# TARGET T0218 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0218.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.002 0.003 0.048 0.092 0.815 2 Q 0.200 0.028 0.007 0.123 0.068 0.574 3 V 0.376 0.024 0.006 0.140 0.058 0.396 4 R 0.432 0.009 0.010 0.222 0.051 0.275 5 I 0.372 0.008 0.012 0.287 0.058 0.263 6 E 0.198 0.006 0.018 0.425 0.086 0.268 7 R 0.151 0.006 0.030 0.495 0.108 0.209 8 A 0.095 0.004 0.033 0.579 0.129 0.159 9 E 0.064 0.006 0.029 0.559 0.143 0.200 10 R 0.030 0.005 0.025 0.649 0.101 0.190 11 I 0.019 0.005 0.014 0.782 0.060 0.119 12 E 0.016 0.002 0.026 0.857 0.050 0.049 13 S 0.010 0.001 0.028 0.860 0.050 0.051 14 E 0.007 0.002 0.045 0.854 0.051 0.041 15 L 0.010 0.003 0.045 0.838 0.062 0.043 16 E 0.012 0.003 0.067 0.764 0.106 0.048 17 E 0.013 0.003 0.055 0.734 0.117 0.077 18 H 0.027 0.009 0.038 0.447 0.276 0.202 19 V 0.035 0.012 0.028 0.324 0.397 0.204 20 G 0.031 0.006 0.020 0.184 0.480 0.278 21 D 0.047 0.008 0.039 0.236 0.467 0.203 22 Q 0.116 0.011 0.044 0.393 0.267 0.168 23 T 0.231 0.018 0.032 0.377 0.165 0.176 24 F 0.269 0.015 0.026 0.391 0.119 0.180 25 V 0.260 0.017 0.026 0.414 0.099 0.184 26 E 0.277 0.008 0.030 0.418 0.097 0.170 27 E 0.156 0.004 0.045 0.580 0.095 0.120 28 S 0.158 0.008 0.046 0.491 0.130 0.167 29 R 0.132 0.007 0.067 0.494 0.143 0.157 30 F 0.113 0.007 0.071 0.515 0.144 0.150 31 L 0.096 0.012 0.064 0.558 0.139 0.130 32 E 0.062 0.007 0.038 0.544 0.148 0.201 33 E 0.043 0.005 0.038 0.460 0.196 0.258 34 D 0.028 0.006 0.053 0.368 0.251 0.294 35 E 0.028 0.005 0.065 0.391 0.264 0.247 36 Q 0.024 0.007 0.059 0.371 0.290 0.248 37 R 0.031 0.010 0.036 0.247 0.301 0.376 38 E 0.041 0.009 0.049 0.257 0.302 0.342 39 G 0.059 0.012 0.066 0.178 0.324 0.362 40 E 0.069 0.009 0.095 0.121 0.358 0.348 41 I 0.144 0.016 0.078 0.080 0.289 0.392 42 L 0.214 0.010 0.112 0.064 0.271 0.329 43 D 0.298 0.007 0.094 0.063 0.213 0.324 44 Q 0.614 0.006 0.049 0.052 0.099 0.179 45 I 0.834 0.007 0.010 0.025 0.041 0.083 46 I 0.911 0.004 0.002 0.011 0.021 0.051 47 F 0.908 0.006 0.002 0.008 0.041 0.035 48 V 0.787 0.012 0.002 0.007 0.109 0.084 49 D 0.300 0.005 0.003 0.007 0.501 0.183 50 G 0.079 0.006 0.016 0.019 0.777 0.103 51 K 0.111 0.019 0.030 0.049 0.579 0.212 52 R 0.317 0.018 0.032 0.051 0.345 0.236 53 R 0.483 0.006 0.018 0.038 0.149 0.306 54 S 0.781 0.017 0.011 0.018 0.052 0.120 55 F 0.887 0.005 0.014 0.017 0.037 0.041 56 V 0.895 0.001 0.012 0.017 0.033 0.042 57 R 0.907 0.005 0.008 0.018 0.029 0.033 58 I 0.906 0.004 0.007 0.025 0.028 0.029 59 T 0.871 0.005 0.007 0.032 0.048 0.037 60 T 0.585 0.022 0.014 0.065 0.168 0.145 61 D 0.122 0.008 0.010 0.038 0.698 0.124 62 E 0.025 0.003 0.016 0.072 0.784 0.100 63 G 0.043 0.008 0.013 0.094 0.705 0.137 64 I 0.125 0.030 0.021 0.269 0.441 0.115 65 T 0.208 0.014 0.014 0.372 0.133 0.258 66 G 0.389 0.018 0.027 0.417 0.067 0.083 67 I 0.420 0.010 0.036 0.440 0.045 0.050 68 F 0.444 0.006 0.033 0.453 0.027 0.037 69 A 0.529 0.005 0.035 0.381 0.026 0.024 70 E 0.629 0.003 0.030 0.277 0.033 0.028 71 L 0.641 0.004 0.029 0.240 0.052 0.035 72 C 0.696 0.007 0.022 0.165 0.072 0.038 73 V 0.622 0.005 0.027 0.143 0.130 0.072 74 G 0.614 0.003 0.020 0.080 0.160 0.123 75 A 0.835 0.006 0.008 0.029 0.057 0.066 76 V 0.917 0.007 0.002 0.015 0.022 0.036 77 I 0.912 0.005 0.002 0.012 0.024 0.045 78 W 0.848 0.021 0.002 0.008 0.035 0.086 79 D 0.367 0.021 0.006 0.016 0.482 0.107 80 R 0.026 0.002 0.018 0.045 0.840 0.070 81 E 0.018 0.003 0.015 0.044 0.858 0.063 82 G 0.049 0.018 0.013 0.072 0.757 0.091 83 G 0.181 0.025 0.008 0.106 0.188 0.492 84 T 0.497 0.053 0.032 0.148 0.109 0.161 85 K 0.485 0.015 0.072 0.170 0.126 0.131 86 T 0.404 0.020 0.085 0.192 0.148 0.151 87 L 0.272 0.013 0.086 0.256 0.194 0.180 88 F 0.209 0.007 0.071 0.238 0.233 0.243 89 S 0.126 0.007 0.075 0.239 0.305 0.248 90 P 0.084 0.010 0.065 0.185 0.369 0.286 91 D 0.057 0.014 0.044 0.174 0.376 0.336 92 K 0.055 0.011 0.048 0.171 0.393 0.322 93 P 0.073 0.008 0.042 0.155 0.344 0.378 94 P 0.140 0.014 0.054 0.158 0.287 0.348 95 V 0.319 0.017 0.053 0.139 0.208 0.263 96 K 0.589 0.010 0.034 0.077 0.110 0.180 97 E 0.747 0.004 0.019 0.053 0.053 0.124 98 R 0.882 0.003 0.009 0.036 0.021 0.049 99 V 0.910 0.004 0.005 0.029 0.014 0.038 100 L 0.872 0.003 0.006 0.039 0.026 0.055 101 G 0.816 0.005 0.007 0.030 0.053 0.089 102 F 0.590 0.018 0.011 0.038 0.144 0.200 103 S 0.245 0.016 0.020 0.037 0.543 0.139 104 Q 0.053 0.003 0.041 0.054 0.711 0.137 105 S 0.058 0.013 0.030 0.038 0.676 0.186 106 F 0.117 0.048 0.021 0.049 0.517 0.249 107 Q 0.117 0.017 0.012 0.043 0.221 0.590 108 E 0.104 0.012 0.182 0.218 0.309 0.176 109 E 0.077 0.007 0.225 0.268 0.300 0.123 110 G 0.078 0.005 0.223 0.347 0.238 0.109 111 Y 0.123 0.012 0.157 0.365 0.216 0.127 112 E 0.163 0.011 0.121 0.388 0.197 0.120 113 E 0.229 0.016 0.072 0.294 0.262 0.128 114 V 0.168 0.008 0.040 0.220 0.373 0.191 115 G 0.105 0.006 0.022 0.134 0.421 0.313 116 G 0.288 0.011 0.017 0.092 0.276 0.316 117 I 0.593 0.019 0.010 0.082 0.106 0.190 118 L 0.700 0.011 0.007 0.082 0.051 0.149 119 F 0.730 0.010 0.005 0.085 0.039 0.132 120 K 0.575 0.014 0.006 0.139 0.057 0.209 121 V 0.374 0.008 0.008 0.185 0.076 0.349 122 V 0.272 0.007 0.015 0.260 0.115 0.331 123 K 0.150 0.006 0.041 0.334 0.181 0.288 124 E 0.092 0.007 0.052 0.404 0.197 0.248 125 G 0.049 0.005 0.049 0.489 0.200 0.208 126 K 0.028 0.003 0.056 0.572 0.195 0.146 127 D 0.013 0.004 0.054 0.606 0.201 0.123 128 A 0.008 0.003 0.039 0.674 0.141 0.135 129 M 0.013 0.004 0.075 0.608 0.179 0.122 130 Q 0.012 0.002 0.078 0.622 0.176 0.111 131 S 0.024 0.006 0.091 0.598 0.150 0.132 132 I 0.035 0.006 0.066 0.662 0.113 0.117 133 D 0.049 0.004 0.061 0.624 0.138 0.124 134 L 0.044 0.003 0.061 0.720 0.099 0.073 135 Y 0.071 0.011 0.030 0.712 0.087 0.090 136 M 0.053 0.005 0.057 0.702 0.100 0.083 137 R 0.038 0.003 0.045 0.630 0.126 0.158 138 S 0.051 0.004 0.034 0.690 0.081 0.140 139 L 0.119 0.013 0.014 0.736 0.036 0.082 140 E 0.143 0.010 0.009 0.721 0.021 0.095 141 I 0.049 0.002 0.015 0.839 0.017 0.078 142 E 0.020 0.001 0.018 0.927 0.011 0.023 143 E 0.023 0.001 0.022 0.914 0.019 0.022 144 V 0.019 0.001 0.017 0.906 0.028 0.028 145 R 0.028 0.002 0.024 0.851 0.050 0.045 146 K 0.033 0.003 0.036 0.783 0.088 0.056 147 H 0.038 0.007 0.045 0.669 0.145 0.096 148 M 0.045 0.013 0.054 0.354 0.267 0.267 149 D 0.078 0.021 0.045 0.104 0.555 0.196 150 K 0.052 0.003 0.045 0.079 0.611 0.210 151 N 0.053 0.002 0.021 0.022 0.587 0.315 152 I 0.540 0.020 0.010 0.017 0.225 0.188 153 L 0.834 0.012 0.002 0.009 0.040 0.103 154 I 0.898 0.009 0.001 0.007 0.018 0.067 155 V 0.860 0.013 0.001 0.004 0.057 0.066 156 K 0.623 0.020 0.001 0.006 0.164 0.186 157 D 0.099 0.010 0.002 0.004 0.379 0.507 158 G 0.029 0.007 0.001 0.003 0.343 0.618 159 P 0.035 0.012 0.005 0.007 0.199 0.742 160 A 0.084 0.061 0.060 0.047 0.365 0.383 161 A 0.074 0.021 0.187 0.065 0.423 0.230 162 R 0.051 0.009 0.161 0.073 0.416 0.290 163 E 0.075 0.017 0.086 0.067 0.439 0.315 164 L 0.079 0.043 0.034 0.038 0.292 0.513 165 P 0.067 0.021 0.064 0.034 0.346 0.467 166 F 0.037 0.015 0.330 0.058 0.371 0.188 167 E 0.025 0.014 0.429 0.044 0.397 0.091 168 E 0.017 0.003 0.370 0.049 0.479 0.081 169 N 0.029 0.006 0.135 0.043 0.591 0.196 170 V 0.089 0.035 0.066 0.033 0.465 0.312 171 G 0.133 0.016 0.019 0.018 0.274 0.539 172 P 0.304 0.030 0.017 0.013 0.173 0.463 173 I 0.469 0.010 0.011 0.014 0.141 0.355 174 G 0.719 0.007 0.007 0.015 0.073 0.179 175 L 0.848 0.015 0.003 0.017 0.036 0.080 176 V 0.832 0.008 0.004 0.030 0.049 0.077 177 K 0.817 0.006 0.005 0.034 0.060 0.079 178 N 0.557 0.006 0.016 0.059 0.202 0.160 179 I 0.300 0.011 0.024 0.097 0.331 0.237 180 G 0.227 0.009 0.028 0.062 0.317 0.356 181 V 0.321 0.023 0.074 0.067 0.275 0.240 182 T 0.377 0.020 0.073 0.077 0.239 0.214 183 E 0.299 0.028 0.077 0.067 0.230 0.299 184 L 0.131 0.022 0.016 0.037 0.253 0.542 185 S 0.035 0.006 0.011 0.072 0.269 0.607 186 K 0.005 0.001 0.100 0.686 0.145 0.063 187 E 0.007 0.002 0.072 0.714 0.154 0.052 188 D 0.004 0.001 0.053 0.834 0.075 0.033 189 F 0.009 0.001 0.018 0.864 0.049 0.059 190 K 0.011 0.003 0.021 0.875 0.049 0.042 191 K 0.013 0.004 0.033 0.862 0.049 0.039 192 L 0.021 0.003 0.079 0.782 0.069 0.046 193 R 0.020 0.002 0.107 0.705 0.096 0.069 194 F 0.024 0.005 0.074 0.678 0.094 0.126 195 L 0.040 0.024 0.034 0.385 0.201 0.316 196 K 0.053 0.019 0.017 0.149 0.508 0.254 197 K 0.066 0.011 0.015 0.086 0.561 0.261 198 G 0.051 0.008 0.014 0.030 0.614 0.283 199 K 0.230 0.036 0.011 0.020 0.441 0.261 200 R 0.287 0.074 0.009 0.024 0.175 0.432 201 S 0.161 0.028 0.014 0.026 0.251 0.520 202 K 0.180 0.013 0.040 0.046 0.337 0.385 203 M 0.238 0.034 0.043 0.067 0.308 0.310 204 F 0.249 0.044 0.045 0.068 0.304 0.289 205 V 0.211 0.026 0.054 0.093 0.335 0.280 206 S 0.131 0.013 0.080 0.090 0.415 0.270 207 S 0.078 0.013 0.102 0.084 0.538 0.185 208 R 0.065 0.010 0.076 0.061 0.599 0.190 209 E 0.054 0.013 0.055 0.038 0.609 0.232 210 T 0.059 0.019 0.029 0.018 0.603 0.273 211 P 0.052 0.010 0.086 0.028 0.545 0.279 212 L 0.112 0.011 0.275 0.034 0.420 0.147 213 K 0.283 0.010 0.216 0.025 0.320 0.146 214 K 0.478 0.008 0.077 0.014 0.220 0.203 215 V 0.699 0.009 0.010 0.004 0.109 0.169 216 G 0.820 0.003 0.003 0.002 0.049 0.123 217 A 0.953 0.001 0.001 0.001 0.010 0.035 218 Y 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 219 V 0.978 0.002 0.001 0.001 0.005 0.015 220 K 0.933 0.002 0.001 0.001 0.014 0.050 221 L 0.633 0.011 0.006 0.003 0.113 0.234 222 I 0.210 0.009 0.019 0.007 0.446 0.308 223 D 0.068 0.012 0.035 0.010 0.594 0.281 224 G 0.051 0.030 0.029 0.010 0.633 0.247 225 E 0.043 0.015 0.021 0.008 0.587 0.326 226 G 0.067 0.017 0.019 0.008 0.409 0.480 227 I 0.169 0.046 0.063 0.012 0.527 0.184 228 R 0.347 0.011 0.048 0.009 0.366 0.219 229 G 0.719 0.007 0.020 0.005 0.141 0.109 230 L 0.862 0.008 0.003 0.003 0.046 0.077 231 V 0.920 0.008 0.001 0.002 0.016 0.052 232 R 0.919 0.004 0.001 0.003 0.014 0.058 233 L 0.866 0.003 0.002 0.004 0.025 0.099 234 E 0.797 0.007 0.004 0.006 0.042 0.145 235 T 0.635 0.010 0.007 0.008 0.090 0.250 236 Y 0.406 0.022 0.007 0.009 0.149 0.408 237 V 0.153 0.020 0.018 0.014 0.309 0.486 238 K 0.071 0.011 0.038 0.026 0.408 0.445 239 D 0.035 0.010 0.075 0.081 0.528 0.271 240 D 0.017 0.005 0.120 0.179 0.504 0.174 241 N 0.020 0.006 0.079 0.209 0.459 0.227 242 Q 0.027 0.014 0.083 0.481 0.237 0.158 243 I 0.050 0.009 0.041 0.575 0.146 0.178 244 P 0.050 0.005 0.054 0.694 0.089 0.108 245 Y 0.085 0.008 0.067 0.698 0.069 0.074 246 I 0.087 0.005 0.054 0.762 0.043 0.049 247 R 0.093 0.003 0.052 0.761 0.040 0.051 248 K 0.062 0.002 0.046 0.791 0.042 0.058 249 V 0.060 0.007 0.038 0.809 0.036 0.051 250 F 0.066 0.004 0.042 0.782 0.048 0.058 251 D 0.034 0.002 0.054 0.786 0.058 0.065 252 D 0.018 0.004 0.067 0.721 0.087 0.103 253 L 0.008 0.003 0.072 0.804 0.064 0.049 254 A 0.006 0.001 0.134 0.726 0.091 0.041 255 K 0.004 0.001 0.115 0.724 0.098 0.057 256 T 0.005 0.005 0.095 0.694 0.115 0.086 257 L 0.010 0.011 0.057 0.461 0.289 0.172 258 P 0.006 0.003 0.090 0.331 0.374 0.196 259 H 0.010 0.010 0.114 0.326 0.364 0.175 260 L 0.011 0.011 0.108 0.340 0.351 0.179 261 T 0.020 0.020 0.088 0.244 0.376 0.252 262 A 0.027 0.007 0.180 0.274 0.358 0.154 263 D 0.036 0.015 0.179 0.254 0.346 0.171 264 L 0.030 0.010 0.174 0.268 0.321 0.197 265 P 0.035 0.014 0.090 0.185 0.365 0.312 266 I 0.029 0.009 0.143 0.190 0.375 0.254 267 P 0.036 0.013 0.110 0.207 0.343 0.291 268 R 0.037 0.030 0.080 0.156 0.310 0.387 269 L 0.023 0.021 0.021 0.070 0.264 0.602 270 P 0.018 0.017 0.077 0.103 0.437 0.347 271 E 0.025 0.012 0.193 0.112 0.476 0.182 272 N 0.025 0.004 0.159 0.183 0.429 0.201 273 I 0.058 0.016 0.109 0.337 0.295 0.185 274 L 0.082 0.020 0.016 0.315 0.177 0.389 275 P 0.047 0.010 0.023 0.530 0.104 0.286 276 I 0.011 0.001 0.042 0.808 0.053 0.085 277 Q 0.010 0.001 0.051 0.818 0.045 0.076 278 F 0.004 0.001 0.076 0.869 0.028 0.022 279 L 0.005 0.002 0.034 0.894 0.030 0.035 280 E 0.006 0.002 0.056 0.874 0.042 0.020 281 E 0.002 0.001 0.044 0.862 0.061 0.031 282 N 0.002 0.001 0.034 0.873 0.060 0.030 283 L 0.003 0.004 0.042 0.825 0.085 0.041 284 S 0.008 0.003 0.048 0.717 0.152 0.072 285 Y 0.011 0.003 0.063 0.699 0.141 0.083 286 Y 0.016 0.008 0.045 0.527 0.266 0.138 287 L 0.021 0.008 0.041 0.450 0.335 0.145 288 T 0.015 0.007 0.021 0.204 0.470 0.283 289 D 0.015 0.006 0.031 0.200 0.461 0.287 290 K 0.019 0.006 0.084 0.515 0.262 0.115 291 N 0.037 0.008 0.080 0.550 0.194 0.131 292 Y 0.060 0.008 0.080 0.641 0.137 0.074 293 M 0.072 0.009 0.048 0.755 0.066 0.050 294 N 0.124 0.004 0.040 0.700 0.069 0.063 295 T 0.132 0.002 0.027 0.755 0.037 0.047 296 R 0.229 0.004 0.016 0.685 0.023 0.042 297 L 0.271 0.006 0.014 0.658 0.017 0.034 298 F 0.267 0.003 0.025 0.640 0.024 0.040 299 A 0.296 0.003 0.035 0.549 0.044 0.073 300 Y 0.210 0.006 0.047 0.538 0.068 0.131 301 I 0.161 0.014 0.023 0.351 0.092 0.359 302 G 0.054 0.009 0.010 0.109 0.089 0.728 303 R 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.975