# TARGET T0219 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0219.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 92 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.041 0.006 0.007 0.020 0.229 0.696 2 S 0.127 0.033 0.012 0.045 0.157 0.627 3 A 0.181 0.037 0.012 0.061 0.156 0.553 4 V 0.163 0.028 0.023 0.091 0.239 0.457 5 T 0.073 0.008 0.134 0.262 0.329 0.193 6 E 0.038 0.004 0.169 0.281 0.320 0.189 7 S 0.048 0.006 0.157 0.279 0.314 0.196 8 V 0.083 0.017 0.059 0.362 0.256 0.224 9 L 0.071 0.011 0.053 0.409 0.154 0.302 10 E 0.094 0.010 0.174 0.506 0.131 0.086 11 S 0.098 0.006 0.202 0.466 0.148 0.079 12 I 0.082 0.010 0.240 0.392 0.172 0.104 13 I 0.042 0.010 0.571 0.148 0.177 0.053 14 S 0.033 0.002 0.489 0.058 0.298 0.120 15 P 0.056 0.002 0.338 0.045 0.340 0.219 16 V 0.261 0.050 0.022 0.014 0.271 0.381 17 T 0.156 0.031 0.004 0.017 0.130 0.661 18 M 0.004 0.001 0.038 0.884 0.052 0.021 19 S 0.001 0.001 0.027 0.931 0.035 0.006 20 E 0.001 0.001 0.040 0.924 0.032 0.002 21 F 0.002 0.001 0.027 0.909 0.049 0.011 22 L 0.003 0.001 0.024 0.910 0.046 0.015 23 E 0.003 0.001 0.061 0.809 0.107 0.019 24 E 0.003 0.001 0.053 0.618 0.220 0.107 25 Y 0.005 0.026 0.054 0.258 0.443 0.214 26 W 0.013 0.015 0.076 0.054 0.573 0.268 27 P 0.019 0.002 0.033 0.014 0.616 0.315 28 V 0.121 0.011 0.027 0.008 0.423 0.409 29 K 0.285 0.009 0.005 0.004 0.183 0.514 30 P 0.593 0.003 0.004 0.003 0.059 0.339 31 L 0.966 0.003 0.001 0.001 0.006 0.024 32 V 0.985 0.003 0.001 0.001 0.003 0.009 33 A 0.940 0.004 0.001 0.002 0.015 0.038 34 R 0.726 0.005 0.008 0.003 0.081 0.176 35 G 0.255 0.011 0.015 0.006 0.327 0.386 36 E 0.086 0.041 0.014 0.008 0.428 0.423 37 V 0.015 0.029 0.008 0.004 0.801 0.143 38 E 0.002 0.003 0.064 0.010 0.870 0.050 39 R 0.004 0.002 0.062 0.010 0.879 0.043 40 F 0.014 0.015 0.105 0.020 0.800 0.046 41 T 0.023 0.022 0.071 0.024 0.567 0.292 42 S 0.027 0.011 0.085 0.019 0.573 0.285 43 I 0.027 0.013 0.116 0.028 0.587 0.229 44 P 0.029 0.044 0.027 0.026 0.442 0.432 45 G 0.024 0.016 0.009 0.024 0.158 0.769 46 F 0.004 0.001 0.040 0.806 0.072 0.077 47 E 0.002 0.001 0.028 0.843 0.072 0.055 48 K 0.001 0.001 0.051 0.909 0.033 0.006 49 V 0.002 0.001 0.026 0.907 0.054 0.011 50 R 0.002 0.001 0.015 0.914 0.054 0.015 51 T 0.003 0.001 0.013 0.836 0.109 0.038 52 L 0.003 0.001 0.010 0.768 0.129 0.090 53 E 0.005 0.015 0.013 0.745 0.114 0.108 54 N 0.011 0.011 0.027 0.389 0.245 0.317 55 V 0.022 0.003 0.070 0.372 0.317 0.216 56 L 0.044 0.005 0.071 0.343 0.262 0.276 57 A 0.057 0.009 0.037 0.227 0.251 0.419 58 I 0.094 0.017 0.033 0.186 0.249 0.422 59 Y 0.112 0.013 0.028 0.166 0.222 0.459 60 N 0.192 0.013 0.045 0.144 0.237 0.368 61 N 0.255 0.005 0.038 0.109 0.224 0.370 62 P 0.450 0.011 0.044 0.107 0.153 0.236 63 V 0.675 0.011 0.024 0.084 0.081 0.126 64 M 0.768 0.007 0.017 0.071 0.057 0.078 65 V 0.821 0.013 0.012 0.044 0.053 0.057 66 V 0.665 0.015 0.011 0.042 0.204 0.062 67 G 0.324 0.007 0.016 0.051 0.518 0.084 68 D 0.089 0.004 0.016 0.029 0.778 0.085 69 A 0.126 0.010 0.008 0.012 0.684 0.160 70 V 0.493 0.033 0.005 0.011 0.179 0.277 71 I 0.661 0.032 0.005 0.013 0.083 0.207 72 E 0.637 0.026 0.009 0.017 0.098 0.213 73 E 0.471 0.034 0.021 0.024 0.217 0.233 74 S 0.248 0.019 0.020 0.036 0.303 0.373 75 E 0.132 0.014 0.014 0.038 0.329 0.474 76 G 0.104 0.015 0.011 0.039 0.377 0.454 77 I 0.092 0.022 0.029 0.113 0.370 0.374 78 T 0.083 0.025 0.046 0.150 0.383 0.312 79 D 0.072 0.014 0.092 0.255 0.336 0.232 80 R 0.073 0.018 0.144 0.343 0.251 0.171 81 F 0.068 0.008 0.134 0.363 0.236 0.192 82 L 0.115 0.013 0.113 0.384 0.194 0.180 83 V 0.106 0.018 0.075 0.366 0.205 0.229 84 S 0.081 0.016 0.046 0.268 0.243 0.347 85 P 0.030 0.004 0.193 0.396 0.235 0.142 86 A 0.028 0.009 0.195 0.359 0.232 0.175 87 E 0.022 0.005 0.232 0.377 0.208 0.155 88 A 0.025 0.010 0.116 0.378 0.270 0.202 89 L 0.024 0.011 0.120 0.365 0.295 0.185 90 E 0.025 0.008 0.106 0.278 0.361 0.222 91 W 0.029 0.007 0.127 0.159 0.421 0.256 92 Y 0.037 0.024 0.104 0.133 0.492 0.210 93 E 0.038 0.011 0.091 0.117 0.629 0.115 94 K 0.038 0.006 0.060 0.079 0.673 0.144 95 G 0.075 0.010 0.025 0.027 0.595 0.268 96 A 0.283 0.014 0.012 0.022 0.309 0.360 97 A 0.674 0.016 0.007 0.021 0.101 0.182 98 L 0.842 0.013 0.007 0.019 0.044 0.075 99 E 0.814 0.010 0.010 0.024 0.054 0.089 100 F 0.711 0.011 0.017 0.031 0.093 0.137 101 D 0.335 0.006 0.018 0.035 0.259 0.348 102 F 0.202 0.019 0.016 0.023 0.400 0.340 103 T 0.082 0.017 0.144 0.078 0.505 0.174 104 D 0.039 0.013 0.290 0.096 0.449 0.114 105 L 0.028 0.014 0.336 0.149 0.371 0.101 106 F 0.020 0.010 0.101 0.296 0.277 0.296 107 I 0.011 0.004 0.041 0.416 0.195 0.333 108 P 0.004 0.002 0.061 0.729 0.101 0.103 109 Q 0.004 0.003 0.069 0.833 0.053 0.039 110 V 0.004 0.002 0.075 0.820 0.064 0.035 111 R 0.003 0.001 0.060 0.851 0.050 0.035 112 R 0.003 0.002 0.060 0.860 0.048 0.027 113 W 0.003 0.002 0.036 0.905 0.035 0.019 114 I 0.004 0.002 0.081 0.833 0.055 0.026 115 E 0.004 0.001 0.076 0.781 0.088 0.050 116 K 0.007 0.001 0.055 0.712 0.115 0.109 117 L 0.023 0.012 0.030 0.474 0.193 0.268 118 K 0.034 0.013 0.038 0.288 0.256 0.371 119 A 0.028 0.008 0.072 0.295 0.288 0.309 120 E 0.016 0.004 0.155 0.250 0.354 0.221 121 L 0.018 0.004 0.139 0.232 0.402 0.205 122 R 0.028 0.010 0.081 0.142 0.438 0.303 123 L 0.034 0.020 0.067 0.107 0.469 0.303 124 P 0.032 0.011 0.117 0.119 0.464 0.256 125 A 0.048 0.017 0.171 0.125 0.444 0.196 126 G 0.080 0.015 0.127 0.089 0.461 0.228 127 T 0.148 0.031 0.059 0.033 0.380 0.350 128 S 0.181 0.018 0.051 0.020 0.383 0.348 129 S 0.230 0.006 0.038 0.014 0.331 0.381 130 K 0.583 0.009 0.030 0.011 0.164 0.203 131 A 0.868 0.006 0.007 0.006 0.050 0.063 132 I 0.928 0.002 0.003 0.004 0.021 0.041 133 V 0.941 0.003 0.001 0.003 0.016 0.036 134 Y 0.912 0.004 0.001 0.004 0.023 0.056 135 A 0.732 0.016 0.002 0.006 0.061 0.183 136 A 0.324 0.026 0.012 0.006 0.284 0.348 137 K 0.088 0.019 0.062 0.007 0.617 0.205 138 N 0.019 0.009 0.136 0.008 0.702 0.125 139 G 0.027 0.011 0.083 0.005 0.756 0.117 140 G 0.073 0.047 0.062 0.003 0.589 0.226 141 G 0.110 0.027 0.017 0.001 0.385 0.460 142 F 0.244 0.050 0.023 0.001 0.288 0.395 143 K 0.332 0.025 0.017 0.001 0.250 0.375 144 A 0.641 0.022 0.022 0.001 0.136 0.178 145 H 0.680 0.034 0.020 0.001 0.136 0.128 146 F 0.704 0.055 0.007 0.001 0.102 0.131 147 D 0.416 0.034 0.003 0.001 0.304 0.241 148 A 0.021 0.004 0.041 0.011 0.897 0.026 149 Y 0.007 0.001 0.070 0.012 0.896 0.014 150 T 0.032 0.003 0.054 0.006 0.884 0.022 151 N 0.459 0.008 0.012 0.006 0.384 0.132 152 L 0.921 0.008 0.001 0.002 0.017 0.051 153 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 154 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 155 Q 0.971 0.002 0.001 0.001 0.011 0.015 156 I 0.917 0.003 0.001 0.002 0.038 0.039 157 Q 0.735 0.003 0.002 0.004 0.135 0.120 158 G 0.626 0.009 0.003 0.003 0.196 0.163 159 E 0.683 0.010 0.002 0.002 0.161 0.143 160 K 0.792 0.004 0.002 0.002 0.075 0.126 161 T 0.943 0.003 0.001 0.001 0.017 0.035 162 W 0.967 0.003 0.001 0.001 0.008 0.020 163 K 0.957 0.001 0.001 0.002 0.010 0.029 164 L 0.927 0.005 0.001 0.002 0.016 0.049 165 A 0.625 0.019 0.002 0.003 0.071 0.280 166 K 0.195 0.012 0.007 0.006 0.300 0.480 167 N 0.043 0.008 0.055 0.012 0.487 0.394 168 E 0.031 0.020 0.111 0.023 0.513 0.302 169 N 0.037 0.022 0.133 0.032 0.511 0.265 170 V 0.038 0.013 0.117 0.055 0.473 0.304 171 S 0.037 0.016 0.153 0.080 0.421 0.293 172 N 0.057 0.021 0.118 0.087 0.393 0.323 173 P 0.074 0.023 0.073 0.087 0.339 0.404 174 M 0.088 0.034 0.028 0.062 0.327 0.460 175 Q 0.115 0.029 0.036 0.069 0.335 0.417 176 H 0.082 0.018 0.036 0.074 0.370 0.419 177 Y 0.095 0.020 0.069 0.106 0.398 0.313 178 D 0.092 0.020 0.077 0.121 0.376 0.313 179 L 0.085 0.014 0.119 0.141 0.419 0.222 180 S 0.090 0.019 0.110 0.139 0.416 0.226 181 E 0.109 0.014 0.084 0.115 0.397 0.279 182 A 0.142 0.027 0.064 0.095 0.372 0.301 183 P 0.142 0.036 0.037 0.076 0.330 0.378 184 Y 0.155 0.030 0.033 0.082 0.314 0.385 185 Y 0.103 0.023 0.027 0.080 0.316 0.451 186 P 0.090 0.018 0.050 0.109 0.378 0.354 187 D 0.092 0.017 0.102 0.182 0.355 0.252 188 D 0.085 0.014 0.121 0.198 0.355 0.227 189 L 0.099 0.017 0.118 0.195 0.349 0.221 190 Q 0.093 0.017 0.061 0.154 0.319 0.356 191 S 0.107 0.027 0.053 0.156 0.333 0.325 192 Y 0.107 0.042 0.048 0.184 0.303 0.316 193 W 0.084 0.033 0.041 0.128 0.409 0.306 194 K 0.048 0.012 0.126 0.210 0.454 0.150 195 G 0.031 0.013 0.125 0.214 0.441 0.176 196 D 0.033 0.013 0.097 0.176 0.467 0.214 197 P 0.041 0.019 0.067 0.188 0.362 0.323 198 P 0.039 0.019 0.059 0.165 0.303 0.414 199 K 0.030 0.012 0.078 0.161 0.345 0.374 200 E 0.029 0.015 0.082 0.149 0.380 0.346 201 D 0.029 0.011 0.058 0.084 0.410 0.409 202 L 0.034 0.017 0.040 0.076 0.344 0.491 203 P 0.045 0.013 0.024 0.035 0.265 0.619 204 D 0.083 0.014 0.020 0.026 0.206 0.651 205 A 0.203 0.025 0.040 0.030 0.218 0.485 206 E 0.444 0.007 0.044 0.025 0.169 0.311 207 I 0.744 0.007 0.029 0.015 0.069 0.135 208 V 0.905 0.007 0.007 0.006 0.023 0.053 209 N 0.928 0.005 0.003 0.004 0.019 0.041 210 L 0.869 0.014 0.002 0.003 0.027 0.085 211 T 0.472 0.022 0.006 0.005 0.404 0.091 212 P 0.080 0.004 0.042 0.005 0.806 0.063 213 G 0.046 0.001 0.020 0.001 0.873 0.059 214 T 0.403 0.012 0.021 0.001 0.502 0.061 215 M 0.824 0.018 0.001 0.001 0.037 0.119 216 L 0.949 0.008 0.001 0.001 0.012 0.029 217 Y 0.967 0.003 0.001 0.001 0.008 0.020 218 L 0.850 0.011 0.001 0.001 0.033 0.103 219 P 0.285 0.010 0.004 0.003 0.472 0.224 220 R 0.033 0.003 0.029 0.011 0.798 0.125 221 G 0.057 0.011 0.035 0.007 0.762 0.129 222 L 0.258 0.071 0.048 0.010 0.506 0.108 223 W 0.393 0.013 0.014 0.007 0.142 0.430 224 H 0.719 0.033 0.015 0.007 0.089 0.136 225 S 0.735 0.008 0.012 0.006 0.098 0.141 226 T 0.780 0.010 0.011 0.008 0.077 0.114 227 K 0.714 0.030 0.009 0.007 0.097 0.143 228 S 0.505 0.014 0.015 0.016 0.273 0.177 229 D 0.113 0.004 0.104 0.038 0.605 0.135 230 Q 0.067 0.005 0.102 0.019 0.686 0.120 231 A 0.167 0.015 0.138 0.017 0.536 0.127 232 T 0.475 0.010 0.024 0.007 0.216 0.268 233 L 0.845 0.009 0.006 0.003 0.053 0.083 234 A 0.948 0.002 0.002 0.001 0.016 0.031 235 L 0.972 0.001 0.001 0.002 0.008 0.017 236 N 0.964 0.001 0.001 0.003 0.010 0.021 237 I 0.933 0.001 0.001 0.004 0.019 0.042 238 T 0.814 0.003 0.003 0.006 0.067 0.107 239 F 0.624 0.012 0.006 0.012 0.127 0.219 240 G 0.401 0.025 0.007 0.014 0.190 0.364 241 Q 0.175 0.011 0.011 0.031 0.247 0.525 242 P 0.080 0.008 0.054 0.129 0.390 0.338 243 A 0.045 0.015 0.091 0.247 0.329 0.274 244 W 0.018 0.004 0.153 0.667 0.110 0.047 245 L 0.008 0.002 0.095 0.758 0.086 0.051 246 D 0.004 0.002 0.098 0.813 0.053 0.029 247 L 0.003 0.002 0.059 0.895 0.029 0.012 248 M 0.003 0.001 0.052 0.880 0.042 0.022 249 L 0.003 0.001 0.087 0.832 0.056 0.020 250 A 0.002 0.001 0.076 0.800 0.080 0.041 251 A 0.004 0.003 0.043 0.758 0.103 0.090 252 L 0.005 0.006 0.104 0.591 0.172 0.123 253 R 0.007 0.002 0.128 0.454 0.265 0.144 254 K 0.017 0.003 0.161 0.378 0.273 0.168 255 K 0.041 0.013 0.112 0.368 0.299 0.167 256 L 0.070 0.010 0.072 0.318 0.327 0.204 257 I 0.078 0.011 0.055 0.271 0.326 0.258 258 S 0.046 0.010 0.038 0.221 0.398 0.286 259 D 0.019 0.004 0.047 0.262 0.404 0.265 260 N 0.025 0.009 0.060 0.203 0.406 0.297 261 R 0.047 0.013 0.106 0.252 0.397 0.185 262 F 0.097 0.022 0.098 0.283 0.279 0.221 263 R 0.079 0.028 0.102 0.319 0.252 0.221 264 E 0.055 0.015 0.089 0.176 0.475 0.190 265 L 0.023 0.005 0.074 0.145 0.512 0.242 266 A 0.019 0.013 0.046 0.054 0.528 0.341 267 V 0.028 0.035 0.031 0.049 0.494 0.363 268 N 0.029 0.024 0.030 0.040 0.340 0.537 269 H 0.020 0.012 0.366 0.087 0.362 0.153 270 Q 0.021 0.009 0.350 0.110 0.345 0.165 271 S 0.015 0.009 0.281 0.136 0.347 0.212 272 L 0.011 0.015 0.043 0.080 0.311 0.540 273 H 0.004 0.005 0.196 0.295 0.299 0.201 274 E 0.002 0.002 0.307 0.421 0.210 0.058 275 S 0.002 0.002 0.243 0.485 0.195 0.073 276 S 0.002 0.004 0.120 0.530 0.198 0.146 277 K 0.003 0.001 0.025 0.477 0.182 0.312 278 S 0.002 0.002 0.033 0.669 0.149 0.145 279 E 0.002 0.003 0.046 0.740 0.138 0.073 280 L 0.003 0.002 0.035 0.831 0.080 0.049 281 N 0.002 0.001 0.017 0.910 0.037 0.034 282 G 0.001 0.001 0.009 0.937 0.025 0.028 283 Y 0.001 0.001 0.010 0.936 0.020 0.031 284 L 0.001 0.001 0.005 0.959 0.013 0.022 285 E 0.001 0.001 0.003 0.969 0.012 0.015 286 S 0.001 0.001 0.004 0.957 0.016 0.023 287 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.009 0.009 288 I 0.001 0.001 0.005 0.973 0.010 0.011 289 Q 0.001 0.001 0.008 0.938 0.025 0.028 290 T 0.001 0.001 0.010 0.923 0.029 0.037 291 L 0.001 0.001 0.016 0.884 0.051 0.047 292 S 0.001 0.001 0.024 0.839 0.092 0.042 293 E 0.001 0.001 0.025 0.772 0.122 0.079 294 N 0.002 0.001 0.028 0.681 0.153 0.135 295 A 0.002 0.002 0.041 0.773 0.110 0.072 296 E 0.003 0.002 0.053 0.677 0.165 0.100 297 T 0.002 0.001 0.040 0.726 0.124 0.106 298 L 0.003 0.004 0.033 0.643 0.144 0.172 299 T 0.004 0.004 0.020 0.629 0.124 0.219 300 P 0.002 0.002 0.058 0.793 0.080 0.064 301 E 0.002 0.002 0.077 0.807 0.070 0.042 302 Q 0.002 0.001 0.080 0.819 0.061 0.036 303 I 0.003 0.003 0.042 0.827 0.067 0.058 304 F 0.003 0.002 0.045 0.784 0.093 0.073 305 Q 0.003 0.002 0.055 0.683 0.144 0.112 306 S 0.003 0.003 0.049 0.608 0.174 0.163 307 Q 0.003 0.006 0.057 0.522 0.229 0.182 308 D 0.004 0.004 0.056 0.429 0.274 0.233 309 S 0.005 0.004 0.081 0.458 0.253 0.200 310 D 0.008 0.007 0.083 0.478 0.237 0.186 311 F 0.012 0.010 0.067 0.433 0.233 0.244 312 D 0.010 0.007 0.066 0.497 0.191 0.228 313 P 0.008 0.006 0.051 0.429 0.191 0.315 314 Y 0.007 0.005 0.105 0.473 0.207 0.203 315 Q 0.004 0.004 0.078 0.511 0.204 0.198 316 S 0.005 0.006 0.090 0.428 0.230 0.241 317 T 0.006 0.005 0.084 0.425 0.246 0.234 318 Q 0.008 0.006 0.087 0.424 0.264 0.211 319 L 0.014 0.012 0.103 0.466 0.233 0.172 320 V 0.035 0.019 0.064 0.461 0.207 0.214 321 F 0.019 0.003 0.048 0.745 0.112 0.073 322 R 0.007 0.001 0.036 0.856 0.064 0.035 323 Q 0.010 0.002 0.035 0.878 0.051 0.024 324 L 0.010 0.002 0.025 0.914 0.029 0.019 325 L 0.012 0.002 0.059 0.861 0.037 0.029 326 T 0.017 0.002 0.095 0.812 0.045 0.029 327 S 0.016 0.002 0.105 0.786 0.043 0.048 328 Y 0.049 0.011 0.083 0.609 0.080 0.168 329 K 0.053 0.013 0.060 0.372 0.094 0.409 330 F 0.004 0.002 0.005 0.030 0.032 0.928