# TARGET T0220 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0220.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 864 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.003 0.003 0.004 0.094 0.831 2 E 0.268 0.008 0.003 0.010 0.093 0.618 3 T 0.513 0.008 0.005 0.007 0.094 0.373 4 L 0.814 0.012 0.005 0.007 0.042 0.121 5 I 0.874 0.010 0.002 0.004 0.029 0.080 6 L 0.626 0.015 0.001 0.003 0.050 0.304 7 T 0.114 0.003 0.001 0.004 0.049 0.829 8 Q 0.003 0.001 0.024 0.948 0.012 0.014 9 E 0.002 0.001 0.022 0.969 0.006 0.001 10 E 0.003 0.001 0.041 0.943 0.011 0.001 11 V 0.006 0.001 0.009 0.971 0.008 0.005 12 E 0.008 0.001 0.021 0.953 0.012 0.006 13 S 0.009 0.001 0.025 0.915 0.027 0.023 14 L 0.024 0.003 0.027 0.739 0.057 0.149 15 I 0.026 0.023 0.011 0.500 0.082 0.358 16 S 0.015 0.009 0.005 0.143 0.101 0.727 17 M 0.001 0.001 0.041 0.877 0.031 0.049 18 D 0.001 0.001 0.073 0.887 0.027 0.012 19 E 0.001 0.001 0.123 0.832 0.036 0.007 20 A 0.002 0.001 0.051 0.907 0.023 0.017 21 M 0.002 0.001 0.018 0.943 0.018 0.018 22 N 0.002 0.001 0.013 0.955 0.015 0.014 23 A 0.002 0.001 0.011 0.960 0.012 0.014 24 V 0.002 0.001 0.007 0.970 0.010 0.010 25 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.006 26 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.004 0.004 27 A 0.002 0.001 0.002 0.982 0.005 0.008 28 F 0.002 0.001 0.004 0.976 0.008 0.009 29 R 0.004 0.001 0.008 0.973 0.009 0.005 30 L 0.004 0.001 0.008 0.973 0.009 0.006 31 Y 0.005 0.001 0.008 0.950 0.014 0.021 32 A 0.007 0.003 0.011 0.866 0.044 0.068 33 L 0.008 0.003 0.031 0.694 0.120 0.145 34 G 0.019 0.005 0.080 0.266 0.266 0.364 35 K 0.043 0.010 0.198 0.159 0.304 0.285 36 A 0.102 0.016 0.172 0.139 0.259 0.313 37 Q 0.127 0.026 0.037 0.054 0.220 0.537 38 M 0.145 0.036 0.009 0.024 0.178 0.608 39 P 0.123 0.013 0.007 0.013 0.229 0.615 40 P 0.089 0.006 0.200 0.135 0.341 0.230 41 K 0.191 0.006 0.233 0.136 0.281 0.154 42 V 0.366 0.014 0.205 0.165 0.165 0.084 43 Y 0.483 0.020 0.047 0.178 0.105 0.168 44 L 0.508 0.022 0.041 0.179 0.095 0.156 45 E 0.364 0.024 0.043 0.187 0.180 0.202 46 F 0.181 0.024 0.079 0.168 0.353 0.195 47 E 0.088 0.016 0.093 0.138 0.461 0.204 48 K 0.051 0.009 0.119 0.118 0.541 0.162 49 G 0.051 0.011 0.085 0.094 0.524 0.235 50 D 0.115 0.023 0.098 0.071 0.313 0.379 51 L 0.241 0.062 0.120 0.115 0.225 0.238 52 R 0.248 0.043 0.088 0.113 0.244 0.263 53 A 0.227 0.044 0.065 0.141 0.247 0.276 54 M 0.177 0.023 0.067 0.192 0.279 0.261 55 P 0.090 0.010 0.135 0.312 0.280 0.172 56 A 0.071 0.015 0.169 0.416 0.214 0.116 57 H 0.061 0.023 0.144 0.491 0.197 0.084 58 L 0.042 0.023 0.125 0.419 0.295 0.096 59 M 0.029 0.008 0.134 0.321 0.387 0.122 60 G 0.043 0.006 0.196 0.248 0.367 0.139 61 Y 0.095 0.013 0.194 0.163 0.373 0.162 62 A 0.152 0.012 0.138 0.081 0.350 0.269 63 G 0.313 0.013 0.058 0.038 0.251 0.327 64 L 0.560 0.024 0.018 0.018 0.143 0.237 65 K 0.735 0.012 0.008 0.015 0.077 0.152 66 W 0.749 0.010 0.010 0.014 0.081 0.136 67 V 0.653 0.022 0.019 0.017 0.108 0.181 68 N 0.599 0.019 0.019 0.012 0.122 0.229 69 S 0.392 0.039 0.021 0.011 0.179 0.357 70 H 0.158 0.028 0.011 0.005 0.578 0.219 71 P 0.032 0.013 0.043 0.012 0.743 0.157 72 G 0.017 0.023 0.034 0.009 0.752 0.164 73 N 0.009 0.026 0.022 0.004 0.848 0.091 74 P 0.003 0.009 0.224 0.025 0.571 0.169 75 D 0.004 0.018 0.245 0.038 0.582 0.113 76 K 0.005 0.017 0.199 0.072 0.581 0.126 77 G 0.006 0.014 0.016 0.077 0.234 0.653 78 L 0.014 0.016 0.007 0.342 0.155 0.466 79 P 0.010 0.005 0.005 0.812 0.056 0.112 80 T 0.014 0.004 0.007 0.902 0.038 0.036 81 V 0.027 0.005 0.012 0.903 0.030 0.023 82 M 0.040 0.002 0.013 0.896 0.027 0.021 83 A 0.060 0.001 0.016 0.873 0.027 0.023 84 L 0.045 0.001 0.013 0.904 0.021 0.016 85 M 0.064 0.002 0.018 0.873 0.023 0.020 86 I 0.107 0.004 0.030 0.775 0.054 0.031 87 L 0.116 0.007 0.025 0.657 0.092 0.104 88 N 0.063 0.022 0.018 0.319 0.148 0.430 89 S 0.024 0.017 0.017 0.038 0.394 0.510 90 P 0.006 0.004 0.341 0.070 0.424 0.155 91 E 0.015 0.007 0.393 0.056 0.441 0.087 92 T 0.017 0.007 0.297 0.086 0.491 0.102 93 G 0.022 0.007 0.022 0.016 0.306 0.627 94 F 0.101 0.027 0.011 0.012 0.212 0.638 95 P 0.214 0.026 0.011 0.008 0.179 0.560 96 L 0.474 0.029 0.026 0.009 0.135 0.327 97 A 0.648 0.016 0.021 0.008 0.106 0.202 98 V 0.690 0.018 0.022 0.011 0.092 0.167 99 M 0.544 0.041 0.011 0.014 0.118 0.272 100 D 0.336 0.017 0.018 0.016 0.366 0.247 101 A 0.100 0.004 0.119 0.102 0.544 0.131 102 T 0.081 0.005 0.139 0.110 0.545 0.121 103 Y 0.282 0.020 0.073 0.098 0.407 0.120 104 T 0.425 0.028 0.020 0.146 0.160 0.221 105 T 0.371 0.044 0.020 0.209 0.140 0.217 106 S 0.251 0.018 0.024 0.273 0.178 0.255 107 L 0.105 0.010 0.041 0.513 0.155 0.176 108 R 0.060 0.007 0.039 0.558 0.171 0.165 109 T 0.039 0.006 0.037 0.733 0.103 0.082 110 G 0.019 0.003 0.023 0.868 0.047 0.039 111 A 0.012 0.002 0.016 0.930 0.020 0.020 112 A 0.005 0.001 0.010 0.967 0.010 0.008 113 G 0.008 0.001 0.010 0.958 0.013 0.010 114 G 0.006 0.001 0.014 0.956 0.015 0.008 115 I 0.006 0.001 0.013 0.956 0.016 0.008 116 A 0.005 0.001 0.013 0.959 0.014 0.008 117 A 0.008 0.001 0.023 0.933 0.022 0.014 118 K 0.010 0.001 0.038 0.869 0.045 0.036 119 Y 0.015 0.003 0.054 0.782 0.066 0.080 120 L 0.021 0.006 0.054 0.718 0.083 0.118 121 A 0.030 0.006 0.066 0.572 0.121 0.205 122 R 0.032 0.009 0.081 0.383 0.245 0.251 123 K 0.026 0.010 0.137 0.251 0.444 0.132 124 N 0.018 0.006 0.084 0.073 0.577 0.241 125 S 0.027 0.006 0.026 0.009 0.634 0.298 126 S 0.166 0.003 0.005 0.001 0.373 0.452 127 V 0.824 0.004 0.001 0.001 0.036 0.135 128 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 129 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 131 I 0.916 0.002 0.001 0.003 0.008 0.071 132 G 0.388 0.004 0.003 0.013 0.139 0.453 133 C 0.075 0.006 0.016 0.101 0.267 0.535 134 G 0.012 0.006 0.030 0.383 0.268 0.302 135 T 0.002 0.002 0.014 0.946 0.025 0.010 136 Q 0.001 0.001 0.010 0.976 0.008 0.005 137 A 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 138 Y 0.001 0.001 0.006 0.989 0.003 0.001 139 F 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 140 Q 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 141 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 142 E 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 143 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 144 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.005 0.005 145 R 0.001 0.001 0.011 0.957 0.018 0.012 146 R 0.002 0.001 0.016 0.866 0.047 0.068 147 V 0.011 0.007 0.022 0.634 0.133 0.193 148 F 0.022 0.012 0.030 0.273 0.228 0.436 149 D 0.028 0.011 0.018 0.015 0.302 0.625 150 I 0.027 0.003 0.141 0.016 0.568 0.244 151 G 0.085 0.001 0.085 0.006 0.456 0.368 152 E 0.768 0.007 0.032 0.006 0.120 0.067 153 V 0.969 0.002 0.001 0.002 0.010 0.017 154 K 0.988 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 155 A 0.984 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 156 Y 0.897 0.003 0.001 0.007 0.030 0.062 157 D 0.446 0.004 0.006 0.006 0.187 0.351 158 V 0.098 0.015 0.004 0.007 0.233 0.644 159 R 0.018 0.005 0.001 0.008 0.067 0.902 160 E 0.001 0.001 0.015 0.968 0.011 0.005 161 K 0.001 0.001 0.018 0.975 0.006 0.001 162 A 0.001 0.001 0.016 0.977 0.005 0.001 163 A 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.003 164 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 165 K 0.001 0.001 0.005 0.986 0.005 0.004 166 F 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.003 167 V 0.001 0.001 0.014 0.971 0.008 0.005 168 S 0.001 0.001 0.019 0.959 0.014 0.006 169 Y 0.001 0.001 0.014 0.950 0.017 0.019 170 C 0.002 0.008 0.034 0.636 0.184 0.136 171 E 0.002 0.002 0.190 0.562 0.194 0.050 172 D 0.004 0.001 0.233 0.552 0.168 0.042 173 R 0.003 0.002 0.156 0.602 0.150 0.087 174 G 0.012 0.002 0.010 0.011 0.114 0.851 175 I 0.172 0.022 0.007 0.014 0.066 0.719 176 S 0.668 0.023 0.009 0.008 0.073 0.218 177 A 0.746 0.025 0.011 0.006 0.062 0.150 178 S 0.496 0.017 0.011 0.006 0.143 0.328 179 V 0.169 0.016 0.005 0.006 0.163 0.642 180 Q 0.039 0.009 0.001 0.012 0.122 0.817 181 P 0.004 0.002 0.046 0.838 0.061 0.049 182 A 0.002 0.001 0.072 0.872 0.044 0.010 183 E 0.001 0.001 0.102 0.836 0.053 0.007 184 E 0.004 0.003 0.120 0.780 0.068 0.026 185 A 0.007 0.010 0.122 0.655 0.151 0.055 186 S 0.008 0.002 0.226 0.406 0.245 0.113 187 R 0.029 0.007 0.121 0.099 0.358 0.386 188 C 0.136 0.014 0.028 0.018 0.440 0.364 189 D 0.297 0.002 0.005 0.002 0.252 0.442 190 V 0.950 0.003 0.001 0.001 0.014 0.031 191 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 192 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 193 T 0.940 0.002 0.001 0.003 0.008 0.046 194 T 0.437 0.007 0.002 0.002 0.046 0.506 195 T 0.147 0.014 0.006 0.002 0.230 0.600 196 P 0.052 0.012 0.019 0.003 0.553 0.361 197 S 0.021 0.007 0.025 0.007 0.670 0.270 198 R 0.035 0.023 0.031 0.016 0.605 0.290 199 K 0.053 0.018 0.032 0.010 0.507 0.380 200 P 0.100 0.012 0.055 0.015 0.377 0.440 201 V 0.311 0.056 0.045 0.012 0.212 0.364 202 V 0.446 0.081 0.023 0.007 0.154 0.289 203 K 0.419 0.025 0.049 0.007 0.186 0.313 204 A 0.010 0.001 0.880 0.024 0.066 0.020 205 E 0.025 0.001 0.802 0.045 0.098 0.028 206 W 0.051 0.007 0.706 0.058 0.144 0.035 207 V 0.087 0.114 0.034 0.041 0.226 0.499 208 E 0.054 0.033 0.016 0.026 0.833 0.038 209 E 0.021 0.003 0.011 0.014 0.930 0.022 210 G 0.016 0.002 0.006 0.004 0.937 0.035 211 T 0.528 0.026 0.002 0.001 0.401 0.042 212 H 0.915 0.004 0.001 0.001 0.015 0.065 213 I 0.988 0.003 0.001 0.001 0.003 0.006 214 N 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 215 A 0.958 0.002 0.001 0.001 0.008 0.031 216 I 0.686 0.007 0.003 0.004 0.070 0.229 217 G 0.258 0.011 0.013 0.004 0.295 0.418 218 A 0.107 0.016 0.020 0.006 0.412 0.439 219 D 0.052 0.020 0.021 0.008 0.444 0.455 220 G 0.035 0.015 0.016 0.006 0.519 0.410 221 P 0.020 0.012 0.053 0.030 0.517 0.368 222 G 0.014 0.019 0.072 0.089 0.445 0.361 223 K 0.024 0.019 0.077 0.141 0.360 0.378 224 Q 0.040 0.014 0.037 0.356 0.162 0.391 225 E 0.079 0.015 0.045 0.458 0.134 0.269 226 L 0.080 0.017 0.037 0.459 0.141 0.266 227 D 0.092 0.015 0.017 0.444 0.092 0.341 228 V 0.012 0.001 0.013 0.932 0.019 0.023 229 E 0.015 0.001 0.019 0.931 0.021 0.012 230 I 0.013 0.001 0.020 0.928 0.026 0.012 231 L 0.013 0.002 0.015 0.912 0.053 0.005 232 K 0.007 0.001 0.008 0.889 0.083 0.012 233 K 0.006 0.001 0.006 0.745 0.184 0.058 234 A 0.110 0.004 0.006 0.458 0.271 0.151 235 K 0.591 0.003 0.002 0.118 0.067 0.219 236 I 0.922 0.004 0.001 0.034 0.013 0.025 237 V 0.923 0.002 0.001 0.029 0.012 0.034 238 V 0.704 0.004 0.003 0.038 0.054 0.197 239 D 0.286 0.007 0.008 0.041 0.220 0.438 240 D 0.069 0.008 0.093 0.256 0.286 0.288 241 L 0.025 0.003 0.138 0.691 0.105 0.038 242 E 0.027 0.003 0.215 0.622 0.107 0.027 243 Q 0.032 0.005 0.100 0.766 0.070 0.028 244 A 0.035 0.005 0.038 0.818 0.073 0.032 245 K 0.024 0.006 0.019 0.764 0.134 0.054 246 H 0.011 0.003 0.010 0.739 0.166 0.071 247 G 0.010 0.003 0.008 0.415 0.323 0.241 248 G 0.011 0.004 0.009 0.244 0.292 0.440 249 E 0.056 0.019 0.012 0.520 0.095 0.298 250 I 0.027 0.004 0.005 0.921 0.012 0.031 251 N 0.023 0.001 0.005 0.933 0.015 0.023 252 V 0.018 0.001 0.009 0.946 0.016 0.010 253 A 0.017 0.002 0.013 0.940 0.019 0.009 254 V 0.007 0.001 0.015 0.951 0.018 0.008 255 S 0.005 0.001 0.018 0.928 0.025 0.022 256 K 0.004 0.002 0.026 0.848 0.050 0.069 257 G 0.015 0.005 0.028 0.133 0.226 0.593 258 V 0.044 0.015 0.025 0.036 0.244 0.635 259 I 0.068 0.042 0.027 0.058 0.253 0.552 260 G 0.042 0.014 0.020 0.076 0.268 0.581 261 V 0.007 0.002 0.108 0.667 0.110 0.105 262 E 0.008 0.001 0.095 0.769 0.083 0.043 263 D 0.008 0.003 0.082 0.840 0.049 0.018 264 V 0.009 0.004 0.024 0.915 0.026 0.022 265 H 0.008 0.002 0.017 0.936 0.017 0.020 266 A 0.006 0.001 0.012 0.955 0.012 0.015 267 T 0.005 0.001 0.004 0.970 0.007 0.014 268 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 269 G 0.002 0.001 0.003 0.985 0.006 0.004 270 E 0.003 0.001 0.006 0.978 0.010 0.003 271 V 0.005 0.001 0.005 0.976 0.009 0.004 272 I 0.004 0.001 0.005 0.975 0.011 0.005 273 A 0.005 0.001 0.006 0.942 0.024 0.023 274 G 0.010 0.002 0.015 0.660 0.119 0.193 275 L 0.045 0.012 0.031 0.437 0.263 0.211 276 K 0.094 0.016 0.035 0.309 0.291 0.255 277 D 0.069 0.011 0.035 0.225 0.381 0.279 278 G 0.063 0.010 0.033 0.075 0.384 0.436 279 R 0.153 0.026 0.034 0.039 0.308 0.440 280 E 0.211 0.042 0.028 0.032 0.259 0.428 281 S 0.148 0.029 0.015 0.025 0.280 0.503 282 D 0.096 0.009 0.034 0.055 0.382 0.424 283 E 0.210 0.005 0.049 0.147 0.345 0.244 284 E 0.427 0.012 0.034 0.198 0.200 0.130 285 I 0.655 0.009 0.010 0.148 0.090 0.088 286 T 0.786 0.009 0.007 0.109 0.039 0.050 287 I 0.713 0.007 0.012 0.165 0.056 0.046 288 F 0.565 0.007 0.017 0.203 0.105 0.104 289 D 0.307 0.008 0.029 0.211 0.222 0.222 290 S 0.171 0.011 0.023 0.287 0.249 0.259 291 T 0.127 0.011 0.022 0.415 0.186 0.240 292 G 0.182 0.017 0.036 0.347 0.173 0.245 293 L 0.099 0.010 0.033 0.667 0.070 0.120 294 A 0.046 0.003 0.033 0.821 0.031 0.066 295 I 0.004 0.001 0.009 0.975 0.004 0.006 296 Q 0.003 0.001 0.006 0.980 0.003 0.007 297 D 0.001 0.001 0.004 0.990 0.002 0.003 298 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 299 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 300 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 301 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 302 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 303 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 304 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 305 Y 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 306 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 307 N 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 308 A 0.001 0.001 0.007 0.970 0.009 0.014 309 L 0.001 0.001 0.014 0.929 0.026 0.030 310 S 0.001 0.002 0.019 0.857 0.058 0.063 311 K 0.001 0.002 0.022 0.662 0.116 0.196 312 N 0.004 0.007 0.020 0.212 0.319 0.438 313 V 0.007 0.003 0.030 0.421 0.333 0.206 314 G 0.017 0.005 0.038 0.385 0.366 0.189 315 S 0.085 0.014 0.033 0.201 0.394 0.273 316 K 0.320 0.066 0.043 0.209 0.113 0.248 317 I 0.346 0.022 0.104 0.321 0.104 0.102 318 K 0.264 0.003 0.216 0.264 0.108 0.146 319 F 0.376 0.007 0.164 0.253 0.073 0.128 320 F 0.475 0.022 0.028 0.170 0.077 0.228 321 R 0.275 0.013 0.007 0.058 0.065 0.582 322 I 0.073 0.004 0.002 0.012 0.043 0.867