 0.002 0.004 0.001 0.294 0.624 190 V 0.943 0.001 0.001 0.001 0.016 0.039 191 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 192 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 193 T 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 194 T 0.741 0.007 0.001 0.001 0.037 0.213 195 T 0.373 0.016 0.006 0.002 0.309 0.295 196 P 0.113 0.010 0.026 0.003 0.472 0.377 197 S 0.068 0.011 0.018 0.003 0.630 0.270 198 R 0.069 0.018 0.042 0.004 0.620 0.247 199 K 0.168 0.020 0.011 0.005 0.320 0.476 200 P 0.244 0.013 0.012 0.007 0.210 0.513 201 V 0.591 0.032 0.009 0.007 0.120 0.240 202 V 0.663 0.053 0.005 0.004 0.084 0.190 203 K 0.383 0.017 0.031 0.016 0.195 0.358 204 A 0.030 0.002 0.735 0.022 0.151 0.059 205 E 0.025 0.006 0.740 0.015 0.160 0.054 206 W 0.031 0.009 0.635 0.017 0.218 0.090 207 V 0.053 0.038 0.034 0.011 0.345 0.519 208 E 0.025 0.032 0.008 0.005 0.768 0.161 209 E 0.029 0.007 0.030 0.029 0.823 0.082 210 G 0.055 0.001 0.011 0.013 0.841 0.079 211 T 0.568 0.010 0.006 0.016 0.336 0.064 212 H 0.920 0.011 0.001 0.007 0.013 0.048 213 I 0.960 0.016 0.001 0.005 0.005 0.013 214 N 0.928 0.003 0.004 0.009 0.019 0.039 215 A 0.848 0.010 0.008 0.010 0.038 0.087 216 I 0.466 0.035 0.011 0.016 0.157 0.316 217 G 0.167 0.019 0.010 0.008 0.611 0.186 218 A 0.059 0.016 0.012 0.007 0.775 0.131 219 D 0.031 0.022 0.014 0.008 0.796 0.128 220 G 0.039 0.025 0.008 0.010 0.863 0.055 221 P 0.041 0.014 0.028 0.056 0.719 0.143 222 G 0.063 0.021 0.053 0.045 0.671 0.146 223 K 0.072 0.020 0.229 0.070 0.509 0.100 224 Q 0.196 0.079 0.154 0.098 0.236 0.237 225 E 0.174 0.050 0.124 0.094 0.208 0.349 226 L 0.061 0.046 0.015 0.084 0.136 0.657 227 D 0.010 0.003 0.007 0.146 0.098 0.736 228 V 0.001 0.001 0.064 0.894 0.028 0.014 229 E 0.001 0.001 0.071 0.865 0.053 0.010 230 I 0.002 0.001 0.158 0.738 0.093 0.008 231 L 0.008 0.002 0.137 0.751 0.083 0.019 232 K 0.006 0.001 0.189 0.640 0.140 0.025 233 K 0.017 0.003 0.110 0.326 0.393 0.150 234 A 0.022 0.001 0.020 0.040 0.494 0.424 235 K 0.067 0.002 0.011 0.013 0.396 0.512 236 I 0.782 0.021 0.004 0.004 0.068 0.122 237 V 0.902 0.003 0.002 0.002 0.035 0.056 238 V 0.954 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 239 D 0.918 0.009 0.001 0.001 0.014 0.058 240 D 0.542 0.018 0.004 0.008 0.154 0.274 241 L 0.005 0.001 0.274 0.253 0.356 0.111 242 E 0.003 0.002 0.426 0.314 0.235 0.021 243 Q 0.002 0.001 0.332 0.392 0.258 0.015 244 A 0.004 0.002 0.086 0.532 0.246 0.130 245 K 0.008 0.004 0.086 0.558 0.252 0.092 246 H 0.006 0.003 0.082 0.577 0.246 0.086 247 G 0.006 0.002 0.029 0.807 0.108 0.048 248 G 0.010 0.005 0.020 0.501 0.191 0.274 249 E 0.027 0.007 0.027 0.760 0.085 0.094 250 I 0.022 0.003 0.021 0.878 0.038 0.038 251 N 0.013 0.001 0.011 0.935 0.020 0.019 252 V 0.017 0.001 0.013 0.942 0.015 0.011 253 A 0.008 0.001 0.014 0.953 0.017 0.009 254 V 0.006 0.001 0.011 0.957 0.017 0.009 255 S 0.006 0.001 0.017 0.940 0.023 0.013 256 K 0.009 0.001 0.019 0.782 0.088 0.101 257 G 0.010 0.001 0.006 0.052 0.198 0.733 258 V 0.037 0.008 0.006 0.010 0.215 0.724 259 I 0.093 0.050 0.003 0.007 0.233 0.614 260 G 0.049 0.016 0.009 0.022 0.395 0.510 261 V 0.006 0.001 0.314 0.389 0.256 0.035 262 E 0.011 0.001 0.275 0.442 0.240 0.032 263 D 0.017 0.003 0.233 0.527 0.181 0.039 264 V 0.035 0.014 0.031 0.571 0.101 0.249 265 H 0.057 0.011 0.022 0.708 0.060 0.141 266 A 0.036 0.004 0.030 0.838 0.033 0.059 267 T 0.044 0.003 0.021 0.805 0.034 0.093 268 I 0.004 0.001 0.010 0.973 0.006 0.006 269 G 0.004 0.001 0.007 0.979 0.006 0.004 270 E 0.005 0.001 0.012 0.961 0.015 0.005 271 V 0.005 0.001 0.009 0.960 0.016 0.009 272 I 0.007 0.003 0.006 0.946 0.023 0.015 273 A 0.006 0.002 0.010 0.899 0.041 0.042 274 G 0.020 0.002 0.006 0.267 0.178 0.528 275 L 0.049 0.020 0.006 0.038 0.213 0.674 276 K 0.161 0.086 0.007 0.021 0.345 0.379 277 D 0.135 0.021 0.014 0.013 0.387 0.430 278 G 0.087 0.014 0.016 0.008 0.430 0.446 279 R 0.147 0.066 0.010 0.003 0.304 0.470 280 E 0.115 0.064 0.004 0.003 0.184 0.630 281 S 0.045 0.038 0.007 0.002 0.735 0.174 282 D 0.015 0.006 0.031 0.007 0.876 0.065 283 E 0.029 0.006 0.035 0.008 0.853 0.068 284 E 0.229 0.027 0.025 0.014 0.607 0.098 285 I 0.584 0.009 0.003 0.018 0.088 0.296 286 T 0.885 0.016 0.002 0.017 0.020 0.059 287 I 0.926 0.007 0.002 0.030 0.013 0.023 288 F 0.898 0.004 0.003 0.044 0.017 0.034 289 D 0.739 0.009 0.013 0.082 0.063 0.094 290 S 0.373 0.008 0.027 0.161 0.127 0.305 291 T 0.194 0.008 0.021 0.409 0.147 0.221 292 G 0.054 0.003 0.034 0.687 0.099 0.122 293 L 0.031 0.007 0.017 0.841 0.051 0.053 294 A 0.011 0.003 0.023 0.887 0.038 0.039 295 I 0.003 0.001 0.015 0.954 0.011 0.017 296 Q 0.003 0.001 0.018 0.945 0.019 0.014 297 D 0.001 0.001 0.021 0.901 0.022 0.054 298 V 0.001 0.001 0.006 0.987 0.003 0.004 299 A 0.001 0.001 0.007 0.987 0.004 0.003 300 V 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 301 A 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.002 302 K 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.005 303 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 304 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 305 Y 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.004 306 E 0.001 0.001 0.002 0.980 0.013 0.006 307 N 0.001 0.001 0.001 0.985 0.009 0.004 308 A 0.001 0.001 0.006 0.976 0.013 0.004 309 L 0.001 0.001 0.017 0.957 0.017 0.008 310 S 0.001 0.001 0.016 0.945 0.023 0.014 311 K 0.001 0.001 0.009 0.837 0.045 0.108 312 N 0.001 0.001 0.001 0.014 0.067 0.916 313 V 0.028 0.003 0.001 0.016 0.109 0.843 314 G 0.291 0.010 0.003 0.020 0.128 0.548 315 S 0.750 0.024 0.003 0.025 0.056 0.143 316 K 0.761 0.011 0.013 0.053 0.035 0.126 317 I 0.461 0.013 0.113 0.111 0.106 0.197 318 K 0.328 0.004 0.167 0.130 0.168 0.203 319 F 0.255 0.009 0.173 0.117 0.199 0.246 320 F 0.314 0.053 0.044 0.089 0.135 0.366 321 R 0.264 0.023 0.023 0.067 0.091 0.533 322 I 0.005 0.001 0.001 0.005 0.018 0.970