# TARGET T0218 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0218.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.985 2 Q 0.056 0.029 0.004 0.050 0.008 0.010 0.842 3 V 0.125 0.034 0.017 0.122 0.142 0.025 0.535 4 R 0.124 0.012 0.029 0.128 0.069 0.030 0.608 5 I 0.041 0.010 0.097 0.683 0.021 0.039 0.110 6 E 0.057 0.006 0.127 0.538 0.045 0.062 0.164 7 R 0.047 0.011 0.112 0.593 0.044 0.079 0.113 8 A 0.021 0.006 0.051 0.782 0.021 0.075 0.045 9 E 0.037 0.004 0.053 0.685 0.042 0.105 0.074 10 R 0.059 0.012 0.060 0.570 0.025 0.068 0.206 11 I 0.060 0.008 0.044 0.591 0.039 0.033 0.226 12 E 0.053 0.008 0.067 0.653 0.034 0.040 0.145 13 S 0.023 0.002 0.090 0.699 0.040 0.083 0.062 14 E 0.027 0.005 0.072 0.709 0.030 0.097 0.060 15 L 0.041 0.012 0.065 0.655 0.051 0.101 0.075 16 E 0.036 0.009 0.077 0.522 0.066 0.140 0.151 17 E 0.026 0.006 0.062 0.422 0.126 0.216 0.142 18 H 0.032 0.016 0.048 0.131 0.148 0.159 0.466 19 V 0.027 0.021 0.085 0.098 0.123 0.330 0.316 20 G 0.040 0.012 0.078 0.054 0.176 0.351 0.289 21 D 0.056 0.012 0.081 0.055 0.292 0.169 0.334 22 Q 0.093 0.011 0.073 0.050 0.165 0.180 0.426 23 T 0.242 0.041 0.058 0.047 0.122 0.099 0.390 24 F 0.502 0.044 0.021 0.031 0.061 0.027 0.313 25 V 0.532 0.053 0.017 0.030 0.052 0.015 0.300 26 E 0.445 0.028 0.035 0.031 0.065 0.030 0.366 27 E 0.197 0.019 0.069 0.048 0.150 0.084 0.433 28 S 0.073 0.012 0.158 0.056 0.137 0.114 0.451 29 R 0.040 0.009 0.155 0.098 0.140 0.213 0.344 30 F 0.050 0.028 0.138 0.107 0.067 0.163 0.447 31 L 0.068 0.025 0.070 0.122 0.133 0.066 0.516 32 E 0.069 0.013 0.071 0.126 0.063 0.070 0.589 33 E 0.031 0.015 0.145 0.199 0.131 0.111 0.368 34 D 0.019 0.007 0.154 0.179 0.083 0.165 0.392 35 E 0.021 0.015 0.159 0.278 0.068 0.279 0.179 36 Q 0.016 0.005 0.125 0.154 0.092 0.200 0.409 37 R 0.019 0.011 0.121 0.170 0.134 0.218 0.327 38 E 0.018 0.013 0.074 0.121 0.100 0.471 0.203 39 G 0.013 0.003 0.080 0.035 0.192 0.264 0.412 40 E 0.053 0.016 0.097 0.039 0.188 0.146 0.461 41 I 0.146 0.095 0.101 0.020 0.144 0.096 0.397 42 L 0.156 0.020 0.105 0.010 0.095 0.069 0.545 43 D 0.151 0.005 0.098 0.005 0.291 0.138 0.312 44 Q 0.628 0.005 0.044 0.002 0.135 0.045 0.141 45 I 0.933 0.004 0.003 0.002 0.004 0.001 0.052 46 I 0.984 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 47 F 0.982 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 48 V 0.938 0.003 0.001 0.002 0.004 0.008 0.044 49 D 0.544 0.004 0.004 0.002 0.087 0.234 0.124 50 G 0.142 0.001 0.006 0.001 0.252 0.525 0.074 51 K 0.609 0.011 0.006 0.001 0.127 0.082 0.164 52 R 0.823 0.019 0.002 0.001 0.031 0.010 0.114 53 R 0.637 0.003 0.001 0.001 0.018 0.001 0.339 54 S 0.834 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.148 55 F 0.967 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 56 V 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 57 R 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 58 I 0.893 0.005 0.001 0.001 0.004 0.005 0.091 59 T 0.548 0.006 0.003 0.001 0.107 0.075 0.261 60 T 0.235 0.015 0.006 0.002 0.377 0.101 0.263 61 D 0.088 0.010 0.020 0.004 0.340 0.134 0.405 62 E 0.025 0.005 0.027 0.009 0.284 0.529 0.121 63 G 0.060 0.008 0.025 0.023 0.216 0.377 0.291 64 I 0.172 0.017 0.003 0.032 0.050 0.010 0.717 65 T 0.536 0.013 0.002 0.062 0.034 0.014 0.339 66 G 0.833 0.006 0.002 0.059 0.018 0.005 0.077 67 I 0.828 0.003 0.001 0.104 0.019 0.002 0.042 68 F 0.795 0.001 0.004 0.167 0.009 0.004 0.020 69 A 0.810 0.002 0.006 0.135 0.014 0.005 0.028 70 E 0.775 0.003 0.011 0.136 0.029 0.010 0.037 71 L 0.657 0.005 0.023 0.167 0.036 0.036 0.075 72 C 0.572 0.020 0.022 0.100 0.043 0.081 0.161 73 V 0.440 0.013 0.047 0.102 0.105 0.142 0.151 74 G 0.474 0.006 0.054 0.078 0.102 0.133 0.152 75 A 0.546 0.013 0.047 0.083 0.038 0.075 0.198 76 V 0.702 0.017 0.026 0.070 0.031 0.034 0.121 77 I 0.865 0.015 0.006 0.026 0.013 0.010 0.066 78 W 0.709 0.051 0.007 0.020 0.036 0.022 0.154 79 D 0.237 0.011 0.015 0.012 0.093 0.071 0.560 80 R 0.058 0.005 0.047 0.015 0.210 0.494 0.171 81 E 0.030 0.011 0.043 0.008 0.162 0.643 0.104 82 G 0.034 0.006 0.022 0.006 0.494 0.214 0.223 83 G 0.079 0.017 0.012 0.006 0.163 0.066 0.658 84 T 0.316 0.087 0.030 0.013 0.074 0.033 0.447 85 K 0.432 0.023 0.041 0.013 0.080 0.024 0.387 86 T 0.528 0.024 0.048 0.021 0.077 0.032 0.270 87 L 0.476 0.021 0.031 0.027 0.150 0.037 0.258 88 F 0.381 0.094 0.025 0.042 0.112 0.057 0.289 89 S 0.134 0.029 0.013 0.006 0.092 0.032 0.695 90 P 0.013 0.004 0.030 0.006 0.101 0.749 0.097 91 D 0.013 0.011 0.027 0.008 0.173 0.663 0.105 92 K 0.017 0.006 0.007 0.022 0.492 0.014 0.440 93 P 0.016 0.016 0.005 0.063 0.063 0.009 0.830 94 P 0.071 0.074 0.022 0.169 0.051 0.028 0.585 95 V 0.083 0.017 0.049 0.512 0.038 0.059 0.242 96 K 0.099 0.010 0.032 0.676 0.054 0.031 0.098 97 E 0.187 0.003 0.037 0.665 0.027 0.016 0.065 98 R 0.279 0.003 0.024 0.609 0.025 0.020 0.040 99 V 0.313 0.012 0.025 0.577 0.012 0.035 0.026 100 L 0.405 0.009 0.024 0.370 0.044 0.087 0.061 101 G 0.254 0.016 0.038 0.266 0.044 0.209 0.172 102 F 0.059 0.017 0.090 0.321 0.038 0.167 0.308 103 S 0.028 0.007 0.252 0.289 0.073 0.160 0.190 104 Q 0.016 0.004 0.325 0.222 0.117 0.240 0.075 105 S 0.021 0.008 0.244 0.210 0.087 0.272 0.157 106 F 0.038 0.030 0.092 0.109 0.170 0.078 0.484 107 Q 0.027 0.009 0.052 0.048 0.051 0.054 0.759 108 E 0.025 0.008 0.266 0.160 0.098 0.140 0.303 109 E 0.022 0.010 0.191 0.133 0.105 0.388 0.152 110 G 0.057 0.012 0.135 0.077 0.135 0.389 0.195 111 Y 0.156 0.022 0.052 0.077 0.155 0.071 0.467 112 E 0.305 0.020 0.068 0.053 0.126 0.055 0.372 113 E 0.397 0.044 0.072 0.054 0.119 0.064 0.251 114 V 0.319 0.034 0.048 0.034 0.125 0.088 0.352 115 G 0.235 0.014 0.030 0.016 0.215 0.147 0.342 116 G 0.302 0.015 0.032 0.015 0.168 0.132 0.335 117 I 0.511 0.017 0.017 0.013 0.084 0.042 0.315 118 L 0.701 0.010 0.009 0.010 0.046 0.020 0.203 119 F 0.833 0.007 0.004 0.009 0.014 0.006 0.126 120 K 0.914 0.011 0.002 0.014 0.008 0.003 0.047 121 V 0.869 0.010 0.004 0.022 0.008 0.007 0.081 122 V 0.692 0.009 0.011 0.061 0.029 0.050 0.147 123 K 0.379 0.010 0.033 0.087 0.132 0.171 0.188 124 E 0.114 0.011 0.036 0.072 0.185 0.454 0.127 125 G 0.067 0.008 0.046 0.050 0.229 0.388 0.212 126 K 0.089 0.020 0.086 0.097 0.210 0.149 0.349 127 D 0.131 0.053 0.171 0.109 0.100 0.132 0.305 128 A 0.082 0.014 0.190 0.191 0.084 0.124 0.315 129 M 0.054 0.012 0.159 0.200 0.084 0.095 0.397 130 Q 0.027 0.014 0.088 0.355 0.160 0.127 0.228 131 S 0.020 0.009 0.059 0.380 0.077 0.136 0.319 132 I 0.006 0.003 0.039 0.759 0.019 0.031 0.144 133 D 0.005 0.002 0.038 0.844 0.018 0.023 0.070 134 L 0.002 0.001 0.039 0.914 0.009 0.026 0.010 135 Y 0.003 0.002 0.032 0.908 0.007 0.033 0.015 136 M 0.003 0.002 0.045 0.896 0.007 0.031 0.016 137 R 0.004 0.001 0.030 0.875 0.015 0.063 0.013 138 S 0.004 0.001 0.023 0.846 0.018 0.086 0.021 139 L 0.009 0.005 0.010 0.850 0.024 0.039 0.064 140 E 0.012 0.005 0.009 0.778 0.020 0.057 0.119 141 I 0.007 0.001 0.008 0.924 0.007 0.012 0.041 142 E 0.006 0.001 0.006 0.967 0.004 0.005 0.011 143 E 0.008 0.001 0.008 0.972 0.002 0.005 0.005 144 V 0.007 0.001 0.008 0.966 0.003 0.008 0.007 145 R 0.006 0.001 0.015 0.958 0.004 0.009 0.008 146 K 0.004 0.001 0.021 0.907 0.008 0.055 0.005 147 H 0.007 0.002 0.034 0.746 0.020 0.149 0.042 148 M 0.025 0.010 0.035 0.608 0.107 0.100 0.114 149 D 0.047 0.016 0.104 0.217 0.113 0.246 0.259 150 K 0.014 0.002 0.171 0.045 0.102 0.634 0.033 151 N 0.065 0.003 0.168 0.030 0.125 0.517 0.092 152 I 0.357 0.034 0.123 0.028 0.069 0.076 0.314 153 L 0.693 0.019 0.022 0.018 0.034 0.047 0.168 154 I 0.890 0.018 0.010 0.014 0.008 0.010 0.050 155 V 0.870 0.039 0.004 0.009 0.006 0.006 0.066 156 K 0.594 0.012 0.009 0.013 0.058 0.128 0.186 157 D 0.182 0.010 0.010 0.010 0.383 0.206 0.199 158 G 0.067 0.010 0.018 0.022 0.431 0.049 0.404 159 P 0.040 0.010 0.201 0.126 0.150 0.296 0.176 160 A 0.055 0.025 0.319 0.161 0.061 0.277 0.104 161 A 0.063 0.019 0.489 0.104 0.049 0.097 0.179 162 R 0.076 0.016 0.292 0.142 0.086 0.218 0.170 163 E 0.120 0.027 0.223 0.142 0.113 0.217 0.158 164 L 0.106 0.020 0.018 0.028 0.419 0.018 0.391 165 P 0.107 0.021 0.049 0.033 0.072 0.051 0.665 166 F 0.073 0.030 0.361 0.120 0.091 0.157 0.168 167 E 0.033 0.009 0.493 0.120 0.065 0.180 0.099 168 E 0.024 0.006 0.462 0.088 0.087 0.237 0.096 169 N 0.037 0.010 0.162 0.089 0.183 0.332 0.187 170 V 0.061 0.027 0.028 0.018 0.363 0.078 0.424 171 G 0.083 0.010 0.006 0.004 0.230 0.039 0.628 172 P 0.252 0.010 0.010 0.003 0.163 0.060 0.503 173 I 0.708 0.015 0.007 0.002 0.036 0.009 0.222 174 G 0.902 0.003 0.003 0.002 0.023 0.004 0.063 175 L 0.972 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.016 176 V 0.965 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.024 177 K 0.943 0.002 0.001 0.011 0.005 0.003 0.034 178 N 0.868 0.005 0.002 0.015 0.017 0.015 0.080 179 I 0.492 0.007 0.007 0.031 0.094 0.224 0.144 180 G 0.232 0.009 0.010 0.028 0.147 0.361 0.214 181 V 0.213 0.023 0.029 0.035 0.157 0.068 0.474 182 T 0.313 0.028 0.060 0.048 0.122 0.109 0.320 183 E 0.193 0.027 0.118 0.036 0.166 0.141 0.319 184 L 0.072 0.041 0.036 0.025 0.252 0.058 0.515 185 S 0.017 0.009 0.019 0.025 0.081 0.026 0.823 186 K 0.001 0.001 0.196 0.692 0.017 0.064 0.029 187 E 0.001 0.001 0.171 0.736 0.006 0.078 0.009 188 D 0.001 0.001 0.141 0.782 0.005 0.052 0.020 189 F 0.001 0.001 0.048 0.923 0.003 0.014 0.012 190 K 0.001 0.001 0.070 0.899 0.002 0.025 0.003 191 K 0.001 0.001 0.055 0.852 0.002 0.086 0.003 192 L 0.001 0.004 0.157 0.730 0.009 0.078 0.020 193 R 0.001 0.001 0.152 0.643 0.015 0.174 0.015 194 F 0.002 0.002 0.163 0.496 0.013 0.288 0.036 195 L 0.007 0.011 0.047 0.147 0.323 0.056 0.410 196 K 0.010 0.007 0.050 0.133 0.078 0.067 0.655 197 K 0.005 0.005 0.099 0.122 0.104 0.628 0.037 198 G 0.011 0.003 0.061 0.039 0.118 0.687 0.081 199 K 0.095 0.024 0.020 0.011 0.229 0.046 0.575 200 R 0.223 0.081 0.006 0.006 0.086 0.037 0.562 201 S 0.253 0.036 0.018 0.010 0.111 0.026 0.545 202 K 0.275 0.024 0.088 0.049 0.170 0.081 0.311 203 M 0.390 0.024 0.080 0.047 0.083 0.079 0.297 204 F 0.511 0.070 0.037 0.033 0.054 0.032 0.265 205 V 0.441 0.065 0.018 0.016 0.054 0.023 0.383 206 S 0.271 0.044 0.019 0.010 0.106 0.111 0.439 207 S 0.085 0.016 0.048 0.011 0.207 0.272 0.362 208 R 0.074 0.016 0.034 0.013 0.314 0.189 0.359 209 E 0.052 0.023 0.038 0.017 0.268 0.177 0.424 210 T 0.048 0.018 0.007 0.008 0.394 0.019 0.507 211 P 0.092 0.022 0.017 0.021 0.113 0.094 0.641 212 L 0.272 0.026 0.035 0.033 0.135 0.125 0.374 213 K 0.381 0.016 0.026 0.019 0.169 0.037 0.352 214 K 0.653 0.010 0.011 0.021 0.062 0.010 0.233 215 V 0.829 0.008 0.002 0.006 0.018 0.006 0.131 216 G 0.929 0.005 0.001 0.003 0.011 0.006 0.046 217 A 0.956 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.031 218 Y 0.972 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.021 219 V 0.984 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 220 K 0.968 0.006 0.001 0.002 0.004 0.001 0.019 221 L 0.828 0.014 0.001 0.002 0.005 0.004 0.147 222 I 0.224 0.009 0.003 0.002 0.120 0.072 0.570 223 D 0.051 0.007 0.015 0.006 0.251 0.540 0.130 224 G 0.023 0.005 0.052 0.014 0.327 0.456 0.123 225 E 0.028 0.019 0.086 0.023 0.281 0.242 0.322 226 G 0.070 0.037 0.089 0.019 0.191 0.327 0.267 227 I 0.193 0.038 0.055 0.017 0.115 0.046 0.536 228 R 0.256 0.024 0.054 0.018 0.159 0.081 0.408 229 G 0.563 0.008 0.042 0.016 0.109 0.097 0.165 230 L 0.834 0.007 0.008 0.010 0.024 0.008 0.109 231 V 0.960 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.028 232 R 0.969 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.021 233 L 0.934 0.003 0.002 0.005 0.003 0.002 0.050 234 E 0.784 0.006 0.005 0.006 0.016 0.006 0.176 235 T 0.532 0.012 0.016 0.007 0.068 0.026 0.339 236 Y 0.325 0.036 0.025 0.010 0.120 0.039 0.445 237 V 0.051 0.018 0.023 0.006 0.150 0.018 0.735 238 K 0.014 0.009 0.109 0.012 0.184 0.290 0.381 239 D 0.007 0.008 0.121 0.019 0.201 0.411 0.234 240 D 0.007 0.006 0.181 0.023 0.301 0.150 0.331 241 N 0.005 0.010 0.138 0.056 0.193 0.388 0.209 242 Q 0.008 0.014 0.096 0.164 0.175 0.319 0.224 243 I 0.013 0.007 0.020 0.539 0.113 0.017 0.292 244 P 0.011 0.004 0.013 0.835 0.017 0.015 0.105 245 Y 0.014 0.004 0.015 0.928 0.008 0.013 0.018 246 I 0.011 0.002 0.009 0.961 0.002 0.007 0.009 247 R 0.009 0.001 0.007 0.972 0.003 0.005 0.004 248 K 0.006 0.001 0.007 0.967 0.003 0.013 0.004 249 V 0.004 0.001 0.006 0.953 0.003 0.023 0.010 250 F 0.002 0.001 0.006 0.956 0.005 0.011 0.019 251 D 0.001 0.001 0.012 0.948 0.008 0.017 0.014 252 D 0.001 0.001 0.022 0.949 0.005 0.018 0.004 253 L 0.001 0.001 0.039 0.920 0.003 0.033 0.003 254 A 0.001 0.001 0.075 0.885 0.004 0.031 0.003 255 K 0.001 0.001 0.090 0.795 0.006 0.102 0.005 256 T 0.002 0.002 0.045 0.698 0.010 0.231 0.013 257 L 0.007 0.009 0.028 0.128 0.211 0.058 0.560 258 P 0.009 0.007 0.073 0.060 0.119 0.292 0.440 259 H 0.032 0.019 0.081 0.053 0.223 0.352 0.240 260 L 0.057 0.045 0.028 0.027 0.313 0.055 0.474 261 T 0.029 0.029 0.027 0.010 0.065 0.042 0.799 262 A 0.016 0.019 0.068 0.015 0.161 0.450 0.272 263 D 0.017 0.029 0.064 0.011 0.214 0.388 0.277 264 L 0.014 0.019 0.005 0.001 0.610 0.010 0.341 265 P 0.018 0.047 0.007 0.002 0.180 0.036 0.711 266 I 0.012 0.059 0.024 0.001 0.210 0.017 0.676 267 P 0.005 0.009 0.077 0.005 0.151 0.626 0.126 268 R 0.006 0.018 0.101 0.013 0.138 0.589 0.135 269 L 0.009 0.016 0.010 0.009 0.517 0.012 0.427 270 P 0.007 0.014 0.096 0.045 0.038 0.066 0.733 271 E 0.003 0.008 0.446 0.085 0.062 0.381 0.014 272 N 0.011 0.005 0.380 0.050 0.041 0.467 0.045 273 I 0.085 0.069 0.059 0.102 0.151 0.038 0.495 274 L 0.141 0.082 0.005 0.063 0.178 0.018 0.513 275 P 0.066 0.017 0.039 0.493 0.040 0.025 0.321 276 I 0.005 0.001 0.041 0.919 0.005 0.012 0.018 277 Q 0.003 0.001 0.030 0.950 0.006 0.005 0.006 278 F 0.002 0.001 0.033 0.954 0.002 0.005 0.004 279 L 0.002 0.001 0.018 0.964 0.001 0.011 0.003 280 E 0.001 0.001 0.016 0.973 0.001 0.007 0.002 281 E 0.001 0.001 0.020 0.947 0.002 0.029 0.001 282 N 0.001 0.001 0.023 0.877 0.002 0.092 0.004 283 L 0.002 0.003 0.028 0.826 0.022 0.071 0.048 284 S 0.004 0.004 0.095 0.677 0.028 0.081 0.111 285 Y 0.004 0.002 0.173 0.546 0.043 0.180 0.052 286 Y 0.013 0.006 0.140 0.448 0.050 0.239 0.104 287 L 0.019 0.019 0.090 0.300 0.124 0.141 0.307 288 T 0.017 0.008 0.029 0.216 0.140 0.207 0.383 289 D 0.010 0.005 0.027 0.334 0.234 0.149 0.240 290 K 0.003 0.001 0.048 0.733 0.035 0.131 0.048 291 N 0.011 0.003 0.077 0.663 0.042 0.140 0.065 292 Y 0.039 0.019 0.070 0.685 0.035 0.056 0.095 293 M 0.089 0.020 0.036 0.678 0.034 0.035 0.107 294 N 0.105 0.007 0.031 0.611 0.041 0.075 0.130 295 T 0.072 0.003 0.045 0.693 0.042 0.060 0.085 296 R 0.133 0.004 0.050 0.620 0.042 0.081 0.070 297 L 0.232 0.013 0.057 0.516 0.027 0.077 0.078 298 F 0.243 0.007 0.036 0.476 0.040 0.046 0.152 299 A 0.286 0.006 0.024 0.443 0.031 0.055 0.155 300 Y 0.313 0.015 0.025 0.317 0.055 0.086 0.189 301 I 0.210 0.022 0.021 0.180 0.110 0.254 0.203 302 G 0.112 0.010 0.007 0.061 0.083 0.136 0.591 303 R 0.011 0.001 0.001 0.005 0.012 0.005 0.964